• 제목/요약/키워드: Structure Similarity

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Molecular Docking, 3D QSAR and Designing of New Quinazolinone Analogues as DHFR Inhibitors

  • Yamini, L.;Kumari, K. Meena;Vijjulatha, M.
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제32권7호
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    • pp.2433-2442
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    • 2011
  • The three dimensional quantitative structure activity relationship (3D QSAR) models were developed using Comparative molecular field analysis (CoMFA), comparative molecular similarity indices analysis (CoMSIA) and docking studies. The fit of Quinazolinone antifolates inside the active site of modeled bovine dihydrofolate reductase (DHFR) was assessed. Both ligand based (LB) and receptor based (RB) QSAR models were generated, these models showed good internal and external statistical reliability that is evident from the $q^2_{loo}$, $r^2_{ncv}$ and $r^2_{pred}$. The identified key features enabled us to design new Quinazolinone analogues as DHFR inhibitors. This study is a building bridge between docking studies of homology modeled bovine DHFR protein as well as ligand and target based 3D QSAR techniques of CoMFA and CoMSIA approaches.

Character Recognition using Regional Structure

  • Yoo, Suk Won
    • International Journal of Advanced Culture Technology
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    • 제7권1호
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    • pp.64-69
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    • 2019
  • With the advent of the fourth industry, the need for office automation with automatic character recognition capabilities is increasing day by day. Therefore, in this paper, we study a character recognition algorithm that effectively recognizes a new experimental data character by using learning data characters. The proposed algorithm computes the degree of similarity that the structural regions of learning data characters match the corresponding regions of the experimental data character. It has been confirmed that satisfactory results can be obtained by selecting the learning data character with the highest degree of similarity in the matching process as the final recognition result for a given experimental data character.

텍스트 문서 분류에서 범주간 유사도와 계층적 분류 방법의 성과 관계 연구 (A Study on the Relationship between Class Similarity and the Performance of Hierarchical Classification Method in a Text Document Classification Problem)

  • 장수정;민대기
    • 한국전자거래학회지
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    • 제25권3호
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    • pp.77-93
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    • 2020
  • 비정형 텍스트 문서를 다중 범주로 분류하는 문제에 있어서, 계층적 분류 방법이 비계층적 분류 방법에 비하여 분류 성능이 우수한 것으로 알려져 있다. 기존 문헌과 다르게 본 연구에서는 사전에 범주들의 계층 구조가 정의된 상황에서 계층적 분류 방법과 비계층적 분류 방법의 성능을 비교하였다. 수자원 분야 기후변화 적응기술과 관련한 논문 분류 데이터와 20NewsGroup 오픈 데이터를 대상으로 계층적/비계층적 분류 방법의 성능을 비교하였다. 본 연구결과 기존 문헌과 다르게 계층적 분류 방법이 비계층적 분류 방법에 비하여 언제나 성능이 우수한 것은 아님을 확인하였다. 계층 구조의 상위/하위 수준에서의 상대적 유사도에 따라서 계층적/비계층적 분류 방법의 성능에 차이가 있음을 확인하였다. 즉, 상위 수준의 유사도가 하위 수준보다 상대적으로 낮은 경우 상위 수준에서의 오분류 감소로 계층적 분류 방법의 성능이 개선됨을 확인하였다.

집합 유사 시퀀스 매칭의 성능 향상을 위한 인덱스 기반 검색 방법 (An Index-Based Search Method for Performance Improvement of Set-Based Similar Sequence Matching)

  • 이주원;임효상
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제6권11호
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    • pp.507-520
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    • 2017
  • 집합 유사 시퀀스 매칭 방법은 유사한 정도를 나타내는 척도로 교집합을 기반으로 한 유사도를 사용한다. 그러나 교집합 크기를 계산하는 과정에 시간이 오래 걸릴 뿐만 아니라, 유사한 시퀀스를 찾기 위해서 수많은 집합 간 교집합 크기를 구해야 하므로 수행 시간이 오래 걸리는 성능상의 문제가 있다. 본 논문에서는 이러한 성능상의 문제를 해결하기 위해 인덱스 기반의 검색 방법을 사용하여 집합 기반 유사 시퀀스 매칭을 빠르게 수행하는 방법을 제안한다. 제안하는 방법은 크게 두가지로 구분된다. 첫 번째로 집합 시퀀스 유사도 문제를 교집합의 크기 비교 문제로 정형적으로 변환하고, 교집합의 크기를 빠르게 찾을 수 있는 인덱스 구조를 제안한다. 두 번째로 제안한 인덱스 구조를 사용하여 집합 기반 유사 시퀀스 매칭을 효율적으로 수행할 수 있는 방법을 제안한다. 성능 평가 결과, 제안하는 방법이 기존 방법에 비해 최대 30배에서 50배의 수행 시간 단축이 있음을 보인다. 또한 데이터 시퀀스의 개수가 증가할수록 수행시간의 차이가 점점 커지므로, 대용량 데이터 처리에 적절함을 보인다.

관측 시점에 강인한 손 모양 인식을 위한 손 모양과 손 구조 사이의 학습 기반 유사도 결정 방법 (Learning Similarity between Hand-posture and Structure for View-invariant Hand-posture Recognition)

  • 장효영;정진우;변증남
    • 한국지능시스템학회논문지
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    • 제16권3호
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    • pp.271-274
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    • 2006
  • 본 논문에서는 비전 기술에 기반을 둔 손 모양 인식 시스템의 성능 향상을 위해 학습을 통해 손 모양과 손 구조 간 유사도를 결정하는 방법을 제안한다. 비전 센서에 기반을 둔 손 모양 인식은 손의 높은 자유도로 인한 자체 가림 현상과 관찰 방향 변화에 따른 입력 영상의 다양함으로 인해 인식에 어려움이 따른다. 따라서 비전 기반 손 모양 인식의 경우, 카메라와 손 간의 상대적인 각도에 제한을 두거나 여러 대의 카메라를 배치하는 것이 일반적이다. 그러나 카메라와 손 간의 상대적 각도에 제한을 두는 경우에는 사용자의 움직임에 제약이 따르게 되며, 여러 대의 카메라를 사용할 경우에는 각 입력된 영상에 대한 인식 결과를 최종 인식 결과에 반영하는 방식에 대해서 추가적으로 고려해야 한다. 본 논문에서는 비전 기반 손 모양 인식의 이러한 문제점을 개선하기 위하여 인식의 과정에서 사용되는 손 모양 특징을 손 구조적인 각도 정보와 손 영상 특징으로 나누고, 학습을 통해 각 특징 간 연관성을 정의한다.

Conceptual Retrieval of Chinese Frequently Asked Healthcare Questions

  • Liu, Rey-Long;Lin, Shu-Ling
    • International Journal of Knowledge Content Development & Technology
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    • 제5권1호
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    • pp.49-68
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    • 2015
  • Given a query (a health question), retrieval of relevant frequently asked questions (FAQs) is essential as the FAQs provide both reliable and readable information to healthcare consumers. The retrieval requires the estimation of the semantic similarity between the query and each FAQ. The similarity estimation is challenging as semantic structures of Chinese healthcare FAQs are quite different from those of the FAQs in other domains. In this paper, we propose a conceptual model for Chinese healthcare FAQs, and based on the conceptual model, present a technique ECA that estimates conceptual similarities between FAQs. Empirical evaluation shows that ECA can help various kinds of retrievers to rank relevant FAQs significantly higher. We also make ECA online to provide services for FAQ retrievers.

2계층 유사관계행렬 구축을 통한 질의 처리 (Fuzzy Query Processing through Two-level Similarity Relation Matrices Construction)

  • 이기영
    • 한국컴퓨터산업학회논문지
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    • 제4권10호
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    • pp.587-598
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    • 2003
  • 본 연구에서는 학술논문을 대상으로 하여 표제와 초록에 대한 2단계 색인어 유사관계행렬을 구축하였다. 동시출현빈도 기반으로 구축된 색인어 유사관계행렬은 호환관계에 따른 질의 확장으로 재현률을 유지하면서 2단계 내용기반 검색으로 정확률을 향상시키기 위한 색인구조이다. 따라서, 주제 분석을 통해 영역지식을 추출하고 이용자의 정보 요구와 영역지식을 퍼지논리 기반으로 추론하였다. 본 연구는 질의에 본질적으로 가지고 있는 용어 불일치 및 정보표현을 향상시키기 위한 연구이다.

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Various Quantum Ring Structures: Similarity and diversity

  • Park, Dae-Han;Kim, Nammee
    • Applied Science and Convergence Technology
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    • 제25권2호
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    • pp.36-41
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    • 2016
  • Similarity and diversity of various quantum ring structures are investigated by classifying energy dispersions of three different structures: an electrostatic quantum ring, a magnetic quantum ring, and a magnetic-electric quantum ring. The wave functions and the eigenenergies of a single electron in the quantum ring structures are calculated by solving the Schrdinger equation without any electron-electron interaction. Magnetoconductance is studied by calculating a two-terminal conductance while taking into account the backscattering via the resonance through the states of the quantum rings at the center of a quasi-one dimensional conductor. It is found that the energy spectra for the various quantum ring structures are sensitive to additional electrostatic potentials as well as to the effects of a nonuniform magnetic field. There are also characteristics of similarity and diversity in the energy dispersions and in the single-channel magnetoconductance.

Spatial and Temporal Distribution of Macrobenthos in Intertidal Hard Bottoms in Dokdo Island

  • Kim, Jong-Chun;Park, Kang-Wook;Yoo, Kyong-Dong;Jung, Sung-Yong
    • 한국환경생태학회지
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    • 제29권2호
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    • pp.221-227
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    • 2015
  • This study was carried out to measure seasonal changes in the community structure and species composition of marobenthos in the intertidal area of Dokdo. The macrobenthos identified during this study was comprised of 36 species: predominately 25 species of mollusks(69.4 %), 6 species of arthropods(16.7 %), 3 species of echinodermata(8.3 %) and 1 species of cnidaria (5.6 %). The number of marobenthos species ranged from 27 in Spring to 33 in Autumn. In terms of the top 10 dominant species, there were 7 species of mollusks and 3 species of arthropods in the this study. After analyzing the bray-curtis similarity, it was divided into two large groups(A, B). Such group classification matched the SIMPROF(Similarity Profile Analysis) and the one-way ANOSIM(Analysis of similarities) analysis.

단백질 서열의 상동 관계를 가중 조합한 단백질 이차 구조 예측 (Prediction of Protein Secondary Structure Using the Weighted Combination of Homology Information of Protein Sequences)

  • 지상문
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제20권9호
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    • pp.1816-1821
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    • 2016
  • 단백질은 대부분의 생물학적 과정에서 중대한 역할을 수행하고 있으므로, 단백질 진화, 구조와 기능을 알아내기 위하여 많은 연구가 수행되고 있는데, 단백질의 이차 구조는 이러한 연구의 중요한 기본적 정보이다. 본 연구는 대규모 단백질 구조 자료로부터 단백질 이차 구조 정보를 효과적으로 추출하여 미지의 단백질 서열이 가지는 이차 구조를 예측하려 한다. 질의 서열과 상동관계에 있는 단백질 구조자료내의 서열들을 광범위하게 찾아내기 위하여, 탐색에 사용하는 프로파일의 구성에 질의 서열과 유사한 서열들을 사용하고 갭을 허용하여 반복적인 탐색이 가능한 PSI-BLAST를 사용하였다. 상동 단백질들의 이차구조는 질의 서열과의 상동 관계의 강도에 따라 가중되어 이차 구조 예측에 기여되었다. 이차 구조를 각각 세 개와 여덟 개로 분류하는 예측 실험에서 상동 서열들과 신경망을 동시에 사용하여 93.28%와 88.79%의 정확도를 얻어서 기존 방법보다 성능이 향상되었다.