• 생명과학회지
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• 제19권9호
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• pp.1328-1332
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• 2009

고래회충유충증은 해산어류에 기생하는 고래회충과(family Anisakidae)에 속하는 선충류 유충에 의한 질병으로 유충의 직접적인 위장관내 침입으로 인한 병변과 더불어 유충의 분비 배설물에 의한 알레르기 질환도 유발될 수 있다. 고래회충유충증은 A. simplex를 비롯하여 Contracaecum, Pseudoterranova, Hysterothylacium 등의 유충에 의해 야기될 수 있으나 이들에 대한 형태학적 감별 진단은 유충의 형태적 유사성으로 인하여 매우 어려운 경우가 많다. 이러한 형태학적 진단의 어려움을 극복하고 분자생물학적 감별진단 방법을 확립하기 위하여 A. simplex, Contracaecum type A. type C' 및 Goezia 유충을 숭어, 도다리, 고등어, 아나고, 참돔 등 5종의 어류에서 분리하였다. 각각의 유충으로부터 분리한 18S rDNA를 PCR로 증폭한 후 Taq 1, Hinf I, Hha I, Alu 1, Dde I, Hae III, Sau 96I, Sau 3AI 등 8종의 제한효소를 사용하여 PCR-RFLP를 시행하였다. PCR product의 크기는 약 2.0 Kb였으며 Hinf l, Alu 1, Hha I, Dde 1 및 Hae III로 A. simplex와 Contracaecum type C'을 구분할 수 있었다. 그러나 Contracaecum type A의 경우에는 Taq I, Hinf I, Alu I 및 Dde I의 경우에는 2가지 패턴으로 나타났으며 이들 가운데 일부는 A. simplex, Contracaecum type C', 및 Goezia와 동일한 분석 패턴을 보이기도 하였다. Goezia는 사용한 8개의 제한 효소 모두에서 A. simplex 및 Contracaecum type A 및 type C'과 각기 다른 양상을 보였다. 이러한 결과로 18S rDNA PCR-RFLP 방법은 A. simplex와 Contracaecum type C'의 감별 진단에 유용한 것으로 밝혀졌으며, Contracaecum type A의 분류에는 제한적으로 사용되어야 함은 물론 형태학적 분류 기준에 대한 재검토가 뒤따라야 할 것으로 사료되었다.

• Archives of Pharmacal Research
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• 제19권6호
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• pp.486-489
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• 1996

A simple, rapid, specific and sensitive method for the detection of serum hepatitis C virus (HCV) RNA using the reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) technique without conventional RNA extraction was developed. HCV template RNA from serum was obtained by boiling the serum at $95^{\circ}C$ for 2 min, cooling rapidly in ice and removing the proteins by cetrifugation. RT-PCR amplifications including the reverse transcription and first PCR amplification were performed in one vessel containing both of reverse transcriptase and Taq DNA polymerase. The detection of HCV RNA from $10^{-3}{\mu}l$. serum was possible with this method. The suitability of this method for clinical analysis was evaluated by assaying HCV RNA in 225 patient samples including anti-HCV antibody negatives (13 samples) and positives (212 samples) by enzyme-linked immunosorbent assay test (ELISA). Detections of HCV RNA with this method were in 4 of 13 anti-HCV antibody negative samples (30.8%) and 95 of 212 positive samples (44.8%). The present method can be completed in 1 hr and has a wide range of application for the clinical utilities to determine the viral RNAS.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제10권6호
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• pp.873-876
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• 2000

Short tendem repeat (STR) loci have been used in the field of forensic science. There are literally hundreds of STR systems which have been mapped throughout the human genome. These STR loci are found in almost every chromosome in the genome. They may be amplified using a variety of PCR primers. In this study, a DNA genotyping system based on the multiplex amplification of highly polymorphic STR loci was developed. Three STR loci with nonoverlapping allele size ranges have been utilized in the multiplex amplification including the Neurotensin receptor gene, D21S11, and Human tyrosine hydroxylase gene. The optimal condition for triplex PCr was obtained in a solution with a total volume of $25{\mu}l$ containing 2.0 U of Taq polymerase, 3 mM of $MgCl_2$, $300{\mu}M$ of dNTP, 10 pmole of each primer set, an annealing temperature of $62^{\circ}C$, and 35 cycles. The optimized condition was successfully employed in a family paternity test.

• 식물병연구
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• 제26권4호
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• pp.195-201
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• 2020

Xanthomonas oryzae pv. oryzae는 벼 흰잎마름병을 일으키는 세균이며, 벼 흰잎마름병은 벼 주요 재배지에서 꾸준하게 발생하고 있다. 본 연구에서는 벼흰잎마름병균을 신속하고 간편하게 검출하기 위해 등온증폭법 중 하나인 recombinase polymerase amplification (RPA)를 적용하여 현장진단 등을 위한 유전자기반 진단법을 개발하였다. RPA법은 짧은 시간의 등온 조건에서 유전자 증폭이 가능하다는 장점이 있다. 본 연구에서 개발한 벼 흰잎마름병 RPA 진단법은 39℃에서 5분간만 반응하면 목표유전자의 증폭이 이루어지므로 기존 진단법보다 신속하고 간편하며 우리나라에 존재하는 K1-K3a의 4종 레이스에 모두 적용가능하며, DNA 추출 없이 식물체 잎의 즙액으로 증폭반응 수행이 가능하며 기존 Taq 기반 PCR보다 약 10배 검출 민감도가 높고 고가의 thermal cycler 없이도 항온수조, 발열블록 혹은 체온을 이용한 증폭반응 수행이 가능하다. 벼흰잎마름병은 벼의 농작물재해보험 대상재해 병충해 중의 하나이므로 과학적 진단결과가 요구되나, 일선 농촌지도 현장에서는 유전자기반 진단을 위한 장비, 기술 등의 부족으로 분자진단이 어려웠다. 본 연구에서 개발한 벼 흰잎마름병 RPA 진단을 활용한다 면 병징 의심부위 마쇄액을 주형으로, 손으로 5분 동안 반응시키는 것만으로도 신속하고 간편하게 벼 흰잎마름병의 목표유전자 증폭산물을 형성하므로 벼 흰잎마름병 진단의 최일선에서 활용할 수 있을 것이다.

• BMB Reports
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• 제34권2호
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• pp.114-117
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• 2001

Cervi Parvum Cornu is widely used as a hemopoietic, tonifying, growth-promoting, cardiotonic, and immuno-modulating agent in Korea. In order to develop the quality control method of Cervi Parvum Cornu by the identification of the biological source or origin, the molecular approach was applied using PCR (polymerase chain reaction) and PCR-RFLF (PCR-restriction fragment length polymorphism) analysis. In the PCR analysis of the mitochondrial 12S rRNA gene and cytochrome b gene regions, no distinctive DNA bands from Cervidae (deer) antlers and Rangifer (reindeer) antlers were observed. However, when the amplified products in the mitochondrial cytochrome b gene region were subjected to restriction digestion with TaqI, Cervidae antlers showed an undigested state of 380 by band, differently from two bands of 230 by and 1S0 by from Rangifer antlers. Based on this finding, the base sequences of amplified PCR products in the range of mitochondria) cytochrome b gene from Cervidae antlers and Rangifer antlers were determined and subjected to restriction analysis by various endonucleases. The results showed that antlers from Rangifer species could be simply discriminated with other antlers from 8 Cervidae species (Chinese deer, Russian deer, Hong Kong deer, New Zealand deer, Kazakhstan deer, elk, red deer and Sika deer) by PCR-RFLP analysis using AtuI, HaeIII, HpaII or Sau3AI(MboI) as well as TaqI in the range of the mitochondrial cytochrome b gene.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제17권7호
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• pp.910-913
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• 2004

Insulin-like growth factor binding protein-3 (IGFBP-3) gene is a structural gene associated with the growth and development of the animals. The present investigation was carried out to unravel nucleotide sequence and polymerase chain reactionrestriction fragment polymorphism (PCR-RFLP) of IGFBP-3 gene in buffalo. Genomic DNA was isolated from a total of 157 animals belonging to Murrah, Surti, Jaffarabadi and Nagpuri breeds of Indian riverine buffalo. A 655 bp of IGFBP-3 gene was amplified in all the breeds and amplicons were digested with Hae III, Taq I and Msp I restriction enzymes. On digestion with Hae III yielded single restriction pattern of 8 fragments of sizes 201, 165, 154, 56, 36, 19, 16 and 8 bp in all the animals studied. Similarly Taq I and Msp I also revealed single restriction pattern yielding fragments of sizes 240 and 415 bp and 145 and 510 bp, respectively. This shows nonpolymorphic nature of restriction sites in buffalo. Nucleotide sequencing of 587 bp of IGFBP-3 gene in Murrah buffalo was done and submitted to the GenBank (Accession No. AY304829). Nucleotide sequencing revealed an addition of 4 bases in the intronic region as compared to cattle.

• 한국식물병리학회지
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• 제13권4호
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• pp.239-243
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• 1997

1990년 8월 충북 보은의 참깨 밭에서 전형적인 엽화병(葉化病; phyllody disease)이 발생하였다. 병징은 꽃이 잎처럼 녹색으로 변하고, 이병엽은 정상엽보다 작고 잔가지가 마치 빗자루 모양으로 총생하였고 개화 및 결실이 되지 않았다. 투과 전자현미경으로 병든 잎의 사관요소에서 phytoplasma가 존재하는 것을 확인하였다. 병든 잔가지에서 추출한 DNA를 중합효소 연쇄반응으로 분석한 결과 대추나무 빗자루병에 걸린 나무에서 증폭되는 DNA와 같은 크기의 band가 관찰되었다. 따라서 위의 시료는 phytoplasma 벙으로 확인 되었으며 참깨 엽화병으로 명명하였다. 또한 참깨 엽화병을 일으키는 phytoplasma와 대추 나무 빗자루병 phytoplasma를 PCR 증폭 및 제한효소로 절단하여 분석한 결과 이들은 서로 다른 그룹이라는 것을 알 수 있었다.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제23권1호
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• pp.328-338
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• 1998

Porphyromonas endodontalis, an anaerobic Gram negative cocobacillus which was known to be associated with the infected root canals and periapical lesions, is very difficult to culture and to detect by the traditional method in that it requires much time to induce the specific black pigmentation, and it is very sensitive to oxygen and the antibiotics added in the culture medium. In this study, the nucleotide sequences of the 'probe h' (0.73kb), one of the specific DNA probes top. endodontalis (ATCC 35406) which had been developed by our department, was determined and then a pair of primers for PCR amplification was fabricated to identify P. endodontalis. The plasmids containing 'probe h' were purified by $Wizard^{TM}$ Midipreps DNA Purification System (Promega Corp.), and the nucleotide sequences of the 'probe h' were determined by the dideoxy chain termination method using TaqTrack Sequencing System (Promega Corp.) and detected by fluorescent labelling method. The sense/antisense PCR primers were designed with computer software (Lasergene, DNASTAR Ind. PCR was done with a programmable GeneAmp PCR System 2400 (Perkin Elmer-Cetus Co.). Each sample containing the whole genomic DNA of P. endodontalis and other black-pigmented Bacteroides was itailly denatured at $94^{\circ}C$ for 5 min and then subjected to 30 cycles, each of them consisting of 60s at $94^{\circ}C$, 60s at $60^{\circ}C$, and 90s. at $72^{\circ}C$. The amplified DNA was resolved electrophoretically in a 1.0 % agarose gel in 1X TAE buffer, stained with EtBr, and photographed on a UV transilluminator. The results were as follows : 1. The nucleotide sequences of 'probe h' (743 base pairs) were obtained by dideoxy chain termination method, and from that results the specific primers to P. endodontalis (ATCC 35406), 'Primer H1/ Primer H2', were designed. 2. It has been found that 'Primer H1/H2' could detect P. endodontalis (ATCC 35406) using PCR. 3. The PCR system with this primers may be a powerful technique to amplify the specific sequences of 'probe h' of P. endodontalis (ATCC 35406) that produce distinct identification of it from other black-pigmented Bacteroides, and this could help us to determine the nature of periapical disease.

• Journal of Acupuncture Research
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• 제21권2호
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• pp.31-40
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• 2004

목적 : 본 연구는 Interleukin 10 (IL10) 유전자 다형성이 구안와사의 발병과 관련이 있는지 알아보기 위해 수행되었다. 대상: 대구한의대학교부속 한방병원에 내원한 구안와사 환자 62명과 종합건진센터에 내원한 구안와사 기왕력이 없는 건강인 104명을 대상으로 하였다 방법 : 각 그룹에서 개개인마다 DNA를 분리 정제한 후 Taq polymerase로 증폭하여 한천 겔에서 전기영동을 하여 PCR 산물을 확인하였다. PCR 산물은 Pyrosequendng 과정을 통하여 IL10의 유전형이 자동으로 판정되었다. 결과 : A/A, A/C의 두가지 유전자형이 검출되었으며 구안와사군과 대조군 사이에 유의성 있는 차이가 발견되지는 않았다(p=0.052). 또한 개별 allele 빈도에 있어서도 구안와사군과 건강인 사이에 통계적인 유의성이 나타나지 않았다(p=0.064). 결론 : 이상의 결과를 통하여 IL10 유전자 다형성은 구안와사의 발병과는 관련성이 없는 것으로 사려된다. 그러나 더 많은 구안와사 환자를 대상으로 IL10 유전자와의 연관성에 대한 후속 연구가 필요하다고 하겠다.

• Journal of Acupuncture Research
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• 제21권2호
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• pp.21-29
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• 2004

목적 : 본 연구는 Interleukin 4 Receptor (IL-4R) 유전자 다형성이 중풍의 발병과 관련이 있는지 알아보기 위해 수행되었다. 대상: 대구한의대학교부속 한방병원에 입원한 중풍환자 56명과 종합건진센터에 내원한 중풍 기왕력이 없는 건강인 83명을 대상으로 하였다. 방법 : 각 그룹에서 개개인마다 DNA를 분리 정제한 후 Taq polymerase로 증폭하여 한천 겔에서 전기영동을 하여 PCR 산물을 확인하였다. PCR 산물은 Pyrosequencing 과정을 통하여 IL4R의 유전형이 자동으로 판정되었다. 결과 : A/A, A/G, G/G의 세가지 유전자형이 검출되었으며 중풍군과 대조군 사이에 유의성 있는 차이가 발견되었다(p=0.005). 그러나 개별 allele 빈도에 있어서는 중풍군과 건강인 사이에 통계적인 유의성이 나타나지 않았다(p=0.995). 결론 : 이상의 결과를 통하여 IL4R 유전자 다형성은 중풍의 발병과는 관련성이 있는 것으로 사려되지만 더 많은 환자를 대상으로 다른 환경요인 또는 유전자와의 연관성에 대한 심도있는 연구가 필요하다고 하겠다.