• 제목/요약/키워드: binding sites

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간경화 동물모델에서 Chimeric decoy oligodeoxynucleotide로 억제되는 NF-κB와 Sp1 전사인자 발현 억제 효과에 대한 연구 (Inhibitory Effects of Chimeric Decoy Oligodeoxynucleotide in the Regulation of Transcription Factors NF-κB and Sp1 in an Animal Model of Liver Cirrhosis)

  • 김경현;박지현;김수정;이우람;장영채;김현철;박관규
    • 생명과학회지
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    • 제19권10호
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    • pp.1360-1367
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    • 2009
  • 간섬유화는 지속적인 간세포 손상에 대한 수복현상으로 일어나며, 급성 염증반응과 같은 손상이 주어진 후에는 간세포의 괴사 및 세포외기질의 축적이 일어나게 된다. 간섬유화에 대한 새로운 치료방법을 모색하기 위하여 본 연구에서는 간섬유화 과정에서 염증 반응과 관련된 NF-$\kappa$B와 세포외기질의 축적과 관련된 Sp1전사인자를 동시에 조절하여 간섬유화 억제효과를 관찰하고자 하였다. 전사인자인 Sp1과 NF-$\kappa$B를 동시에 억제하기 위하여 한 분자 내에 Sp1과 NF-$\kappa$B의 전사인자와 결합하는 부위를 가지는 Chimeric (Chi) decoy oligodeoxynucleotide (ODN)을 제작하였다. Chi decoy ODN은 활성화된 간성상세포에서 간섬유화 와 관련된 유전자 발현을 억제시켰으며, 섬유화 동물모델에서도 간 조직의 염증 반응 및 섬유화 관련 인자의 발현을 현저히 억제시켰다. 따라서 Chi decoy ODN은 간섬유화 및 활성화된 간성상세포의 활성을 억제할 수 있는 유전자 치료제로 고려될 수 있을 것으로 사료된다.

Effect of Heparin-binding Epidermal Growth Factor (HB-EGF) on Integrin $\alpha_{\nu}-\betaFe_3$ Expression in Preimplantation Mouse Embryos

  • Lim, Jung-Jin;Shin, Hyun-Sang;Lee, Ji-Won;Kang, Sue-Man;Lee, Sung-Eun;Kang, Han-Seung;Kim, Moon-Kyoo
    • 한국수정란이식학회:학술대회논문집
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    • 한국수정란이식학회 2002년도 국제심포지엄
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    • pp.102-102
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    • 2002
  • Heparin-bindin epidermal growth factor (HB-EGF) is one of the EGF family to be expressed at the time of implantation in the mouse uterus. Although HB-EGF has been shown to stimulate the development of embryo and uterus in the mouse, its correlation between cell adhesion molecules remains undefined. Integrin $\alpha$$_{ν}$$\beta$$_3$, one of the cell adhesion molecules, is an important mediator of cell-substratum and cell-cell adhesion in implantation. In the present studies, we investigated the effects of HB-EGF on the embryonic development, initiation of implantation and expression of integrin $\alpha$$_{ν}$$\beta$$_3$ in in vitro culture, blocking of HB-EGF, RT-PCR and immunofluores cence analysis. The results showed that HB-EGF significantly improved the developmental rate of hatched embryos (24.1%, p<0.01) and outgrowth embryos (42.5%, p<0.01). On the other hand, this growth factor showed no offset before the hatching embryonic stage. Analysis of RT-PCR showed that HB-EGF upregulated the expression level of integrina $\alpha$$_{ν}$$\beta$$_3$ subunit genes on the preimplantation embryo and outgrowth of blastocyst (120hr and 144hr after hCG injection). Immunofluorescence analysis showed that the integrin $\alpha$$_{ν}$$\beta$$_3$ subunits localized at the pericellular borders and cell-cell contact areas. Increase in fluorescence intensity was observed in the HB-EGF treated embryos. Intrauterine injection of an anti-HB-EGF antiserum at day 3 significantly decreased the number of implantation sites (14.4, p<0.01) and significantly increased the number of recovered embryos(6.4, p<0.05) at day 5. From these results, it imply that HB-EGF improve the embryo development and accelerated the expression of integrin $\alpha$$_{ν}$$\beta$$_3$ in the preimplantation mouse embryos.

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프로피온산의 혐기성 분해시 구리의 저해 효과 (Inhibitory Effects of Copper on the Anaerobic Degradation of Propionate)

  • 신항식;이채영
    • 유기물자원화
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    • 제7권2호
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    • pp.25-34
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    • 1999
  • 프로피온산의 혐기성 분해시 구리의 잠재적인 저해효과를 평가하기 위하여 회분식 실험을 수행하였다 프로피온산의 혐기성 분해시 구리의 저해효과는 중간 생성물, 최종 메탄 수율 및 비메탄 활성도를 이용하여 평가하였다. 구리의 농도 $2.5mg\;Cu^{2+}/1$에서는 저해 현상이 거의 발생하지 않았으나. 농도 증가에 따라 저해효과가 점차 증가하는 경향을 보였다. 최종 메탄 발생량 및 비메탄 활성도를 이용하여 산정한 50% 저해농도는 각각 33.8 및 $24.1mg\;Cu^{2+}/gVSS$로 나타났다. 최종 메탄 수율을 이용하여 산정한 저해효과는 운전기간이 지속됨에 따라 미생물 적응 및 첨가한 구리의 용존성 리간드와 체외효소와 결합으로 인하여 점차 저감되는 현상이 나타났다. 초기 메탄 발생속도를 근거로 산정한 비메탄 활성도는 이와 같은 영향을 상대적으로 제외할 수 있으므로 중금속에 의한 저해효과를 보다 정확하게 산정할 수 있을 것으로 판단된다. 황산염을 첨가한 경우 황산염 환원 미생물의 길항작용으로 인하여 첨가한 구리가 환원된 황화물과 결합하여 구리에 의한 저해효과는 거의 없는 것으로 나타났다. 구리를 첨가한 경우 초기 프로피온산의 분해가 지연되었으나, 점차 분해되는 경향을 보였으며. 프로피온산의 초산으로의 전환을 고려서 프로피온산의 분해가 초산의 분해 보다 구리의 영향을 많이 받는 것으로 나타났다. 이와 같은 결과를 고려시 구리에 의한 저해효과는 수소이용 메탄균이 초산 이용 메탄균에 비해 보다 민감한 것으로 판단된다.

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Expression Analysis of Lily Type Lectin Isotypes in the Rock Bream, Oplegnathus fasciatus: in the Tissue, Developmental Stage and Viral Infection

  • Lee, Young Mee;Yang, In Jung;Noh, Jae Koo;Kim, Hyun Chul;Park, Choul-Ji;Park, Jong-Won;Noh, Gyeong Eon;Kim, Woo-Jin;Kim, Kyung-Kil
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제20권4호
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    • pp.297-304
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    • 2016
  • Lectins belong to the pattern-recognition receptors (PRRs) class and play important roles in the recognition and elimination of pathogens via the innate immune system. Recently, it was reported that lily-type lectin-1 is involved when a pathogen attacks in the early immune response of fish. However, this study is limited to information that the lectin is involved in the innate immune response against viral infection. In the present study, the lily-type lectin-2 and -3 of Oplegnathus fasciatus (OfLTL-2 and 3) have been presented to be included B-lectin domain and two D-mannose binding sites in the amino acid sequence that an important feature for the fundamental structure. To investigate the functional properties of OfLTLs, the tissue distribution in the healthy rock bream and temporal expression during early developmental stage analysis are performed using quantitative real-time PCR. OfLTL-2 and 3 are predominantly expressed in the liver and skin, but rarely expressed in other organ. Also, the transcripts of OfLTLs are not expressed during the early developmental stage but its transcripts are increased after immune-related organs which are fully formed. In the challenge experiment with RBIV (rock bream iridovirus), the expression of OfLTLs was increased much more strongly in the late response than the early, unlike previously known. These results suggest that OfLTLs are specifically expressed in the immune-related tissues when those organs are fully formed and it can be inferred that the more intensively involved in the second half to the virus infection.

TPA로 분화된 U937 세포에서 사람 세포거대바이러스에 의한 c-jun Promoter 활성도의 변화 (The Change of c-jun Promoter Activity in TPA-Induced U937 Cells Infected with Human Cytomegalovirus (HCMV))

  • 박정규;김대중;김진희;한태희;황응수;최명식;국윤호;최성배;차창룡
    • 대한바이러스학회지
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    • 제29권2호
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    • pp.129-136
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    • 1999
  • Transient transfection assay has been done to evaluate whether the c-jun activation would be prerequisite to the induction of permissiveness against human cytomegalovirus using in vitro cell model in which U937 has been induced to express CD11b and CD14 to become potential monocyte/macrophage cells by TPA treatment. U937 cells were treated with $10\;{\mu}M$, $50\;{\mu}M$ or $100\;{\mu}M$ of TPA. The cell morphology change was observed and the expression of the CD11b and CD14 was confirmed by FACS. Differentiated cells were transfected with pJLuc reporter vector which contained the wild type murine c-jun promoter spanning the SP1, CTF, ATF/CREB and MEF-2 binding sites upstream of the firefly luciferase gene. After 48 hrs of transfection, the cells were infected with HCMV Towne strain and the luciferase activity was assessed at 1 hand 4 h pi. The transfection assay showed no activation of the c-jun promoter at 1 h pi, instead, it showed 2 times increase of the its activity at 4 h pi. There was no difference of the c-jun promoter activation between TPA treated and untreated U937 cells, implying that c-jun activation might not be prerequisite for allowing cells to be premissive to HCMV, although HCMV infection itself could activate c-jun promoter.

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탁수가 임하호 식물플랑크톤에 미치는 영향 (Effect of Turbid Water on the Phytoplankton Community in Imha Reservoir)

  • 박정원;유삼환;김순영;이종은;서을원
    • 생명과학회지
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    • 제18권12호
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    • pp.1671-1678
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    • 2008
  • 본 연구에서는 탁수 발생이 식물플랑크톤 군집에 어떠한 변화를 미치는가에 대해 이해하는 연구의 일환으로 임하호의 네 지점(중평리, 댐축, 도수로, 지례리)에서 9회에 걸쳐 시료 채취 및 조사를 한 결과는 다음과 같다. 임하호의 수질의 경우 탁도와 $SiO_2$-Si의 농도는 그 수치가 비례하여 탁도가 높으면 $SiO_2$-Si의 농도도 증가하고 수심이 깊어질수록 탁도와 $SiO_2$-Si의 농도가 증가하는 것을 알 수 있다. Chl-a는 수심이 깊어질수록 농도가 낮아지고 있어 수심에 따라 수질의 상태가 변하는 것으로 조사되었다. 임하호에서 출현한 식물플랑크톤은 모두 70종류였고, 녹조강이 32종류(46%) 남조강과 규조강이 12종류(17%), 유글레나강이 6종류(9%), 시누라조강이 4종류(6%), 은편모조강이 3종류(4%), 그리고 와편모조강이 1종류(1%)로 구성되었다. 탁수와 조류의 상관관계에서 식물플랑크톤의 현존량이 매우 높게 나타난 것은 탁수와 함께 유입된 영양물질등이 식물플랑크톤의 증가에 영향을 준 것으로 판단된다. 즉, 탁수와 TN 및 $SiO_2$-Si 등과 높은 상관관계가 나타난 것은 TN과 $SiO_2$-Si가 탁수와 함께 임하댐 내로 유입된 것으로 짐작할 수 있다. 질소의 경우 토양 미립자에 단단하게 부착하지 않고 느슨하게 결합되어 있기 때문에 적은 강우라도 쉽게 유출된다. 그리고 $SiO_2$-Si는 탁수의 성분으로 고려해 볼 때 TN과 $SiO_2$-Si는 탁수와 함께 임하댐내로 유입되었음을 알 수 있다. 따라서 탁수 유입 후 그리고 탁수 소멸 이후에는 오히려 식물플랑크톤 현존량이 더욱 증가된 것으로 판단된다.

R. sphaeroides 에서의 orf282 유전자의 분석과 이들의 기능 (Analysis of the orf 282 Gene and Its Function in Rhodobacter sphaeroide 2.4.1)

  • 손명화;이상준
    • 생명과학회지
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    • 제22권8호
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    • pp.1009-1017
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    • 2012
  • Rodobacter sphaeroides에서 orf282 유전자는 cbb3 terminal oxidase를 암호화하는 ccoNOQP 오페론과 혐기적 활성자인 FnrL을 암호화하는 fnrL 유전자 사이에 있으며, 아직은 기능이 잘 알려지지 않았다. orf282 유전자의 기능을 알기 위해 우리는 orf282의 일부를 삭제함으로써 유전자를 붕괴시켜 orf282-minus mutant를 제조하였다. 두개의 FnrL 결합 부위가 orf282의 upstream에 존재한다는 것이 밝혀져 있으며, orf282 유전자가 FnrL에 의해 양성적으로 조절된다는 것이 증명되었다. orf282 유전자는 B875와 B800-850 spectral complexes의 형성과 관련이 없다. orf282 mutant에서의 cbb3 oxidase 활성을 wild type와 비교해보면 orf282 유전자가 ccoNOQP 오페론의 조절과 cbb3 cytochrome c oxidase의 생합성과 무관하다는 것을 알 수 있다. orf282 mutant의 구조 유전자인 nifH와 조절유전자인 nifA의 프로모터 활성이 증가한 것은 orf282 유전자 산물이 nifH와 nifA의 발현에서 음성적 effector로 작용한다는 것을 시사한다.

배양 섬유 세포에 있어서 세포 표면의 미세구조적 특성과 당단백 (lectin WGA 수용체)의 분포 (Fine Structural Characterization and Localization of Lectin Receptors in the Cultured Fibroblast)

  • 김수진;함소영
    • Applied Microscopy
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    • 제31권1호
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    • pp.49-57
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    • 2001
  • 섬유아세포 표면의 미세구조적 특성과 세포표면에 존재하는 당 단백질 말단 GlcNAc(N-acetylglucosamine)와 NeuNAc(N-acetylneuraminic acid)는 섬유세포의 이동과 세포의 인식에 중요한 역할을 하는 것으로 알려졌다. 따라서 섬유세포의 미세구조적 특성을 전자현미경을 사용하여 관찰하였으며, 당 단백질 말단 GlcNAc와 NeuNAc의 분포를 확인하기 위하여 WGA 황금입자 복합체를 반응시켜 전자현미경으로 관찰하였다. 그 결과 배양섬유세포의 표면에 미세구조적 특성은 세포의 분화 정도와 세포의 부위에 따라 다양한 형태를 형성하며, 세포의 배양시간에 따라 정도의 차이는 있으나 일반적인 미세융모의 분포와 세포질 돌기의 분화는 세포의 주위 환경에 따라 다양한 형태로 분화하는 특성이 있는 것으로 확인되었다. 섬유세포의 세포표면에 분포하는 당 단백질 말단의 일종으로 섬유세포의 이동과 세포인식에 관여하는 lectin WGA 수용체 인 sialic acid (GlcNAc; N-acetylgalactosamine, NeuNAc; N-acetyl neuraminic acid)는 세포질의 조면소포체에서 생성되어 액포상태로 이동되어 섬유세포의 외로 분비되고 분비된 sialic acid는 세포의 표면과 돌기의 표면에 당 단백질 말단으로 분화하여 섬유세포의 이동과 세포인식 등의 섬유세포 기능에 관여하는 것으로 규명되었다.

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두록 돼지의 등지방두께와 연관된 렙틴수용체 유전자의 신규 SNP 마커 (A Novel Single Nucleotide Polymorphism of the Leptin Receptor Gene Associated with Backfat Thickness in Duroc Pigs)

  • 이경태;이혜영;최봉환;김종주;김태헌
    • 생명과학회지
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    • 제26권1호
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    • pp.1-7
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    • 2016
  • 돼지에게 있어서 지방 형질은 가장 중요한 경제형질 중 하나다. 돼지의 렙틴수용체 유전자(LEPR)는 염색체 상의 위치와 그 생리 활성 측면에서 돼지 6번 염색체 상의 지방형질 관련 양적형질좌위(QTL)에 대한 주요 후보유전자로 알려져 있다. 본 연구에서는 LEPR 유전자의 구조 변이와 돼지 경제형질과의 연관성을 분석하였다. 이를 위하여 돼지 LEPR 유전자를 포함하고 있는 박테리아 인공 염색체(BAC) 클론에 대한 샷건 염기서열 해독을 수행하여 114 kb 크기의 유전체 서열을 확보하였다. 그리고 전사개시 코돈으로부터 1.2 kb 상위 영역에서 여러 전사인자 결합부위를 발견하였다. 또한 LEPR 유전자 엑손 영역의 6개 SNP와 5’ 조절영역의 18개 SNP에 대해 550두의 두록 개체를 대상으로 연관성 분석을 수행하였다. 이들 SNP 중, −790C/G만이 등지방두께와 정육율 형질과 유의적으로 연관되어 있었으며, 2개의 미스센스 다형성 SNP를 포함하여 다른 SNP에서는 어떤 형질과도 연관성을 보이지 않았다. 결론적으로 −790C/G SNP는 두록 돼지에서 지방과 정육형질을 유전적으로 개량하는데 유용한 마커로 활용될 수 있을 것이다.

Meta- and Gene Set Analysis of Stomach Cancer Gene Expression Data

  • Kim, Seon-Young;Kim, Jeong-Hwan;Lee, Heun-Sik;Noh, Seung-Moo;Song, Kyu-Sang;Cho, June-Sik;Jeong, Hyun-Yong;Kim, Woo Ho;Yeom, Young-Il;Kim, Nam-Soon;Kim, Sangsoo;Yoo, Hyang-Sook;Kim, Yong Sung
    • Molecules and Cells
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    • 제24권2호
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    • pp.200-209
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    • 2007
  • We generated gene expression data from the tissues of 50 gastric cancer patients, and applied meta-analysis and gene set analysis to this data and three other stomach cancer gene expression data sets to define the gene expression changes in gastric tumors. By meta-analysis we identified genes consistently changed in gastric carcinomas, while gene set analysis revealed consistently changed biological themes. Genes and gene sets involved in digestion, fatty acid metabolism, and ion transport were consistently down-regulated in gastric carcinomas, while those involved in cellular proliferation, cell cycle, and DNA replication were consistently up-regulated. We also found significant differences between the genes and gene sets expressed in diffuse and intestinal type gastric carcinoma. By gene set analysis of cytogenetic bands, we identified many chromosomal regions with possible gross chromosomal changes (amplifications or deletions). Similar analysis of transcription factor binding sites (TFBSs), revealed transcription factors that may have caused the observed gene expression changes in gastric carcinomas, and we confirmed the overexpression of one of these, E2F1, in many gastric carcinomas by tissue array and immunohistochemistry. We have incorporated the results of our meta- and gene set analyses into a web accessible database (http://human-genome.kribb.re.kr/stomach/).