이 연구는 2000-2001년도 한국학술진흥재단 협동연구지원사업 과제인 "한국 공공기관 기록보존 관리의 현황조사 및 중 장기 정책수립에 관한 연구"에 관한 중간보고 논문이다. 본 연구에서는, 한국에서 <공공기관의 기록물 보존 관리>가 제대로 시행될 수 있는 방법을 모색하기 위하여 국내 189개 공공기관(국가공공기관 정부투자기관 대학교 대학도서관 등)을 조사대상으로 하여 이들 기관의 기록물 보존 관리의 실태, 즉 해당 기관이 소장하고 있는 기록물의 보유량 보존시설 및 장비 조건 전산화 및 마이크로필름 촬영계획 건의사항 등에 대하여 실태조사를 실시하였다. 그 결과, 공공기관에서 생산 보존되고 있는 기록물들을 '정보화 지원'으로 전환시키거나, 이를 행정적 또는 역사적인 기록물로 활용할 수 있는 기능 즉 그 활용성의 측면에서 매우 낮은 현실에 직면하여 있다는 점 등의 7개 사항이 종합 분석되었다. 그리고 결론 및 향후방향에서는 <공공기관의 기록물관리에 관한 법률>의 제정에 입각하여 이에 따른 법적 제도적인 일환으로 기록관리를 전담으로 하는 전문 인력의 배치와 예산의 확보가 수반되어야 할 것 등 6개 사항이 도출되었다.
Lee, Seung Cho;Parent, Jean-Sebastien;Ernst, Evan;Berger, Frederic;Grimanelli, Daniel;Martienssen, Robert A.
한국작물학회:학술대회논문집
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한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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pp.20-20
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2017
Plant genomes include heterochromatic loci that consist of repetitive sequences and transposable elements. LTR retrotransposon is the major class of transposons in advanced plants in terms of proportion in plant genome. The elements contribute not only to genome size but also to genome stability and gene expression. A number of cases have been reported transposon insertions near genic regions affect crop traits such as fruit pigments, stress tolerance, and yields. Functional LTR retrotransposons produce extrachromosomal DNA from genomic RNA by reverse transcription that takes place within virus-like-particles (VLPs). DECREASED DNA METHYLATION 1 (DDM1) plays important roles in maintaining DNA methylation of heterochromatin affecting all sequence contexts, CG, CHG, and CHH. Previous studies showed that ddm1 mutant exhibits massive transcription of retrotransposons in Arabidopsis, but only few of them were able to create new insertions into the genome. RNA-dependent RNA POLYMERASE 6 (RDR6) is known to function in restricting accumulation of transposon RNA by processing the transcripts into 21-22 nt epigenetically activated small interfering RNA (easiRNA). We purified VLPs and sequence cDNA to identify functional LTR retrotransposons in Arabidopsis ddm1 and ddm1rdr6 plants. Over 20 LTR copia and gypsy families were detected in ddm1 and ddm1rdr6 sequencing libraries and most of them were not reported for mobility. In ddm1rdr6, short fragments of ATHILA gypsy elements were detected. It suggests easiRNAs might regulate reverse transcription steps. The highest enriched element among transposon loci was previously characterized EVADE element. It has been reported that active EVADE element is more efficiently silenced through female germline than male germline. By genetic analyses, we found ddm1 and rdr6 mutation affect maternal silencing of active EVADE elements. DDM1-GFP protein accumulated in megaspore mother cell but was not found in mature egg cell. The fusion protein was also found in early embryo and maternal DDM1-GFP allele was more dominantly expressed in the embryo. We observed localization of DDM1-GFP in Arabidopsis and DDM1-YFP in maize and found the proteins accumulated in dividing zone of root tips. Currently we are looking at cell cycle dependency of DDM1 expression using maize system. Among 10 AGO proteins in Arabidopsis, AGO9 is specifically expressed in egg cell and shoot meristematic cells. In addition, mutation of AGO9 and RDR6 caused failure in maternal silencing, implying 21-22 nt easiRNA pathway is important for retrotransposon silencing in female gametophyte or/and early embryo. On the other hand, canonical 24 nt sRNA-directed DNA methylation (RdDM) pathways did not contribute to maternal silencing as confirmed by this study. Heat-activated LTR retrotransposon, ONSEN, was not silenced by DDM1 but the silencing mechanisms require RdDM pathways in somatic cells. We will propose distinct mechanisms of LTR retrotransposons in germline and somatic stages.
Lee, Seung Cho;Parent, Jean-Sebastien;Ernst, Evan;Berger, Frederic;Grimanelli, Daniel;Martienssen, Robert A.
한국작물학회:학술대회논문집
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한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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pp.97-97
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2017
Plant genomes include heterochromatic loci that consist of repetitive sequences and transposable elements. LTR retrotransposon is the major class of transposons in advanced plants in terms of proportion in plant genome. The elements contribute not only to genome size but also to genome stability and gene expression. A number of cases have been reported transposon insertions near genic regions affect crop traits such as fruit pigments, stress tolerance, and yields. Functional LTR retrotransposons produce extrachromosomal DNA from genomic RNA by reverse transcription that takes place within virus-like-particles (VLPs). DECREASED DNA METHYLATION 1 (DDM1) plays important roles in maintaining DNA methylation of heterochromatin affecting all sequence contexts, CG, CHG, and CHH. Previous studies showed that ddm1 mutant exhibits massive transcription of retrotransposons in Arabidopsis, but only few of them were able to create new insertions into the genome. RNA-dependent RNA POLYMERASE 6 (RDR6) is known to function in restricting accumulation of transposon RNA by processing the transcripts into 21-22 nt epigenetically activated small interfering RNA (easiRNA). We purified VLPs and sequence cDNA to identify functional LTR retrotransposons in Arabidopsis ddm1 and ddm1rdr6 plants. Over 20 LTR copia and gypsy families were detected in ddm1 and ddm1rdr6 sequencing libraries and most of them were not reported for mobility. In ddm1rdr6, short fragments of ATHILA gypsy elements were detected. It suggests easiRNAs might regulate reverse transcription steps. The highest enriched element among transposon loci was previously characterized EVADE element. It has been reported that active EVADE element is more efficiently silenced through female germline than male germline. By genetic analyses, we found ddm1 and rdr6 mutation affect maternal silencing of active EVADE elements. DDM1-GFP protein accumulated in megaspore mother cell but was not found in mature egg cell. The fusion protein was also found in early embryo and maternal DDM1-GFP allele was more dominantly expressed in the embryo. We observed localization of DDM1-GFP in Arabidopsis and DDM1-YFP in maize and found the proteins accumulated in dividing zone of root tips. Currently we are looking at cell cycle dependency of DDM1 expression using maize system. Among 10 AGO proteins in Arabidopsis, AGO9 is specifically expressed in egg cell and shoot meristematic cells. In addition, mutation of AGO9 and RDR6 caused failure in maternal silencing, implying 21-22 nt easiRNA pathway is important for retrotransposon silencing in female gametophyte or/and early embryo. On the other hand, canonical 24 nt sRNA-directed DNA methylation (RdDM) pathways did not contribute to maternal silencing as confirmed by this study. Heat-activated LTR retrotransposon, ONSEN, was not silenced by DDM1 but the silencing mechanisms require RdDM pathways in somatic cells. We will propose distinct mechanisms of LTR retrotransposons in germline and somatic stages.
기존의 2차원 그래픽스 환경에서는 비트맵이나 래스터 위주의 연산들이 주가 되었지만, 최근에는 범위성(範圍性, scalability)을 지원하기 위해서, 임베디드 시스템과 웹 브라우저를 중심으로 2차원 스케일러블 벡터 그래픽스 기능(scalable vector graphics feature)을 제공하고 있다. 현재는 Flash, SVG 등이 활발히 사용되고 있으며, 이를 지원하기 위한 하위 라이브러리 표준으로는 크로노스 그룹(Khronos Group)의 OpenVG가 실질적 API 표준(de facto API standard)의 역할을 담당하고 있다. 이 논문에서는 OpenVG 표준의 구현 결과인 AlexVG의 설계 및 구현 과정, 최종 결과를 제시한다. AlexVG의 구현은 설계 당시부터 또다른 실질적 표준인 SVG-Tiny와의 연계를 염두에 두었고, 현재 OpenVG의 응용 프로그램들은 물론이고, SVG-Tiny 표준에 따른 미디어 파일들을 재생할 수 있는 능력을 제공한다. 제공하는 기능 면에서 본다면, AlexVG는 OpenVG 적합성 검사(conformance test)를 100% 통과하였으며, SVG-Tiny 적합성 검사의 그래픽스 관련 부분도 100% 통과하였다. 성능 면에서는 자원의 제한이 심한 휴대용 기기들과 임베디드 기기들에서의 효율성에 초점을 맞추었다. 그 결과로, 기존의 참조 구현(reference implementation)에 비하여 획기적인 속도 향상을 가져 왔으며, 특히 ARM 등의 저성능 CPU에서도 다른 라이브러리나 하드웨어 지원 없이 우수한 실행 속도를 보이고 있다.
본 연구는 우리나라 성인들의 공공도서관 이용을 예측할 수 있는 요인을 규명하기 위한 목적으로, 공공도서관 방문빈도가 그 개인의 인구사회학적 특성, 그가 이용하는 개별 공공도서관의 서비스 자원 투입 및 산출 특성, 그리고 거주지의 기초 및 광역 지방자치단체의 공공도서관 투자 수준과 어떤 관계를 갖고 있는지 살펴보았다. 자료수집을 위하여 우리나라 인구의 성별, 연령, 지역적 분포 등을 고려한 유층표집을 적용하여 대한민국 전역에 거주하는 18세 이상 일반성인 1,000명을 대상으로 전문사회조사기관의 온라인패널을 통해 2014년 3-4월 33일간 웹설문조사를 실시하였고, 2013년 국가도서관통계를 분석하였다. 연구결과 우리나라 성인들의 공공도서관 방문은, 인구가 많은 대도시 지역에 거주하는 독서량이 많은 개인이 일상적으로 쉽게 접근할 수 있는 중소규모의 새로 건립된 공공도서관이 있고, 이용자 개개인의 요구에 부응할 수 있는 인적 자원이 충분하게 확보되어 있을 때 더 빈번히 이루어지고 있는 것으로 나타났다. 본 연구결과를 토대로 향후 공공도서관 건립 및 서비스 개선을 위한 정책적 제안을 제시하였다.
Yang, Tae-Jin;Yu, Yeisoo;Frisch, David A.;Lee, Seunghee;Kim, Hye-Ran;Kwon, Soo-Jin;Park, Beom-Suk;Wing, Rod A.
Genomics & Informatics
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제2권4호
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pp.174-179
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2004
We developed various plasmid cloning vectors that are useful in the construction of genomic and shotgun libraries. Two medium copy vectors, pCUGlblu21 (pCb21) and pAGlblu21 (pAb21), which are resistant to kanamycin ($Km^R$) and chloramphenicol ($Cam^R$), respectively, are useful for cloning DNA inserts ranging from 5kb to 15kb. Two high copy vectors, pCUGlblu31 (pCb31) and pAGlblu31 (pAb31), containing $Km^R$ and $Cam^R$, respectively, are useful for DNA inserts less than 5kb. These vectors are well adapted for large-scale genome sequencing projects by providing choice of copy number and selectable marker. The small vector size is another advantage of these vectors. All vectors contain lacZa including multicloning sites that originated from pBluscriptllsk- for easy cloning and sequencing. Two medium copy vectors contain unique and rare cutting Swal (ATTTAAAT) restriction enzyme sites for easy determination of insert size. We developed two combined vectors, pC21A31 and pC31A21, which are combinations of (pCb21 + pAb31) and (pCb31 + pAb21), respectively. These two vectors provide four choices of vectors such as $Km^R$ and medium, $Cam^R$ and high, $Cam^R$ and medium, and $Km^R$ and high copy vectors by restriction enzyme cutting, dephosphorylation, and gel purification. These vectors were successfully applied to high throughput shotgun sequencing of rice, tomato, and brassica BAC clones. With an example of extremely biased hydro sheared 3 kb shotgun library of a tomato BAC clone, which is originated from cytogenetically defined peri-centromeric region, we suggest the utility of an additional 10 kb library for sequence assembly of the difficult-to-assemble BAC clone.
Cellular automata는 천체물리, 사회현상, 화재 확산 및 피난 등 많은 분야의 시뮬레이션에 활용되고 있다. 본 연구는 빈번히 발생하고 있는 화학사고에 대비한, 위험성평가 및 비상대응계획 작성시 요구되는 화학물질 확산 시뮬레이션을 위한 보급용 모델을 cellular automata를 기반으로 개발하였다. 상세한 플랜트 안전설계용과는 달리, 실시간 사고대응을 위해선 빠른 계산과 더불어 피해영역 분포의 불확실성을 줄이기 위한 반복 계산이 요구된다. EPA ALOHA, 화학물질안전원 KORA 등이 있지만, 지속적인 모델과 코드의 보완이 가능하고, 중소기업용의 무료 S/W개발에 본 연구의 차별성이 있다. 계산시간이 많이 요구되는 full-scale CFD에 비해 상대적인 정확도의 손실은 감수하고, 특히 일반 사용자의 편리성을 도모하였다. 기상청 기상정보 연계를 비롯해, Python open-source 라이브러리들을 활용해, 기능 확장 및 지속적인 update가 가능하며, 사용자는 해당 플랜트의 지형도와 사용 물질의 입력만으로 쉽게 결과를 얻을 수 있다. Full-scale CFD 시뮬레이션과 대비해 정확도를 확인하였으며, 빠른 계산을 위해 GPU를 활용하는 open source software로 배포될 예정이다.
본 연구는 세종시립도서관의 운영 기본 정책을 수립하기 위한 기초 연구로서, 현황 조사 및 이용자 요구조사, 전문가 의견 조사, 사서 의견 조사 등을 실시하였으며, 세종시립도서관의 기능과 역할 정립 및 운영방안을 제안하고자 하였다. 연구결과, 첫째, 세종시립도서관은 세종특별자치시의 대표도서관으로서, 지역주민의 요구를 충족시키고 보다 편리하고 평등한 접근을 제공함으로써 지역사회의 발전과 지역주민의 삶의 질 향상을 위해 다양한 정보서비스와 문화프로그램을 제공해야 한다. 둘째, 세종특별자치시 지역주민에 대한 도서관서비스 제공과는 별개로 세종특별자치시 대표도서관이자 거점도서관으로서의 역할, 지식정보센터, 평생교육센터, 사회문화센터, 레저문화센터, 레저여기센터, 생활편의센터 등의 기능을 수행하고, 더 나아가 정책정보지원센터로서 기능을 수행해야 한다. 마지막으로, 세종시립도서관의 브랜드 가치를 제고하기 위해 세종지역 랜드마크로서의 세종시립도서관, 세종지역 예술 및 문화 허브로서의 세종시립도서관, 세종지역 복합문화공간으로서의 세종시립도서관, 세종학 센터로서의 세종시립도서관을 제안하였다.
이 연구는 짧은 텍스트인 서명에 단어 임베딩이 미치는 영향을 분석하기 위해 Word2vec, GloVe, fastText 모형을 이용하여 단행본 서명을 임베딩 벡터로 생성하고, 이를 분류자질로 활용하여 자동분류에 적용하였다. 분류기는 k-최근접 이웃(kNN) 알고리즘을 사용하였고 자동분류의 범주는 도서관에서 도서에 부여한 DDC 300대 강목을 기준으로 하였다. 서명에 대한 단어 임베딩을 적용한 자동분류 실험 결과, Word2vec와 fastText의 Skip-gram 모형이 TF-IDF 자질보다 kNN 분류기의 자동분류 성능에서 더 우수한 결과를 보였다. 세 모형의 다양한 하이퍼파라미터 최적화 실험에서는 fastText의 Skip-gram 모형이 전반적으로 우수한 성능을 나타냈다. 특히, 이 모형의 하이퍼파라미터로는 계층적 소프트맥스와 더 큰 임베딩 차원을 사용할수록 성능이 향상되었다. 성능 측면에서 fastText는 n-gram 방식을 사용하여 하부문자열 또는 하위단어에 대한 임베딩을 생성할 수 있어 재현율을 높이는 것으로 나타났다. 반면에 Word2vec의 Skip-gram 모형은 주로 낮은 차원(크기 300)과 작은 네거티브 샘플링 크기(3이나 5)에서 우수한 성능을 보였다.
1984년에 발행된 本誌 第6輯에 필자는 당시의 한국초록서비스의 技術現況에 대하여 조사한 결과를 발표한 바 있다. 그로부터 10년이 지난 금년에 필자는 다시 類似한 範圍와 內容의 조사를 행하여 한국초록서비스의 變化 또는 발전의 實相을 밝혀 보려고 한다. 금년 조사의 실제적 意圖는 초록서비스의 주요 道具인 이 나라 초록지의 발전과정을 10년이라는 비교적 긴 기간에 걸쳐서 觀察하고 그 持續的 특성이 어떤 것인지를 定義하려는 데 있다. 한 나라 초록지의 일반적 특성을 어느 해에 實行한 한번의 조사결과에 기초하여 定義하기는 어렵다. 韓國抄錄서비스의 기술현황을 조사한 결과 부분은 금년 여름 "한국문헌정보학회지" 발표하였으므로(최성진, 1994) 여기서는 지난 10년 동안에 관찰된 한국초록지의 일반적 특성에 대해서만 制限的으로 살펴보려고 한다. 그러나 本稿의 論議가 대부분 위의 記事와 같은 資料에 根據한 것이므로 그것을 참고하면 이해에 도움이 될 것이다. 硏究開發投資가 해마다 증가하여 최근 한국에는 많은 연구보고문헌 이 생산 축적되고 있지만 그것을 각분야 연구자와 기술자들에게 신속히 알려서 효과적으로 이용하게 해야 할 초록지는 그 種數도 적고 내용 또한 贊弱한 형편이다. 한국초록지의 내용을 충실히 하고 이용자 들에게 硏究速報媒體로서 더 유용하게 하려면 먼저 그 일반적 특성이 어떤 것이며 長點과 短點은 어떤 것인지를 定義할 필요가 있다. 本稿는 그러한 定義를 試圖하려는 것이다. 情報奉仕는 그것을 출현시킨 국가의 전통과 관습에 따라 조금씩 다른 모양으로 발전한다. 결과적으로 각국의 정보봉사나 그 도구인 초록지의 형태에도 多少間에 差異가 나타난다. 本稿는 그러한 觀點에서 世界의 普遍的 抄錄誌 形態에서 벗어나는 韓國抄錄誌의 特性을 밝히는 데 論議를 集中시키려고 한다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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