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Molecular Cloning and Bioinformatic Analysis of SPATA4 Gene

  • Liu, Shang-Feng;Ai, Chao;Ge, Zhong-Qi;Liu, Hai-Luo;Liu, Bo-Wen;He, Shan;Wang, Zhao
    • BMB Reports
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    • 제38권6호
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    • pp.739-747
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    • 2005
  • Full-length cDNA sequences of four novel SPATA4 genes in chimpanzee, cow, chicken and ascidian were identified by bioinformatic analysis using mouse or human SPATA4 cDNA fragment as electronic probe. All these genes have 6 exons and have similar protein molecular weight and do not localize in sex chromosome. The mouse SPATA4 sequence is identified as significantly changed in cryptorchidism, which shares no significant homology with any known protein in swissprot databases except for the homologous genes in various vertebrates. Our searching results showed that all SPATA4 proteins have a putative conserved domain DUF1042. The percentages of putative SPATA4 protein sequence identity ranging from 30% to 99%. The high similarity was also found in 1 kb promoter regions of human, mouse and rat SPATA4 gene. The similarities of the sequences upstream of SPATA4 promoter also have a high proportion. The results of searching SymAtlas (http://symatlas.gnf.org/SymAtlas/) showed that human SPATA4 has a high expression in testis, especially in testis interstitial, leydig cell, seminiferous tubule and germ cell. Mouse SPATA4 was observed exclusively in adult mouse testis and almost no signal was detected in other tissues. The pI values of the protein are negative, ranging from 9.44 to 10.15. The subcellular location of the protein is usually in the nucleus. And the signal peptide possibilities for SPATA4 are always zero. Using the SNPs data in NCBI, we found 33 SNPs in human SPATA4 gene genomic DNA region, with the distribution of 29 SNPs in the introns. CpG island searching gives the data about CpG island, which shows that the regions of the CpG island have a high similarity with each other, though the length of the CpG island is different from each other.This research is a fundamental work in the fields of the bioinformational analysis, and also put forward a new way for the bioinformatic analysis of other genes.

위성영상에서의 적응적 압축잡음 제거 알고리즘 (Content Analysis-based Adaptive Filtering in The Compressed Satellite Images)

  • 최태현;지정민;박준훈;최명진;이상근
    • 대한전자공학회논문지SP
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    • 제48권5호
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    • pp.84-95
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    • 2011
  • 본 논문에서는 위성영상을 압축하는 과정에서 발생하는 압축잡음을 내용 분석을 통해 적응적으로 제거하는 디블록킹 알고리즘을 제안 한다. 특히, 제공된 KOMPSAT(korean multi-purpose satellite)-2는 열 단위로 동일한 양자화 계수를 적용하며 고주파 성분이 많은 부분을 압축하여 효율 및 시간을 향상 시켰으나 압축률이 높은 동일 열 내에 복잡도가 낮은 부분에서 압축 잡음이 나타나는 문제점이 있다. 이러한 압축잡음을 제거하기 위해 일반적인 디블록킹 필터를 적용 시 복잡한 영역을 평활화시키는 문제점이 있다. 따라서 제안한 방법에서는 영상 분석 후 적응적 디블록킹 필터를 통해 에지를 보존하면서 격자잡음을 제거 한다. 이와 동시에 WLFPCA(weighted lowpass filter using principle component analysis)를 이용하여 큰 곡선형 경계부분의 계단잡음을 제거 하였다. 제안한 방법은 성능을 평가하기 위한 모의실험 결과로부터 기존의 방법에 비하여 객관적 화질 지표인 PSNR(peak signal to noise ratio)과 주관적 화질 지표인 MSSIM(mean structural similarity)에서 비슷하거나 향상된 결과를 보였으며 특히, 기존의 압축잡음 제거 알고리즘은 반복적 프로세싱을 통해 계단잡음을 제거하나 제안한 방법은 싱글패스(single-path) 방식으로 시간을 크게 단축시켜 실시간에 가까운 처리가 가능하도록 하였으며, 계산양을 줄여 하드웨어의 적용이 용이하게 하였다.

고지도의 왜곡 양상에 대한 GIS-기반 연구: 대동여지도를 사례로 한 시론적 분석 (A GIS-based Analysis on Geometric Distortions in Historical Maps: A Preliminary Case Study of Daedongyeojido ('The Great Map of Korea'))

  • 이상일;조대헌
    • 대한지리학회지
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    • 제49권3호
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    • pp.438-455
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    • 2014
  • 본 논문의 연구 목적은 대동여지도의 평면기하 정확성에 대한 GIS적 접근을 통해 대동여지도의 도법과 축척에 대한 하나의 해답을 제시하는 것이다. MapAnalyst를 활용한 분석은 크게 전역적 분석과 국지적 분석으로 나뉘어 수행되었다. 전역적 분석의 주요 결과는 다음과 같다. 첫째, 대동여지도의 전역적 축척은 대략1:158,000~1:162,000 정도인 것으로 분석되었다. 둘째, 회전각은 $2{\sim}3^{\circ}$ 정도인 것으로 드러났는데, 정거원통도법이 가장 작은 회전 왜곡도를 보여주었다. 셋째, 위치 정확도의 측면에서 대동여지도의 도법은 정형원통 도법에 가장 근접한 것으로 드러났다. 정형원통 도법과 정거방위 도법에 대해 국지적 분석이 실시되었는데, 주요 결과는 다음과 같다. 첫째, 전위 벡터와 왜곡 그리드 지도를 살펴본 결과, 가장 왜곡이 심한 곳은 북부 국경 지역으로 나타났다. 둘째, 축척 등치선을 살펴본 결과, 서울을 중심으로 한 중부 지역에서 1:170,000~1:175,000 정도의 축척이 나타나고, 그것으로부터 남북 방향으로 멀어질수록 보다 대축척으로 표현되며, 동서 말단부에서는 보다 소축척으로 표현되어 있다. 셋째, 회전 등치선을 살펴본 결과, 중강진을 중심으로 서부는 서쪽으로 심대하게 회전해 있고, 동부는 동쪽으로 심대하게 회전해 있는 것으로 드러났다. 시론적 연구의 한계를 벗어나기 위해서는 통제 지점 수의 증대, 투영법에 대한 보다 정확한 추정, 국지적 분석을 위한 방법론적 진보 등이 요구된다.

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영점 강제 다중 사용자 MIMO 전송 시 셀 간 정보 교환을 활용한 협력적 PF 스케줄러의 성능 평가 (Performance Evaluation of Inter-Sector Collaborative PF Schedulers for Multi-User MIMO Transmission Using Zero Forcing)

  • 이지원;성원진
    • 대한전자공학회논문지TC
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    • 제47권2호
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    • pp.40-46
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    • 2010
  • 다중 사용자 MIMO (Multiple-Input Multiple-Output) 시스템에서 협력적 전송을 기반으로 한 협력적 PF (Proportional Fair) 스케쥴러를 사용하는 경우 사용자 평균 전송률의 로그 합 성능의 개선이 가능하다. 단일 셀 기반의 기존 PF 알고리듬은 여러 채널 환경에 대하여 그 성능이 평가되어 왔으나 여러 개의 기지국들이 스케쥴링에 참여하여 한 프레임 동안 다수의 사용자를 스케쥴링하는 알고리듬의 제시 및 성능 평가는 많은 연구가 필요한 상태이다. 본 논문에서는 서로 다른 셀에 속하는 인접한 세 섹터에 위치한 기지국들이 사용자들의 채널 정보를 교환하여 다중 사용자에게 자원을 할당하는 협력적 PF 스케쥴러를 분산 다중 사용자 MIMO 시스템에 적용하고 사용자 평균 전송률의 로그 합 성능을 평가한다. 또한 그 성능을 기지국 간의 채널 정보 교환 없이 자원을 할당할 사용자를 각자 선택하는 병렬적 PF 스케쥴러와 자원 할당 시 선택할 수 있는 동시 사용자 그룹의 모든 조합을 검색하는 full-search 협력적 PF 스케쥴러의 평균 전송률의 로그 합 성능과 비교 분석한다. 본 연구에 적용된 협력적 PF 스케쥴러는 하위 사용자 평균 전송률의 로그 합 성능 측면에서 병렬적 PF 스케쥴러보다 우수한 성능을 보인다. 또한 모든 조합을 검색함으로서 가장 큰 평균 전송률의 로그 합 성능을 나타내는 full-search 협력적 PF 스케쥴러의 성능의 대부분을 달성하면서도 연산 복잡도를 크게 감소시킨다.

초음파 가열 시 In Vitro 및 In Vivo에서 Microwave Radio-Thermometer와 탐침온도계의 일치도 (In Vitro and In Vivo Agreement of Microwave Radio-Thermometer and Needle Probe Thermometer During Therapeutic Ultrasound)

  • 이수영;조상현;이충휘;김종만
    • 한국전문물리치료학회지
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    • 제10권1호
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    • pp.15-27
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    • 2003
  • Therapeutic ultrasound is commonly applied for deep heating in physical therapy setting. However, it is difficult to determine the exact application dosage and to confirm the immediate heating effect. Microwave Radio-Thermometer (MRT) can measure the temperature by the electromagnetic energy in the microwave region of the object that emits above absolute zero temperature. MRT was used for early diagnosis of breast cancer since it was not harmful, non-invasive, and non-ionizing to the human body. The purposes of this study were to investigate how accurately 1.1 GHz RTM (RES Ltd. Russia) measures the change of average temperature in the tissue, and to determine the depth of temperature change measurement. Therapeutic ultrasound was applied (continuous wave for 5 minutes, 1 MHz, intensity of 1.5 $W/cm^2$ [in vitro] and 1.0 $W/cm^2$ [in vivo]) in four different conditions: (1) 30 cases of in vitro specimen of pork, (2) 30 cases of in vitro specimen of pork ankle joint, (3) 10 cases of in vivo canine thigh, and (4) 30 cases of in vivo human body. Intraclass Correlation Coeffients (ICC[3,1]) between average needle probe thermometer below surface and MRT temperature was revealed as followed: (1) Before ultrasound application ICCs ranges above .8 in specimen of pork (15 mm underneath the skin) and above .82 in specimen of pork ankle joint (10~30 mm underneath the skin). (2) After ultrasound application ICCs ranges above .7 in both specimens of pork and pork ankle joint. (3) Before ultrasound application ICCs ranges above .8 in canine thigh (20 mm underneath the skin). (4) After ultrasound application ICCs ranges above .82 in canine thigh. The temperature of the human body increased significantly with the mean of $15^{\circ}C$ in muscle tissue and with the mean of $3.5^{\circ}C$ in joint (p<.00). It was revealed that the average depth of temperature measurement of the tissue by MRT was in between 10 and 35 mm, and determined that the proper temperature measurement band was $36.5{\sim}37.0^{\circ}C$.

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응급의료센터 환자의 내원 정보 및 실태 분석 (Analysis of Arrival Information and Status of the Patients in Emergency Department)

  • 이삼범;도병수
    • Journal of Yeungnam Medical Science
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    • 제16권2호
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    • pp.277-282
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    • 1999
  • 1998년 4월 1일부터 7일까지 1주일간 영남대학교 의과대학 부속병원 응급의료센터를 방문하는 환자 464명을 대상으로 응급 환자 조사 대장을 작성하여 환자의 일반적인 정보 내용과 현황에 대하여 전향적으로 조사 분석한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 조사 기간중 내원 환자수는 일 평균 66.3명이었으며, 대기 환자수는 평균 17.3명으로 당일 총진료 환자수는 83.6명이었다. 2. 내원 방법은 걸어서 내원한 환자가 57.3%로 가장 많았고, 교통편은 자가용이 58.0%, 구급차가 26.3%였으며, 발생 장소는 거주지가 85.3%로 가장 많았고, 지역별로는 대구 지역이 81.5%였다. 타 병원을 경유하여 내원한 환자는 2.6%, 직접 내원한 환자는 97.4%였다. 3. 내원 원인 분류상 질환이 74.6%로 가장 많았고, 사고 환자가 71명(15.3%)이었으며 이중 교통 사고가 49명(10.6%)을 차지하였다. 4. 진료를 의뢰한 임상과는 내과가 26.6%로 가장 많았고, 다음이 소아과 16.8%, 정형외과 8.6%, 신경과 8.2%, 신경외과 7.8% 순으로 많았으며 응급의학과를 포함한 기타 과는 8.2%를 차지하였다. 5. 진료 결과 입원이 38.4%, 퇴원이 61.0%, 도착시 사망 환차가 0.6%였으며 타 병원으로의 전원은 1례도 없었다. 결론적으로 3차 의료기관의 응급의료센터에서의 진료는 질병 환자 중심의 진료와 당일 진료후 퇴원가능한 경한 환자 중심의 "fast tracking"을 이용한 신속한 진료 및 외상 환자 및 중환자 중심의 진료 등의 다원적인 진료 형태가 요구되며 이러한 진료형태의 개발과 확립이 필요할 것으로 사료된다.

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Topex/Poseidon 고도계 자료를 이용한 북동 아시아 해역의 조석 산정 (Computation of Tides in the Northeast Asian Sea by Blending the Topex/Poseidon Altimeter Data)

  • 김창식;;;이종찬
    • 한국해양학회지:바다
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    • 제6권1호
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    • pp.1-12
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    • 2001
  • Topex/Poseidon(T/P)고도계 자료를 조석 수치 모델에 혼합하여 북동 아시아 해역의 $M_2,\;S_2,\; K_1$, 및 $O_1$ 분조를 $5'{\times}5'$ 분해능으로 계산하여, 북동 아시아의 조석을 산정하였다. Blending 방법에 사용되는 가중 인자 값에 대한 모델반응을 검토하기 위해 $M_2$ 분조만을 고려한 수치 실험이 수행되었으며, 수치 실험을 통해 T/P 자료를 정확히 재현하되 혼합함으로써 발생하는 잡음을 줄이기 위해 가중 인자 값은 수심의 평방근에 반비례하도록 설정하였다. T/P자료에서 구한 $M_2,\;S_2,\; K_1$, 및 $O_1$ 분조를 동시에 혼합한 수치 모델 결과는 연구 해역 내의 모든 T/P궤도 자료와 비교되었다. 진폭 오차와 지각 오차의 평균은 거의 0으로 나타났다. 진폭 오차의 표준 편차는 2 cm 내외였으며, 지각오차의 표준 편차는 $10^{\circ}$보다 작았다. T/P자료를 혼합한 모델 결과는 특히 얕은 수심(h<250m)의 T/P 궤도 자료와 거의 일치하는 것으로 나타났다. 그러나 T/P 자료만으로부터 계산된 진폭과 지각은 깊은 수심 해역에 대해서는 불합리한 공간 변화를 보이는 반면, 이들 자료를 동화시킨 모델 결과는 T/P 자료와는 차이를 보이나 합리적인 진폭과 지각의 공간 분포를 보였다. 한편 T/P자료를 혼합한 모델 결과는 자료 동화에 사용하지 않은 연안 관측 자료와도 비교적 잘 일치하였다.

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웨이브렛 계수의 특성을 이용한 비디오 영상 압축 (Video Compression using Characteristics of Wavelet Coefficients)

  • 문종현;방만원
    • 방송공학회논문지
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    • 제7권1호
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    • pp.45-54
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    • 2002
  • 본 논문에서는 비디오 시퀸스의 공간적인 유사성을 이용한 웨이브렛 기반의 압축과 복원 알고리즘을 제안한다. 제안한 알고리즘은 인간의 시각 체계를 이용함으로써 영상의 화질을 보증하는 반면에 낮은 비트율과 더 빠른 실행 시간을 제공한다. 먼저, 각 비디오 시퀸스는 이산 웨이브렛 변환의 다해상도 분석에 의해 다양한 해상도를 갖는 부영상의 계층적 구조로 분해된다. 이 분해대역에서 영상의 가장 중요한 정보를 포함하는 저주파 부대역으로부터 두 개의 이웃한 프레임간의 유사성을 얻으며 그런 유사성의 결과로 움직임 정보를 추출하였다. 4개의 영역 설정 필터는 유사성의 결과에 따라 설계되어 졌고 압축은 고주파 부대역의 보존영역과 대치영역의 계수를 부호화함으로써 수행된다. 영역 설정 필터는 유사성의 결과를 기본으로 한 보존영역과 대치영역의 고주파 부대역으로 분류하고 대치영역의 계수들은 기준 프레임과 연속적인 프레임들 사이의 블록 기반 유사성에 따라 기준프레임의 계수로 대치되어지거나 0으로 제거된다. 부호화는 보존영역과 대치영역으로 분리하여 웨이브렛 계수들을 양자화하고 산술부호화함으로써 수행된다. 또한 제안한 알고리즘은 만약 프레임간의 유사성 결과를 곡선으로 그렸을 때 움직임이 없어졌다가 다시 나타나는 순간의 오목한 패턴 즉, 유사성 곡선의 최하점에서 기준 프레임 설정을 새롭게 갱신하게 된다. 시뮬레이션 결과. 제안한 알고리즘은 적절한 화질을 유지하면서 높은 압축률을 제공하는 것을 보였다 또한 시각적인 영상의 화질, 압축률, 실행시간에서 기존의 Milton의 알고리즘에 비해 보다 효율적인 결과를 보였으며 352${\times}$240 크기의 표준적인 비디오 영상의 결과, 전체적으로 0.2bpp 이하의 압축률. 32dB의 PSNR, 그리고 약 10ms의 실행시간을 보였다.

농축세정제의 액정 상거동과 하이드로트로프 작용에 대한 연구 (Study of Hydrotrope Action and Liquid Crystal Behavior of Concentrated Liquid Detergents)

  • 지경엽
    • 공업화학
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    • 제27권5호
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    • pp.516-520
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    • 2016
  • 농축세정제는 일반세정제의 2배~3배 농도의 계면활성제를 사용하여 제조하며, 계면활성제가 35~45% (w/w) 정도가 된다. 일반적으로 단일 계면활성제는 농도의존적으로 30~60% (w/w) 영역에서 액정상을 형성한다고 알려져 있다. 혼합 계면활성제 시스템인 약 40% (w/w) 전후 농도의 농축세정제는 외관이 불투명하거나 겔상의 액정상을 형성한다. 소비자가 선호하고 사용하기 적합한 제품화를 위해 투명상과 영하의 온도에서도 clear한 상을 얻기 위해서 하이드로트로프(hydrotrope)를 적용하였으며, 효과가 우수한 하이드로트로프는 1,6-hexanediol, adipic acid와 dipropylene glycol와 같은 분자 양말단에 친수기를 가진 타입이었다. 점도가 조절되고 저온에서 상안정성이 우수한 농축세정제를 제조하기 위해서는 우수한 하이드로트로프와 함께 LAS와 SAS 같은 친수기가 계면활성제 소수기의 중간에 위치한 secondary type의 계면활성제를 적용하는 것이었다. 양말단에 친수기가 있는 하이드로트로프와 secondary type 계면활성제를 혼합 적용함으로써 약 40% (w/w) 농도의 농축세정제의 액정형성을 방지할 수 있다. 본 기술의 적용으로 저온안정성이 우수하며 점도가 적당히 조절된 농축세정제의 제조가 가능하다.

동결온도 조건에서의 화강풍화토 전단강도 특성에 관한 연구 (Shear Strength Characteristics of Weathered Granite Soil below the Freezing Point)

  • 이준용;최창호
    • 한국지반환경공학회 논문집
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    • 제14권7호
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    • pp.19-29
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    • 2013
  • 동토지역에서 지반의 역학적인 특징은 기존 토질역학이론과 다르기 때문에 동토지반 내 응력분포와 파괴조건을 묘사하기 위하여 기존 토질역학을 동토에 적용하는 것은 효과적이지 못하거나 적합하지 않다고 할 수 있다. 따라서, 동토지역에서 구조물의 설계 및 시공을 위해서는 동토역학에 관한 기술 자료의 수집 및 분석, 그리고 체계적이고 전문화된 연구가 필수적으로 요구된다. 극한지에서 나타나는 영구동토지역은 계절에 따라 활동층이 동결 융해를 반복하게 되며, 이에 따라 구조물에 영향을 끼치는 하중조건 또한 변화된다. 특히, 동토의 역학적인 성질들은 온도, 함수비, 입도분포, 상대밀도, 하중을 가하는 속도에 따라 민감하게 반응하기 때문에 동토지역 구조물 설계 및 시공에 있어 다양한 조건에 따른 동토의 역학적인 특징들을 신뢰성 있게 분석할 수 있는 방법이 필수적으로 요구된다. 본 연구에서는 동토의 전단강도 특성을 분석하기 위하여 영하 30도에서 작동 가능한 직접전단시험장비와 대형 냉동 챔버를 활용하였으며, 동결온도, 수직응력, 함수비 및 상대밀도를 달리하여 화강풍화토의 전단강도 특성을 분석하였다. 본 연구에 따르면 수직응력, 함수비 및 상대밀도는 동결온도 조건하에서 화강풍화토의 전단강도 특성에 영향을 끼치는 것으로 나타났다.