• 대한본초학회지
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• 제33권3호
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• pp.25-35
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• 2018

Objectives : Lepidii seu Descurainiae Semen has been frequently adulterated with the seeds of several inauthentic plant species. However, the accurate identification of these plant seeds is very difficult. To develop a reliable genetic authentication tool for Lepidii seu Descurainiae Semen, we analyzed matK sequence. Methods : To obtain the matK sequences of plant materials, genomic DNA was extracted from 24 samples and PCR amplification was carried out using matK-AF/matK-8R universal primer set and matK-LDSF/matK-LDSR primer set. For identifying species-specific nucleotides and phylogenetic analysis, matK regions were sequenced and comparatively analyzed by the ClustalW and Maximum Likelihood method. Results : We developed a new primer set to amplify matK region in Lepidii seu Descurainiae Semen and closely related plant samples. From the comparative analysis of matK sequences, we identified species-specific marker nucleotides for D. sophia, L. apetalum, L. latifolium, E. cheiranthoides, E. macilentum, and D. nemorosa, respectively. Furthermore, phylogenetic analysis revealed clear classification depending on the species. These results indicated that the matK sequence obtained a new primer set in this study was useful to identify Lepidii seu Descurainiae Semen in species level. Conclusions : We developed a primer set and identified species-specific marker nucleotides enough to distinguish authentic Lepidii seu Descurainiae Semen and adulterants at the species level based on the matK sequences. These genetic tool will be useful to prevent adulteration and to standardize the quality of Lepidii seu Descurainiae Semen.

• 식물병연구
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• 제16권2호
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• pp.129-135
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• 2010

강낭콩 종자로부터 강낭콩(Phaseolus vulgaris L.)에서 halo blight(달무리마름병)을 일으키는 종자 전염 병원세균인 Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola를 검출하는 PCR 방법을 개발하였다. 프라이머 Psp-JH-F와 Psp-JH-R는 오직 Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola로 부터 513 bp 크기의 DNA를 증폭하였다. 1차 PCR 증폭 산물의 안쪽에서 디자인 한 nested PCR 용 프라이머인 psp-JH-F-ne and psp-JH-R-ne는 오직 Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola로부터 169 bp 크기의 DNA를 증폭하였다. 이들 프라이머들은 강낭콩, 완두, 대두 등을 포함 콩과 종자 추출액으로부터 어떤 비특이적 DNA도 증폭하지 않았다. 인공적으로 병원균을 접종한 강낭콩 종자를 이용하여 병원균 검출 민감도를 비교하였을 때, 본 연구에서 개발한 nested PCR 방법이 ELISA나 선택배지 보다 훨씬 높은 민감도를 보여주었다. 본 연구에서 개발한 PCR방법들은 강낭콩 종자로부터 Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola를 검출하는 매우 유용한 방법으로 생각된다.

• 한국자원식물학회지
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• 제17권2호
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• pp.107-115
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• 2004

참다래 육종을 위한 종 분류와 분자 표지인자로서 유용하게 이용될 수 있는 primer를 개발하기 위하여 참다래 genome 특이 반복 염기서열로부터 19∼20base 크기로 18개의 primer를 제작하여 kiwifruit target primer(KT primer)라 명명하였으며, 동아시아 지역에서 수집된 7종 22계통의 다래나무 속 식물을 이용하여 활용 가능성 을 조사하였다. 유연관계 분석을 위하여 7개의 primer가 선발되었으며, 이를 이용한 RAPD 결과 크게 2개의 군으로 나뉘어 졌다. 제 1 군(A. arguta, A. melanandra, A. kolumikta와 A. marcrosperma)은 주로 과실에 전혀 털이 없으며 잎에는 털이 전혀 없거나 어렸을 때 극소량의 연모가 있다가 없어지는 그룹으로서 Leiocarpae 절에 속하였다. 제 2 군(A. chinensis, A. deliciosa 및 A. eriantha)은 어린 과실에서는 털이 많았다가 성숙하면서 털이 없어지는 계통 및 잎과 줄기에 털이 아주 많거나 조밀한 솜털이 있는 그룹으로서 Stellatae절에 속하였다. 제 2 군은 Stellatae 절에서도 Pefectae 아절에 속하는 것으로 A. chinensis, A. deliciosa 및 A. eriantha가 포함되었으며, 다시 A. chinensis와 A. deliciosa를 포함하는 그룹과 A. eriantha 등 2개의 그룹으로 나뉘어졌다. 같은 부모로부터 유래된 것으로 알려진 A. chinensis와 A. deliciosa는 80％의 유사도에서 두 개의 그룹으로 나뉘어졌다. 또한 PCR 결과 A. deliciosa 종 및 헤이워드와 토무리 계통 특이 밴드가 KT12F와 KT6F에서 나타났으며, 유전양상 분석에서 KT7F와 KT12F가 유용하였다. 본 연구 결과 KT primer는 참다래의 유전양상 분석과 특이한 유전양상을 나타내는 개체선발 및 도태에 유용하게 이용될 수 있고, 또한 참다래 육종 효율향상에 많은 도움을 줄 수 있다고 판단되었다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제7권2호
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• pp.119-126
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• 2003

본 연구실에서는 이전의 실험에서 suppression subtractive hybridization(SSH)을 통하여 생쥐의 생후 1일자 난소와 5일자 난소에서 차이 나게 발현하는 유전자들의 목록을 얻었고 그 중에서 MT transposon-like element, clone MTi7(MTi7)이 성장하는 난포에서 더 높게 발현한다는 것을 알아냈다(Park et al., 2002). In situ hybridization과 RNA interference를 이용한 연구결과, MTi7은 난자에서 특이 적으로 발현하는 유전자로 특히 난자성숙에 관여하는 것으로 관찰되었다(Park et at., 2003). 그러나 현재까지 MTi7의 염기서열은 생쥐에서만 알려져 있다. 따라서 본 연구는 두 부분으로 나누어서 첫째, MTi7이 다른 포유류에도 존재하는지 알아보기 위해 소,돼지, 흰쥐 그리고 사람 등 각기 다른 네 종의 난소 cDNA를 사용하여 새로운 MTi7을 분리하고자 하였으며, 둘째, 생쥐의 MTi7이 transposon의 특징을 갖고 있어 다른 유전자에 삽입되어 있는지를 알아보기 위해 inverse PCR을 시행하여 MTi7주변의 유전자가 있는지를 조사하였다. 네 종의 난소 cDNA를 사용하여 생쥐의 MTi7과 매우 유사한 염기서열을 갖고 있음을 알았다(87%∼98%). Inverse PCR 결과, 생쥐의 MTi7은 beta-carotene 15, 15'-monooxygenase(Bcdo) 유전자 혹은 serine protease inhibitor, Kunitz type I(Spint 1) 유전자에 삽입되어 있음을 알 수 있었다. 본 연구의 결과로 여러 포유류의 MTi7 sequence를 알아내고, 또한 생쥐의 MTi7이 삽입되어 있는 유전자를 알아냄으로써 머지 않은 장래에 난자형성 및 난포형성과정에 있어서 MTi7의 역할을 밝혀 낼 수 있을 것으로 기대된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제15권3호
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• pp.502-509
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• 2005

Sexual reproduction plays an important role in the biology and epidemiology of oomycete plant pathogens such as the heterothallic species Phytophthora infestans. Recent worldwide dispersal of A2 mating type strains of P. infestans resulted in increased virulence, gene transfer, and genetic variation, creating new challenges for disease management. To develop a genetic assay for mating type identification in P. infestans, we used the Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) technique. The primer combination E+AT/M+CTA detected a fragment specific to A1 mating type (Mat-A1) of P. infestans. This fragment was cloned and sequenced, and a pair of primers (INF-1, INF-2) were designed and used to differentiate P. infestans Mat-A1 from Mat-A2 strains. The Mat A1-specific fragment was detected using Southern blot analysis of PCR products amplified with primers INF-1 and INF-2 from genomic DNA of 14 P. infestans Mat-A1 strains, but not 13 P. infestans Mat-A2 strains or 8 other isolates representing several Phytophthora spp. Southern blot analysis of genomic DNAs of P. infestans isolates revealed a 1.6 kb restriction enzyme (EcoRI, BamHI, AvaI)-fragment only in Mat-A1 strains. The A1 mating type-specific primers amplified a unique band under stringent annealing temperatures of $63^{\circ}C-64^{\circ}C$, suggesting that this PCR assay could be developed into a useful method for mating type determination of P. infestans in field material.

• Mycobiology
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• 제41권2호
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• pp.86-93
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• 2013

Sequence characterized amplified region (SCAR) markers are one of the most effective and accurate tools for microbial identification. In this study, we applied SCAR markers for the rapid and accurate detection of Phytophthora katsurae, the casual agent of chestnut ink disease in Korea. In this study, we developed seven SCAR markers specific to P. katsurae using random amplified polymorphic DNA (RAPD), and assessed the potential of the SCAR markers to serve as tools for identifying P. katsurae. Seven primer pairs (SOPC 1F/SOPC 1R, SOPC 1-1F/SOPC 1-1R, SOPC 3F/SOPC 3R, SOPC 4F/SOPC 4R, SOPC 4F/SOPC 4-1R, SOPD 9F/SOPD 9R, and SOPD 10F/SOPD 10R) from a sequence derived from RAPD fragments were designed for the analysis of the SCAR markers. To evaluate the specificity and sensitivity of the SCAR markers, the genomic DNA of P. katsurae was serially diluted 10-fold to final concentrations from 1 mg/mL to 1 pg/mL. The limit of detection using the SCAR markers ranged from $100{\mu}g/mL$ to 100 ng/mL. To identify the limit for detecting P. katsurae zoospores, each suspension of zoospores was serially diluted 10-fold to final concentrations from $10{\times}10^5$ to $10{\times}10^1$ zoospores/mL, and then extracted. The limit of detection by SCAR markers was approximately $10{\times}10^1$ zoospores/mL. PCR detection with SCAR markers was specific for P. katsurae, and did not produce any P. katsurae-specific PCR amplicons from 16 other Phytophthora species used as controls. This study shows that SCAR markers are a useful tool for the rapid and effective detection of P. katsurae.

• Mycobiology
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• 제31권3호
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• pp.133-138
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• 2003

Analysis of phylogenetic relationship was performed among Phellinus species based on 18S ribosomal subunit sequence data. Twenty-five strains of 19 Phellinus species including P. linteus were examined in this study. Regions of 18S ribosomal subunit were very conserved, but some variable regions between Phellinus species were observed. The species-specific detection primers, modified by 2 or 3 nucleotides in sense primer were designed based on 18S ribosomal DNA(rDNA) sequence data. The 210 by PCR bands were detected with annealing temperature $48^{\circ}C$. The 18S 2F-18S 4R detection primer set distinguished P. linteus from various Phellinus species but some species like P. baumii, P. weirianius, P. rhabarberinus and P. pomaceus also had weak reactivity on this primer set. The 18S 3F-18S 4R primer set distinguished only P. linteus from various Phellinus species, although sensitivity with this primer set was lower than that of 18S 2F-18 4R primer set. These primer sets would be useful for the detection of only P. linteus among unknown Phellinus species rapidly.

• International Journal of Oral Biology
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• 제38권4호
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• pp.181-188
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• 2013

The presence of distinct bacterial species is found to be dependent on age, diet, and disease. We compared the detection rate of several oral bacterial strains in a cohort of 36 subjects including healthy volunteers, periodontal patients, and oral cancer patients. Gargling samples were obtained from these subjects from which DNA was then extracted. Specific primers for 29 bacterial species were used for PCR detection. In the oral cancer patients, Capnocytophaga ochracea, Gemella morbillorum, and Streptococcus salivarius were detected more frequently compared with the healthy volunteers and periodontitis patients. Fusobacterium nucleatum/ polymorphym and Prevotella nigrescens were significantly less prevalent in oral cancer patients than the other groups. In periodontitis patients, Porphyromonas gingivalis and Treponema denticola were more frequently found compared with the healthy volunteers. In the healthy volunteer group, Peptostreptococcus anaerobius was more frequently found than the other groups. The detection rate of several oral bacterial species was thus found to differ between healthy volunteers, periodontitis patients and oral cancer patients.

• Molecules and Cells
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• 제40권2호
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• pp.100-108
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• 2017

Cathepsin F, which is encoded by CTSF, is a cysteine proteinase ubiquitously expressed in several tissues. In a previous study, novel transcripts of the CTSF gene were identified in the crab-eating monkey deriving from the integration of an Alu element-AluYRa1. The occurrence of AluYRa1-derived alternative transcripts and the mechanism of exonization events in the CTSF gene of human, rhesus monkey, and crabeating monkey were investigated using PCR and reverse transcription PCR on the genomic DNA and cDNA isolated from several tissues. Results demonstrated that AluYRa1 was only integrated into the genome of Macaca species and this lineage-specific integration led to exonization events by producing a conserved 3' splice site. Six transcript variants (V1-V6) were generated by alternative splicing (AS) events, including intron retention and alternative 5' splice sites in the 5' and 3' flanking regions of CTSF_AluYRa1. Among them, V3-V5 transcripts were ubiquitously expressed in all tissues of rhesus monkey and crab-eating monkey, whereas AluYRa1-exonized V1 was dominantly expressed in the testis of the crab-eating monkey, and V2 was only expressed in the testis of the two monkeys. These five transcript variants also had different amino acid sequences in the C-terminal region of CTSF, as compared to reference sequences. Thus, species-specific Alu-derived exonization by lineage-specific integration of Alu elements and AS events seems to have played an important role during primate evolution by producing transcript variants and gene diversification.

• 한국균학회지
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• 제35권2호
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• pp.61-67
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• 2007

일반 느타리(P. ostreatus) 59품종, 사철느타리(P. florida) 2품종, 여름느타리(P. sajor-caju) 1품종, 전복느타리(P. abalonus) 1품종, 큰 느타리(P. eryngii) 2품종을 포함 하는 국내 등록된 총 65느타리버섯 품종이 URP-PCR다형성 분석에 적용되었다. 12종류의 URP primer 중 6종류의 URP primer가 품종간의 PCR 다형성 분석에 유효하였으며, URP2F primer는 높은 PCR 다형성 밴드를 형성하면서 품종간 PCR 다형성을 15 type으로 분류할 수 있었다. URP2F, URP6R, URP4R, URP2R에 의해 생성된 느타리 품종의 PCR다형성 밴드가 유전적 유사도 산출에 이용되어 UPGMA cluster분석을 적용 dendrogram을 작성하였다. P. ostreatus의 품종군은 group 1에서 group 5까지를 포함하고 있었으며, 그룹간에 70% 이상의 유전적 유연관계를 보였으며 기 장려품종으로 보급된 원형느타리 1, 2, 3호와 춘추 1, 2호 농기2-1, 농기201, 농기202 등 8품종은 group 1에서 4에 포함되어 있었다. group 5는 수한 및 신농 품종군이 밀접한 유전적 유사도를 보여 특징적인 품종군을 이루고 있었다. outside group으로서는 전복느타리, 큰 느타리, 여름느타리, 백송이가 group 6과 group 7에 포함되었다.