• 제목/요약/키워드: Species detection

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Detection of Campylobacter jejuni in food and poultry visors using immunomagnetic separation and microtitre hybridization

  • Simard, Ronald-E.
    • 한국어업기술학회:학술대회논문집
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    • 한국어업기술학회 2000년도 춘계수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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    • pp.71-73
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    • 2000
  • Campylobacter jejuni is most frequently identified cause of cause of acute diarrhoeal infections in developeed countries, exceeding rates of illness caused by both salmonella and shigilla(Skirrow, 1990 ; Lior 1994). Previous studies on campylobacter jejuni contamination of commercial broiler carcasses in u.s.(Stern, 1992). Most cases of the disease result from indirect transmission of Campylobactor from animals via milk, water and meat. In addition to Campylobactor jejuni. the closely relates species Campylobactor coli and Campylobactor lari have also been implicated as agents of gastroenteritis in humans. Campylobactor coli represented only approximately 3% of the Campylobactor isolates from patients with Campylobactor enteritis(Griffiths and Park, 1990) whereas Campylobactor coli is mainly isolated from pork(Lmmerding et al., 1988). Campylobactor jejuni has also been isolated from cases of bacteremia, appendicitis and, recently, has been associated with Guillai-Barre syndrome(Allos and Blaser, 1994; von Wulffen et al., 1994; Phillips, 1995). Studies in volunteers indicated that the infectious dose for Campylobactor jejuni is low(about 500 organisms)(Robinson, 1981). The methods traditionally used to detect Campylobactor ssp. in food require at least two days of incubation in an enrichment broth followed by plating and two days of incubation on complex culture media containing many antibiotics(Goossens and Butzler, 1992). Finnaly, several biochemical tests must be done to confirm the indentification at the species level. Therfore, sensitive and specific methods for the detection of small numbers of Campylobactor cells in food are needed. Polymerase chain reaction(PCR) assays targeting specific DNA sequences have been developed for the detection of Campylobactor(Giesendorf and Quint, 1995; Hemandex et al., 1995; Winter and Slavidk, 1995). In most cases, a short enrichment step is needed to enhance the sensitivity of the assay prior to detection by PCR as the number of bacteria in the food products is low in comparison with those found in dinical samples, and because the complex composition of food matrices can hinder the PCR and lower its sensitivity. However, these PCR systems are technically demanding to carry out and cumbersome when processing a large number of samples simutaneously. In this paper, an immunomagnetic method to concentrate Campylobactor cells present in food or clinical samples after an enrichment step is described. To detect specifically the thermophilic Campylobactor. a monoclonal antibody was adsorbed on the surface of the magnetic beads which react against a major porin of 45kDa present on the surface of the cells(Huyer et al., 1986). After this partial purification and concentration step, detection of bound cells was achieved using a simple, inexpensive microtitre plate-based hybridization system. We examined two alternative detection systems, one specific for thermophilic Campylobactor based on the detection of 23S rRNA using an immobilized DNA probe. The second system is less specific but more sensitive because of the high copy number of the rRNA present in bacterial cell($10^3-10^4$). By using specific immunomagnetic beads against thermophilic Campylobactor, it was possible to concentrate these cells from a heterogeneous media and obtain highly specific hybridization reactions with good sensitivity. There are several advantages in using microtitre plates instead of filter membranes or other matrices for hybridization techniques. Microtitre plates are much easier to handle than filter membranes during the adsorption, washing, hybridization and detection steps, and their use faciilitates the simultanuous analysis of multiple sample. Here we report on the use of a very simple detection procedure based on a monoclonal anti-RNA-DNA hybrid antibody(Fliss et al., 1999) for detection of the RNA-DNA hybrids formed in the wells.

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16S rDNA sequence에 대한 종특이성 primer를 이용한 중합효소연쇄반응증폭에 의한 Porphyromonas endodontalis의 동정에 관한 연구 (A STUDY ON THE IDENTIFICATION OF Porphyromonas endodontalis BY PCR USING SPECIES SPECIFIC PRIMERS FOR THE 16S rDNA)

  • 엄승희;임성삼;배광식
    • Restorative Dentistry and Endodontics
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    • 제24권1호
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    • pp.13-25
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    • 1999
  • P. endodontalis which was known to be associated with the infected root canals and periapical lesions is very difficult to detect by culture methods or traditional methods. Detection of bacteria using polymerase chain reaction(PCR) for 16S ribosomal DNA(rDNA) is fast, simple, and accurate with relatively small amount of target cells. 16S rDNA consist of conserved regions those are same to all species, and variable regions which represent species specificity. The 16S rDNA sequences of P. endodontalis and P. gingivalis were aligned and two highly variable regions were selected as a pair of species specific oligonucleotide primers for P. endodontalis. And then the pair of primers for PCR amplification was synthesized to identify P. endodontalis. The sequences of the species specific primers for the 16S rDNA of P. endodontalis were as follows ; sense primer[endo1]: 5'-CTATATTCTTCTTTCTCCGCATGGAGGAGG-3' antisense primer[endo2]: 5'-GCATACCTTCGGTCTCCTCTAGCATAT-3' In this study, for the identification of P. endodontalis without culture from the mixed clinical samples, PCR was done with species specific primers for the 16S rDNA sequences of P. endodontalis. The results were as follows : 1. The species specificity of the primers for the 16S rDNA of P. endodntalis was determined by the PCR methods. About 490bp amplicon which was specific only for P. endodntalis was produced with P. endodontalis. No amplicon was produced by PCR with other strains similar to P. endodontalis. 2. The synthesized species specific primers reacted with conventionally identified P. endodontalis which we have in conservative dentistry laboratory. 3. The identification of P. endodontalis using PCR technique with samples collected from infected root canals or periapical lesions was more sensitive than that of culture methods. 4. Seven samples revealed including P. endodontalis by PCR technique. Five of them were related with pains, two of them with sinus tract, three of them with foul odor, and three of them with purulent drainage. P. endodontalis was shown to have great relation with pains.

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침입외래생물의 사전예방 제도 및 개선방향 (Overview of Preventive Measures against Invasive Alien Species in Korea and Suggestions for their Improvement)

  • 길지현;김창기
    • 생태와환경
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    • 제47권4호
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    • pp.239-246
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    • 2014
  • 2014년에 시행된 생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률에 따라 외래생물의 사전예방적 관리 제도가 마련되었다. 아직 국내에 도입되지 않았으나 도입될 경우 생태계에 침입하여 부정적인 영향을 줄 수 있는 외래생물 중 포유류, 조류, 어류, 연체동물, 곤충, 식물을 포함한 24종이 위해우려종으로 지정되었다. 위해우려종을 국내로 수입 반입하고자 할 경우에는 환경부장관으로부터 승인을 받아야 한다. 이러한 제도는 기존의 법 체계에 비해 사전관리가 도입되었다는 측면에서 발전한 것이지만, 몇가지 개선해야 할 점이 있다. 첫째, 위해우려종의 범주 확대이다. 현재의 국내에 도입이 되지 않은 외래생물 대상에서, 국내에 도입되어 수족관, 식물원, 동물원 등의 사육 또는 재배시설 안에 제한적으로 존재하며 아직 생태계에는 정착되지 않은 외래생물까지 고려할 필요가 있다. 둘째, 정부에서는 수입 반입 신청자를 위하여 위해 우려종의 생태계위해성심사 세부 기준과 위해우려종이 자연 환경으로 탈출하는 것을 방지할 수 있는 안전관리 지침을 제공하여야 한다. 셋째, 위해우려종의 탈출에 대한 조기 탐지 및 신속 대응 방법 및 프로토콜이 개발되어야 한다.

수중의 비소 종 분리 분석 (Speciation Analysis of Arsenic Species in Surface Water)

  • 정관조;김덕찬
    • 대한환경공학회지
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    • 제30권6호
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    • pp.621-627
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    • 2008
  • 본 연구에서는 물속 As(III)와 As(V)의 종 규명분석에 필요한 HPLC와 DRC-ICP-MS의 최적조건을 설정하고, 이를 이용하여 한강 팔당수계 10개 지류 천으로부터 채취한 시료중의 As(III)와 As(V)를 분석 검토하였다. 종 분리를 위한 HPLC의 이동상으로는 10 mM ammonium nitrate와 10 mM ammonium phosphate monobasic을 사용하였으며, flushing solvent로는 5% v/v 메탄올을 사용하였다. 검출기는 DRC-ICP-MS를, 반응기체는 산소를 사용하였다. 최적 분석조건을 설정하기 위하여 이동상의 pH, 유량 및 시료 주입량과 DRC의 산소 유량을 달리하여 검토한 결과, 이동상의 pH는 9.4, 유량은 1.5 mL/min, 시료 주입량은 100 $\mu$L, 산소의 유량은 0.5 mL/min이었을 때 가장 좋은 분석조건으로 나타났다. 검정곡선은 As(III)와 As(V)에 대해 모두 r$^2$ = 0.998 이상의 선형성을 나타냈으며, As(III)의 검출한계는 0.10 $\mu$g/L, 정확도(RSD)는 4.3%, 회수율은 95.2%, As(V)의 검출한계는 0.08 $\mu$g/L, 정확도(RSD)는 3.6%, 회수율은 96.4%로 나타났다. 분석시간은 4분이었다. 설정된 파라미터를 적용하여 한강 팔당수계 유입 10개 지류 천에서 채수한 시료를 분석한 결과, As(III)는 0.10$\sim$0.22 $\mu$g/L, As(V)는 0.44$\sim$1.19 $\mu$g/L의 범위로 나타났으며, 총 비소의 93.5%가 As(V)의 형태인 것을 확인할 수 있었다.

2010년 방류용 수산종묘에 대한 병원체 검출 (Detection of fish pathogens in cultured juveniles for stock enhancement in 2010)

  • 조미영;박수영;원경미;한현자;이순정;조영아;김진우
    • 한국어병학회지
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    • 제24권2호
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    • pp.121-129
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    • 2011
  • 배양장에서 생산된 양식생물은 자원조성에 필요한 종묘를 제공한다는 측면에서 매우 중요한 역할을 담당하고 있으며, 방류종묘의 질, 특히 개체의 건강도 는 방류이후 서식처에서 생존하고 자원조성 효과를 결정짓는데 매우 중요한 요소가 된다. 2010년도 방류 품종(해면품종 33종과 내수면품종 12품종)을 대상으로 수산동물전염병의 감염 여부를 검사하였다. 검사 품종 중에서 해면품종으로는 전복이 20.0%로 가장 많았으며, 그 다음 해삼(15.6%), 넙치(8.4%), 조피볼락(6.7%), 감성돔(6.3%), 꽃게(6.1%) 순으로 나타났다. 내수면품종 중에서는 붕어가 19.4%로 가장 많았으며, 그 다음으로 뱀장어(11.8%), 동자개(10.9%), 쏘가리(10.8%), 다슬기(8.4%), 메기(7.7%)의 순으로 나타났다. 총 45개 품종을 대상으로 1,120회의 검사가 의뢰되었으며, 검사 항목별로 2,105건의 검사를 실시한 결과 30건에서 koi herpesvirus (KHV), red sea bream iridovirus (RSIV), white spot syndrome virus (WSSV) 또는 viral haemorrhagic septicemia virus (VHSV)와 같은 병원체가 검출되어 불합격 처리되었다.

반려동물 사료의 Salmonella spp. 신속검출을 위한 증균배양법, 면역학적 검출법 및 종 특이 프라이머를 이용한 PCR 방법 비교 (Comparison of Conventional Culture Method, Enzyme Immune Method, and PCR for the Rapid Detection of Salmonella spp. in Pet Food)

  • 윤혜정;차선호;이승화;정민희;나태웅;김혜진;조현정;홍성희
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제37권1호
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    • pp.15-20
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    • 2022
  • 국내 유통되는 반려동물 사료의 살모넬라 분석시 증균배양법, 효소면역기법에 의한 분석, 종 특이 primer를 활용한 PCR 방법을 활용하여 비교 평가하였다. 시료 175점 Salmonella spp. 검출 결과 증균배양법 및 종 특이 primer를 활용한 PCR 방법에 의한 검출 방법에서 2점의 시료(육포, 옥수수 글루텐)가 양성으로 확인되었고, 효소면역기법에 의한 검출방법에서는 1점의 시료(옥수수 글루텐)가 양성으로 확인되었다. 증균배양법 및 효소면역기법에 의한 검출방법에 비해 종 특이 primer를 활용한 PCR 방법을 적용 할 경우 시료에서 분리된 균주의 종(species) 판별이 가능하였다.

닭고기, 돼지고기 및 쇠고기의 방사선 조사 유무 판별을 위한 ESR Spectroscopy의 활용 (Detection of Irradiated Chicken, Pork and Beef by ESR Spectroscopy)

  • 양재승;김충기;이해정
    • 한국식품과학회지
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    • 제31권3호
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    • pp.606-611
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    • 1999
  • ESR 기기를 이용하여 뼈를 함유한 육류의 방사선 조사 유무를 알아보았다. 닭고기, 돼지고기, 쇠고기 시료를 0, 1, 3, 5, 7 kGy로 조사한 후 살과 골수를 제거한 뼈를 건조한 다음 시료로 사용하였다. 분광은 적용 자장에 대한 흡광도의 일차미분으로 나타냈으며 Bruker Win-EPR spectrometer로 기록하였다. 실험결과 방사선 조사시료는 전형적 비대칭성 신호를 나타냄으로서 비조사 시료와 확실히 구별되었다. 방사선 조사된 닭뼈의 경우 상업적인 조사선량인 3 kGy보다 적은 1 kGy이하까지 검출이 가능하였다. 또 방사선 조사한 시료의 신호 높이는 같은 시료의 채취부위 차이보다는 시료 종류간의 차이로 인하여 높이가 달랐다. 각 시료의 조사선량에 따른 신호의 높이를 알아본 결과 쇠고기 뼈가 가장 높았으며 다음으로는 돼지고기 뼈 그리고 닭고기 뼈의 경우 제일 낮아서 동물의 크기가 클수록 크게 나타났으나 어느 경우든 조사선량에 따라 직선관계를 보임으로서 개략적인 정량도 가능하였다. 또 이들 신호의 크기는 6주간의 저장기간동안에도 변하지 않아 ESR 기기법은 빠르고 확실한, 육류의 방사선 조사 유무를 판별할 수 있는 검출법임을 알 수 있었다.

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소 림프절에서 Mycobacterium bovis DNA의 신속 검출과 M. bovis와 M. tuberculosis 감별을 위한 real-time PCR 개발 (Development of real-time PCR for rapid detection of Mycobacterium bovis DNA in cattle lymph nodes and differentiation of M. bovis and M. tuberculosis)

  • 고바라다;장영부;구복경;조호성;배성열;나호명;박성도;김용환;문용운
    • 한국동물위생학회지
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    • 제34권4호
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    • pp.321-331
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    • 2011
  • Mycobacterium bovis, a member of the M. tuberculosis complex (MTC), is the causative agent of bovine tuberculosis. Detection of M. bovis and M. tuberculosis using conventional culture- and biochemical-based assays is time-consuming. Therefore, a simple and sensitive molecular assay for rapid detection would be of great help in specific situations such as faster diagnosis of bovine tuberculosis (bTB) infection in the abattoirs. We developed a novel multiplex real-time PCR assay which was applied directly to biological samples with evidence of bTB and it was allowed to differentiate between M. bovis and M. tuberculosis. The primers and TaqMan probes were designed to target the IS1081 gene, the multi-copy insertion element in the MTC and the 12.7-kb fragment which presents in M. tuberculosis, not in the M. bovis genome. The assay was optimized and validated by testing 10 species of mycobacteria including M. bovis and M. tuberculosis, and 10 other bacterial species such as Escherichia coli, and cattle lymph nodes (n=113). The tests identified 96.4% (27/28) as M. bovis from the MTC-positive bTB samples using conventional PCR for specific insertion elements IS1081. And MTC-negative bTB samples (n=85) were tested using conventional PCR and the real-time PCR. When comparative analyses were conducted on all bovine samples, using conventional PCR as the gold standard, the relative accuracy of real-time PCR was 99.1%, the relative specificity was 100%, and the agreement quotient (kappa) was 0.976. The detection limits of the real-time PCR assays for M. bovis and M. tuberculosis genomic DNA were 10 fg and 0.1 pg per PCR reaction, respectively. Consequently, this multiplex real-time PCR assay is a useful diagnotic tool for the identification of MTC and differentiation of M. bovis and M. tuberculosis, as well as the epidemiologic surveillance of animals slaughtered in abattoir.

꿀벌 6종 주요 병원체에 대한 초고속 다중 PCR 검출법의 개발 (Development of Ultra-Rapid Multiplex PCR Detection against 6 Major Pathogens in Honeybee)

  • 임수진;김정민;이칠우;윤병수
    • 한국양봉학회지
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    • 제32권1호
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    • pp.27-39
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    • 2017
  • 꿀벌 6종 주요 감염성 질병을 동시 진단하기 위한 PCR-chip 기반 초고속 다중 PCR 진단법을 개발 하였다. 6종 주요 꿀벌 감염성 병원체들은, 세균성 질병인 미국부저병의 원인균, Paenibacillus larvae와 유럽부저병의 원인균인 Melissococcus plutonius, 또한 진균인 Ascosphaera apis(백묵병), Aspergillus flavus(석고병)와 Nosema apis, Nosema ceranae(노제마병)를 선발하였다. 개발된 PCR-chip 기반 초고속 다중 PCR은, 꿀벌 주요 병원체 6종에 대하여 각기 $10^3$ 분자이상이 존재할 경우 모두 성공적 증폭을 보였으며, 증폭여부의 확인에 걸린 시간(Ct-time)은 6종 중 4종은 9분 내외, 2종은 7분 내외이었으며, 총 40회전의 PCR은 11분 42초, 융점분석 1분 15초로 총 PCR분석에 소요된 시간은 12분 57초(40회전 및 융점분석)이었다. 표준 DNA 기질을 사용한 PCR-chip 기반 초고속 다중 PCR은 100%에 근접한 정확도를 보였으며, 꿀벌 genomic DNA를 사용한 실험에서 false-amplification은 발견되지 아니하였다. PCR-chip 기반 초고속 다중 PCR은 실험실 내 초고속 진단 뿐 아니라 양봉 현장에서도 신속하고 효율적인 병원체 검출법이 될 것으로 기대한다.