• 제목/요약/키워드: Sire Model

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Evaluation of a New Fine-mapping Method Exploiting Linkage Disequilibrium: a Case Study Analysing a QTL with Major Effect on Milk Composition on Bovine Chromosome 14

  • Kim, JongJoo;Georges, Michel
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제15권9호
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    • pp.1250-1256
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    • 2002
  • A novel fine-mapping method exploiting linkage disequilibrium (LD) was applied to better refine the quantitative trait loci (QTL) positions for milk production traits on bovine chromosome 14 in the pedigree comprising 22 paternal half-sib families of a Black-and-White Holstein-Friesian grand-daughter design in the Netherlands for a total of 1,034 sons. The chromosome map was constructed with the 31 genetic markers spanning 90 Kosambi cM with the average inter-marker distance of 3.5 cM. The linkage analyses, in which the effects of sire QTL alleles were assumed random and the random factor of the QTL allelic effects was incorporated into the Animal Model, found the QTL for milk, fat, and protein yield and fat and protein % with the Lod scores of 10.9, 2.3, 6.0, 25.4 and 3.2, respectively. The joint analyses including LD information by use of multi-marker haplotypes highly increased the evidence of the QTL (Lod scores were 25.1, 20.9, 11.0, 85.7 and 17.4 for the corresponding traits, respectively). The joint analyses including DGAT markers in the defined haplotypes again increased the QTL evidence and the most likely QTL positions for the five traits coincided with the position of the DGAT gene, supporting the hypothesis of the direct causal involvement of the DGAT gene. This study strongly indicates that the exploitation of LD information will allow additional gains of power and precision in finding and localising QTL of interest in livestock species, on the condition of high marker density around the QTL region.

효과적인 실시간 배경 모델링을 위한 환경 변수 결정 방법 (Determining Method of Factors for Effective Real Time Background Modeling)

  • 이준철;류상률;강성환;김승호
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제34권1호
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    • pp.59-69
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    • 2007
  • 다양한 환경을 포함하고 있는 동영상에서 움직이는 객체를 추출, 인식하기 위해서는 배경 모델링이 중요하다. 이러한 객체 인식을 위한 전처리 과정인 배경 모델링을 위한 여러 방안이 제안되었다. 그중 큐 기반 배경 모델링으로 대표되는 Kumar의 방법이 있다. 하지만 이는 프레임의 갱신검사 주기가 고정되어 있어 여러 시스템에 적용시키는데 한계점이 있다. 본 논문은 큐 기반 배경 모델링 기법을 이용하고 이때 주요한 환경 변수가 되는 슬라이딩 윈도우의 크기 및 영상의 자기 단계에 따른 그룹핑 크기, 프레임의 갱신검사 주기를 배경 모델에 따라 적응적으로 결정하는 방법을 제안한다. 배경 모델에 따른 환경변수를 결정하기 위해 객체 검출율, 객체 오검출율, 갱신율을 평가 기준으로 삼는다. 제안된 방법으로 실시간 처리에 부적합한 기존의 배경 모델링 방법을 개선하여 보다 효과적으로 객체를 인식할 수 있다.

구역분할 디스크를 사용하는 멀티미디어 서버에서 새로운 세션 시작에 따른 스케줄링 지연 현상의 최소화 (Mitigating the Side-effect of Starting New Session in Multimedia Streaming using Multi-zoned Disk)

  • 조경선;원유집;신일훈;고건
    • 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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    • 제31권8호
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    • pp.445-452
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    • 2004
  • 디스크의 구역분할기술(zoning technology)은 디스크의 저장용량과 평균 전송 대역폭을 증가시킴으로써, 디스크 서브시스템의 성능을 향상시켰다. 멀티미디어 시스템에서 구역분할 디스크의 성능을 충분히 이용하기 위하여 이중 버퍼링을 하는 SCAN 스케줄링을 사용한다. 하지만, 이 방식은 새로운 스트림의 요청 시에 지터(jitter)를 발생시키는 문제점이 있다. 본 논문에서는 이 문제를 해결하기 위한 선행버퍼링(pre-buffering) 기법을 제안한다. 선행 버퍼링은 디스크 서브시스템의 수학적 모델을 통하여 스트림의 개수에 따른 주기시간과 각 주기시간에 필요한 데이타 양, 그리고 새로운 스트림 요청 시에 발생하는 데이타의 부족분을 예측하고, 예상되는 데이타의 부족분을 각 스트림의 서비스 전에 미리 버퍼링함으로써, 지터를 방지한다. 선행 버퍼링 기법은 멀티미디어 서버에 적용되어 사용자에게 지터 없는 고품질의 서비스를 제공하는 데 기여할 수 있다.

시각디자인 교사역량 평가 모델 연구 (Visual design teacher competency evaluation model study)

  • 손붕
    • 국제교류와 융합교육
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    • 제2권1호
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    • pp.29-41
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    • 2022
  • 최근 시각디자인 전공은 많은 국가에서 생산적 가치를 창출하는 신흥 산업으로 부상하고 있으며 시각디자인 교사는 디자이너의 발전과 디자인 산업의 트렌드에도 영향을 미치는 핵심 요소가 되고 있다. 시각디자인 전공 교사들의 역할이 중요해졌다. 본 연구는 대학의 시각디자인 전공 교사를 연구대상으로 하며 그들의 직무를 수행할 때 갖춰야 할 역량의 구성 모델을 연구하고자 한다. 우선 문서 분류를 통해 지식 능력, 교학 능력, 실무능력, 관리능력, 직업윤리인 5가지 역량군을 기반으로 한다. 시각디자인 업계 전문가 10명과의 인터뷰와 2회의 델파이 방식 인터뷰를 통해 시각디자인 교사의 역량을 평가하기 위한 설문지를 개발하도록 한다.

특정 종돈집단의 임신기간, 이유후초종부일, 총산자수 및 사산에 대한 유전모수 추정 (Estimation of Genetic Parameters for Gestation Length, Wean to First Service, Litter Size and Stillborn Piglets in a Closed Nucleus Swine Breeding Herd)

  • 이득환;손지현
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제55권5호
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    • pp.389-398
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    • 2013
  • 본 연구는 폐쇄종돈군을 유지하면서 장기간 선발육종을 실시한 Landrace 및 Yorkshire 모계 종돈집단에서 임신기간, 총산자수, 이유후초종부일 및 사산두수에 대한 유전적 변이성을 제시함으로써 이들 형질들에 대한 선발지표에 참고자료를 제시하고자 실시하였다. 분석에 이용된 자료는 상기의 형질들에 대하여 사전 이상치를 제외한 후, Landrace 품종에서 1,910두의 모돈으로부터 수집된 7,616복의 기록 및 Yorkshire 품종 2283두의 모돈으로부터 수집된 총 10,454복의 기록을 이용하였다. 분석형질들에 대한 유전변이를 추정하기 위하여 상기의 4개 형질을 동시에 고려한 혼합모형을 설정하였으며, 특히 사산두수에 대하여는 정규성에 크게 위배되기 때문에 범주형 자료로 가정하여 다형질 선형-임계형 반복동물개체모형을 설정하여 분석하였다. 분석방법으로서는 Bayesian 추론의 일종인 Gibbs Sampling (GS) 방법에 의하여 모수의 사후분포 함수로부터 모수에 대한 GS을 50,000회 실시하고 burn-in을 제외한 후 모수의 사후분포에 대한 통계량을 제시하였다. 유전변이를 추정한 결과, 임신기간에 대한 유전력은 0.21~0.35로 추정되었고, 이유후초종부일에서는 0.16~0.23, 총산자수는 0.14~0.16 및 사산두수에 있어서는 0.09~0.10으로 추정되었다. 임신기간에 대한 유전상관 추정치는 총산자수 및 사산두수에서 부의 상관을 갖는 것으로 추정되었고 총산자수와 사산두수와는 정의 상관을 갖는 것으로 추정되었다. 총산자수와 이유후초발정일 간의 유전상관은 낮은 부의 상관을 갖는 것으로 추정되었으며 임신기간과 이유후 초종부일 간에는 유전적 상관관계가 매우 미약한 것으로 분석되었다. 따라서 총산자수를 개량하고자 할 때, 사산두수를 고려하여 선발지표를 설정함이 타당할 것으로 판단되었다.

Genome-wide Association Study to Identify Quantitative Trait Loci for Meat and Carcass Quality Traits in Berkshire

  • Iqbal, Asif;Kim, You-Sam;Kang, Jun-Mo;Lee, Yun-Mi;Rai, Rajani;Jung, Jong-Hyun;Oh, Dong-Yup;Nam, Ki-Chang;Lee, Hak-Kyo;Kim, Jong-Joo
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제28권11호
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    • pp.1537-1544
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    • 2015
  • Meat and carcass quality attributes are of crucial importance influencing consumer preference and profitability in the pork industry. A set of 400 Berkshire pigs were collected from Dasan breeding farm, Namwon, Chonbuk province, Korea that were born between 2012 and 2013. To perform genome wide association studies (GWAS), eleven meat and carcass quality traits were considered, including carcass weight, backfat thickness, pH value after 24 hours (pH24), Commission Internationale de l'Eclairage lightness in meat color (CIE L), redness in meat color (CIE a), yellowness in meat color (CIE b), filtering, drip loss, heat loss, shear force and marbling score. All of the 400 animals were genotyped with the Porcine 62K SNP BeadChips (Illumina Inc., USA). A SAS general linear model procedure (SAS version 9.2) was used to pre-adjust the animal phenotypes before GWAS with sire and sex effects as fixed effects and slaughter age as a covariate. After fitting the fixed and covariate factors in the model, the residuals of the phenotype regressed on additive effects of each single nucleotide polymorphism (SNP) under a linear regression model (PLINK version 1.07). The significant SNPs after permutation testing at a chromosome-wise level were subjected to stepwise regression analysis to determine the best set of SNP markers. A total of 55 significant (p<0.05) SNPs or quantitative trait loci (QTL) were detected on various chromosomes. The QTLs explained from 5.06% to 8.28% of the total phenotypic variation of the traits. Some QTLs with pleiotropic effect were also identified. A pair of significant QTL for pH24 was also found to affect both CIE L and drip loss percentage. The significant QTL after characterization of the functional candidate genes on the QTL or around the QTL region may be effectively and efficiently used in marker assisted selection to achieve enhanced genetic improvement of the trait considered.

한우의 개량 체계 모의실험을 위한 모형 개발 (Development of Sumulation Model for Breeding Schemes of Hanwoo(Korean Cattle))

  • 주종철;김내수
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제44권5호
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    • pp.507-518
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    • 2002
  • 가축 육종 체계 또는 선발방법의 상호 비교를 할 수 있도록 다형질 컴퓨터 모의실험을 위한 확률모형을 개발하고, 기존 연구결과로부터 얻어진 평균과 상가적 유전효과 및 잔여오차의 분산 및 공분산 값을 실험 모수로 사용하여 모의실험 축군을 생성하였고, 선발방법은 임의교배, 표현형가, 참육종가 및 추정육종가에 의한 선발 중에서 선택할 수 있도록 하였다. 개체의 육종가는 MTDFREML package를 사용하여 추정하였다. 모의실험 프로그램의 정확성을 검증하기 위하여 크기가 다른 세 축군을 20년간 임의교배하여 모의실험한 결과, 평균값과 분산 및 공분산 값은 모의실험 모수로 주어진 값과 비슷하였고, 축군의 크기가 클수록 모의실험 모수로 주어진 값에 더욱 근접하였으며 표준오차가 작아졌다. 임의교배를 계속함에 따른 근교계수와 축군 평균 및 분산의 변화를 확인하기 위하여 종모우 1두, 종빈우 10두를 유지하는 소축군 10개를 500년간 모의실험 한 결과, 근교계수의 변화는 이론적 추정함수와 비슷하였으며, 평균값은 작은 축군에서 세대에 따라 임의부동현상을 보였지만 근교계수가 증가하여 1에 가까워지면 일정한 값으로 수렴하였다. 축군내 분산은 근교계수의 증가에 따라 감소하였다. 이상의 결과를 보면, 모의실험 모형에 의해 생성된 축군의 자료는 모의실험 모수와 같은 통계적 특성을 유지하는 것으로 사료된다.

IEEE 802.11 무선랜 환경에서의 이동성 지원 IPv6프로토콜의 성능분석 (Performance Analysis of Mobility Support Protocols for IPv6 over Wireless LAN)

  • 황승희;한연희;황종선
    • 한국정보과학회논문지:정보통신
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    • 제32권3호
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    • pp.391-403
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    • 2005
  • IPv6 기반 이동성 지원 프로토콜인 Mobile IPv6, Hierarchical Mobile IPv6, Fast Handovers over Mobile IPv6가 IETF를 통해서 제안되었다. 한편, 이동 인터넷 서비스를 위해서 IEEE 802.11 네트워크가 최근에 널리 이용되고 있다. 그래서 가까운 장래에 IEEE 802.11 네트워크에서 IPv6 이동성 지원기술은 All If 기반 이동성 지원 서비스를 실현하는 핵심 기술이 될 것이다. IPv6 이동성 지원 프로토콜들의 적절한 응용 개발을 위해서는 먼저 이들의 성능을 분석할 필요가 있다. 이런 분석에는 프로토콜에 의해 요구되는 시그널링 비용, 핸드오버시 지연 시간, 핸드오버시 손실되는 패킷의 수 및 이 손실을 줄이기 위해서 필요한 버퍼의 크기 등이 포함되어야 하며, 또한 IEEE 802.11 과 같은 하위 계층 프로토콜이미치는 영향을 분석해 볼 필요가 있다. 따라서 본 논문에서는 IEEE 802.11 네트워크에서 IPv6 이동성 지원 프로토콜들을 분석하기 위한 프레임워크를 개발하고 각각의 프로토콜들에 대한 성능 비용 함수를 제시한다. 프레임워크 제안을 위해서 본 논문에서는 패킷 트래픽 모델, 네트워크 시스템 모델 및 단말의 이동성 모델 둥을 정의한다. 또한, 다양한 파라미터를 사용하여 그들이 각 프로토콜의 성능에 미치는 영향을 분석하고 비교한다. 분석결과로서 각 프로토콜들이 각기 상호보완적인 혹은 대조적인 성능을 보이기 때문에, 임의의 프로토콜이 다른 프로토콜들 보다 비교 우위를 차지하는 일이 없음을 알 수 있다

Genome-wide association study of carcass weight in commercial Hanwoo cattle

  • Edea, Zewdu;Jeoung, Yeong Ho;Shin, Sung-Sub;Ku, Jaeul;Seo, Sungbo;Kim, Il-Hoi;Kim, Sang-Wook;Kim, Kwan-Suk
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제31권3호
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    • pp.327-334
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    • 2018
  • Objective: The objective of the present study was to validate genes and genomic regions associated with carcass weight using a low-density single nucleotide polymorphism (SNP) Chip in Hanwoo cattle breed. Methods: Commercial Hanwoo steers (n = 220) were genotyped with 20K GeneSeek genomic profiler BeadChip. After applying the quality control of criteria of a call rate ${\geq}90%$ and minor allele frequency (MAF) ${\geq}0.01$, a total of 15,235 autosomal SNPs were left for genome-wide association (GWA) analysis. The GWA tests were performed using single-locus mixed linear model. Age at slaughter was fitted as fixed effect and sire included as a covariate. The level of genome-wide significance was set at $3.28{\times}10^{-6}$ (0.05/15,235), corresponding to Bonferroni correction for 15,235 multiple independent tests. Results: By employing EMMAX approach which is based on a mixed linear model and accounts for population stratification and relatedness, we identified 17 and 16 loci significantly (p<0.001) associated with carcass weight for the additive and dominant models, respectively. The second most significant (p = 0.000049) SNP (ARS-BFGL-NGS-28234) on bovine chromosome 4 (BTA4) at 21 Mb had an allele substitution effect of 43.45 kg. Some of the identified regions on BTA2, 6, 14, 22, and 24 were previously reported to be associated with quantitative trait loci for carcass weight in several beef cattle breeds. Conclusion: This is the first genome-wide association study using SNP chips on commercial Hanwoo steers, and some of the loci newly identified in this study may help to better DNA markers that determine increased beef production in commercial Hanwoo cattle. Further studies using a larger sample size will allow confirmation of the candidates identified in this study.

A Whole Genome Association Study to Detect Single Nucleotide Polymorphisms for Carcass Traits in Hanwoo Populations

  • Lee, Y.-M.;Han, C.-M.;Li, Yi;Lee, J.-J.;Kim, L.H.;Kim, J.-H.;Kim, D.-I.;Lee, S.-S.;Park, B.-L.;Shin, H.-D.;Kim, K.-S.;Kim, N.-S.;Kim, Jong-Joo
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제23권4호
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    • pp.417-424
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    • 2010
  • The purpose of this study was to detect significant SNPs for carcass quality traits using DNA chips of high SNP density in Hanwoo populations. Carcass data of two hundred and eighty nine steers sired by 30 Korean proven sires were collected from two regions; the Hanwoo Improvement Center of National Agricultural Cooperative Federation in Seosan, Chungnam province and the commercial farms in Gyeongbuk province. The steers in Seosan were born between spring and fall of 2006 and those in Gyeonbuk between falls of 2004 and 2005. The former steers were slaughtered at approximately 24 months, while the latter steers were fed six months longer before slaughter. Among the 55,074 SNPs in the Illumina bovine 50K chip, a total of 32,756 available SNPs were selected for whole genome association study. After adjusting for the effects of sire, region and slaughter age, phenotypes were regressed on each SNP using a simple linear regression model. For the significance threshold, 0.1% point-wise p value from F distribution was used for each SNP test. Among the significant SNPs for a trait, the best set of SNP markers were selected using a stepwise regression procedure, and inclusion and exclusion of each SNP out of the model was determined at the p<0.001 level. A total of 118 SNPs were detected; 15, 20, 22, 28, 20, and 13 SNPs for final weight before slaughter, carcass weight, backfat thickness, weight index, longissimus dorsi muscle area, and marbling score, respectively. Among the significant SNPs, the best set of 44 SNPs was determined by stepwise regression procedures with 7, 9, 6, 9, 7, and 6 SNPs for the respective traits. Each set of SNPs per trait explained 20-40% of phenotypic variance. The number of detected SNPs per trait was not great in whole genome association tests, suggesting additional phenotype and genotype data are required to get more power to detect the trait-related SNPs with high accuracy for estimation of the SNP effect. These SNP markers could be applied to commercial Hanwoo populations via marker-assisted selection to verify the SNP effects and to improve genetic potentials in successive generations of the Hanwoo populations.