• 응용통계연구
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• 제24권4호
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• pp.623-631
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• 2011

시간경로 마이크로어레이 자료 분석의 주요 목적 중의 하나는 유전자들의 시간에 따른 발현수준의 변화를 고려함으로써 발현패턴에 기초한 유전자들의 그룹을 찾기 위한 것으로, 군집분석을 위한 다양한 알고리즘들이 제안되었다. 본 연구에서 시간경로 마이크로어레이 자료에 대한 군집분석을 위해 두 약물제제 간 생물학적 동등성을 평가하기 위한 약동학 시험에서 사용되는 약동학적 파라미터 값에 기초한 군집분석을 제안하였으며 이를 실제 데이터 및 모의실험 자료에 적용하여 유용성을 검토하였다.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제15권3호
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• pp.575-584
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• 2004

We propose a Bayesian model-based approach using a mixture of Dirichlet processes model with discrete wavelet transform, for curve clustering in the microarray data with time-course gene expressions.

• 응용통계연구
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• 제19권1호
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• pp.13-32
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• 2006

생물학자들은 시간에 따라 발현 수준이 변화하는 유전자의 군집화를 시도하고 있다. 지금까지는 마이크로어레이 자료의 군집분석에 관한 연구의 경우 군집 방법 자체를 비교하는 연구가 주를 이루었다. 그러나 군집화 이전에 의미있는 변화를 보이는 유전자 선택에 따라 군집화 결과가 달라지기 때문에, 군집 분석에 있어서 유전자 선택 단계도 중요하게 고려되어야 한다. 따라서, 본 논문에서는 시간 경로 마이크로어레이 자료를 군집 분석하는데 있어서 유전자 선택, 군집 방법 선택, 군집평가 방법 선택 등 3가지 요인을 고려한 폭 넓은 비교 연구를 하였다.

• 응용통계연구
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• 제25권3호
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• pp.415-422
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• 2012

For statistical microarray data analysis, clustering analysis is a useful exploratory technique and offers the promise of simultaneously studying the variation of many genes. However, most of the proposed clustering methods are not rigorously solved for a time-course microarray data cluster and for a fitting time covariate; therefore, a statistical method is needed to form a cluster and represent a linear trend of each cluster for each gene. In this research, we developed a modified hierarchical mixture of an experts model to suggest clustering data and characterize each cluster using a linear mixed effect model. The feasibility of the proposed method is illustrated by an application to the human fibroblast data suggested by Iyer et al. (1999).

• Communications for Statistical Applications and Methods
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• 제12권2호
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• pp.335-348
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• 2005

The rapid development of microarray technologies enabled the monitoring of expression levels of thousands of genes simultaneously. Recently, the time course gene expression data are often measured to study dynamic biological systems and gene regulatory networks. For the data, biologists are attempting to group genes based on the temporal pattern of their expression levels. We apply the consensus clustering algorithm to a time course gene expression data in order to infer statistically meaningful information from the measurements. We evaluate each of consensus clustering and existing clustering methods with various validation measures. In this paper, we consider hierarchical clustering and Diana of existing methods, and consensus clustering with hierarchical clustering, Diana and mixed hierachical and Diana methods and evaluate their performances on a real micro array data set and two simulated data sets.

• 응용통계연구
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• 제26권3호
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• pp.389-399
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• 2013

본 연구에서는 가우시안 과정회귀방법을 소개하고 시계열 마이크로어레이 유전자 발현데이터에 대해 가우시안 과정회귀를 적용한 사례를 보이고자한다. 가우시안 과정회귀를 적합하여 로그 주변우도함수 비를 이용한 유전자를 선별방법에 대한 모의실험을 통해 민감도, 특이도, 위발견율 등을 계산하여 선별방법으로의 활용성을 보였다. 실제 효모세포주기 데이터에 대해 제곱지수공분산함수를 고려한 가우시안 과정회귀를 적합하여 로그 주변우도함수 비를 이용하여 차변화된 유전자를 선별한 후, 선별된 유전자들에 대해 가우시안 모형기반 군집화를 하고 실루엣 값으로 군집유효성을 보였다.

• 한국데이터정보과학회:학술대회논문집
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• 한국데이터정보과학회 2006년도 PROCEEDINGS OF JOINT CONFERENCEOF KDISS AND KDAS
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• pp.39-42
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• 2006

We propose a Bayesian model-based approach using a mixture of Dirichlet processes model with discrete wavelet transform, for curve clustering in the microarray data with time-course gene expressions.

• Molecules and Cells
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• 제26권4호
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• pp.338-343
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• 2008

An embryonic stem cell is a powerful tool for investigation of early development in vitro. The study of embryonic stem cell mediated neuronal differentiation allows for improved understanding of the mechanisms involved in embryonic neuronal development. We investigated expression profile changes using time course cDNA microarray to identify clues for the signaling network of neuronal differentiation. For the short time course microarray data, pattern analysis based on the quadratic regression method is an effective approach for identification and classification of a variety of expressed genes that have biological relevance. We studied the expression patterns, at each of 5 stages, after neuronal induction at the mRNA level of embryonic stem cells using the quadratic regression method for pattern analysis. As a result, a total of 316 genes (3.1%) including 166 (1.7%) informative genes in 8 possible expression patterns were identified by pattern analysis. Among the selected genes associated with neurological system, all three genes showing linearly increasing pattern over time, and one gene showing decreasing pattern over time, were verified by RT-PCR. Therefore, an increase in gene expression over time, in a linear pattern, may be associated with embryonic development. The genes: Tcfap2c, Ttr, Wnt3a, Btg2 and Foxk1 detected by pattern analysis, and verified by RT-PCR simultaneously, may be candidate markers associated with the development of the nervous system. Our study shows that pattern analysis, using the quadratic regression method, is very useful for investigation of time course cDNA microarray data. The pattern analysis used in this study has biological significance for the study of embryonic stem cells.

• 응용통계연구
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• 제18권2호
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• pp.371-379
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• 2005

본 논문에서는 피어슨 상관계수를 이용한 시간경로 유전자 발현자료의 군집분석에서 군집의 대표적인 패턴에서 벗어나는 이질적인 패턴을 보이는 시계열을 탐지하기 위한 패턴일치지수를 제안하고, 이를 마이크로어레이 실험으로부터 얻어진 혈청 시간경로 유전자 발현자료에 적용하여 유용성을 검토해 본다.

• 응용통계연구
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• 제21권2호
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• pp.275-290
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• 2008

마이크로어레이 유전자 발현 자료는 대용량이며 또한 관측 과정이 복잡하여 결측치가 빈번하게 발생된다. 본 논문에서는 관측 시점 간에 상관성을 갖는 시간경로 유전자 발현 자료에 대한 결측치 추정을 위하여 순차적 부분최소제곱(sequential partial least squares: SPLS) 회귀적합 방법을 제안한다. 이는 순차적 기법과 부분최소제곱(partial least squares: PLS) 회귀적합 방법을 결합시킨 것이다. 세 가지의 이스트(yeast) 시간경로 자료들에 대한 몇 가지 모의실험을 통하여 제안된 결측치 추정방법의 유용성을 평가한다.