In this paper, we present few technical notes about the distance distribution paradigm for Mosaab-metric using 1, 2, and 3 grams feature extraction techniques to analyze composite data points in high dimensional feature spaces. This technical analysis will help the specialist in bioinformatics and biotechnology to deeply explore the biodiversity of influenza virus genome as a composite data point. Various technical examples are presented in this paper, in addition, the integrated statistical learning pipeline to process segmented genomes of influenza virus is illustrated as sequential-parallel computational pipeline.
Potato virus Y (PVY) distribution, areas where the virus occurred, and incidence, Percentage of plants infected, on burley tobacco in Korea was surveyed in 1982. Most of the fields Investigated were infected with PVY. The virus incidence was 12.5%. District)union and incidence generally were sporadic, but Onyang, Hongseung and Iksan area virus incidence was higher than that of other areas. For strain identification, approximately 95% was nonnecrotic (PVY-VB) and 5olo necrotic strain (PVY-VN) .
Recently there is a growing interest in the airborne spread of virus. In particular, there is growing interest in secondary infection through the air in the hospital. The distribution of air-born virus depends on ventilation system installed in a hospital. In this study, simulations were carried out to predict the move of air-born virus by ventilation system at hospital. Simulation results showed that pressure distribution was -372.05Pa ~ -3.45 Pa at 1st floor incase of only used mechanical exhaust at bathroom, shower stall, storage, kitchen etc.. if ventilation switch from used mechanical exhaust to mechanical exhaust & mechanical supply. Simulation results showed that pressure distribution was -336.44Pa at stair hall < -0.2Pa at bathroom < mean 1.19Pa at other room. So simulation results showed that using all of the mechanical supply and mechanical exhaust was more effective then the mechanical exhaust for maintain the pressure distribution in hospital. It was also showed that when using the mechanical supply and mechanical exhaust more effectively prevention of air born virus diffusion.
We conducted a survey on pepper virus diseases in 31 regions in Korea from November 2001 to December 2004. Using electron microscopy, test plant reaction, rapid immuno-filter paper assay (RIPA), reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and/or analysis of viral nucleotide sequences, we found a number of viruses from 1,056 samples that we collected. These included Cucumber mosaic virus (CMV), Pepper mottle virus (PepMoV), Pepper mild mottle virus (PMMoV), Broad bean wilt virus 2 (BBWV2), Tobacco mild green mosaic virus (TMGMV), and Tomato spotted wilt virus (TSWV). Of the samples analyzed, $343(32.5\%)$ were infected with CMV, $209(19.8\%)$ with PepMoV, $141(13.4\%)$ with PMMoV, $12(1.1\%)$ with BBWV2, $40(3.8\%)$ with TMGMV, $5(0.5\%)$ with TSWV, $153(14.5\%)$ with CMV and PepMoV, $54 (5.1\%)$ with CMV and PMMoV, $31(2.9\%)$ with PepMoV and PMMoV, $3(0.3\%)$ with CMV and BBWV2, $1(0.1\%)$ with CMV, PepMoV and BBWV2, $8(0.8\%)$ with CMV, PepMoV and PMMoV, and $30 (2.8\%)$ samples were infected with viruses which were not identified. CMV was the most predominant virus in all inspected fields and the number of the samples infected with PMMoV was relatively low as compared PepMoV infection level in pepper. TMGMV was only found in the southern part of Korea, while TSWV was isolated in Anyang and Yesan. However, we did not encounter in this survey the Alfalfa mosaic virus (AMV), Potato virus Y (PVY), Tobacco mosaic virus (TMV), and Pepper vein chlorosis virus (PVCV).
Ji-Soo Park;Dong-Joo Min;Tae-Seon Park;You-Seop Shin;Jin-Sung Hong
The Plant Pathology Journal
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제40권4호
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pp.390-398
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2024
The Chinese artichoke (Stachys affinis syn. S. sieboldii) is a widely cultivated crop, and its rhizome is used as a medicinal vegetable. To investigate the causes of viral diseases in Chinese artichokes, the infection rates of four virus species infecting Chinese artichoke were investigated. Since the Chinese artichoke propagates through its tuber, this study aimed to determine whether viral transmission to the progeny is possible through the tuber, by identifying the virus present in the tuber and investigating its accumulation. First, reverse transcription polymerase chain reaction analysis was performed to detect viruses using total RNA extracted from the flowers, leaves, and tubers of Chinese artichoke plants. Alfalfa mosaic virus (AMV) and Chinese artichoke mosaic virus (ChAMV) had high infectivity in Chinese artichoke and most plants were simultaneously infected with AMV and ChAMV. These viruses were present in all tissues, but their detection frequency and accumulation rates varied across different tissues of the Chinese artichoke. Also, we sequenced the coat protein (CP) genes of AMV and ChAMV to investigate genetic variations of virus between the leaf and tuber. It provides information on CP gene sequences and genetic diversity of isolates identified from new hosts of AMV and ChAMV. This study offers valuable insights into the distribution and spread of the ChAMV and AMV within Chinese artichoke plants, which have implications for the management and control of viral infections in crops.
Many cloves of native cultivated garlics in Korea were found to be infested by mites when observed with stereo-microscope. The mite was identified by light and scanning electron microscopic observation as Aceria tulipae. Surveying viruses from the vegetatively propagated garlic, highly flexuous, filamentous particles (700∼800 nm) were detected in Aceria tulipae, local lesions of Chenopodium murale after sap transmissions, mosaic garlic leaves inoculated with mite-borne virus by transmission of Aceria tulipae and naturally infected garlic leaves. The mite-borne virus isolated did not react with antisera of aphid-borne potyviruses (LYSV-G, LYSV-L, WoYSV) or carlavirus (GLV), but reacted with antisera of garlic mite-borne viruses (GV-C, GMbMV). In ultratin sections of mite-borne virus infected garlic tissues, aggregates of virus particles and membrane proliferations were found in the parenchyma cells, but cytoplasmic cylindrical inclusions were not observed. Heavily mite-infested plants showed streaking and malformation due to mite feeding. The mite-borne virus was identified as garlic mite-borne mosaic virus (GMbMV), the mite-borne genus Rymovirus of the Potyviridae by mite transmission, morphology of virus particles, serological relationships, host range, distribution pattern of virus particles and inclusion bodies in the infected cells. The results demonstrate that mite-borne virus is one of the major viruses infecting native cultivated garlic plants showing mosaic or streak symptoms in Korea.
This study was carried out to investigate the distribution of inclusion bodies in the tissues as well as to observe the general histopathological lesions of dogs infected with canine distemper. And also, the reliability of diagnostic values of inclusion bodies and the distribution of viral antigen in tissues were inspected by immunohistochemistry with monoclonal antibody. The results obtained were as follows; 1. Pneumonia observed in dogs infected with canine distemper virus was classified into interstitial, broncho-, and broncho-interstitial pneumonia histopathologically. Each occurring ratio was 35, 45 and 20%. 2. Histopathological classification of the canine distemper encephalitis was 20% in acute, 60% in subacute, and 20% in chronic encephalitis, respectively. 3. The organs in which inclusion bodies were predominantly distributed were stomach(82.6%), cerebellum(62.9%), lung(62.1%), cerebrum(50.0%), urinary bladder (46.1%), kidney(36.0%) and pancreas(25.0%). Intracytoplasmic inclusion bodies were mainly observed in the organs except the brain. 4. Canine distemper virus antigens were detected in the numerous tissues as well as in the inclusion bodies observed in the various organs. Antigen detection ratios in the lung, cerebellum and cerebrum were 68.9, 70.4 and 52.2%, respectively. These ratios were somewhat higher than those of inclusion bodies observed in the organs. 5. Canine distemper virus was mainly distributed in astrocytes and ependymal cells in the brain. These results suggested that the histopathologic diagnosis of canine distemper was reliable, and the spread of canine distemper virus in the brain was related with cerebrospinal fluid pathway.
Objectives: Respiratory virus infections are the most common disease among all ages in all parts of the world and occur through airborne transmission. The purpose of this study was to detect and quantitate human respiratory viruses in residential environments. Methods: Air samples were collected from the residential space of apartments in the Seoul/Gyeonggi-do area. The samples were collected from indoor and outdoor air. Among respiratory viruses, influenza A virus, influenza B virus, parainfluenza virus, metapneumovirus, respiratory syncytial virus, and adenovirus were investigated by multiplex polymerase chain reaction. Among the virus-positive samples, we performed adenovirus quantification by real-time polymerase chain reaction. Results: Virus detection rates were 44.0%, 3.8%, 3.4%, and 17.3% in spring, summer, autumn, and winter, respectively. The virus detection rate was higher in winter and spring than in summer and autumn. Adenovirus was most commonly detected, followed by influenza A virus and parainfluenza virus. Virus distribution was not significantly different between indoor and outdoor environments. Conclusions: Although virus concentrations were not high in residential environments, residents in houses with detected viruses may have an increased risk of exposure to airborne respiratory viruses, especially in winter and spring.
이 연구는 고랭지 나리에서 발생하는 바이러스의 병징, 종류 및 계통별 방병률을 조사 분석하고 효과적인 검정방법을 개발하고자 수행하였다. 고랭지 나리에서 발생하는 바이러스의 병징은 모자이크, 축엽, 퇴록반점, 줄무의, 라인패턴을 나타내었으며, 증상별 분포는 모자이크가 43.8%, 축엽이 29.2%, 퇴록반점이 10.9%였다. 바이러스 종류별로는 Lily symptomless virus(LSV), Cucumber mosaic virus(CMV), Lily mottle virus(LMoV) 등 6가지 바이러스가 전자현미경으로 검정되었다. 지역별로는 강릉(왕산)이 대관령보다 바이러스 이병률이 높았으며, 계통별 바이러스 이병률은 오리엔탈 계통(카사블랑카, 마르코폴로)이 아시아틱 계통(솔레미오, 플라토)보다 2~4배 높았다. 바이러스 진단방법으로는 기존의 PT-PCR보다 개선된 one-step RT-PCR 검정이 시간을 줄이면서 민감도가 뛰어나 가장 효과적이었다.
The tissue distribution and cellular localization of viral antigen in the brain of aborted fetus with bovine viral diarrhea virus(BVDV) infection was studied; BVDV antigens was detected in spleen, kidney, lung, eyelid as well as brain. In the brain, the virus was recognized in neurons and non-neuronal cells in the cerebellum and cerebrum. Many cells in the superficial layer and occasional Purkinje cells had BVDV antigens. As well, BVDV was also found in the perivascular cells, vascular endothelial cells and smooth muscle cells in the vessels and neuroglial cells in the white matter. This finding suggests that BVD virus favors infect progenitor cells in the brain, notably in the superficial layer of cerebellum, and damage normal development of cerebellum, which leads to cerebellar hypoplasia.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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