• 미생물학회지
• /
• 제32권3호
• /
• pp.208-214
• /
• 1994

토양으로부터 분리한 방선균주로부터 새로운 type II 제한효소를 분리하여 그 특성을 연구하였다. 이 균주는 수리분석 결과, Streptoverticillium olivoverticillatum으로 동정되었으며, 정제한 제한효소는 SolI이라 명명하였다. SoII은 BamHI의 isoschizomer로서 여섯 개의 염기서열 5'-G $\downarrow$ GATCC- 3'을 인지하며 두 개의 G 염기 사이에서 절단하여 4 base가 돌출된 5'말단을 생성한다. 그러나 BamHI과는 달리, dam methylation 되어 있는 인식 염기서열에는 작용하지 못하였다. Ammonium sulfate 분획(30-65%)과 heparin-agarose, Affi-gel Blue column chromatography를 거쳐 SolI을 부분 정제하였다. SolI은 활성을 보이기 위하여 0.2mM 이상의 $MgCl_2$를 반드시 필요로 하였으며, 다른 cofactor는 요구하지 않았다. NaCl이 없을 때 가장 높은 활성을 가지며 120 mM 이상의 NaCl이 있으면 활성이 완전히 억제되었다. 이 효소의 반응 최적 온도는 $40^{\circ}C$, 최적 pH는 8.6으로 나타났다. Gel filtration chromatography에서의 용출부피 비교로부터 이 효소의 분자량은 약 43,000Da인 것으로 추정된다.

• KSBB Journal
• /
• 제14권1호
• /
• pp.96-102
• /
• 1999

해양세균 Bacillus cereus ASK202는 특0]적으로 한천의 존재 하에서만 높은 한천분해효소 생산능을 가지는 것으로 확인되었다. 이 균주는 기본배지에서 배양하였올 경우, 그 배양상총액은 21 umts/l의 효소활성을 보였으며, 최적조건하의 발효조를 이용한 배양시에는 생산량은 160.8 umts/l로 기본배지에서보다 효소생산량이 약 7.7배 정도 증가한 결과를 보였다. 해양세균 Bacillus cereus ASK2027가 생산하는 한전분해효소(agarase)에 대하여 treeze drying, DEAE Sepharose CL-6B, Superose 6HR 10/30 column chromatography등에 의해 분리.정제한 결과 최종적으로 31.5 배의 정제도 27.8 %의 수율, 3,780 umt/mg의 specific actIvity을 지닌 정제된 효소를 얻을 수 있었다. 또한 HPLC상에서 정제된 효소가 90,000 daltons의 분자량을 지닌 단백질임을 확인하였다. 정제된 한천분해효소의 최적 pH 및 온도는 각각 6.0과 $40^{\circ}C$. 였으며, pH 5.0 ~ 10.0 및 $30^{\circ}C$에서 장기 보존하였을 경우 효소활성이 안정적으로 유지 됨을 확인하였다. 또한 정제된 한천분해효소 용액은 $Zn(NO_3)_2$의 첨가에 의해 약 16배정도 효소활성의 상승효과를 가져 왔으며, $CuSO_4,\; SnCl_2$에 대해서는 강한 저해효과를 나타내었다. 정제효소에 대한 기질특이성을 조사한 결과, agar와 agarose에 대해서만 특이적인 분해능을 나타내었으며, 그 밖의 polysaccharides에 대해서는 전혀 분해능을 보이지 않았다. 한편 정제된 한친분해효소의 Km 및 Vmax 값은 각각 $2.4mg/m\ell$와 $13.6 mg/m\ell$로 확인되 었다.

• 한국식품과학회지
• /
• 제31권4호
• /
• pp.906-911
• /
• 1999

저선량으로 조사된 곡류의 방사선 조사 여부를 판별 하는데 DNA 'Comet Assay'의 활용이 가능한지를 검토하였다. 참깨, 들깨, 밀, 보리 및 쌀을 0, 0.1, 0.3, 0.5, 0.7, 1.0 kGy로 조사하여 시료로 사용하였다. 시료에 PBS 용액을 가하여 세포 현탁액을 조제하고 agarose gel과 혼합하여 microscope slide 상에서 lysis한 후 전기영동하여 염색한 다음 DNA 절편의 이동에 의해 형성된 ‘comet’의 tail length를 측정하여 분석하였다. 0.3 kGy 이상으로 조사한 모든 시료에서 tail length가 비조사한 시료와 차이를 나타내어 조사 여부를 확실히 판별할 수 있었다. 또한 비조사된 시료에서는 tail이 없거나 아주 짧은 tail을 가진 세포들이 관찰되었으며, 조사된 시료에서는 조사선량의 증가에 따라 DNA의 손상정도가 증가함으로서 tail length가 길어지는 것이 관찰되었다. 특히 참깨, 들깨 및 밀의 경우는 0.1 kGy의 낮은 조사선량에서도 현미경을 통하여 육안으로 비조사한 시료와의 구별이 가능하였다. 따라서 DNA 'Comet Assay'는 간단하고 신속하며 비교적 저렴하게 실시할 수 있는 곡류의 방사선 조사 여부를 판별하는 데 활용할 수 있음을 확인하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제10권3호
• /
• pp.405-409
• /
• 2000

We have studied the genome of an obligately commensal thermophile, Symbiobacterium toebii. The chromosome was extracted from pure cultures of S. toebii recently established. Total DNA of S. toebii was resolved by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) into discrete numbers of fragments by digenstion with the endonuclease SspI, SpeI, XbaI, and HpaI. Estimated sizes of fragments produced by the four enzymes and their sum consistently yielded a total genome size of 2.8 Mb. Because restriction endonucleases NotI and SwaI, recognizing 8 bp, released too many fragments, these enzymes could not be used for the estimation of the genome size. Considering no mobility of undigested genome under PFGE, the genome of S. toebii appears to be circular. The presence of extrachromosomal DNA in S. toebii was excluded by the results of the conventional 1% agarose gel electrophoresis and the field inversion gel electrophoresis of undigested S. toebii DNA.

• 한국환경성돌연변이발암원학회지
• /
• 제21권2호
• /
• pp.89-94
• /
• 2001

Recently, single cell gel electrophoresis, also known as comet assay, is widely used for the detection and measurement of DNA strand breaks in vitro and in vivo in many toxicological fields such as radiation exposure, human monitoring and toxicity evaluation. As well defined, comet assay is a sensitive, rapid and visual method for the detection of DNA strand breaks in individual cells. Briefly, a small number of damaged cells suspended in a thin agarose gel on a microscope slide were lysed, unwinded, electrophoresed, and stained with a fluorescent DNA binding dye. The electric current pulled the charged DNA from the nucleus such that relaxed and broken DNA fragments migrated further. The resulting images which were subsequently named for their appearance as comets, were measured to determine the extent of DNA damages. However, some variations could be occurred in procedures, laboratories's conditions and kind of cells used. Hence, to overcome and to harmonize these matters in comet assay, International Workshop on Genotoxicity Test Procedure (IWGTP) was held with several topics including comet assay at Washington D.C. on March, 1999. In spite of some consensus in procedures and conditions in IWGTP, there are some problems still remained to be solved. In this respect, we attempted to set the practical optimal conditions in the experimental procedures such as lysis, unwinding, electrophoresis and neutralization conditions and so on. First of all, we determined optimal lysis and unwinding time by using 150 $\mu$M methyl methanesulfonate (MMS) which is usually used concentration. And then, we determined optimal positive control concentrations of benzo(a)pyrene (BaP) and MMS in the presence and absence of S9 metabolic activation system, respectively.

• 대한수의학회지
• /
• 제30권3호
• /
• pp.297-307
• /
• 1990

To establish an agar-gel immunodiffusion (AGID) test for detection of antibodies to Aujeszky's disease virus(ADV) in swine, the precipitating antigens were prepared by four procedures using the Aujeszky's disease virus, NYJ-1-87 strain isolated from the affected piglets in Korea. The optimal condition for AGID test and the properties of the antigens were investigated. To determine the optimal concentration of antigens, four antigens were experimentally prepared by concentrating the viral fluids by 1/30 to 1/200. It was proved that the antigen precipitated with ammonium sulfate at concentration of 1/100 was the most efficient to detect ADV antibodies by AGID test. When the relationship between the concentration of the antigens and the size of precipitating in radial immunodiffusion test was investigated, a high correlation coefficiency at r=0.95 (y=0.23x+23.4) was estimated, In study on the effects of various buffered salt solutions and agars on the sensitivity of AGID test by using the experimental ADV antigens, it was found that 0.05M tris buffer without sodium chloride at pH 7.2 induced the most distinctive precipitating lines, and that there was no significant differences in the sensitivity between the agarose and Noble's special agar. When the efficiency of AGID test was compared with serum neutralization(SN) test, the sensitivity of AGID test was 100% in SN titer over 1 : 16, 91.7% in SN titer of 1 : 8 and 57.1% in SN titer of 1 : 4. The specificity of AGID test compared with the sera with SN titer under 1 : 2 was 98.4%. Protein analysis of the antigens by SDS-PAGE indicated that antigen I and antigen III showed a specific band of polypeptides with molecular weight of 116 K in comparison with the control antigen. Antigen IV, treated with tween-80 and ammonium sulfate, revealed specific polypeptides bands at the molecular weights 45K, 98K and 150 K.

• BMB Reports
• /
• 제28권2호
• /
• pp.100-106
• /
• 1995

S-adenosylmethionine (SAM) synthetase was purified to homogeneity from soybean (Glycine max) axes. The enzyme was purified 216-fold with a 1.5% yield by ammonium sulfate fractionation, acetone fractionation, ion exchange chromatography with DEAE-sephacel, gel filtration with Sephacryl S-300, and afffinity chromatography with ATP-agarose. The enzyme activity reached a maximum 3 days after germination. SAM synthetase had a subunit molecular weight of 57,000 daltons from a silver stained single band on SDS-PAGE. The molecular weight of the enzyme was 110,000 daltons from Sephacryl S-300 gel filtration. The enzyme was composed of two identical subunits. The $K_m$ values of the enzyme for L-methionine and ATP were 1.81 and 1.53 mM, respectively. The enzymatic activity was not affected by polyamines, agmatine, or SAM analogues, but was inhibited by SAM. The inhibition pattern was showed non-competitive for L-methionine and uncompetitive for ATP. The activity of SAM synthetase was inhibited by thiol-blocking reagents. The enzyme was induced by treatment with $10^{-3}$ M putrescine at germination. Experimental data revealed a possible novel regulation mechanism of polyamine biosynthesis through several endogenous intermediates.

• 환경생물
• /
• 제38권3호
• /
• pp.350-354
• /
• 2020

Many parrots are considered endangered species due to threats from human activities. Gender determination is of great importance for biological studies and the conservation of endangered parrots. However, like other birds, gender determination in parrots is hindered due to the lack of external dimorphism between males and females. A molecular approach using the chromo-helicase-DNA binding protein 1 (CHD1) gene is commonly used for sexing birds. This study aimed to determine the gender of parrots from Korean zoos based on amplification and visualization of the partial CHD1 gene. The samples of 13 parrot species were collected from three different zoos in Korea and the extracted DNA templates were amplified using CHD1 gene primers. The gender of 27 samples of 13 species was determined by visualizing the PCR products on an agarose gel. While male parrots were indicated by a single band, female parrots were indicated by double bands. The findings provide additional information, which might be helpful for the management and care of parrots in Korean zoos.

• Radiation Oncology Journal
• /
• 제18권1호
• /
• pp.51-58
• /
• 2000

목적 : 방사선에 의해 유도되는 apoptosis에 내성을 가진 세포로 알려진 KS62 세포를 대상으로, PTK inhibitors인 herbimycin A와 genistein을 이용한 방사선에 의한 apoptosls의 내성 기전을 연구하고자 하였다. 대상 및 방법 : 6 MV 체외 X-선 방사선 치료기를 이용하여 200$\~$300 cGy/min의 선량률로 10 Gy의 X-선을 세포에 균일하게 조사하였다. Apoptosis의 관찰은 래arose gel electrophoresis를 이용하여 DNA frgmentation의 지표인 ladder를 관찰하였고, TUNEL 염색을 이용하여 정량 분석을 시행하였다. Western blot 방법으로 apoptosls 관련 유전 단백인 bel-2, bel-X$_L$ 및 bax들의 발현을 관찰하였다. 방사선 조사 및 약물 처치 후의 세포 주기 분석은 flow cytometry로 분석하였다. 결과 : Agarose gel electrophoresis 실험에서 방사선을 조사하지 않은 K562 세포와 방사선을 10 Gy 조사한 세포를 48시간에 걸쳐 12시간 간격으로 관찰하였을 때 DNA fragmentation를 관찰할 수 있었다. 이러한 현상은 genistein을 투여한 세포들에서도 동일한 현상을 관찰할 수 있었지만, 방사선 조사 후 herbimycin A를 투여한 세포들에서는 48 시간째 확연한 DNA fragmentation을 관찰할 수 있었다. 이를 TUNEL assay에서 정량적으로 확인하였다. 방사선만조사한 세포들과 방사선과 genistein 투여 후 48시간째 관찰한 세포들에서는 10$\%$, 미만의 apoptosis 양성 세포의 빈도를 관찰할 수 있었지만, 방사선 조사 후 herbimycin A를 투여한 세포들에서는 30$\~$35$\%$ 빈도로 apoptosis 양성 세포들이 관찰되었다. Western blot analysis에서 bcl-2의 경우 방사선을 조사하지 않았던 대조군에 비하여 전체적인 발현은 증가되었지만 방사선 및 약제간의 발현의 차이는 없었다. 그 외 bcl-X$_{L}$과 bax는 대조군에 비해 방사선 및 약제간의 발현의 차이를 관찰할 수 없었다. KS62 세포에 방사선을 10 Gy 조사하였을 때 나타나는 세포 주기의 변화는 시간이 경과함에 따라 전형적인 G2/M block의 소견을 보였다. 이러한 소견은 genistein을 투여했을 경우에는 특별한 변화를 보이지 않지만, herbimycin A를 투여했을 경우에는 12시간째부터 G2/M block이 소실되면서 세포가 세포 주기를 재 순환하는 양상을 보였고, 48시간째 관찰한 소견에서는 G2/M block이 거의 소실된 양상을 띠었다. 이러한 소견을 토대로 apoptosis 유도와의 상호 연관성을 유추할 수 있었다. 결론 : herbimycin A는 방사선에 의해 유도되는 apoptosis가 억제된 K562 세포에서 apoptosis를 유도할 수 있었다. 이러한 유도 기전에 apoptosis 관련 유전 단백들인 bcl-2, bcl-X$_{L}$ 및 bax와 관련된 영향은 관찰되지 않았다. 세포 주기의 분석에서 G2/M block의 해소와 apoptosis 유도와의 연관성을 유추할 때, 세포 주기 관련 인자들에 대한 연구가 방사선에 의한 apoptosis의 내성의 극복 및 방사선에 의한 세포의 감수성 조절 약제로서의 역할에 이바지할 것으로 생각한다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
• /
• 제5권1호
• /
• pp.32-35
• /
• 2002

In this study, we investigated the mechanism of cell death in rhabdovirus-infected cells, chinook salmon embryonic cell line (CHSE-2l4) infected with hirame rhabdovirus (HIRRV). Studies using light microscopy, fluorescence microscopy, TUNEL method, electron microscopy, and agarose gel electrophoresis revealed changes in the cell morphology and DNA fragmentation indicative of apoptosis in early infection. It was observed that HIRRV induced apoptosis as well as necrosis in infected cells.