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Whole-Genome Characterization of Alfalfa Mosaic Virus Obtained from Metagenomic Analysis of Vinca minor and Wisteria sinensis in Iran: with Implications for the Genetic Structure of the Virus

  • Moradi, Zohreh;Mehrvar, Mohsen
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제37권6호
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    • pp.619-631
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    • 2021
  • Alfalfa mosaic virus (AMV), an economically important pathogen, is present worldwide with a very wide host range. This work reports for the first time the infection of Vinca minor and Wisteria sinensis with AMV using RNA sequencing and reverse transcription polymerase chain reaction confirmation. De novo assembly and annotating of contigs revealed that RNA1, RNA2, and RNA3 genomic fragments consist of 3,690, 2,636, and 2,057 nucleotides (nt) for IR-VM and 3,690, 2,594, and 2,057 nt for IR-WS. RNA1 and RNA3 segments of IR-VM and IR-WS closely resembled those of the Chinese isolate HZ, with 99.23-99.26% and 98.04-98.09% nt identity, respectively. Their RNA2 resembled that of Canadian isolate CaM and American isolate OH-2-2017, with 97.96-98.07% nt identity. The P2 gene revealed more nucleotide diversity compared with other genes. Genes in the AMV genome were under dominant negative selection during evolution, and the P1 and coat protein (CP) proteins were subject to the strongest and weakest purifying selection, respectively. In the population genetic analysis based on the CP gene sequences, all 107 AMV isolates fell into two main clades (A, B) and isolates of clade A were further divided into three groups with significant subpopulation differentiation. The results indicated moderate genetic variation within and no clear geographic or genetic structure between the studied populations, implying moderate gene flow can play an important role in differentiation and distribution of genetic diversity among populations. Several factors have shaped the genetic structure and diversity of AMV: selection, recombination/reassortment, gene flow, and random processes such as founder effects.

홍수터 식생에 의한 하도의 지형변화와 적응과정 실험적 분석 (Experimental analysis on the morphologic changes and adaption of the channels to floodplain vegetation)

  • 장창래
    • 한국수자원학회논문집
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    • 제55권10호
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    • pp.801-810
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    • 2022
  • 본 연구에서는 홍수터 식생에 의한 하안의 안정성을 고려하여 하도에서 사주의 거동과 하도의 지형변화 적응과정을 실내실험을 수행하여 분석하였다. 초기 직류하도에서 하안침식이 발생하고 하폭이 증가한다. 하폭 대 수심의 비가 증가한 후에, 교호사주가 발달하고, 하류로 이동한다. 시간이 증가함에 따라, 사주의 이동속도는 감소하고 사주의 파장은 증가한다. 홍수터에서 식생 밀도가 증가함에 따라, 하안침식율은 감소한다. 그러나 사주의 이동속도는 증가한다. 이는 하안의 안정성 변화가 사주의 이동속도에 영향을 주기 때문이다. 하폭이 증가하고 수심이 감소하면서 무차원 소류력인 Shield Number는 증가하며, 사주의 이동속도도 증가한다. 이는 또한 이동하는 교호사주와 선택적 침식에 의해 발생한 불규칙한 하안 사이에 작용하는 강제효과 때문에 하안의 안정성이 작은 하도에서 사주의 이동속도는 감소한다. 시간이 증가함에 따라 사주의 파장은 증가한다. 사주의 파장이 증가하면서 사주의 이동속도는 감소한다.

Alfalfa 근류균 접종방법에 따른 착생 근류균수의 변화 (Comparison of Inoculation Methods of Rhizobium to Alfalfa(Medicago sativa L.))

  • 빈영호;한경수;최진용;김석현
    • 한국작물학회지
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    • 제27권2호
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    • pp.137-140
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    • 1982
  • 두과목초의 근류균 접종방법 개선책의 일환으로써 3수준의 근류균농도, 즉 10, 20, 30%; 3종류의 접착제 즉 gum arabic, methyl cellulose 및 carboxy methyl cellulose; 그리고 4종류의 석회와 calcium carbonate를 포함한 5종류의 피복재료를 사용하여 근류균을 접종한 후에 plate count법으로 생존하고 있던 근류세포수를 측정하여 그 효과를 평가하였던 바 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. New Zealand산 peat slurry의 근류균을 사용할 경우 근류균을 10%에서 3.5$\times$$10^9$ 개로써 표준에 가까운 근류균수를 확보할 수 있었다. 2. 접착제로서 gum arabic은 40% 용액에서 methyl cellulose는 5% 용액 그리고 carboxy methyl cellulose는 4% 용액으로 사용하였을 때 최대착생수를 나타내었으나 그 중에서 methyl cellulose 5% 용액이 적합한 것으로 보였다. 3. 피복재료로서 치과용석회(Lime A)는 타재료에 비하여 양호한 결과를 얻을 수 있었다.

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여섯가지 두과목초의 유식물 활력과 관련된 자엽과 엽의 발달 (Cotyledon and Leaf Development Associated with Seeding Vigor of Six Forage Lerumes)

  • 허삼남
    • 한국초지조사료학회지
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    • 제15권1호
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    • pp.19-23
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    • 1995
  • 여섯가지 주요 두과목초의 자엽과 엽의 발달이 유식물 생장에 얼마나 관여하는 가에 대한 연구를 위하여 초종간 비교 검토를 하였다. 두과목초의 자엽은 출현 후 1주일 동안은 크기가 급격하게 증가하다가 그 이후는 최대 면적에 이를때까지 서서히 확장되었다. 큰 종자일수록 자엽 명적이 컸으며, 자엽 신장속도는 유식물 생장과 고도의 상관관계가 있었다. 잎이 일찍 발생되고 빨리 전개되는 것이 초기 유식물 생장에 결정적인 요인으로 작용하였다. 종자가 비교적 큰 alfalfa와 red clover는 광합성을 할 수 있는 기관의 면적이 크기 때문에 유식물 활력도 좋았다. Alsike clover와 white clover는 종자는 적으나 유식물 활력은 좋은 편이었는데 이들 두과는 초기에 빨리 잎을 전개하였으며 비교적 광합성율도 높았다. 반면 lespedeza는 존자는 무겁지만 유식물 활력은 매우 불량하였는데, 이것은 낮은 광합성 면적의 증가와 낮은 광합성율이 기인되었다.

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Application of near-infrared spectroscopy for hay evaluation at different degrees of sample preparation

  • Eun Chan Jeong;Kun Jun Han;Farhad Ahmadi;Yan Fen Li;Li Li Wang;Young Sang Yu;Jong Geun Kim
    • Animal Bioscience
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    • 제37권7호
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    • pp.1196-1203
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    • 2024
  • Objective: A study was conducted to quantify the performance differences of the near-infrared spectroscopy (NIRS) calibration models developed with different degrees of hay sample preparations. Methods: A total of 227 imported alfalfa (Medicago sativa L.) and another 360 imported timothy (Phleum pratense L.) hay samples were used to develop calibration models for nutrient value parameters such as moisture, neutral detergent fiber, acid detergent fiber, crude protein, and in vitro dry matter digestibility. Spectral data of hay samples prepared by milling into 1-mm particle size or unground were separately regressed against the wet chemistry results of the abovementioned parameters. Results: The performance of the developed NIRS calibration models was evaluated based on R2, standard error, and ratio percentage deviation (RPD). The models developed with ground hay were more robust and accurate than those with unground hay based on calibration model performance indexes such as R2 (coefficient of determination), standard error, and RPD. Although the R2 of calibration models was mainly greater than 0.90 across the feed value indexes, the R2 of cross-validations was much lower. The R2 of cross-validation varies depending on feed value indexes, which ranged from 0.61 to 0.81 in alfalfa, and from 0.62 to 0.95 in timothy. Estimation of feed values in imported hay can be achievable by the calibrated NIRS. However, the NIRS calibration models must be improved by including a broader range of imported hay samples in the modeling. Conclusion: Although the analysis accuracy of NIRS was substantially higher when calibration models were developed with ground samples, less sample preparation will be more advantageous for achieving rapid delivery of hay sample analysis results. Therefore, further research warrants investigating the level of sample preparations compromising analysis accuracy by NIRS.

상번초 및 상ㆍ하번초형 혼파초지의 건물수량 및 사료가치 비교 연구 (A Comparative Study of Dry Matter Yield and Nutritive Value of Tall type and Tail + Short type Mixtures)

  • 이인덕;이형석
    • 한국초지조사료학회지
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    • 제23권2호
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    • pp.121-128
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    • 2003
  • 본 시험은 초지를 상번초형 및 상+하번초형으로 혼파조합하여 조성하였을 때 목초의 건물수량, 품질 및 식생구성에 미치는 영향을 비교하고자 1999년 9철부터 2002년 12월까지 충남대학교 농업생명과학대학내 부속 초지시험포장에서 수행하였다. 공시된 혼파초지는 상번초형 혼파초지{orchardgrass, Potomac 40+tall fescue, Fawn 20+Festulolium braunii, Paulita 10+perennial ryegrass, Reveille 10+timothy, Climax 10+ red clover, Kenblue 5+ alfalfa, Vernal 5%)와 상ㆍ하번초형 혼파초지(orchardgrass, Potomac 40+tall fescue, Fawn 20+Kentucky bluegrass, New port(turf type) 10+redtop, Barricuda(turf type) 10+perennial ryegrass, Palmer III(turf type) 10+red fescue, Flyer II(turf type) 5+white clover, Regal 5%}의 두 처리를 두어 시험하였으며, 얻어진 시험결과는 다음과 같다. 1) 3년 평균 건물수량은 상ㆍ하번초형 혼파초지가 13,732kg/ha으로 상번초형 혼파초지의 13,117kg/ha 보다 약간 높았으나 유의적인 차이는 나타나지 않았다. 2) 상번초형 혼파초지와 상ㆍ하번초형 혼파초지간에 화학적 성분의 뚜렷한 차이는 없었다. 그러나 상번초형 혼파초지에서는 cellulose와 lignin 함량이 다소 높은 경향을 보였다. 한편, 건물소화율은 상ㆍ하번초형 혼파초지에서 다소 높은 결과를 보였다(p < 0.05). 3) 3년 평균 조단백질 건물수량은 두 처리간 차이가 인정되지 않았으나, 가소화건물수량은 상ㆍ하번초형 혼파초지가 10,670kg/ha으로 상번초형 혼파초지의 가소화건물수량 9,955kg/ha에 비하여 높은 결과를 가져왔다(p < 0.05). 4) 연차가 경과함에 따라 상번초형 혼파초지에서 식생을 높게 유지한 초종은 tall fescue, alfalfa 및 orchardgrass 등이었으며 timothy는 없어진 반면에, 상ㆍ하번초형 혼파초지에서는 white clover, tall fescue 및 orchardgrass 등의 식생비율이 높았으며, redtop, red fescue와 같은 하번초 초종의 식생도 비교적 고르게 유지되었다. 따라서, 상번초형 혼파초지에 비하여 상ㆍ하번초형 혼파초지는 목초의 건물수량과 품질에는 큰 영향을 미치지 못하였으나, 건물소화율 및 가소화건물수량이 높았고(p < 0.05), 연중 고르게 식생을 유지할 수 있었던 것으로 보아 생장습성이 다른 초종을 다양하게 혼파 이용하는 것도 좋을 것으로 사료된다.

옥수수 연작지에서 Fall panicum의 발생과 연작 피해 방지를 위한 대상작의 도입효과 (Introducing Strip Cropping for Decreasing the Damage of the Continous Corn Cultivation)

  • 임근발;이현준;안병석;성병렬;신재순
    • 한국초지조사료학회지
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    • 제25권2호
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    • pp.97-104
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    • 2005
  • 옥수수연작 피해방지를 위해 레드클로버 등을 대상작으로 도입하여 그 효과를 기대하였다. 특히 옥수수 연작지에 발생하는 난지형 잡초인 Fall panicum(FP)를 대상으로 옥수수/호밀연작 정도와 토양 습윤 정도에 따른 발생량을 조사하였다. 옥수수 재배와 동시에 대상 경작한 작물은 레드클로버(RC), 알팔파(A), 목초혼파(G/ R)이었다. 2년 동안 대상작물 재배 후 마지막 3년차에 옥수수 재배로 다시 환원하였는데 옥수수 연작지와 옥수수 단작에서의 얻어진 평균 생초수량의 범위는 각각 119.4${\~}$169,6 및 64.9${\~}$83.3톤/ha 이었으나 옥수수만의 수량에 있어서는 각각 45.6${\~}$52.8 및 64.9${\~}$83.3톤/ha로 서로 다른 결과를 얻었다. 이 같은 수량차이의 대부분은 옥수수 연작지에서의 FP의 발생량에 기인한 것으로 파악되었는데 실제 옥수수 연작지에서의 FP 발생량의 범위는 평균 45.6${\~}$63.4에 달하여 연작지에서의 호밀 28.2${\~}$41.6을 초과하였다. 대상작으로 도입한 레드클로버, 알팔파 및 목초 혼파의 3년간 건물 생산량은 각각, 10.2, 10.6 및 10.6톤/ha로. 연작구 평균 옥수수 수량의 대략 4분의 1정도인 것으로 나타났는데 대상작 도입 후 옥수수 생초 수량은 연작구 및 레드클로버, 알팔파 및 목초 혼파 대상작 도입구에서 각각 56, 82, 88 및 79톤/ha 로 대상작 도입구에서 크게 증가하였고 알팔파 도입 시 가장 크게 증가하는 것으로 나타났다.

숙전(熟田)에서 질소시용(窒素施用)과 Rhizobium meliloti의 접종방법(接種方法)이 근류균(根瘤菌) 밀도(密度) 및 알팔파 수량(收量)에 미치는 영향(影響) (Rhizobium meliloti Populations and Alfalfa Yields Due to Nitrogen Fertilization and Inoculation Methods at Cultivated Upland Soil)

  • 강위금;정연태;이수관;하호성
    • 한국토양비료학회지
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    • 제25권3호
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    • pp.275-280
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    • 1992
  • 숙전(熟田)에서 알팔파 재배시(裁培時) 질소(窒素)를 무시용(無施用)과 8kg/10a시용(施用) 두 조건으로 하고 근류균(根瘤菌) R. meliloti를 무접종(無接種)과 파종시(播種時)의 1회접종(回接種), 그리고 초지조성후(草地造成後) 매년접종법(每年接種法)으로 처리하였을 때 토양내 R. meliloti밀도(密度)와 건초수량(乾草收量) 변화를 3년간 조사한 결과(結果)는 다음과 같았다. 1. R. meliloti의 밀도(密度)는 질소무시용조건(窒素無施用條件)에서 시험 1년차에 크게 증가하여 시험 2년차까지 질소(窒素) 8kg/10a시용조건(施用條件)보다 높았으나(접종구(接種區) 평균(平均) 1년차:33%, 2년차:17%) 3년차에는 반대로 질소시용조건(窒素施用條件)에서 더 (접종구(接種區) 평균(平均) 3%) 높았다. 근류균(根瘤菌)의 접종(接種) 방법별(方法別)로는 매년접종법(每年接種法)(최고(最高) $2.0{\times}10^4cell/g.soil$)이 우수하였고, 계절에 따라서는 월동(越冬)으로 균주밀도(菌株密度)가 감소되었으나 하절기(夏節期) 이후 회복되는 경향을 보였다. 2. 알팔파 수량(收量)은 질소(窒素) 8kg/10시용효과(施用效果) 보다는 근류균(根瘤菌) 밀도(密度)의 영향을 많이 받으면서 처리별(處理別) 근류균(根瘤菌)의 밀도(密度)와 고도(高度)의 유의적(有意的)인 상관관계(相關關係)(Y=0.36+0.287X, $r^2=0.58^{**}$)를 보였다. 그리고 시험기간 근류균(根瘤菌) 접종(接種)에 의한 수량증가(收量增加)는 질소무시용(窒素無施用)과 시용조건(施用條件)에서 각각 접종잔효구(接種殘效區)의 경우 1년차 66, 10% : 2년차 13, 20% : 3년차 19, 13%였고 매년접중구(每年接種區)는 1년차 66, 10% : 2년차 30, 20% : 3년차 35, 36%였다. 3. 숙전(熟田)에서 알팔파 근류균(根瘤菌) 접종효과(接種效果)는 파종시(播種時) 1회접종(回接種)으로도 3년이상 증수(增收)되나 절대수량(絶對收量)을 높이기 위해서는 매년(每年) 접종(接種)하는 것이 더 바람직하였다.

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야산(野山) 목초지용(牧草地用) 내산성(耐酸性) 우수(優秀) 질소고정균주(窒素固定菌株) 개발(開發) -II. 내산성(耐酸性) R. meliloti 의 기내선발(器內選拔) 및 토양(土壤) 접종효과(接種效果) (Studies on the Development of Acid Tolerant and Superior Nitrogen Fixation Symbionts for Pasture on Hilly Land -II. Selection of Acid Tolerant R. meliloti in virto and Inoculation Effect in Soils)

  • 강위금;최주현;조강진;정연태;조무제
    • 한국토양비료학회지
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    • 제22권1호
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    • pp.72-77
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    • 1989
  • 우수(優秀) 질소고정균주(窒素固定菌株)를 개발(開發)하여 척박(瘠薄)한 야산(野山) 개발지(開發地)에서 효율적(效率的)인 초지조성(草地造成)을 꾀하고자, 기존(旣存) 알팔파 목야지(牧野地)에서 분리(分離)한 근류균(根瘤菌)으로부터 기내(器內) 내산성(耐酸性) 균주(菌株) 탐색(探索)과 토양(土壤)에서 선발균주(選拔菌株)의 내산성(耐酸性) 발현(發現)을 조사(調査)한 결과(結果)는 다음과 같았다. 1. pH 5.0의 시험관배지(試驗管培地)에서 근류형성(根瘤形成)을 보인 균주(菌株)는 "YA03"과 "YA09"였으며 공생효과면(共生效果面)에서 "YA03"이 우수(優秀)하였다. 2. "YA03"균주(菌株) 접종(接種)에 의(依)한 알팔파 생육(生育)과 질소(窒素) 고정력(固定力)은 무비(無肥)에서 뿐만 아니라 요소(尿素) 1.25mM 농도(濃度)에서 타균주(他菌株)보다 좋았다. 3. 알팔파 생육(生育)에 대(對)한 질소수준별(窒素水準別) "YA03" 균주(菌株)의 알팔파 접종효과(接種效果)는 접종(接種)+요소(尿素) 1.25mM > 접종(接種)+요소(尿素) > 무시용(無施用) > 무접종(無接種)+요소(尿素) 2.5mM 순(順)으로서 근류균(根瘤菌) 접종(接種)과 함께 요소(尿素)를 여용(旅用)하는 것이 효과적(效果的)이었다. 4. pH 5.0인 산성척박지(酸性瘠薄地)에서 알팔파에 대(對)한 R. meliloti "YA03" 균주(菌株) 접종(接種)은 무접종(無接種)보다 320%, pH 7.5의 비옥(肥沃)한 토양(土壤)에서 무접종(無接種) 재배(栽培)보다는 31% 건물중(乾物重) 증가(增加)를 보이므로써 내산성(耐酸性)이 큰 R. meliloti 균주(菌株)로 "YA03"를 선발(選拔)하였다.

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네오니코티노이드계 농약의 사용방법에 따른 꿀벌엽상잔류 독성 평가 (Evaluation of Neonicotinoid Pesticides' Residual Toxicity to Honeybees Following or Foliage Treatment)

  • 김진호;배철한;김창열
    • 한국응용과학기술학회지
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    • 제41권2호
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    • pp.484-497
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    • 2024
  • 네오니코티노이드계 농약은 전세계적으로 사용되는 강력한 살충제이지만 환경, 생물에 잔류하여 악영향을 미치고 있다. 이에 본 연구는 네오니코티노이드계 농약인 imidacloprid와 clothianidin이 공시작물인 알팔파와 적용작물로 고추와 오이를 선정하여 토양처리 및 경엽처리에 따른 꿀벌 독성과 엽상 잔류량을 비교하여 기존 엽상잔류독성시험법의 문제점을 확인하고자 하였다. Imidacloprid와 clothianidin을 작물 또는 토양에 권장량 및 배수로 처리하고 시간에 따른 꿀벌의 치사율에 대한 RT25를 확인하고 잎의 잔류 농약을 HPLC로 측정하였다. 그 결과 경엽처리하였을 때 imidacloprid은 공시작물 RT25가 1일 이하, 잔류량은 1.07 ~ 19.27 mg/kg이나 적용작물은 RT25가 9일 이하, 잔류량은 1.00 ~ 45.10 mg/kg 수준이었다. clothianidin은 공시작물 RT25가 10일 이하, 잔류량은 0.61 ~ 2.57 mg/kg이나 적용작물은 RT25가 28일 이하, 잔류량은 0.13 ~ 2.85 mg/kg 수준이었다. 토양처리했을 때 imidacloprid와 clothianidin은 공시작물에서는 꿀벌에 영향을 미치지 않았으며 잔류량은 0.05 ~ 0.37 mg/kg 수준이었으나, 적용작물에서는 imidacloprid은 RT25가 28일 이하였고 잔류량은 4.47 ~ 130.43 mg/kg 수준이었고, clothianidin은 RT25가 35일 이하였고, 잔류량은 5.96 ~ 42.32 mg/kg 수준이었다. 결론적으로 꿀벌 독성과 엽상 잔류량을 작물간 비교하였을 때 공시작물 보다 적용작물이 꿀벌의 치사율에 많은 영향을 미치고 잔류량도 높게 나타났고, 처리방법에 따라 비교하였을 때 적용작물에 대한 토양처리가 경엽처리에 비해 높은 RT25와 잔류량이 나타났다. 따라서 농약안전성 확보를 위해 제시된 시험법이 실제 적용작물과 농약 처리방법에 따라 차이가 있을 수 있어 imidacloprid와 clothianidin의 안전성 평가를 위하여 다양한 경로의 연구가 필요하다.