• 제목/요약/키워드: Single strand

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SSCP와 DHPLC에 의한 β2-교감신경수용체 유전자의 돌연변이 분석 (Mutation Analysis in β2-Adrenergic Receptor Gene by Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP) and Denaturing High Performance Liquid Chromatography (DHPLC))

  • 박상범;한상만;남윤형;장원철
    • 분석과학
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    • 제17권1호
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    • pp.53-59
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    • 2004
  • 현재 일반적으로 많이 사용되는 single strand conformation polymorphism (SSCP)나 denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)같은 돌연변이 검출법은 많은 시간과 비용, 그리고 노동력이 소모된다는 단점과 실험자의 실험에 대한 숙련도에 의해 실험 결과가 달라지는 한계점을 가지고 있다. 이런 단점들을 보완하기 위하여 ion-pair reversed phase chromatography (IP-RPC)방식을 이용한 denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC)방법을 사용하여 기관지 천식 (bronchial asthma)을 조절하는 베타2-교감신경수용체 유전자의 돌연변이를 검출하였다. 80명의 천식 환자의 혈액에서 genomic DNA를 추출하여 중합효소연쇄반응 (polymerase chain reaction)을 이용해 증폭하고, 그 산물을 SSCP와 DHPLC로 분석하였다. 그 결과, 베타2-교감신경수용체 유전자에서 SSCP는 80명의 sample 가운데 19개 (23.75%)의 돌연변이를 검출하였고, DHPLC는 25개 (31.25%)의 변이를 검출하였다. 돌연변이 검출법으로 DHPLC 분석법이 SSCP보다 더 빠르고 효과적인 방법임을 확인하였다.

NIH3T3 세포에서 UVB에 의한 세포고사와 DNA 단사절단에 미치는 fisetin의 효과 (Effect of fisetin on UVB-induced apoptosis and DNA single strand breaks in NIH3T3 cells)

  • 정세진;김돈영;한설희;신상민;차재영;박노복;이정섭;박종군
    • 생명과학회지
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    • 제17권1호
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    • pp.64-69
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    • 2007
  • 본 연구에서는 UVB에 조사된 NIH3T3 세포에서 세포고사와 DNA 단사절단에 미치는 fisetin후처리의 효과에 대해서 연구하였다. 세포에 UVB $(200J/m^2)$를 조사하고 정상배지에서 48시간 배양한 세포의 세포고사에 수반되는 핵분절은 50% 정도의 세포에서 관찰되었다. 흥미롭게도 배양배지에 fisetin이 첨가될 경우 핵분절을 보이는 세포의 빈도는 상당한 감소를 보였다. 알칼리 아가로스 겔에 의한 DNA 단사절단 분석에서 자외선 조사 후 fisetin처리는 정상배지 배양시보다 단사절단의 빈도를 감소시켜 DNA크기의 증가를 유도하였는데 이는 fisetin이 UVB에 의한 DNA 상해의 회복에 긍정적 효과를 나타냄을 시사한다 Western blot 분석에 의해 fisetin은 자외선 조사에 의해 활성화되는 p53의 수준을 유의한 수준으로 감소시키며 자외선 상해의 결과 세포주기의 정지에 수반되는 PCNA의 감소 경향을 다소 완화시켰다. 이러한 결과들은 fisetin이 DNA 회복의 활성을 통해 세포고사의 감소에 기여하며 이 과정에서 p53 및 PCNA의 수준변화와 관련하여 행동함을 시사한다.

Hop2 and Sae3 Are Required for Dmc1-Mediated Double-Strand Break Repair via Homolog Bias during Meiosis

  • Cho, Hong-Rae;Kong, Yoon-Ju;Hong, Soo-Gil;Kim, Keun Pil
    • Molecules and Cells
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    • 제39권7호
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    • pp.550-556
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    • 2016
  • During meiosis, exchange of DNA segments occurs between paired homologous chromosomes in order to produce recombinant chromosomes, helping to increase genetic diversity within a species. This genetic exchange process is tightly controlled by the eukaryotic RecA homologs Rad51 and Dmc1, which are involved in strand exchange of meiotic recombination, with Rad51 participating specifically in mitotic recombination. Meiotic recombination requires an interaction between homologous chromosomes to repair programmed double-strand breaks (DSBs). In this study, we investigated the budding yeast meiosis-specific proteins Hop2 and Sae3, which function in the Dmc1-dependent pathway. This pathway mediates the homology searching and strand invasion processes. Mek1 kinase participates in switching meiotic recombination from sister bias to homolog bias after DSB formation. In the absence of Hop2 and Sae3, DSBs were produced normally, but showed defects in the DSB-to-single-end invasion transition mediated by Dmc1 and auxiliary factors, and mutant strains failed to complete proper chromosome segregation. However, in the absence of Mek1 kinase activity, Rad51-dependent recombination progressed via sister bias in the $hop2{\Delta}$ or $sae3{\Delta}$ mutants, even in the presence of Dmc1. Thus, Hop2 and Sae3 actively modulate Dmc1-dependent recombination, effectively progressing homolog bias, a process requiring Mek1 kinase activation.

DNA 사슬 종결형 항암제인 플루다라빈에 의해 유도된 세포독성에 대한 아로니아-홍삼 에탄올 혼합 추출물의 효과 (Effects of Aronia melanocarpa and Korean Red Ginseng Ethanol Extracts Combination on Cytotoxicity induced by Fludarabine, a DNA Chain Terminating Anti-Cancer Drug)

  • 김민섭;정유헌;오홍근;박종군
    • 한국식품영양학회지
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    • 제30권4호
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    • pp.673-680
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    • 2017
  • Fludarabine, a chain terminating anti-cancer drug, is a purine analogue that causes DNA strand breaks in normal cells. In this study, we determined if A. melanocarpa and Korean red ginseng extract mixture reduce cytotoxicity of fludarabine. Treatment of HaCaT cells with $10{\mu}M$ of fludarabine for 24 hours decreased cell viability and increased DNA strand breaks. Treatment of A. melanocarpa and Korean red ginseng extract mixture for 24 hours increased cell viability as compared with single extract treatment. The protective effect of these extracts on cell activity increased in a concentration-dependent manner. DNA strand breaks induced by fludarabine decreased as concentration of extract mixture increased. p-H2AX level, a marker of DNA strand breakage, decreased depending on the concentration of extract mixture. The effect of mixed extract of A. melanocarpa and Korean red ginseng on DNA damage is due to the anti-oxidative effect of A. melanocarpa and signal transmission through glucocorticoid receptor upon binding of saponin of Korean red ginseng.

Mec1 Modulates Interhomolog Crossover and Interplays with Tel1 at Post Double-Strand Break Stages

  • Lee, Min-Su;Joo, Jung Whan;Choi, Hyungseok;Kang, Hyun Ah;Kim, Keunpil
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제30권3호
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    • pp.469-475
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    • 2020
  • During meiosis I, programmed DNA double-strand breaks (DSBs) occur to promote chromosome pairing and recombination between homologs. In Saccharomyces cerevisiae, Mec1 and Tel1, the orthologs of human ATR and ATM, respectively, regulate events upstream of the cell cycle checkpoint to initiate DNA repair. Tel1ATM and Mec1ATR are required for phosphorylating various meiotic proteins during recombination. This study aimed to investigate the role of Tel1ATM and Mec1ATR in meiotic prophase via physical analysis of recombination. Tel1ATM cooperated with Mec1ATR to mediate DSB-to-single end invasion transition, but negatively regulated DSB formation. Furthermore, Mec1ATR was required for the formation of interhomolog joint molecules from early prophase, thus establishing a recombination partner choice. Moreover, Mec1ATR specifically promoted crossover-fated DSB repair. Together, these results suggest that Tel1ATM and Mec1ATR function redundantly or independently in all post-DSB stages.

DNA 염기서열 분석을 위한 전기화학적 신호 검출 방법 (Electrochemical Signal Detecting Method for DNA Sequencing)

  • 조성보;홍진섭;양송주;권광민;한승오;김영미;박정호
    • 대한전기학회:학술대회논문집
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    • 대한전기학회 2001년도 하계학술대회 논문집 C
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    • pp.1869-1871
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    • 2001
  • DNA 센서의 중요한 역할 중의 하나는 염기서열을 분석함으로써 유전적인 질병이나 돌연변이를 찾아낸다는 점이다. 염기서열 분석법으로 질량, 광학, 전기 화학적 측정법 등이 있는데, 그 중 전기 화학적 측정방법이 타 방법에 비해 간편하고 비용도 저렴해서 전망이 매우 밝다. 전기 화학적 측정을 위해서는 전극의 표면 처리 공정과 전극 표면에서의 DNA immobilization, hybridization 공정 및 전기적 신호를 발생시키는 intercalator, 그리고 전기적 신호 검출을 위한 측정 장비가 필요하다. 본 논문에서는 전극의 표면 처리 물질로서 2-mercaptoethanol을 사용했고 double strand DNA의 intercalator로써 methylene blue를 사용했으며, methylene blue의 환원 전류값을 측정하여 double strand DNA를 bare Au 또는 single strand DNA와 구분할 수 있었다. 이러한 연구 결과를 토대로 하여 전기 화학적 신호 검출을 이용한 DNA 센서의 가능성과 개발 방향을 제시하고자 한다.

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Mutation, DNA Strand Cleavage and Nitric Oxide Formation Caused by N-nitrosoproline with UVA & UVB

  • Arimoto-Kobayashi, Sakae;Ando, Yoshiko;Horai, Yumi;Okamoto, Keinosuke;Hayatsu, Hikoya;Green, Michael H.L.
    • Journal of Photoscience
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    • 제9권3호
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    • pp.49-50
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    • 2002
  • N-Nitrosoproline(NPRO) is endogenously formed from proline and nitrite. NPRO has been reported to be nonmutagenic and noncarcinogenic. In this study, we have detected the direct mutagenicity of NPRO with UVA and UVB towards S. typhimurium. Formation of 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine (8-oxodG), a mutagenic lesion, was observed in calf thymus DNA treated with NPRO plus simulated sunlight. Furthermore, the treatment with NPRO and sunlight induced single strand breaks in the superhelical replicative form of phage M13mp2 DNA. An analysis using scavengers suggested that both reactive oxygen species and NO radical mediate the strand breaks. The formation of nitric oxide was observed in NPRO solution irradiated with UVA. The co-mutagenic and co-toxic actions of NPRO and sunlight merit attention as possible mechanisms increasing the carcinogenic risk from UVA irradiation.

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