유용물질을 생산할 수 있는 곤충 baculovirus expression vector system의 국내 개발을 위하여, Bm-NPV의 다각체 단백질 유전자를 탐색, 클로닝 하고 그 구조를 분석한 결과는 다음과 같다. 1. AcNPV의 다각체 단백질 유전자를 포함하고 있는 EcoRI-Ⅰ fragment내의 0.93kb를 probe로 하여 southern 분석한 결과, BmNPV의 다각체 단백질 유전자는 PstⅠ-F fragment(7.4Kb)에 위치하였다. 2. BmNPV의 다각체 단백질 유전자를 포함하는 PstⅠ-F fragment를 E. coli에 클로닝시켜서 pBmP-F라 명명하고, 다시 southern분석을 통해 subcloning하여 pBmP-H라 명명하였으며 pBmP-H의 제한효소 지도를 작성하였다. 3. pBmP-H의 염기서열분석결과 구조유전자를 포함한 1,259 bp의 염기서열이 결정되었다. Iatrou 등이 보고한 BmNPV 다각체 단백질 유전자의 염기서열과 비교한 결과 10개의 염기서열에서 차이를 보였으며, 74 Val이 Ile로, 76 Asn이 Ser으로 155 Met이 Val로 아미노산 변경된 결과를 보였다.
Park, Ui-Sun;Choi, Kwan-Sam;Kim, Kab-Sig;Kim, Nam-Won;Choi, Kwang-Tae
Journal of Ginseng Research
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제19권1호
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pp.56-61
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1995
Molecular cloning and restriction mapping on ATPase $\alpha$-subunit gene (atpA) were carried out to obtain genomic information concerned with the gene structure and organization in Korean ginseng mitochondria. Two different clones containing the homologous sequence of atpA gene were selected from SalI and PstI libraries of mitochondrial DNA (mtDNA) of Korean ginseng. The sizes of mtDNA fragments inserted in SalI and PstI clones were 3.4 kb and 13 kb, respectively. Southern blot analysis with [$^{32}P$] labelled Oenothera atPA gene probe showed that atpA gene sequence was located in 2.0 kb XkaI fragment in PstI clone and in 1.7 kb XbaI fragment in SalI clone. A partial sequening ascertained that the SalI clone included about 1.2 kb fragment from SalI restriction site to C-terminal sequence of this gene but about 0.3 kb N-terminal sequence of open reading frame was abscent. The PstI fragment was enough large to cover the full sequence of atpA gene. The same restriction pattern of the overlapped region suggests that both clones include the same fragment of atiA locus. Data of Southern blot analysis and partial nucleotide sequencing suggested that mtDNA of Korean ginseng has a single copy of atpA gene. Key words ATPase a-subunit, mitochondrial DNA, Panax ginseng.
'Contig 구성문제'는 random sequencing 단편들로부터 DNA 염기 서열의 정보를 밝혀낼 경우 발생하는 문제이다. 본 연구에서는 이러한 contig 구성문제를 해결하기 위한 알고리즘을 구성하였으며, X-window 응용 프로그램인 XFAP을 개발하였다. XFAP에서는 dimer 빈도 비교 방법을 사용하여 중첩 가능성이 없는 단편을 효과적으로 제거하였다. 이 방법은 단편 쌍 중첩에서 최소 수용 중첩 길이 내의 각 단편 사이의 dimer 빈도 차이를 이용하여 단편 쌍을 선별하는 것이다. 또한 단편 쌍 최대치 정렬 과정의 메모리 사용량을 줄이기 위해서, Myers 알고리즘을 적용하여 linear space에서 최대치 정렬을 구하는 방법을 사용하였다. 그리고 본 프로그램은 사용자들에게 편리한 그래픽 환경을 제공하기 위해서 Motif 라이브러리를 사용하여 X-window에서 구현되었다. 본 프로그램의 테스트 데이터를 생성하기 위해서 GenBank 데이터베이스에서 일정 길이의 염기 서열을 추출한 다음, sequencing시 일어날 수 있는 모든 오류들을 고려하여 단편 샘플을 생성하였다. 단편 샘플에 대해서 dimer 빈도 비교 방법의 효과 및 실행 시간을 측정하였다. 특히 dimer 빈도 비교 방법의 효율은 단편의 길이에 비례하여 증가하는 것으로 나타났다.
KIM KWON-JONG;EOM SEUNG-HEE;LEE SANG-PYO;JUNG HEE-SUN;KAMOUN SOPHIEN;LEE YOUN SU
Journal of Microbiology and Biotechnology
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제15권3호
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pp.502-509
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2005
Sexual reproduction plays an important role in the biology and epidemiology of oomycete plant pathogens such as the heterothallic species Phytophthora infestans. Recent worldwide dispersal of A2 mating type strains of P. infestans resulted in increased virulence, gene transfer, and genetic variation, creating new challenges for disease management. To develop a genetic assay for mating type identification in P. infestans, we used the Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) technique. The primer combination E+AT/M+CTA detected a fragment specific to A1 mating type (Mat-A1) of P. infestans. This fragment was cloned and sequenced, and a pair of primers (INF-1, INF-2) were designed and used to differentiate P. infestans Mat-A1 from Mat-A2 strains. The Mat A1-specific fragment was detected using Southern blot analysis of PCR products amplified with primers INF-1 and INF-2 from genomic DNA of 14 P. infestans Mat-A1 strains, but not 13 P. infestans Mat-A2 strains or 8 other isolates representing several Phytophthora spp. Southern blot analysis of genomic DNAs of P. infestans isolates revealed a 1.6 kb restriction enzyme (EcoRI, BamHI, AvaI)-fragment only in Mat-A1 strains. The A1 mating type-specific primers amplified a unique band under stringent annealing temperatures of $63^{\circ}C-64^{\circ}C$, suggesting that this PCR assay could be developed into a useful method for mating type determination of P. infestans in field material.
치관 파절은 영구치, 특히 치열에서 가장 노출된 위치에 존재하는 상악 전치에 가장 많이 발생하는 외상성 손상이다. 파절편 조각이 존재하고 상태가 양호한 경우 치관 파절을 치료하는 방법 중 하나는 원래 위치에 다시 파절편을 재부착하는 것이다. 이번 연구에서는 상악 전치에 발생한 치관 파절 증례를 파절편 재부착 술식으로 치료하였으며 심미적, 기능적으로 만족할만한 결과를 얻었기에 이를 보고하는 바이다.
전산화단층촬영에서 조영 증강을 위한 조영제 주입은 정맥내에 삽입한 카테터를 통해 자동주입기로 주입하고 있다. 정맥내에 위치한 카테터를 제거하는 도중에 IV 카테터가 부러져 정맥내에 남아 있는 카테터의 조각은 환자에게 순환기 질환의 위험을 초래할 수 있다. CT 검사 중에 정맥내에 카테터 조각이 남아있는 2명의 환자를 대상으로 카테터의 크기 및 위치를 정확히 확인하기 위해 MDCT를 이용하여 정맥내 주사부위를 스캔하였다. 3D 재구성은 MPR, MIP, 볼륨렌더링, SSD 등으로 구성하였다. 정맥내에 위치한 카테터 조각을 MDCT로 스캔한 데이터를 3D 재구성으로 정맥내의 위치 및 크기를 확인하였고, 카테터 조각을 제거하는데 일조하였다.
관절내 골연골 골절은 적절한 치료가 이루어 지지 않은 경우 골관절염을 초래하여 통증과 기능장애를 초래할 수 있다. 골 연골 골절의 크기가 큰 경우에는 관혈적 정복 및 금속고정 수술등으로 치료를 할 수 있으나, 골편의 두께가 2mm 이하로 얇은 경우 튼튼한 고정력을 얻기 어려워 제거 하는 경우가 많았다. 저자들은 대퇴 내과에 발생한 박리성 골연골염 환자와 슬개골 골절로 골편의 두께가 2mm이하인 환자에서 흡수성 반월상 연골나사를 이용하여 좋은 결과를 얻었기에 보고하고자 한다.
항생제에 대하여 다중 저항성을 갖는 Shaphylococcus aµreus D-H-1으로부터 chloram phenicol(Cm) 저항성 유전자를 가진것으로 확인된 R-plasmid(pSBK203, 2.5MdaJ.)를 분리하여 Bacillus subtilis BD 170 내에셔 발현시켰으며 이 Cm 저항성 유전자를 cloning하기 위하여 pSBK203상의 제한효소 인식부위를 결정하였다. pSBK203 상의 TaqI 부분 절편 0.3 kb을 pBD9 CZaI 인식부위내에 삽입하여 얻은 재조합 plasmid(pTQ16)와 TaqI부 분절편과 O.lkb 엇갈럼이 있는 RsaI 단일절떤(1. 3 kb} pBR322의 Seal 인식부위에 삽입하여 얻은 재조합 p plasmid(pHW20)에서 Cm 저항성이 획득되었다. pBD9 및 pBR322 상에 삽입된 두 절펀내에 Hinf, Taq I 빛 BglII의 제한효소 인식부위가 존재하였으며 이들 중 행III 인식부위에 의하여 Cm 저항성이 불활성 되었다.
Nickel-Titanium (NiTi) rotary instruments have brought a big step toward "efficient" practice of endodontic procedure. The rotary files help clinicians to reduce their working time and also increase the clinical success rate with minimal procedural errors. However, NiTi instruments still have a few drawbacks including unpredictable fatigue fracture. Clinicians may reduce the potential risk of instruments fracture by following some clinical guidelines for rotary instruments. In some clinical cases of instruments fracture, we may try to remove the instruments' fragments or bypass the fragment to reach the apical canal. In some limited cases, the fractured instruments' fragments would not jeopardize the clinical prognosis of root canal treatment. Nevertheless, it is impossible to be overemphasized that the prevention of file fracture is much easier than the removal of fracture fragment. Clinicians need to understand the fracture mechanisms and, in clinic, need to discard the used instruments timely.
A DNA fragment containing the gene for cell wall hydrolase of alkalophilic Bacillus subtilis BL-29 was cloned into E. coli JM109 using pUC18 as a vector. A recombinant plasmid, designated pCWL45B, was contained in the fragment originating from the alkalophilic B. subtilis BL-29 chromosomal DNA by Southern hybridization analysis. The nucleotide sequence of a 1.6-kb HindIII fragment containing a cell wall hydrolase-encoding gene was determined. The nucleotide sequence revealed an open reading frame (ORF) of 900 bp with a concensus ribosome-binding site located 6 nucleotide upstream from the ATG start codon. The primary amino acid sequence deduced from the nucleotide sequence revealed a putative protein of 299 amino acid residues with an M.W. of 33, 206. Based on comparison of the amino acid sequence of the ORF with amino acid sequences in the GenBank data, it showed significant homology to the sequence of cell wall amidase of the PBSX bacteriophage of B. subtilis.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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