• 제목/요약/키워드: Taxonomic study

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Morphological Characteristics and Distribution of Korean Daphne L.

  • Beom Kyun Park;Balkrishna Ghimire;Eun-Mi Sun;Dong Chan Son;Seung Hwan Oh
    • 한국자원식물학회:학술대회논문집
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    • 한국자원식물학회 2020년도 춘계학술대회
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    • pp.27-27
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    • 2020
  • Daphne L. (Thymelaceae) comprises about 95 species distributing worldwide from N Africa, N India, SE Asia to E Asia and the coast of the Mediterranean of Europe. In Korea, five species of this genus have been described. In this study, we included four species (D. genkwa, D. pseudomezereum, D. kiusiana, D. jejudoensis) from Korea, excluding cultivated D. odora. The morphological characters through local surveys and the re-classification of the specimens collected in the Korea National Herbarium (KH) were carried out and distribution maps for each taxon were also prepared. The major characters include habit, trichomes in winter bud, leaf, and twig, phyllotaxis, inflorescence, size of calyx lobe and trichomes in the calyx tube, etc. The distribution map showed that D. genkwa is mainly distributed in the coastal area of Hwanghaenam-do, Pyeongannam-do, Jeollabuk-do and Jeollanam-do, whereas D. pseudomezereum is distributed in the limestone zone of Gangwon-do, Jeollabuk-do, and Gyeongsangbuk-do. Similarly, D. kiusiana is mostly found in Jeollanam-do, Gyeongsangnam-do, and Jeju-do. In addition, D. jejudoensis is known to be distributed in forests of Murueng, Andeok, and Seonheul-ri in Jeju-do, but recently, new habitat is discovered in the island forest areas of Jeollanam-do. However, some of these individuals showed the characteristics of D. kiusiana, thus before come to any conclusion detailed taxonomic review of D. jejudoensis and D. kiusiana is required.

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Comparative analysis of the pig gut microbiome associated with the pig growth performance

  • Jun Hyung Lee;San Kim;Eun Sol Kim;Gi Beom Keum;Hyunok Doo;Jinok Kwak;Sriniwas Pandey;Jae Hyoung Cho;Sumin Ryu;Minho Song;Jin Ho Cho;Sheena Kim;Hyeun Bum Kim
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제65권4호
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    • pp.856-864
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    • 2023
  • There are a variety of microorganisms in the animal intestine, and it has been known that they play important roles in the host such as suppression of potentially pathogenic microorganisms, modulation of the gut immunity. In addition, the gut microbiota and the livestock growth performance have long been known to be related. Therefore, we evaluated the interrelation between the growth performance and the gut microbiome of the pigs from 3 different farms, with pigs of varied ages ready to be supplied to the market. When pigs reached average market weight of 118 kg, the average age of pigs in three different farms were < 180 days, about 190 days, and > 200 days, respectively. Fecal samples were collected from pigs of age of 70 days, 100 days, 130 days, and 160 days. The output data of the 16S rRNA gene sequencing by the Illumina Miseq platform was filtered and analyzed using Quantitative Insights into Microbial Ecology (QIIME)2, and the statistical analysis was performed using Statistical Analysis of Metagenomic Profiles (STAMP). The results of this study showed that the gut microbial communities shifted as pigs aged along with significant difference in the relative abundance of different phyla and genera in different age groups of pigs from each farm. Even though, there was no statistical differences among groups in terms of Chao1, the number of observed operational taxonomic units (OTUs), and the Shannon index, our results showed higher abundances of Bifidobacterium, Clostridium and Lactobacillus in the feces of pigs with rapid growth rate. These results will help us to elucidate important gut microbiota that can affect the growth performance of pigs.

한국산 병어속(병어과) 어류 2종의 학명 검토 (Review of the Scientific Name for Two Species of Genus Pampus (Stromateidae) in Korea)

  • 이연명;김진구
    • 한국어류학회지
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    • 제35권4호
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    • pp.244-252
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    • 2023
  • 본 연구는 한국산 병어 및 덕대의 분류학적 위치를 명확히 하기 위해 한국, 중국 및 일본산 병어속(Pampus) 어류의 형태 및 분자 특징을 비교하였다. 한국산 병어는 후두부의 파상 무늬가 가슴지느러미 너머로 뻗어 있고, 새개부 아래쪽 가장자리 홈이 없고, 척추골수가 34개인 점에서 Pampus punctatissimus로 동정되었다. 한국산 덕대는 후두부의 파상 무늬가 가슴지느러미 앞끝까지 도달하지 못하고, 새개부 아래쪽 가장자리 홈이 아래턱 배쪽까지 뻗어 있고, 척추골수가 38~42개인 점에서 Pampus argenteus로 동정되었다. 또한 한국산 병어는 일본산 P. punctatissimus와 평균 0.1% 차이를 보였고, 한국산 덕대는 중국산 P. argenteus와 평균 0.3% 차이를 보였다. 본 연구 결과는 한국산 병어를 P. punctatissimus로, 한국산 덕대를 P. argenteus로 사용하는 것이 타당함을 시사한다.

전통 메주에서의 Penicillium spp.의 분포 및 특징 (Distribution and Characteristics of Penicillium spp. in Meju, aKorean Traditional Fermented Soybean Brick)

  • 김강욱;이정호;노신영;최용호;허병석;이인형
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제51권4호
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    • pp.441-448
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    • 2023
  • Penicillium spp. are frequently found in meju, a Korean traditional fermented soybean brick. We isolated and identified 96 Penicillium spp. from 22 traditional meju, and their β-tubulin genes were sequenced for the genetic and taxonomic study. Penicillium Section Viridicata was the most commonly isolated group. Notably, we also isolated and identified Penicillium roqueforti, a crucial industrial strain employed in the fermentation of blue cheese. Additionally, certain strains exhibited relatively high protease and γ-glutamyl transpeptidase activities, suggesting that they might contribute to the development of kokumi flavor during meju fermentation. Interestingly, all eight Penicillium spp., including P. roqueforti, were found to possess both types of MAT1 genes. This intriguing finding suggests the feasibility of strain improvement through mating, thereby offering opportunities for industrial applications. Therefore, these studies pave the way for a deeper exploration of Penicillium's role in meju fermentation, potentially leading to the development of starters for producing plant-based cheese-flavored condiments.

전라남도 보성강에 서식하는 모래무지(Pseudogobio esocinus) (잉어목: 모래무지과) 자치어의 골격 발달 (Ostelogical Development of Larvae and Juveniles of Pike Gudgeon Pseudogobio esocinus (Cypriniformes: Gobionidae) from Boseonggang River, Jeollanam-do, Korea)

  • 정애리;한정민;이진;한경호;이성훈
    • 한국어류학회지
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    • 제36권2호
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    • pp.129-138
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    • 2024
  • 모래무지 자치어의 골격 발달을 관찰하여 분류학적, 양식학적 연구에 활용하기 위해 두부, 척추 및 미부, 요대부와 견대부로 나누어 관찰하였다. 보성강에서 채집한 모래무지의 자치어를 18.5~19.5℃(평균 19.0℃)에서 사육하였다. 부화 후 5일째 평균 전장 4.25 mm에 부설골과 악골, 추체와 쇄골이 처음으로 골화하기 시작하여, 부화 후 22일째 평균 전장 6.33 mm에서 척추골이 36~38개가 되었고 부화 후 42일째 평균 전장 16.71 mm에서 대부분의 골격이 완성되었다. 모래무지는 발달 과정에서 다른 모래무지과 어류와 유사한 특성을 보였으나 담기골과 미골 등 일부분에서 차이를 보였다.

Taxonomic Variations of Bacterial and Fungal Communities depending on Fermentation Temperature in Traditional Korean Fermented Soybean Food, Doenjang

  • Eunhye Jo;Hyeyoung Lee;Younshil Song;Jaeho Cha
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제34권4호
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    • pp.863-870
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    • 2024
  • Meju, a fermented soybean brick, is a key component in soybean foods like doenjang and ganjang, harboring a variety of microorganisms, including bacteria and fungi. These microorganisms significantly contribute to the nutritional and sensory characteristics of doenjang and ganjang. Amplicon-based next-generation sequencing was applied to investigate how the microbial communities of meju fermented at low and high temperatures differ and how this variation affects the microbial communities of doenjang, a subsequently fermented soybean food. Our metagenomic data showed distinct patterns depending on the fermentation temperature. The microbial abundance in the bacterial community was increased under both temperatures during the fermentation of meju and doenjang. Weissella was the most abundant genus before the fermentation of meju, however, it was replaced by Bacillus at high temperature-fermented meju and lactic acid bacteria such as Weissella and Latilactobacillus at low temperature-fermented meju. Leuconostoc, Logiolactobacillus, and Tetragenococcus gradually took over the dominant role during the fermentation process of doenjang, replacing the previous dominant microorganisms. Mucor was dominant in the fungal community before and after meju fermentation, whereas Debaryomyces was dominant under both temperatures during doenjang fermentation. The dominant fungal genus of doenjang was not affected regardless of the fermentation temperature of meju. Strong correlations were shown for specific bacteria and fungi linked to specific fermentation temperatures. This study helps our understanding of meju fermentation process at different fermentation temperatures and highlights different bacteria and fungi associated with specific fermentation periods which may influence the nutritional and organoleptic properties of the final fermented soybean foods doenjang.

Discovery of 18 previously unrecorded bacterial species in the coastal areas surrounding Korean islands in 2023

  • Yeonjung Lim;Hyeonuk Sa;Minjeong Kim;Minseok Kim;Jisoo Han;Hyerim Cho;Jang-Cheon Cho
    • Journal of Species Research
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    • 제13권3호
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    • pp.318-325
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    • 2024
  • Bacterial communities residing on islands have a significant impact on the functioning and establishment of a unique isolated ecosystem. Notwithstanding, systematic research on the indigenous microbial resources of domestic islands has been lacking. In order to understand the biodiversity and potential bioresources, we conducted sampling in 2023 from coastal waters from various islands off the west coast of the Korean Peninsula, including Baengnyeongdo, Daebudo, Deokjeokdo, Jangbongdo, Yeonpyeongdo Islands, along with Somaemuldo Island along the south coast. The coastal seawater samples were used to unearth microbial resources through the standard dilution plating. In total, approximately 1,600 bacterial strains were isolated from the samples as single colonies and identified using 16S rRNA gene sequence analyses. Eighteen strains, exhibiting ≥98.7% 16S rRNA gene sequence similarity to bacterial species with validly published names but not previously reported in Korea, were categorized as unrecorded bacterial species in Korea. These unrecorded bacterial strains displayed phylogenetic diversity, representing three phyla, four classes, 9 orders, 13 families, and 18 genera. The unrecorded species were assigned to the classes Alphaproteobacteria (Aliiroseovarius, Kiloniella, Maritalea, Palleronia, and Roseobacter), Gammaproteobacteria (Aliamphritea, Aliivibrio, Enterovibrio, Francisella, Leucothrix, Pseudoalteromonas, Psychrobium, Shewanella, and Vibrio), Flavobacteriia (Aquimarina, Pseudofulvibacter, and Tenacibaculum), and Verrucomicrobiae (Roseibacillus). This study presents comprehensive descriptions of the taxonomic attributes of these unrecorded species, covering morphology, biochemistry, and phylogenetic position.

양송이 배지로부터 분리한 Bacillus licheniformis CY-24의 섬유소분해 효소의 특성 (Characteristics of Fibrinolytic Enzymes of Bacillus licheniformis CY-24 Isolated from Button Mushroom Compost)

  • 민경진;박혜성;이은지;이찬중
    • 한국균학회지
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    • 제49권2호
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    • pp.199-209
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    • 2021
  • 본 연구는 양송이 배지의 관행 발효기술을 개선하고자 실험을 실시하였다. 양송이 볏짚 배지 발효단계에서 우점하는 Bacillus strain CY-24 균주를 순수분리하여 16S rDNA 염기서열을 통한 동정 결과 Bacillus licheniformis로 밝혀졌다. B. licheniformis 최적 생육 온도는 30℃, 최적 생육 pH는 6.0에서 가장 생육이 활발한 것을 확인하였으며, B. licheniformis CY-24 균주는 glycerol, glycogen, L-arabinose, D-ribose, D-xylose, D-galactose, D-glucose, D-fructose, D-mannose 등의 탄소원을 잘 활용하였고, 효소활성 측정 결과 esterase, leucine arylamidase, acid phosphatase, β-glucosidase 등에서 양성반응을 나타내었다. CMCase 활성 온도는 50℃, PGase는 60℃에서 가장 효과가 극대화되었으며, CMCase, PGase 두 효소는 60℃ 이상에서도 안정성이 유지되는 것을 확인하였다. 금속이온의 촉매 효과는 CoCl2 1mM에서 가장 활성이 높은 것으로 나타났다. B. licheniformis CY-24의 효소학적 특성은 매우 우수하였으며, 양송이 재배에 사용되는 배지를 생산하는 과정에 효소의 작용은 볏짚의 발효 촉진과 연화 작용에 밀접한 관계가 있으므로 유용생물자원으로써 발효기술에 대한 기초자료로 이용될 수 있을 것으로 판단된다. 추후 다양한 미생물과 버섯균의 상호작용에 대한 면밀한 연구가 이루어진다면 유용한 자원으로 이용 될 수 있을 것으로 생각된다.

원발성 치근단 치주염을 갖는 감염근관에서 증상유무에 따른 세균분포의 pyrosequencing 분석 (Microbial profile of asymptomatic and symptomatic teeth with primary endodontic infections by pyrosequencing)

  • 임상민;이태권;김은정;박준홍;이윤;배광식;금기연
    • Restorative Dentistry and Endodontics
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    • 제36권6호
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    • pp.498-505
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    • 2011
  • 연구목적: 본 연구는 원발성 치근단 치주염(primary apical periodontitis)을 갖는 치아에서 임상증상 유무에 따른 미생물 군집의 차이를 GS FLX Titanium pyrosequencing을 이용하여 species level까지 분석하였다. 연구 재료 및 방법: 원발성 치근단 치주염을 갖는 6개의 표본에서 pysequencing을 시행하였다. 중합효소 연쇄반응(PCR)에 의해 얻어진 small-subunit ribosomal RNA의 초가변 영역(hypervariable region)의 amplicon을 이용하여 GS FLX Titanium pyrosequencing 을 시행하였다. 결과: 평균적으로 무증상군 및 증상군에서 각각 10,639 및 45,455개의 16S rRNA sequence을 얻었으며 평균길이는 440bases였다. Ribosomal Database Project Classifier을 이용한 분석결과 142종의 genera 및 13종의 phylum 수준에서의 세균종을 검출하였다. 검출된 13개의 phyla 가운데 Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Fusobacteria, Proteobacteria, Spirochetes, and Synergistetes 종이 상대적으로 호발하였으며, genus 수준에서는 Pyramidobacter, Streptococcus, Leptotrichia이 무증상의 근관의 50%를 차지하였으며, Neisseria, Propionibacterium, Tessaracoccus 균종은 증상이 있는 근관의 69%를 차지하였다. Operational taxonomic units (3%)로 나눈 결과 증상이 없는 치아에서 450개, 증상이 있는 치아에서 1,997개의 species가 발견되었다. 증상이 있는 치아에서 통계적으로 유의성 있게 많은 수의 세균이 검출되었다(p < 0.05). 결론: GS FLX Titanium Pyrosequencing 기법을 통해 원발성 감염근관에서 이전에 검출하지 못했던 다양한 근관내 분포세균을 검출할 수 있었다.

쉬땅나무족(조팝나무아과: 장미과) 잎표피 미세형태학적 형질의 분류학적 유용성 (Taxonomic significance of the leaf micromorphology in the tribe Sorbarieae (Spiraeoideae: Rosaceae))

  • 송준호;홍석표
    • 식물분류학회지
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    • 제46권2호
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    • pp.199-212
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    • 2016
  • 쉬땅나무족(Adenostoma: 3 spp., Chamaebatiaria: 1 sp., Sorbaria: 11 spp., Spiraeanthus: 1 sp.)과 연관분류군인 Gillenia속 2분류군, Lyonothamnus속 2분류군을 포함한 총 20분류군의 잎 표피 미세구조에 대한 분류학적 유용성을 검토하고자 주사전자현미경(SEM)을 이용하여 관찰하고 기재하였다. Adenostoma속, Chamaebatiaria속, Spiraeanthus속에서 기공복합체(stomatal complex)는 향축면과 배축면 모두에 기공이 존재하는 양면기공엽(amphistomatic type)이었고, Gillenia속 Lyonothamnus속과 Sorbaria속에서는 배축면(abaxial side)에만 존재하는 이면기공엽(hypostomatic type)으로 나타났다. 공변세포의 크기는 $7.84-48.7{\times}5.86-38.6{\mu}m$으로 속과 종마다 다소 차이를 보이는데, Sorbaria tomentosa var. tomentosa ($7.84-11.8{\times}6.84-10.5{\mu}m$)가 가장 작은 공변세포로 나타났고, Adenostoma fasciculatum var. obtusifolium ($30.3-48.7{\times}18.8-38.6{\mu}m$)에서 가장 크게 나타났다. 기공복합체의 형태는 대부분 불규칙형(anomocytic)이 우세하며, 불규칙형과 방사형(actinocytic)이 모두 나타나거나 드물게 다륜형(cyclocytic)이 나타나는 분류군이 확인되었다. 부세포 수층벽(anticlinal wall)은 직선형과 곡선형이 동시에 관찰(straight/curved) 되거나 파상형(undulate) 또는 굴곡형(sinuate)이 관찰되었다. 연구된 분류군에서 나타나는 모용의 종류는 크게 4종류로 단세포단모(unicellular non-glandular trichome), 성상모(stellate), 선모(glandular trichome), 농포성 선모(pustular glandular trichome)가 확인되었다. 연구된 분류군 가운데 일부 분류군의 표피세포에서 막성 판(membraneous platelets), 판 모양(platelets)의 표피상납질(epicuticular wax)이 관찰되었다. 비록 잎 표피 미세형태학적 형질 내 본 족의 공유파생형질을 찾을 수 없었지만, 모용의 다양성(트기, 성상모, 선모)과 표피상납질 유무의 분류학적 유용성을 확인하였다. 잎 표피 내 다양한 미세형태학적 형질은 외부형태학적 형질과 더불어 본 족을 이해하는데 보다 유용한 정보를 제공할 것이다.