• 농업과학연구
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• 제41권4호
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• pp.335-339
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• 2014

Cowpea chlorotic mottle virus (CCMV)는 Group IV positive sense single strand RNA virus, Bromoviridae과, Bromovirus속으로 분류하는 식물병원성 바이러스로, 강낭콩(Phaseolus vulgaris), 나비완두(Clitoria ternatea), 담배(Nicotiana tabaccum), 대두(Glycine max), 동부(Vigna unguiculata, Vigna siensis) 및 땅콩(Arachis hypogaea)이 국내로 수입될 경우, 검사를 수행하는 관리급 검역바이러스이다. 본 연구에서는, RT-PCR, nested PCR 및 유전자-삽입 양성대조구를 개발하여, CCMV를 현장에서 신속, 정확하게 진단할 수 있는 정밀검정 시스템을 구현하였다. 본 연구에서 개발한 방법은 지속적으로 현장에서 활용되어 식물검역에 기여할 것이라고 기대된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제24권6호
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• pp.862-868
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• 2014

Certain Escherichia coli (E. coli) strains have the ability to cause diarrheal disease. Five types of diarrheagenic E. coli have been identified, including EHEC, ETEC, EPEC, EAEC, and EIEC. To detect these five diarrheagenic types rapidly, we developed a one-step multiplex PCR (MP-PCR) assay using nine primer pairs to amplify nine virulence genes specific to the different virotypes, with each group being represented (i.e., stx1 and stx2 for EHEC, lt, sth, and stp for ETEC, eaeA and bfpA for EPEC, aggR for EAEC, and ipaH for EIEC). The PCR primers were constructed using MultAlin. The sensitivity and specificity of the constructed multiplex PCR primers were measured using DNA isolated from diarrheagenic E. coli strains representing each group. The limits of detection were as follows: $5{\times}10^1CFU/ml$ for EHEC, $5{\times}10^3CFU/ml$ for ETEC expressing lt and sth, $5{\times}10^4CFU/ml$ for ETEC expressing stp, $5{\times}10^2CFU/ml$ for EPEC, $5{\times}10^4CFU/ml$ for EAEC, and $5{\times}10^2CFU/ml$ for EIEC. To confirm the specificity, C. jejuni, C. perfringens, S. Typhimurium, V. parahaemolyticus, L. monocytogenes, Y. enterocolitica, B. cereus, and S. aureus were used as negative controls, and no amplification was obtained for these. Moreover, this kit was validated using 100 fecal samples from patients with diarrhea and 150 diarrheagenic E. coli strains isolated in Korea. In conclusion, the multiplex PCR assay developed in this study is very useful for the rapid and specific detection of five diarrheagenic E. coli types. This single-step assay will be useful as a rapid and economical method, as it reduces the cost and time required for the identification of diarrheagenic E. coli.

• 한국가축번식학회지
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• 제18권4호
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• pp.275-284
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• 1995

포유동물 초기 수정란의 성판별에 있어서 biopsied 수정란의 생존성과 성판별의 정확도는 동시에 중요하다. 본 연구자들은 이미 생쥐 수정란에 있어서 biopsy와 PCR을 이용한 성판별의 효율적인 방법을 개발할 바 있다. 본 연구에서는 생쥐 수정란에서 개발된 biopsy방법 (압착방법)을 이용하여 과배란 시킨 상실배기 소 수정란으로부터 몇 개의 할구세포를 분리할 수 있었다. 할구세포가 분리된 13개의 수정란은 biopsy 후 모두 생존하였으며, 이 중 10개의 수정란은 24시간 체외배양에서 정상적인 배반포기로 발달하여 77%의 체외발달율을 나타내었다. 이어서 이렇게 분리된 할구세포에서 PCR 방법으로 수정란의 성을 판별하였는데, 분석된 13개의 수정란 중 수컷은 7개, 암컷은 6개인 것으로 판명되었다. 결론적으로 본 연구에서는 압착방법을 이용하여 상실배기 소 수정란으로부터 적은 수의 할구세포를 쉽게 분리할 수 있었으며, 또한 분리된 할구세포로부터 PCR 방법을 이용하여 소 수정란의 성을 판별할 수 있었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제56권3호
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• pp.229-236
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• 2018

Cutaneous leishmaniasis (CL) has been one of the most common parasitic diseases in Saudi Arabia. This study exhibits the clinical features, diagnosis, cytokine profile and treatment of CL patients in Al-Taif province. Ninety CL suspects at a tertiary care general hospital were enrolled in one-year study. Patients were interviewed, clinically-examined, and subjected to laboratory tests: skin scraping smear microscopy, OligoC-TesT commercial PCR (Coris BioConcept) and kinetoplast DNA (kDNA) PCR for Leishmania diagnosis. Interferon-gamma (RayBio; Human $IFN-{\gamma}$ ) and nitric oxide (NO) levels in patients' sera were evaluated before treatment with sodium stibogluconate (pentostam) with 20-day intramuscular drug regimen. Positive rates of microscopy, commercial PCR and kDNA PCR were 74.4%, 95.5% and 100%, respectively. Patients came to hospital mostly in winter (45.0%). CL was frequently exhibited in Saudi patients (78.8%), male gender (70.7%), age <20 years (50.0%), rural-dwellers (75.5%) and patients with travel history (86.6%). Lesion was mostly single ulcer (93.3%), occurred in the face (67.7%). Upon pentostam treatment, 85.1% of ulcers showed rapid healing signs. Levels of $IFN-{\gamma}$ and NO were significantly higher in the healing than the non-healing cases (P<0.001). The kDNA PCR proved more sensitive than microscopy and OligoC-TesT commercial PCR. Our results open perspectives for $IFN-{\gamma}$ use as a biomarker predicting treatment response.

• 대한본초학회지
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• 제29권3호
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• pp.19-26
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• 2014

Objectives : Aucklandiae Radix (Muxiang) one of important herbal medicines in oriental medicine, is defined as the dried root of Aucklandia lappa (Asteraceae). Owing to the similarities in the morphology and name, Inulae Radix (Tu-Muxiang) and Vladimiriae Radix (Chuan-Muxiang) as well as Aristolochiae Radix (Qing-Muxiang) originated from other medicinal plants are often used as substitutes and/or adulterants of Aucklandiae Radix. Therefore, a reliable authentication of these herbal medicines is necessarily for the public health and prevention of misuse. Methods : 32 samples of medicinal plants supplying Aucklandiae Radix, Inulae Radix, Vladimiriae Radix, and Aristolochiae Radix were collected in Korea and China. The ITS (Internal transcribed spacer) nucleotide sequences of samples were determined. The PCR primers to amply DNA marker of each herbal medicine were designed basing on the specific ITS regions showing differences in the sequences among medicinal plants. Results : Primer set Al R/IS F designed in this work amplified 220 bp PCR product only in samples of Aucklandiae Radix. In contrast, primer set Ih F/IS R, Vs R/IS F, and AcR F1/Ac R amplified 250 bp product, 356 bp prouct, and 516 bp product respectively to identify Inulae Radix, Vladimiriae Radix, and Aristolochiae Radix. Conclusions : The primers designed basing on the nucleotide sequences of ITS regions appearing differenced in the sequences among medicinal plants amplified the DNA markers for the identification of Aucklandiae Radix, Inulae Radix, Vladimiriae Radix, and Aristolochiae Radix. These herbal medicines were more efficiently identified by multiplex PCR method using all primers in a single PCR process.

• 대한의생명과학회지
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• 제4권1호
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• pp.43-56
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• 1998

최근 전세계적으로 문제가 되고 있는 장출형성 대장균 O157:H7을 분리배양 및 동정 없이 바로 시료를 분석하여 신속하게 검출하기 위한 다중 중합효소 연쇄반응 (multiplex PCR) 기법을 확립하고, 이 기법을 이용하여 국내 분리 균주 중에서 SLT-I.II, eaeA, 60-MDa plasmid gene을 가지고 있는 대장균을 유전자 수준에서 검출하고자 하였다. 장출혈성 대장균 O157:H7이 가진 SLT-I.II, 60-MDa plasmid 유전자들에 대한 특이 oligonucleotide primers (MK1'-MK2', NAE19-NAE20, MFSIF-MFSIR)를 함께 동시에 반응 완충액에 넣어 다중 중합효소 연쇄반응을 시행한 결과 317bp (eaeA), 228bp (SLT-I.II), 167bp (60-MDa plasmid)의 PCR 증폭 DNA생성물을 표준균주 (E. coli ATCC 35150)에서는 확인할 수 있었지만, 기타 다른 병원성 장내세균 13세균 13균주에서는 band를 확인할 수 없었다. 한편 다중 중합효소 연쇄반응의 template DNA 추출 방법에 따른 PCR 결과를 비교하였다. 각각의 DNA 추출 방법 중 boiling lysis 방법이 신속하고 간편하여 장출혈성 대장균 O157:H7에 의한 식중독의 임상진단에 다중 중합효소 연쇄반응 (multiplex PCR) 적용하는 데에는 boiling lysis법을 이용하는 것이 가장 적합한 방법으로 확인되었다.

• 대한바이러스학회지
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• 제27권1호
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• pp.19-27
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• 1997

본 연구에서는 영장류에서 감염성 면역결핍 증상을 일으키는 type D simian retrovirus (SRV)를 검출하기 위해 SRV env 유전자의 특정 지역을 선정하여 증폭, 검색하는 중합효소 연쇄반응 (PCR)법을 개발하였다. 증폭반응의 대상부위인 SRV env 유전자의 3' 후반부는 서로 다른 3 종류의 SRV subtype 1, 2, 그리고 subtype 3에 걸쳐 높은 보존율을 보이고 있다. 반응 결과, 1차 PCR 만으로 3 종류의 SRV subtypes를 동시에 검출, 증폭하였으며 SRV와 더불어 영장류에서 감염성 면역결핍을 유도하는 주요 바이러스 simian immunodeficiency virus 또는 simian T-Iymphotropic virus type 1에 감염된 영장류의 peripheral blood mononuclear cells (PBMCs)을 비교, 완전한 증폭 특이성이 확인되었고 교차반응으로 인한 위양성반응은 발견되지 않았다. 한편, 위 증폭반응의 검출 민감도 측정을 위해 준정량적 적정 PCR을 수행하였으며 SRV 게놈과 증폭 대상 부위의 분자량을 기준으로 한 본 PCR법의 검출 한계는 단 한번의 증폭과 간단한 ethidium bromide 염색만으로 적어도 $5-7{\times}10^4$ 개의 PBMCs 중 한 개의 감염세포를 검출할 수 있는 것으로 확인되었다. 본 연구에서 확인된 신속성과 반응 특이성, 그리고 높은 민감도의 본 PCR 법은 현재 유일한 AIDS 연구모델인 영장류의 SIV 감염 연구 전후에 반드시 필요한 효과적인 SRV 감염검색에서 ELISA법의 위양성에 의한 약점을 보완하고 보다 높은 검출 민감도를 확보함으로써 연구모델 실험의 오류를 최소화하는 데 중요한 역할을 하게 될 것이다.

• Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
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• 제7권5호
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• pp.323-326
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• 2002

To detect whole ammonia-oxidizing bacteria in the activated sludge, group-specific primers targeting the 16S-rRNA gene of ammonia-oxidizing bacteria were used. The electrophoresis pattern of the PCR products seemed to produce a single band of approximately 1.0 k bp for the bacteria in activated sludge and Nitrosomonas europaea. No band was observed for nitrite-oxidizer Nitrobacter winogradskyi and heterotrophs such as Pseudomonas putida. Then direct measurement of the PCR product was made by fluorometry using the reagent Hoechist 33258, so that the fluorescent intensity was in proportional to the cell number of the sample up to 240. Total time required for the test was about 4 h including DNA extraction. The DNA fragments produced were cloned and their sequences showed high similarity to those of Nitrosomonas spp. This study showed the feasibility to detect ammonia-oxidizing bacteria and to esti-mate their population rapidly for the control of the nitrogen elimination process.

• 생명과학회지
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• 제16권2호
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• pp.240-244
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• 2006

본 실험에서는 토마토의 종자를 기내 배양하여 얻어진 1g 이하의 무균 잎 조직을 이용하여 미토콘드리아를 분리 정제하여 MitoTracker를 이용하여 세포생물학적으로 확인하였고, 이들의 mt를 이용하여 미토콘드리아 DNA와 RNA를 추출과 검정을 하였다. 또한 고농도의 이온성을 이용하여 미토콘드리아와 mtDNA 및 mtRNA을 추출할 수 있었으며, 식물의 여러 종류에도 사용되어질 수 있을 것이다. mtDNA는 PCR 분석에 의하여 plastid DNA와 혼재되어 있지 않음을 확인하였다. mtRNA는 RT-PCR 분석을 통하여 plastid RNA와 흔재되어 있지 않음을 확인할 수 있었다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제17권4호
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• pp.189-193
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• 2001

The relationships between the phytoplasmas infecting Zizyphus jujuba and Paulownia coreana were investigated by PCR-RELP. The 16S rRNA genes of the phytoplasmas were analyzed and compared with each other after PCR amplification. The amplified bands 1.4 kb in size were analyzed by both restriction digestion and sequencing after cloning into a plasmid vector. In some cases, two different kinds of inserts were observed in the isolates that originated from a single plant. However, many of them appeared to be the amplification products of chloroplastic 16S rRNA gene of host plants. The phytoplasma gene could be differentiated from the chloroplastic gene by restriction digestion of the plasmids carrying the amplification products. Only the recombinant plasmids carrying phytoplasma 16S rRNA gene produced a 1.4 kb band when digested with the enzyme BanII. Of the 52 recombinant plasmids analyzed, 42 appeared to contain inserts that originated from the chloroplastic 16S rRNA gene of the host plants. No variation was detected among 16S rRNA gene of nine phytoplasma isolates infecting Z. jujuba. However, the phytoplasmas infecting Z. jujuba were different from that infecting P. coreana.