• 미생물학회지
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• 제37권2호
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• pp.120-123
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• 2001

Sphingomonas chungbukensis DJ77에서 난분해성 물질 분해 유전자가 chromosome 또는 plasmid 존재하는지를 규명하였다. 야생주 DJ77의 plasmid를 mitomycin C를 이용하여 curing 시킨 후, 각각 phenanthrene과 biphenyl이 단일 탄소원으로 첨가된 최소배지에서 배양한 결과 야생주는 성장을 하지만 plasmid가 제거된 DJ77은 성장하지 않았다. 각각의 plasmid DNA를 분리한 수 이미 클로닝된 방향족 탄화수소 분해에 관련된 DNA를 probe로 하여 Southern hybridization을 한 결과 야생주에서만 positive signal을 발견할 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제34권3호
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• pp.115-119
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• 1998

Pseudomonas sp. DJ77로부터 전보에서 클로닝한 pHENX7의 하류방향으로 약 3kb 정도를 포함하는 pYCS500을 클로닝하였다. PYCS500의 제한효소지도를 작성하고 부분적으로 염기서열을 분석한 결과 465 bp의 HindIII-ClaI절편에서 282 bp로 이루어진 하나의 open reading frame(ORF)을 발견하였다. phnM으로 명명된 이 ORF는 93개의 아미노산으로 구성된 polypeptide를 암호화하고 있었으며 계산된 분자량은 10,008 Da이었다. PhnM은 NahT, XylT, DmpQ, AtdS, PhlG, PhhQ, TbuW 등 plant-type ferredoxin 형태의 단백질과 37.7%-53.9%의 상동성을 나타내었으며 이들이 공통적으로 가지고 있는 motif가 일치하였다.

• 미생물학회지
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• 제30권1호
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• pp.8-14
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• 1992

Pseudomonas sp. DJ77로부터 extradiol dioxygenase 유전자(phnE)를 클로닝하고 염기배열을 결정하였다. 921 bp의 open reading frame (ORF) 이 존재하였고 개시코돈 앞에서 Shine-Dalgarno sequence를 발견하였다. phnE 유전자에서 만들어지는 PhnE 단백질은 분자량이 34,449 Da 인데 SDS-polycrylamide gel 전기영동에 의해 측정된 분자량과 일치하였다. PhnE는 NahH, XylE, DmpB 등과 아미노산 배열의 상동성의 약 50% 였다. DJ77에는 bphC와 같은 3형의 extradiol dioxygenase 유전자는 발견할 수 없었다. DJ77 과 JM101(pPE17)은 catechol, 3-methylcatechol, 4-methylcatechol, 2, 3-dihydroxybiphenyl 등의 기질을 meta-cleavage 하여 노란색 화합물을 생성할 수 있었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제25권4호
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• pp.374-378
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• 1997

Glutathione S-transferase (GST) was purified from Pseudomonas sp. DJ77, and its N-terminal sequence was determined to be MKLFISPGACSL. A specific tyrosyl residue in the vicinity of the N terminus is conserved in all the known cytosolic GSTs and has been shown to function as a catalytic residue in $\alpha$, $\mu$, $\pi$ class GSTs from mammals. However, Pseudomonas sp. DJ77 GST has the Phe-4 and Ile-5 instead of Tyr in N-terminus. Its replacement with tyrosine did not significantly affect the enzyme activity. Results from in vitro biochemical analyses were confirmed by the in vivo activity-based CDNB growth inhibition analyses. Our results clearly indicate that GST of Pseudomonas sp. DJ77 has a novel reaction mechanism different from that of mammalian GSTs.

• 미생물학회지
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• 제33권1호
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• pp.22-26
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• 1997

Pseudomonas sp. DJ77의 게놈 library로부터 phenanthrene 분해에 관련된 유전자를 포함하는 약 5-kb의 XhoI 절편을 pBLUESCRIPT SK(+)로 클로닝하였으며, 이 재조합 plasmid를 pUPX5라 명명하였다. 이 재조합 균주에 catechol과 2,3-dihydroxybiphenyl 용액을 분무하면 노란색의 meta-cleavage 화합물이 생성됨을 관찰 할 수 있었다. 그리고 효소 활성을 측정한 결과 catechol에서보다 2,3-dihydroxybiphenyl에 더 큰 활성을 나타냈다. 이 부분에 존재하는 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase 유전자의 위치를 결정하고, 이 유전자를 phnQ라 명명하였다.

• BMB Reports
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• 제32권4호
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• pp.399-404
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• 1999

2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase (2,3-DHBD), which catalyzes the ring meta-cleavage of 2,3-dihydroxybiphenyl, is encoded by the phnQ gene of biphenyl- and phenanthrene-degrading Pseudomonas sp. strain DJ77. We determined the nucleotide sequence of a DNA fragment of 1497 base pairs which included the phnQ gene. The fragment lncluded an open reading frame of 903 base pairs to accommodate the enzyme. The predicted amino acid sequence of the enzyme subunit consisted of 300 residues. In front of the gene, a sequence resembling an E. coli promoter was identified, which led to constitutive expression of the cloned gene in E. coli. The deduced amino acid sequence of the PhnQ enzyme exhibited 85.6% identity with that of the corresponding enzyme in Sphingomonas yanoikuyae Q1 (formerly S. paucimobilis Q1) and 22.1% identity with that of catechol 1,2,3-dioxygenase from the same DJ77 strain. PhnQ showed broader substrate preference than previously-cloned PhnE, catechol 2,3-dioxygenase. Ten amino acid residues, considered to be important for the role of extradiol dioxygenases, were conserved.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제25권4호
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• pp.367-373
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• 1997

One of the three components of the phenanthrene dioxygenase which is required for conversion of phenanthrene to cis-phenanthrene dihydrodiol, Rieske-type ferredoxin encoded by phnR has been cloned and sequenced from Pseudomonas sp. strain DJ77. The gene phnR is positioned at the downstream of phnQ encoding 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase. The PhnR ferredoxin contains 108 amino acids with a Mr of 11,355. The deduced amino acid sequence of the PhnR ferredoxin is 35-79% identical to those of homologous ferredoxins encoded by various genes.

• Journal of Microbiology
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• 제45권1호
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• pp.79-82
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• 2007

The 58 rRNA gene from Sphingobium chungbukense DJ77 was identified. The secondary structure of the 199-base-long RNA was proposed. The two-base-long D loop was the shortest among all of the known 5S rRNAs. The U19-U64 non-canonical pair in the helix II region was uniquely found in strain DJ77 among all of the sphingomonads.

• 미생물학회지
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• 제33권2호
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• pp.92-96
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• 1997

Pseudomonas sp. strain DJ77로부터 클로닝한 catechol 분해와 관련된 phnDEFG 유전자들이 존재하는 pHENX7에서 phnF 유전자의 염기서열을 밝혔다. Extradiol dioxygenase 유전자인 phnE와, 2-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase를 생산하는 phnG 유전자 사이에 존재하는 유전자 phnF는 432 bps로 된 하나의 open reading frame(ORF)으로 존재하였고, 여기서 유추한 아미노산은 143개로 분자량 13,859 dalton의 polypeptide를 만들어 내고 있다. phnF 유전자는 Sphingomonas sp. strain HV3 catE 유전자 부위와 sphingomonas yanoikuyae B1의 xylE와 xylG 사이에 존재하는 ORF 부위의 염기서열과 각각 99%, 68.6%의 상동성을 가지고 있었다. 또한 PhnF 단백질의 아미노산서열은 citrobacter freundii DSM30040의 orfY 부위의 아미노산서열과 62.3%의 상동성이 있었다.

• 미생물학회지
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• 제41권2호
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• pp.93-98
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• 2005

Sphingomonas chungbukensis DJ77의 유전체 서열분식 과정에서 969개의 nucleotide로 구성된 sphingosine kinase 유전자를 동정하였다. 이 sphingosine kinase 단백질의 아미노산 서열은 Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4의 sphingosine kinase 아미노산 서열과 $55\%$의 상동성을 보였다. 또한 다중서열정렬을 통해 각각 진핵세포의 sphingosine kinase의 C2, C3, C5 domain에 속하는 3개의 conserved sequence를 발견하였다. 그 중 하나는 sphingosine kinase에서 ATP-binding site일 것으로 예상되어지는nucleotide-binding motif(GGDG)였고 나머지 둘은 아직 기능이 알려지지 않은 conserved sequences 였다. 이러한 다중서열정렬을 바탕으로 계통수를 그려본 결과, S. chungbukensis DJ77의 sphingosine kinase (SPK)는 COG1597 그룹과 유사했으며, COG1597 내에서 동일종의 diacylglycerol kinase와는 서로 다른 그룹에 속하는 것으로 나타났다. 재조합 SPK는 이종(異種)세포인 Escherichia coli내에서 성공적으로 과발현 되었으나, 세포 내에서 불용성 복합체(inclusion body)를 형성하였다.