• 제목/요약/키워드: Wataru 방법

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유전자 알고리즘을 이용한 프로모터 영역의 전사인자 결합부위 패턴 탐색 ((Pattern Search for Transcription Factor Binding Sites in a Promoter Region using Genetic Algorithm))

  • 김기봉;공은배
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제30권5_6호
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    • pp.487-496
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    • 2003
  • 유전자 발현에 매우 중요한 신호역할을 하는 프로모터 영역은 여러 전사인자들이 결합하는 특정 부위들을 갖고 있다. 전사인자의 결합부위는 프로모터의 다양한 부위에 위치하며, 진화론적으로 잘 보존된 Consensus 형태의 염기서열 패턴을 띠고 있다. 본 논문은 이러한 최적의 패턴들을 탐색하기 위해 유전자 알고리즘을 기반으로 하면서, 동시에 MEME 알고리즘의 N-occurrence-per-dataset 모델의 가정과 패턴의 길이를 결정할 수 있는 Wataru 방법의 장점을 따르는 새로운 방법을 제시하고 있다. 이러한 탐색 방법은 유전체 연구자들이 임의의 DNA 염기서열 상에서 프로모터 영역을 예측하거나 특정 전사인자의 결합부위를 탐색하는데 적극 활용할 수 있다.

프로모터 영역의 전사인자 결합부위 Consensus 패턴 탐색 방법 (Search Method for Consensus Pattern of Transcription Factor Binding Sites in Promoter Region)

  • 김기봉
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제9권5호
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    • pp.1218-1224
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    • 2008
  • 유전자의 상위부분에 위치하면서 해당 유전자의 발현을 제어하는 신호부위 역할을 하는 프로모터 영역은 다양한 전사인자들이 결합하는 특정 신호부위들을 갖고 있다. 이러한 전사인자 결합부위들은 프로모터 영역 내의 매우 다양한 위치에 자리잡고 있으며, 진화론적으로 잘 보존된 Consensus 형태의 염기서열 패턴을 띠고 있다. 본 논문은 이러한 Consensus 패턴 탐색에 사용되는 Wataru 방법, EM 알고리즘, MEME 알고리즘, 유전자 알고리즘 및 Phylogenetic Footprinting 기법 등에 대해 소개하고, 향후 연구방향에 대한 전망을 제시하고자 한다.

도막의 기계적 성질과 포수방법이 단청의 내후성에 미치는 영향 (Influence of Mechanical Properties of Painting Layers and Priming Methods to Weathering Resistance of Danchung)

  • 오준석;카와노베 와타루
    • 보존과학회지
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    • 제17권
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    • pp.19-32
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    • 2005
  • 전통목조건축물의 단청에서 발생하는 도막의 박리현상을 개선시키기 위해, 목재의 친수성으로 인해 목재와 도막간의 팽윤수축률의 차이에 의해 발생되는 응력이 도막의 내후성에 미치는 영향을, 도막의 기계적 성질(인장성질과 응력완화)과 교착제(아교, 아크릴에멀젼(Primal AC-3444), 아크릴수지 (Paraloid B-72))에 의한 포수방법으로부터 평가하였다. 아크릴에멀젼 도막은, 아크릴에멀젼의 유리전이온도가 상온 이하$(7^{\circ}C)$로써 외력에 대한 응력완화가 큰 성질을 가지고 있기 때문에, 열화촉진실험과 옥외폭로실험에서 박리가 발생하지 않았으며, 다른 교착제를 사용한 도막에 비해 내후성이 가장 뛰어났다. 또 목재에 교착제를 저농도에서 고농도까지 중복칠하는 포수방법이 다른 포수방법들보다 도막의 내후성을 향상시키는 효과가 있었다.

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자연친화적 하천사업 및 통합적 유역 관리를 위한 새로운 수환경 분류법 및 자료관리 프로그램의 개발 (New Classification Criteria and Database Code of Water Environment for Nature-Friendly River Work and Integrated Management of Watershed)

  • Noguchi, Masato;Kang, Sang Hyeok;Kim, Joon Hyun;Nishida, Wataru;Fujisaki, Nobuhito
    • 환경영향평가
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    • 제7권2호
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    • pp.103-112
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    • 1998
  • 일본에서는 자연친화형 하천사업을 많이 시행하고 있다. 바람직한 수환경을 보전하고 복원하기 위해서는 하천내외의 생태계에 대한 수질기준을 정립하여야 한다. 본 논문에서는 생물학적 지표를 사용한 수질 분류 방법을 개발하여 나가사키현의 혼묘하천에 대하여 적용하였다. 이러한 수질 분류를 위하여, 수정된 오염물 지표 분류법을 제안하였다. 비교적 단순한 방법이지만, 가장 많은 종에 대한 3가지 지표만으로 수질을 효과적으로 평가할 수 있었다. 또한, 하천유역의 통합관리를 위하여 다양한 생태계 자료를 포함하는 종합적인 자료관리시스템을 개발하였다. 본 시스템을 사용하여 건전한 수환경을 보전하기 위한 각종 생태계 자료를 쉽게 취득할 수 있다. 본 연구의 결과를 사용하여 수질자료를 개선하고, 시민들의 의식을 고양하며, 하천관리계획을 세울 수 있을 것이다. 일본에서는, 자연친화적 하천복원사업에 있어서 시민들의 의식 및 행동이 가장 중요한 요소이다.

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