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A gene expression database for the molecular pharmacology of cancer

  • Scherf, Uwe;Ross, Douglas-T.;Waltham, Mark;Smith, Lawrence-H.;Lee, Jae-K.;Tanbe, Lorraine;Kohn, Kurt-W.;Reinhold, William-C.;Mayers, Timothy-G.;Andrews, Darren-T.;Scudiero, Dominic-A.;Eisen, Michael-B.;Sausville, Edward-A.;Pommier, Yves;Botstein, David;Brown, Patrick-O.;Weinstein, John-N.
    • 한국생물정보학회:학술대회논문집
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    • 한국생물정보시스템생물학회 2001년도 제2회 생물정보학 국제심포지엄
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    • pp.129-137
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    • 2001
  • We used cDNA microarrays to assess gene expression profiles in 60 human cancer used in a drug discovery screen by the National Cancer Institute. Using these data, we linked bioinformatics and chemoinformatics by correlating gene expression and drug activity pattens in the NCI60 lines. Clustering the cell lines on the basis of gene expression yielded relationships very different from those obtained by clustering the cell lines on the basis of their response to drugs. Gene-drug relationships for the clinical agents 5-fluorouracil and L-asparaginase exemplify how variations in the transcript levels of particular genes relate to mechanisms of drug sensitivity and resistance. This is the first study to intergrate large databases on gene expression and molecular pharmacology.

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한우 번식효율에 대한 Blood Urea Nitrogen과 Body Condition Score의 영향 (Blood Urea Nitrogen and Body Condition Score on Reproductive Efficiency in Korean Cattle)

  • 정영훈;이명식;전기준;장선식;서국현;박정준;이창우;나기준;노규진
    • 한국수정란이식학회지
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    • 제19권1호
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    • pp.53-59
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    • 2004
  • 본 실험은 한우 400두를 공시하여 사양조건에 따른 blood urea nitrogen(BUN)의 농도가 암소의 번식에 미치는 영향을 조사하였으며 또한 body condition score(BCS)가 번식효율에 미치는 영향을 조사하였다. 1 화본과 식물이 주종인 초지에서 방목을 하였을 때 BUN의 평균농도는 7.39$\pm$2.65 mg/㎗ 이었으며 발정이 육안적으로 확인된 암소의 58.2%가 4∼8 mg/㎗ 사이에 분포하였으며 수태율도 높은 경향을 보였다. 2.사사기 농후사료를 급여하였을 때 BUN의 평균 농도는 12.36$\pm$2.92 mg/㎗이었으며 8∼14 mg/㎗사이에서 높은 수태율을 보였다. 3. BCS가 2.5∼3.5사이에 있을 때 분만 후 발정재귀가 가장 빠르게 나타났으며 수태율도 높은 경향을 나타내었다. 4. 방목기, 사사기에서 BUN과 BCS상호간의 다소의 차이는 있었으나 유의성은 인정되지 않았다. 이상의 결과를 종합해 보면 사양조건에 따라 적정 BUN및 BCS의 수준을 유지할 때 번식의 효율을 증대시킬 수 있을 것이라 사료된다.

Preliminary study on the use of near infrared spectroscopy for determination of plasma deuterium oxide in dairy cattle

  • Purnomoadi, Agung;Nonaka, Itoko;Higuchi, Kouji;Enishi, Osamu;Amari, Masahiro;Terada, Fuminori
    • 한국근적외분광분석학회:학술대회논문집
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    • 한국근적외분광분석학회 2001년도 NIR-2001
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    • pp.4101-4101
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    • 2001
  • Information of body composition (fat and protein) in living animal is important to determine the nutrients requirement. Deuterium oxide (D2O) dilution techniques, as one of isotope dilution techniques have been useful for the prediction of body composition. However, the determination of D2O concentration is time consuming and complicated. Therefore this study was conducted to develop a new method to predict D2O concentration in plasma using near infrared spectroscopy technique (NIRS). Four dairy cows in early lactation were used. They were fed total mixed ration containing conr silage, timothy hay, and concentrates to make 17.0%CP and 14.0 MJDE/kgDM. Dosing D2O was at week 1,3 and 5 after parturition. After dosing D2O, the blood was collected from hour 0 to 72. Blood samples were then centrifuge at 3,000 rpm for 10 minutes to obtain plasma. D2O concentration was analyzed by gas chromatograph (deuterium oxide analyzable system, HK102, Shokotsusyou) after extracted from plasma by liophilization. Plasma sample was scanned by NIRS using Pacific Scientific (Neotec) model 6500 (Perstorp Analytical, Silver Spring, MD) in the range of wavelength from 1100 to 2500 nm. Calibration equation was developed using multiple linear regression. Sample from one animal (cow #550; n: 74) was used for developing the calibration while the rest three animals were used for validating the equation. The range, R and SEC of the calibration set samples were 135-925 ppm, 0.93 and 48.1 ppm, respectively. Validation of the calibration equation for three individual cows was done and the average of NIR predicted value of D2O at each collection time from three weeks injection showed a high correlation. The range, r and 53 of plasma from cow #474 were 322-840 ppm,0.93 and 53.1; cow #478 were 146-951 ppm,0.95 and 39.8; cow #942 were 313-885 ppm,0.95 and 37.2, respectively. Judgement of accuracy based on ratio of standard deviation and standard error in validation set samples (RPD) for cow #474, #478 and #942 were 2.2,4.3 and 3.4, respectively. The error in application due to the variation between individual was considered smaller than the bias from collection period, however, this prediction can be overcome with correction of standard zero-minute concentration of blood. The results of this preliminary study on the use of NIRS for determination of D2O in plasma showed very promising as shown by a convenient and satisfy accuracy. Further study on various physiological stage of animal should be done.

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PET/CT 시스템에서 CT 영상을 이용한 감쇠 보정 시 조영제가 PET 영상에 미치는 영향 (Impact of Contrast agent for Attenuation Correction Using CT Scan in PET/CT System)

  • 손혜경;;권윤영;봉정균;정해조;김희중
    • 한국의학물리학회:학술대회논문집
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    • 한국의학물리학회 2004년도 제29회 추계학술대회 발표논문집
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    • pp.100-103
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    • 2004
  • 본 연구에서는 PET/CT시스템에서 CT영상을 이용한 감쇠 보정 시 조영제가 PET영상에 미치는 영향을 관찰하기 위해 팬텀실험과 모의실험을 수행하였다. 다양한 농도로 희석한 조영제를 채운 플라스틱 병을 스티로폼을 이용하여 전신 팬텀 내에 고정시킨 후 투과 영상을 획득하였다. 모의실험을 위해 인체 기관 중 간을 가진 수학적 방출 스캔 맵과 투과 스캔 맵을 각각 만들었다. 간에서 조영제가 비 균일하게 증강된 투과 스캔 맵, 간에 조영제의 증강이 있는 투과스캔 맵과 없는 투과 스캔 맵, 간에 있는 종양에 조영제의 hypo-attenuating이 있는 투과 스캔 맵, 그리고 각각의 다른 조영제의 감쇠 정도를 가지는 간을 구현한 투과 스캔 맵을 각각 만들고 이를 이용하여 방출 영상을 감쇠 보정하였다. 팬텀실험을 통해 조영제의 농도에 따라 감쇠 정도가 달라짐을 확인하였다. 모의실험을 통해 감쇠 보정된 방출 영상이 조영제에 의해 영향을 받고, 또한 인공산물이 발생할 수 있음을 확인하였다. 따라서 조영제와 같은 물리적 인자가 감쇠 보정에 미치는 영향을 충분히 이해하고 정량적 분석 또는 진단 등에 고려하여야 할 것으로 생각한다.

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Colorectal Cancer Treatment and Survival: the Experience of Major Public Hospitals in South Australia over three Decades

  • Roder, David;Karapetis, Christos S;Wattchow, David;Moore, James;Singhal, Nimit;Joshi, Rohit;Keefe, Dorothy;Fusco, Kellie;Powell, Kate;Eckert, Marion;Price, Timothy J
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권6호
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    • pp.2431-2440
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    • 2015
  • Background: Registry data from four major public hospitals indicate trends in clinical care and survival from colorectal cancer over three decades, from 1980 to 2010. Materials and Methods: Kaplan-Meier productlimit estimates and Cox proportional hazards models were used to investigate disease-specific survival and multiple logistic regression analyses to explore first-round treatment trends. Results: Five-year survivals increased from 48% for 1980-1986 to 63% for 2005-2010 diagnoses. Survival increases applied to each ACPS stage (Australian Clinico-Pathological Stage), and particularly stage C (an increase from 38% to 68%). Risk of death from colorectal cancer halved (hazards ratio: 0.50 (0.45, 0.56)) over the study period after adjusting for age, sex, stage, differentiation, primary sub-site, health administrative region, and measures of socioeconomic status and geographic remoteness. Decreases in stage were not observed. Survivals did not vary by sex or place of residence, suggesting reasonable equity in service access and outcomes. Of staged cases, 91% were treated surgically with lower surgical rates for older ages and more advanced stage. Proportions of surgical cases having adjuvant therapy during primary courses of treatment increased for all stages and were highest for stage C (an increase from 5% in 1980-1986 to 63% for 2005-2010). Radiotherapy was more common for rectal than colonic cases. Proportions of rectal cases receiving radiotherapy increased, particularly for stage C where the increase was from 8% in 1980-1986 to 60% in 2005-2010. The percentage of stage C colorectal cases less than 70 years of age having systemic therapy as part of their first treatment round increased from 3% in 1980-1986 to 81% by 1995-2010. Based on survey data on uptake of adjuvant therapy among those offered this care, it is likely that all these younger patients were offered systemic treatment. Conclusions: We conclude that pronounced increases in survivals from colorectal cancer have occurred at major public hospitals in South Australia due to increases in stage-specific survivals. Use of adjuvant therapies has increased and the patterns of change accord with clinical guideline recommendations. Reasons for sub-optimal use of radiotherapy for rectal cases warrant further investigation, including the potential for limited rural access to impede uptake of treatments at metropolitan-based radiotherapy centres.

한국에서 A형간염 백신(GlaxoSmithKline Biologicals' $Havrix^{TM}$)의 시판 후 조사 (Post-Marketing Surveillance Study of Hepatitis A Vaccine in Korean Population)

  • 최재원;김명석;마상혁;강진한;;;;한국 A형간염 백신 시판 후 연구 그룹
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제15권2호
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    • pp.115-120
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    • 2008
  • 목 적 : 본 시판 후 조사는 한국인에게 투여한 A형 간염 백신(GlaxoSmithKline Biologicals' $Havrix^{TM}$)의 안전성과 반응원성을 평가하기 위해 한국에서 실시되었다. 방 법 : 6세 미만의 1,122명의 피험자를 포함하는 총 1,188명의 건강한 피험자들이 2005년 4월부터 2006년 1월까지 등록되어 A형 간염 백신 1회를 접종 받았다. 백신 접종 후 4일 동안 명시된 증상 보고와 31일의 추적 기간 동안 명시되거나 되지 않은 증상 보고를 위해 피험자 또는 피험자의 부모에게 증상 기록 카드가 제공되었다. 결 과 : 증상 기록 카드를 돌려준 피험자는 568명이었고, 반면에 620명의 피험자는 증상 기록 카드를 돌려 주지 않았다. 증상 기록 카드를 돌려준 피험자들 중에 9.9%가 국소 증상을 보고하였고, 14.3%가 전신 증상을 보고하였다. 증상 기록 카드를 돌려주지 않은 피험자들 가운데 1.6%가 국소 증상을 보고하였으며 8.4%가 전신 증상을 보고하였다. 이 두 군 사이에는 국소 증상과 전신 증상 보고의 빈도에서는 통계적으로 유의한 차이가 있었다. 명시되지 않은 증상은 13.2%의 피험자에서 최소한 한 번 이상 보고 되었다. 결 론 : A형 간염백신($Havrix^{TM}$) 은 접종 후 내약성과 안전성이 있다고 사료된다. 백신 접종 후 증상 기록 카드를 제공함으로써 신뢰할 수 있는 백신 접종 후 이상 반응의 정보를 알 수 있었다.

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옥수수 일차뿌리에서 oryzalin이 굴중성 반응과 에틸렌 생성에 미치는 효과 (Effect of Oryzalin on the Gravitropic Response and Ethylene Production in Maize Roots)

  • 김충수;티모시 멀키;김종식;김순영
    • 생명과학회지
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    • 제25권11호
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    • pp.1223-1229
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    • 2015
  • Oryzalin은 미세소관을 분열시키는 dinitroaniline계의 제초제이다. 미세소관과 미세섬유는 평형석 침강과 세포벽을 구성하는 세포골격들이다. 평형석은 뿌리 끝에 있는 columella 세포에서 중력 인지 조절을 한다. 본 연구는 oryzalin이 옥수수 일차 뿌리에서 ethylene 생성을 통하여 굴중성 반응에 미치는 영향을 연구하였다. 뿌리 끝 부분에 10-4 M oryzalin의 처리는 뿌리 성장과 굴중성 반응을 저해하였으나, 신장대에 처리하게 되면 저해현상은 관찰되지 않았다. 10-4 M oryzalin을 뿌리 끝에 15시간 처리하면 뿌리 끝의 생장이 억제되고 둥근 형태로 부풀었다. 에틸렌의 전구물질인 ACC를 뿌리 끝에 처리하여도 굴중성 반응이 억제되었다. Oryzalin의 작용과 에틸렌 생성에 대한 관련성을 연구하기 위하여 oryzalin 처리 후 에틸렌 생성을 측정하였다. Oryzalin 처리에 의해 ACC oxidase와 ACC synthase의 활성이 증가되어 에틸렌 생성이 촉진되었다. Oryzalin은 ACO와 ACS의 유전자의 발현도 증가 시켰다. Indole-3-acetic acid (IAA)는 굴중성 반응 동안 관찰되는 비 대칭적 신장에 중요한 역할을 한다. 이러한 연구 결과는 oryzalin이 뿌리 끝에서 IAA transport를 억제하여 뿌리 신장대의 윗면과 아랫면의 IAA 양의 차이를 감소시키고, 또한 에틸렌 생성을 촉진하며 미세소관의 배열을 방해하여 뿌리 글중성과 생장을 억제할 가능성을 제시하고 있다.

Effect of seeding dates at a hilly pasture establishment on its growth characteristics and productivity

  • Jung, Jeong Sung;Choi, Ki Choon;Kim, Hyeon shup;Choi, Gi Jun;Kim, Won Ho
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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    • pp.325-325
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    • 2017
  • In the 20th century, the average temperature of Korea has risen by $1.5^{\circ}C$, whereas it has risen by $0.6^{\circ}C$ globally. Few studies have investigated the effect of seeding date in hilly pastures on their growth characteristics and productivity. The purpose of this study was to elucidate the effect of seeding dates at a hilly pasture establishment on its growth characteristics and productivity caused by increasing temperatures in Korea. The experiments were conducted from 2014 to 2016 at Pyeongchang, South Korea, at an altitude 600-700 m above sea level. The composition of grass mixture was tall fescue, orchard grass, perennial ryegrass, Kentucky bluegrass, timothy, and white clover. Treatments comprised four seeding dates (August 13 and 27, and September 10 and 24). The establishment rate was lowest on September 24, resulting in only 20% establishment over the winter, and the proportion of weeds was highest on September 24 (58%). Early seedling growth before overwintering is a critical approach to ensure successful establishment of grassland. The main components were orchard grass and tall fescue on the early seeding date (August 13), and Kentucky bluegrass on the late seeding date (September 24). Late seeding increased the proportion of bare lands invaded by weed species, especially during second and third cutting periods. Early seeding date resulted in a progressive increase in biomass. Total annual production was significantly affected by the seeding date; lowest dry matter production was on September 24 ($2,441kg\;ha^{-1}$), whereas maximum dry matter yield was on August 27 ($6,608kg\;ha^{-1}$). The results of the study indicate that growth condition and productivity could be increased by early seeding, and seeding of grass in the Pyeongchang area should be completed before August 27. However, further studies are needed to determine the ideal seeding date at the hilly pasture establishment in Pyeongchang.

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Metastatic Colorectal Cancer Treatment and Survival: the Experience of Major Public Hospitals in South Australia Over Three Decades

  • Roder, David;Karapetis, Christos S;Wattchow, David;Moore, James;Singhal, Nimit;Joshi, Rohit;Keefe, Dorothy;Fusco, Kellie;Buranyi-Trevarton, Dianne;Sharplin, Greg;Price, Timothy J
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권14호
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    • pp.5923-5931
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    • 2015
  • Background: Registry data from four major public hospitals indicate trends over three decades from 1980 to 2010 in treatment and survival from colorectal cancer with distant metastases at diagnosis (TNM stage IV). Materials and Methods: Kaplan-Meier product-limit estimates and Cox proportional hazards models for investigating disease-specific survival and multiple logistic regression analyses for indicating first-round treatment trends. Results: Two-year survivals increased from 10% for 1980-84 to 35% for 2005-10 diagnoses. Corresponding increases in five-year survivals were from 3% to 16%. Time-to-event risk of colorectal cancer death approximately halved (hazards ratio: 0.48 (0.40, 0.59) after adjusting for demographic factors, tumour differentiation, and primary sub-site. Survivals were not found to differ by place of residence, suggesting reasonable equity in service provision. About 74% of cases were treated surgically and this proportion increased over time. Proportions having systemic therapy and/or radiotherapy increased from 12% in 1980-84 to 61% for 2005-10. Radiotherapy was more common for rectal than colonic cases (39% vs 7% in 2005-10). Of the cases diagnosed in 2005-10 when less than 70 years of age, the percentage having radiotherapy and/or systemic therapy was 79% for colorectal, 74% for colon and 86% for rectum (&RS)) cancers. Corresponding proportions having: systemic therapies were 75%, 71% and 81% respectively; radiotherapy were 24%, 10% and 46% respectively; and surgery were 75%, 78% and 71% respectively. Based on survey data on uptake of offered therapies, it is likely that of these younger cases, 85% would have been offered systemic treatment and among rectum (&RS) cases, about 63% would have been offered radiotherapy. Conclusions: Pronounced increases in survivals from metastatic colorectal cancer have occurred, in keeping with improved systemic therapies and surgical interventions. Use of radiotherapy and/or systemic therapy has increased markedly and patterns of change accord with clinical guideline recommendations.

CT 영상을 이용한 감쇠 보정 시 조영제가 PET 영상에 미치는 영향 (Impact of Contrast Agent for PET Images with CT-based Attenuation Correction)

  • 손혜경;;권윤영;정해조;김희중
    • 한국의학물리학회지:의학물리
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    • 제16권4호
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    • pp.192-201
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    • 2005
  • 본 연구에서는 PET/CT 시스템에서 CT 영상을 이용한 감쇠 보정 시 조영제가 PET 영상에 미치는 영향을 관찰하기 위해 팬텀실험과 모의실험을 수행하였다. 다양한 농도로 희석한 조영제를 채운 플라스틱 병을 스티로폼을 이용하여 전신 팬텀 내에 고정시킨 후 투과 영상을 획득하였다 모의실험을 위해 인체 기관 중간을 가진 수학적 방출 맵과 투과 맵을 각각 생성하였다. 조영제의 비균일 증강, 조영제의 다양한 농도 및 분포 크기, 잡음 정도, 영상의 해상도, 재구성 알고리듬, 조영제의 저-감쇠, 그리고 각각 다른 시간상에 대한 조영제의 분포의 차이와 같은 다양한 인자들에 대하여 평가하였다. 팬텀실험으로부터 CT의 Hounsfield 값이 조영제의 농도 및 전압 값에 의존함을 확인할 수 있었다. 모의실험으로부터 조영제가 감쇠 보정한 PET 영상에서 인공산물을 생성하고 영상의 질을 떨어뜨리는 것을 관찰할 수 있었다. 조영제의 영향은 조영제의 농도 및 분포 크기, 잡음 정도, 영상의 해상도 등에 의해 영향을 받는 것으로 나타났다. 본 연구 결과들은 임상적 PET/CT 영상에서 조영제로 인해 발생할 수 있는 잠재적 문제를 충분히 이해하고 이를 고려해야 함을 보여 주었다.

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