Dokdo island is located in the northeastern part of Ulleungdo, known as volcanic island. In total, 53 fungal isolates were isolated from Dokdo island soil sample, using dilution plate technique. The isolates were identified on the basis of morphological characteristics and rDNA ITS sequence analysis. Out of them, 41 isolates were identified at the level of species. The dominant fungal species and genera included Fusarium spp., Mucor sp., Clonostachys spp., and Trichoderma sp. The % sequence identity (the number of matches/the complete alignment length) values via NCBI BLAST searching of EML-IF9, EML-MF30-1 and EML-DDSF4 represented 97.19% (485/499) with Clonostachys cf. rosea (GenBank accession no. KC313107), 98.33% (472/480) with Metarhizium guizhouense (GenBank accession no. HM055445), and 100% (350/350) with Mortierella oligospora (GenBank accession no. JX976032), respectively. Three species of C. rosea, M. guizhouense and M. oligospora represented new records of fungi from Dokdo island, Korea. The antimicrobial activities of the fungal strains varied with tested. Two isolates (EML-MFS30-1 and EML-IF9) showed antifungal activity against several fungi including Fusarium oxysporum and Rhizotonia solani. Clonostachys rosea (EML-IF9) showed strong hydrolytic enzyme activity. Our results showed that the antagonistic fungi including Clonostachys rosea will be used as potential biocontrol agents for control of fungal diseases.
Kim, Minji;Lee, Ki-Eun;Cha, In-Tae;Lee, Byoung-Hee;Park, Soo-Je
Journal of Species Research
/
제9권4호
/
pp.339-345
/
2020
The Earth contains billions of microbial species, although the vast majority cannot be cultured in laboratories and are thus considered unidentified and uncharacterized. Extremophiles are microorganisms that thrive in extreme conditions, including temperature, salinity, and pH. Extremophilic microorganisms have provided important insights for biological, metabolic, and evolutionary studies. Between 2017 and 2019, as part of a comprehensive investigation to identify bacterial species in Korea, eight bacterial strains were isolated from marine and non-marine environments in Jeju Island. These strains were cultured under extreme salinity or pH conditions. Phylogenetic analysis using 16S ribosomal RNA(rRNA) gene sequencing indicated that all eight strains belonged to the phyla Gammaproteobacteria, Bacilli, and Alphaproteobacteria. Based on their high 16S rRNA gene sequence similarities(>98.7%) and the formation of strong monophyletic clades with their closest related species, all isolated strains were considered as an unrecorded strain, previously unidentified species. Gram stain reaction, culture conditions, colony and cell morphology, biochemical characteristics, isolation source, and National Institute of Biological Resources(NIBR) IDs are described in this article. The characterization of these unrecorded strains provides information on microorganisms living in Korea.
그람 음성이며 황색인 긴 막대 모양의 세균 Spirosoma montaniterrae $DY10^T$는 전라북도 덕유산에서 분리가 되었다. 이 세균의 세포는 감마선에 대해 12 KGy의 $D_{10}$값을 보이며 극단적인 감마선 저항성을 보였다. $DY10^T$ 균주의 완전한 게놈서열은 5,116개의 유전자, 39개의 tRNA 유전자를 포함하는 원형 염색체(5,797,678 bp)로 구성되었다. 유전체 특징은 감마선 및 UVC에 대응하는 주요 효소를 포함하였다.
In 2015 and 2017, the National Institute of Biological Resources has isolated four unrecorded prokaryotic species designated as R-1-5, R-2-13, R-2-1, and R-1-8 from the peatland soil of Yongneup. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence similarity determined the four strains (R-1-5, R-2-13, R-2-1, R-1-8) were most closely related to Curvibacter lanceolatus (99.93%), Massilia brevitalea (98.7%), Pseudomonas lini (99.54%), and Pseudomonas vancouverensis (99.93%), respectively. The four unrecorded strains belong to the phylum Proteobacteria, in which the genera Curvibacter and Massilia are assigned to the class Betaproteobacteria, and the genus Pseudomonas to the class Gammaproteobacteria. Since there are no publications or official reports on these four strains, these four species are new records to Korea. The strains were further characterized by Gram reaction, colony and cell morphology, basic biochemical properties, and phylogenetic position. Descriptive information of the four unrecorded species is provided.
Reactive oxygen species (ROS) are very harmful to living organisms due to the potential oxidation of membrane lipids, DNA, proteins, and carbohydrates. transformed E.coli strain QC 871, superoxide dismutase (SOD) double-mutant, with three sequence variant MnSOD1, MnSOD2, and MnSOD3 manganese superoxide dismutase (MnSOD) gene isolated from wheat. Although all QC 871 transformants grown at $37^{\circ}C$ expressed mRNA of MnSOD variants, only MnSOD2 transformant had functional SOD activity. MnSOD3 expressed active protein when grown at $22^{\circ}C$, however, MnSOD1 did not express functional protein at any growing and induction conditions. The sequence comparison of the wheat MnSOD variants revealed that the only amino acid difference between the sequence MnSOD2 and sequences MnSOD1 and 3 is phenylalanine/serine at position 58 amino acid. We made MnSOD2S58F gene, which was made by altering the phenylalaine to serine at position 58 in MnSOD2. The expressed MnSOD2S58F protein had functional SOD activity, even at higher levels than the original MnSOD2 at all observed temperatures. These data suggest that amino acid variation can result in highly active forms of MnSOD and the MnSOD2S58F gene can be an ideal target used for transforming crops to increase tolerance to environmental stresses.
세포외 phospholipase D (PLD)를 과량 생산하는 균주 JE-11을 토양으로부터 분리하였다. 16S rDNA에 의한 분석과 형태적, 생리적 특성을 조사한 결과 이 균은 Streptomyces somaliensis로 동정되었다. 선발한 S. somaliensis로 부터 PLD를 암호화하는 유전자(sspld) 분리하고 염기서열을 조사하였다. Open reading frame을 분석한 결과 33개의 아미노산으로 이루어진 분비 signal peptide와 505개의 아미노산으로 구성된 PLD단백질을 암호화하는 것으로 예상되었다. 또한, sspld의 염기 서열로부터 유추된 단백질 서열은 기존에 보고된 다른 Streptomyces PLD들과 70-88%의 서열 유사성을 보였다. 이 PLD는 96-98%(㏖/㏖)의 수율로서, Phosphatidylcholine을 glycerol과 serine을 기질로 하여 각각 phosphatidylglycerol 과phosphatidylserine으로 전환을 하였으나, 알코올 공여체인 inositol과 ethanolamine과는 반응하지 않았다.
The choice of eco-friendly materials for ground improvement is a necessary way forward for sustainable development. Adapting naturally available biopolymers will render the process of soil stabilization carbon neutral. An attempt has been made to use β-glucan, a natural biopolymer for the stabilization of lean clay as a sustainable alternative with specific emphasis on comprehending the effect of confining stresses on lean clay through triaxial compression tests. A sequence of laboratory experiments was performed to examine the various physical and mechanical characteristics of β-glucan treated soil (BGTS). Micro-analysis through micrographs were used to understand the strengthening mechanism. Results of the study show that the deviatoric stress of 2% BGTS is 12 times higher than untreated soil (UTS). The micrographs from Scanning Electron Microscopy (SEM) and the results of the Nitrogen-based Brunauer Emmett Teller (N2-BET) analysis confirm the formation of new cementitious fibres and hydrogels within the soil matrix that tends to weld soil particles and reduce the pore spaces leading to an increase in strength. Hydraulic conductivity (HC) and compressibility reduced significantly with the biopolymer content and curing period. Results emphases that β-glucan is an efficient and sustainable alternative to the traditional stabilizers like cement, lime or bitumen.
In order to Investigate the adsorption characteristics of organochlorine pesticides chlorothaloul and dicofol with soul colors and re참tons far souls of an orange orchard, the souls were sampled at 3 re삼tons, respectively. among black volcanic, dark brown volcanic, and broom nonvolcanlc sorts. Every so6 has a higher clay proportion (49-75%) In sol tcuture and the organic carbon content and cation ekchange capacity with soil decreased in the following sequence: Black volcanic > Dark brown volcanic > Brown nonvolcanic sorts. Especially those In black volcauc trolls were much higher than others. The retention time, quantitative detection limit, and extractian , efficiencies of chlorothalonil and dicofol were 2.82min, 1.5ng/mL, 93.6% and 3.64min, 4.5ng/mL. 94 2%, repectlvely. The Freundlich constant, Kd, was higher in dicofol compared to chlorothalonil and In the black volcanic souls that have higher organic carbon content and cation Bkchange capacity. The Freundlich constant, 1 In, was In the range of 0.76-0.89 In the black volcanic sorts that have a higher organic matter(16.4-19.8%), whereas It was In the range of 1.02-1.13 In the brown nonvolcanic souls that have a lower organic matter(2.4-3.4%), and so It was considered that 1 In was dependent on the organic matter.
This study was conducted to understand the dynamics of microbial communities of soil microorganisms, and their distribution and abundance in the indigenous microorganisms (IMOs) manipulated from humus collected from the forest near the crop field. The soil microorganisms originated from humus and artificially cultured microbial-based soil amendments were characterized by molecular and biochemical analyses. The bacterial population (2 × 106~13 × 106 CFU/g sample) was approximately 100-fold abundant than the fungal population (2 × 104~8 × 104 CFU/g sample). The 16S rDNA and ITS sequence analyses showed that the bacterial and fungal communities in humus and IMOs were mainly composed of Bacillus and Pseudomonas, and Trichoderma and Aspergillus species, respectively. Some of the bacterial isolates from the humus and IMOs showed strong inhibitory activity against soil-borne pathogenic fungi Fusarium oxysporum and Sclerotinia sclerotiorum. These bacteria also showed the siderophore production activity as well as phosphate solubilizing activity, which are requisite traits for biological control of plant pathogenic fungi. These results suggest that humus and IMOs could be a useful resource for sustainable agriculture.
남극 연안 툰드라 토양에서 리그닌 분해능이 있는 Pseudomonas sp. PAMC 29040를 분리하였으며, 이후 토양 유기물의 주요 구성성분인 복합유기화합물 부식질 분해능을 확인하였다. 부식질 초기 저분자화 효소(예, dye-decolorizing peroxidase)와 부식질 유래의 다양한 저분자 분해산물들을 분해하는 효소들(예, vanillate O-demethylase)를 탐색하기 위해 PAMC 29040 게놈 염기서열을 분석하였다. 분석을 통해서 최종 확보한 효소유전자 정보는 저온환경에 서식하는 토양 세균의 부식질 분해경로 제안에 활용될 것이다.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.