• Journal of Ecology and Environment
• /
• 제31권4호
• /
• pp.309-316
• /
• 2008

To develop a monitoring method for soil microbial communities in rice paddy fields, we used terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) to compare soil bacterial community structure in rice paddy fields experiencing different management practices: organic practices, conventional practices without a winter barley rotation, and conventional practices with a winter barley rotation. Restriction fragment length profiles from soils farmed using organic practices showed very different patterns from those from conventional practices with and without barley rotation. In principal component analyses, restriction fragment profiles in organic practice samples were clearly separated from those in conventional practice samples, while principal component analysis did not show a clear separation for soils farmed using conventional practices with and without barley rotation. The cluster analysis showed that the bacterial species compositions of soils under organic practices were significantly different from those under conventional practices at the 95% level, but soils under conventional practice with and without barley rotation did not significantly differ. Although the loadings from principal component analyses and the Ribosomal DNA Project II databases suggested candidate species important for soils under organic farming practices, it was very difficult to get detailed bacterial species information from terminal restriction fragment length polymorphism. Rank-abundance diagrams and diversity indices showed that restriction fragment peaks under organic farming showed high Pielou's Evenness Index and the reciprocal of Simpson Index suggesting high bacterial diversity in organically farmed soils.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제11권5호
• /
• pp.788-797
• /
• 2001

The usefulness of three PCR methods were evaluated for the epidemiological typing of Staphylococcus aureus: an enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence PCR (ERIC-PCR), repetitive extragenic palindromic element PCR (REP-PCR), and 16S-23S intergenic spacer PCR (ITS-PCR). The analysis was performed using a collection of S. aureus strains comprised of 6 reference and 79 isolates from patients with various diseases. Among the 85 S. aureus strains tested, 6 references and 6 isolates were found to be susceptible to methicillin, whereas the remaining 73 isolates were resistant to it. PCR methods are of special concern, as conventional phenotypic methods are unable to clearly distinguish among methicillin-resistant S. aureus (MRSA) strains. The ability of the techniques to detect different unrelated types was found to be as follows: ERIC-PCR, 19 types; REP-PCR, 36 types; and ITS-PCR, 14 types. On the basis of combining the ERIC, REP, and ITS fingerprints, the 85 S. aureus strains were grouped into 56 genetic types (designated G1 to G56). The diversities for the 85 S. aureus strains, calculated according to Simpson\`s index, were 0.88 for an ERIC-PCR, 0.93 for a REP-PCR, and 0.48 for an ITS-PCR, and the diversity increased up to 0.97 when an ERIC-PCR and REP-PCR were combined. The above discrimination indices imply that the genetic heterogeneity of S. aureus strains is high. Accordingly, this study demonstrates that DNA sequences from highly conserved repeats of a genome, particularly a combination of ERIC sequences and REP elements, are a convenient and accurate tool for the subspecies-specific discrimination and epidemiologic tracking of S. aureus.

• Spatial Information Research
• /
• 제3권1호
• /
• pp.47-53
• /
• 1995

GIS의 농업분야 이용으로서는 농작물 적지선정, 토양비옥도 지도작성, 병충해 발생양상 및 확산예측, 잡초분포현황, 주요 농작물의 작황 및 수량예측, 농업환경 영향평가, 기후변동과 농작물생육 등 활용도가 매우 높은 편이다. 1992년 농촌진흥청이 주관하여 우리 나라 전국 논 잡초조사(총 2459개 지점)를 9개도에 걸쳐 121시군의 벼 재배포장에서 논 특성, 작부양식, 재배양식, 이앙시기, 경운 방법별로 구분하여 벼 파종후 60일 (직파재배)및 40-5-(이앙재배)에 초종별 발생본수 및 검물중등을 각각 조사하였다. SPANS(Spatial Anyalysis System)를 이용 Vector, Quadtree, Provincial map을 기본으로 하여 절대 미 상대밀도, 절대 및 상대빈도, 중요도, Simpson's Index, 종합우점도에서 주요 우점 초종중 가장 우점도가 높았던 올방개의 전국적인 분포지도를 작성하였다. 생태학적 분석에 으한 종합우점도, 중요값, Simpon's Index에서는 올방개의 발생이 전국에 걸쳐 가장 높게 나타나 전 농가에서 이 잡초의 효과적인 방제가 요구되었지만 GIS 이용 전국적인 지도작성에서는 가장 극심한 지역으로서 경기남부지역으로 나타나 이 지역 농가에서 특히 체계적, 중점적 방제가 요구되어 방제전략을 제시해주었다.

• 한국잡초학회지
• /
• 제4권1호
• /
• pp.11-18
• /
• 1984

기계이앙답(機械移秧沓)과 손이앙답간(移秧沓間)의 잡초발생(雜草發生) 생태차이(生態差異)를 구명(究明)하여 효과적(效果的)인 방제체계(防除體系)를 확립(確立)하기 위(爲)하여 이앙답(移秧沓)에 많이 사용(史要)되고 있는 butachlor, thiobencarb, oxadiazon 등 11종(種)의 제초제(除草劑)를 공시(公試)하여 1983년(年) 영남작물(嶺南作物) 시험장(試驗場) 수도포장중(水稻圃場中)에서 1년생잡초(年生雜草)와 다년생(多年生) 잡초(雜草)가 우점된 포장(圃場)에서 시험(試驗)한 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. 1. 이앙방법(移秧方法)(기계이앙(機械移秧), 손이앙(移秧))에 따른 잡초발생량(雜草發生量)은 벼를 재배(栽培)하지 않은 자연방임구(自然放任區)가 $m^2$당(當) 잡초수(雜草數)가 8326 본(本) 건물중(建物重)이, 1643g으로 가장 많았고 다음은 기계이앙구(機械移秧區), 손이앙구(移秧區) 순(順)이었으며 벼재배(栽培)에 의(依)한 잡초발생(雜草發生) 억제효과(抑制效果)는 기계이앙구(機械移秧區),가 50%, 손이앙구(移秧區)가 55%이었다. 2. Simpson지수(指數)와 군락우점도(群落優點度)(Community dominance)는 손이앙(移秧)을 함으로써 군락우점도(群落優點度)는 점차 특정(特定) 초종(草種) 즉 올챙고랭이 쪽으로 치우치는 경향이었다. 3. 잡초발생량(雜草發生量)과 벼수량(收量)과의 관계(關係)는 지수함수적인(指數函數的)인 관계(關係)를 보였으며, $m^2$당(當) 잡초건물량(雜草建物量)이 300g일 때 벼수량(數量) 감소(減少)정도는 손이앙구(移秧區)가 26%, 기계이앙구(機械移秧區)가 32%였으며, 잡초발생수(雜草發生數)에 따른 벼수량감소(數量減少)는 기게이앙구(機械移秧區)와 손이앙구간(移秧區間)에 별차이(差異)가 없었다. 4. 무제초(無除草) 방임구(放任區)에서 잡초발생(雜草發生)에 의(依)한 벼수량감소(收量減少)는 기계이앙답(機械移秧沓)이 41%, 손이앙답(移秧沓)이 33%로써 벼수량감소율(收量減少率)이 기계이앙답((機械移秧沓)에서 7% 더높았다. 5. 공시(供試)된 제초제중(除草劑中)에서 이앙방법간(移秧方法間) 잡초발생량차이(雜草發生量差異)가 가장 적었던 제초제(除草劑)는 butachlor(E.C)와 CG 113/oxadiazo이었고 이앙방법간(移秧方法間)에 잡초발생(雜草發生)에 의(依)한 감소율(減少率)은 제초제(除草劑) 종류(種類)에 따라 다소 차이(差異)는 있으나 뚜렷한 경향은 없었다.

• 한국잡초학회지
• /
• 제18권1호
• /
• pp.63-68
• /
• 1998

산채류(山菜類)중 달래, 머위, 참취밭에 발생하는 일년생(一年生) 잡초(雜草)를 방제(防除)하기 위하여 napropamide 21.8% 유제(乳劑) nitralin 50% 수화제(水和劑) 그리고 pendimethalin 31.7% 유제(乳劑)를 약량별(藥量別)로 처리(處理)하였을 때 잡초방제(雜草防除) 효과(效果)와 산채류(山菜類)에 나타나는 반응(反應)을 조사(調査)하였다. 1. 시험포장(試驗圃場)에서는 피, 바랭이, 여뀌, 명아주, 털진득찰, 깨풀, 속속이풀, 닭의장풀 등 9종(種)의 잡초(雜草)가 발생(發生)하였으며, 그중 피, 바랭이, 여뀌, 명아주, 털진득찰 등이 우점(優占)하였다. 2. 잡초발생(雜草發生)의 다양화(多樣化) 정도(程度)를 나타내는 Simpson 지수(指數)는 0.26~0.30로 낮아 잡초발생(雜草發生) 초종(草種)이 다양(多樣)하였다. 3. 공시약제(供試藥劑)의 잡초방제(雜草防除) 효과(效果)는 napropamide유제(乳劑)(21.8%) 872g(ai/ha) 처리구(處理區)는 81.4%~85.6%이고, nitralin수화제(水和劑)(50%) 1,000g(ai/ha) 처리구(處理區)는 79.4%~82.8%, pendimethalin유제(乳劑)(31.7%) 634g(ai/ha) 처리구(處理區)에서는 86.8%~92.2%로서 작물별로 큰 차이가 없었다. 4. 공시약제(供試藥劑)에 대한 약제(藥劑)의 반응(反應)은 napropamide유제(乳劑)에서는 발아(發芽) 혹은 출아지연(出芽遲延)으로 인하여 생장(生長)이 억제(抑制)되는 1~3정도(程度)의 약해(藥害)가 나타났으며, nitralin수화제(水和劑)에서도 그 약해 증상과 정도가 napropamide유제(乳劑)와 유사(類似)하였으며 pendimethalin유제(乳劑)처리구의 달래와 머위는 생육지연(生育遭遲延)에 의한 1~2의 약해가 발현(發現)된 반면에 참취는 잎의 기형발현(畸形發現)으로 인한 2~3의 약해가 유발(誘發)되었다.

• 한국환경생태학회지
• /
• 제27권2호
• /
• pp.196-203
• /
• 2013

월출산의 나비군집 출현 양상을 알아보기 위하여 선조사법을 이용하여 월별로 모니터링 하였다. 그 결과 49종 1,151개체가 조사되었다. 우점종으로는 뿔나비 357(31.0%), 남방노랑나비 96(8.3%), 부처나비 75(6.5%), 굴뚝나비 72(6.2%)개체 순으로 나타났다. 월별로는 6월에 30종 516개체로 가장 많은 종수와 개체수를 기록하였고 구간별로는 저수지나 수원지와 인접한 구간에서 가장 많은 종수와 개체수를 보였다. 전체 다양도지수는 1.71로 나타났으며 월별로는 8월 2.75로 가장 높게 10월에 1.78로 가장 낮게 나타났다. 전체 우점도지수에서는 0.12로 나타났으며 월별로는 6월에 0.40으로 가장 높게 나타났으며 9월에 가장 낮은 0.07을 나타냈다. 유사도지수는 큰골과 성전이 0.52로 가장 유사한 종들이 서식하고 있는 것으로 조사되었고, 큰골과 용산이 0.17로 가장 낮은 것으로 나타났다. 월출산의 저수지나 수원지의 제방은 특정한 종의 서식처 역할을 하는 것으로 나타났다. 이는 산지에서 상대적으로 부족할 수 있는 초지대와 열린 공간을 형성하기 때문으로 판단된다.

• 환경생물
• /
• 제38권1호
• /
• pp.146-159
• /
• 2020

본 연구는 국내 주요 수계 중 만경강, 섬진강, 남해권 수계, 탐진강, 영산강, 동진강과 연결된 농수로 어류의 종 조성과 어류 길드 특성, 군집 특성을 분석하였다. 2017년 9월부터 2018년 8월까지 4회에 걸쳐 현지 조사를 시행한 결과, 어류는 농수로에서 6목 11과 53종 3,633개체가 출현하였고 본류에서 9목 15과 57종 7,108개체가 출현했다. 농수로의 우점종과 아우점종은 칼납자루(Tanakia koreensis)와 납자루(T. lanceolata)로 나타났으며, 납자루아과의 어종이 우점하는 지점이 10지점 중 6지점으로 나타났다. 이는 담수성 이매패류의 서식에 기인한다고 사료된다. 그리고 환경부 지정 멸종위기 야생생물 I급 임실납자루(T. somjinensis)가 섬진강 수계의 농수로에서 출현했고, 멸종위기 야생생물 II급 큰줄납자루(Acheilognathus majusculus)와 꺽저기(Coreoperca kawamebari)가 각각 섬진강 수계, 섬진강과 탐진강 수계의 농수로에서 출현했다. 지점별로 어류 길드 분석 결과, 대체로 농수로가 본류보다 낮은 민감종의 비율을 나타냈다. 군집 분석 결과 하상 구조가 복잡하게 나타난 지점에서 비교적 안정적인 군집을 보였으며, 환경적 변수에 따른 분석 결과 하상 구조가 복잡한 농수로 그룹이 높은 다양도 지수와 낮은 우점도 지수를 나타냈다. 결과적으로 본 연구는 농수로의 어류 서식 특성을 나타내고, 향후 연구와 관리의 필요성을 제시했다.

• 생명과학회지
• /
• 제26권12호
• /
• pp.1446-1457
• /
• 2016

이 논문은 무제치늪에서 채집한 기장대풀(Isachne globosa Kuntze), 솔방울고랭이(Scirpus karuisawensis Makino), 이삭귀개(Utricularia racemosa Wall.), 좀개수염(Eriocaulon decemflorum Maxim.)등 4종의 식물 뿌리에서 서식하는 내생곰팡이의 분포 및 다양성을 확인하기 위해 조사하였다. 총 226 균주가 분리되었고, 3문(Phyla), 7강(Class), 10목(Order), 22과(Family), 31(genera)속으로 분리되었다. 내생진균에서 가장 많이 분리된 속은 Acephala (19.9%), Tolypocladium (16.3%), Neopestalotiopsis (11.5%), Perenniporia (7.1%) 순으로 확인하였다. 다양성지수 분석에 있어서, 이삭귀개(Ur)가 다른 식물 종에 비해 종 풍부도 (Menhinick's index = 2.37), (Margalef's index = 4.46)와, 종 균등도 (Simpson's index diversity = 0.91), 그리고 종 다양성(Shannon's indx = 2.57)로 높게 나왔다. 이러한 분석 결과를 봤을 때, 이삭귀개(Ur)에서 내생진균이 가장 다양하게 서식할 수 있는 것으로 보여진다.

• Mycobiology
• /
• 제45권3호
• /
• pp.160-171
• /
• 2017

Larvae of Bradysia agrestis, an insect vector that transports plant pathogens, were sampled from geographically isolated regions in Korea to identify their cutaneous fungal and bacterial flora. Sampled areas were chosen within the distribution range of B. agrestis; each site was more than 91 km apart to ensure geographical segregation. We isolated 76 microbial (fungi and bacteria) strains (site 1, 29; site 2, 29; site 3, 18 strains) that were identified on the basis of morphological differences. Species identification was molecularly confirmed by determination of universal fungal internal transcribed spacer and bacterial 16S rRNA gene sequences in comparison to sequences in the EzTaxon database and the NCBI GenBank database, and their phylogenetic relationships were determined. The fungal isolates belonged to 2 phyla, 5 classes, and 7 genera; bacterial species belonged to 23 genera and 32 species. Microbial diversity differed significantly among the geographical groups with respect to Margalef's richness (3.9, 3.6, and 4.5), Menhinick's index (2.65, 2.46, and 3.30), Simpson's index (0.06, 0.12, and 0.01), and Shannon's index (2.50, 2.17, and 2.58). Although the microbial genera distribution or diversity values clearly varied among geographical groups, common genera were identified in all groups, including the fungal genus Cladosporium, and the bacterial genera Bacillus and Rhodococcus. According to classic principles of co-evolutionary relationship, these genera might have a closer association with their host insect vector B. agrestis than other genera identified. Some cutaneous bacterial genera (e.g., Pseudomonas) displaying weak interdependency with insect vectors may be hazardous to agricultural environments via mechanical transmission via B. agrestis. This study provides comprehensive information regarding the cutaneous microflora of B. agrestis, which can help in the control of such pests for crop management.

• Mycobiology
• /
• 제46권2호
• /
• pp.85-91
• /
• 2018

Endophytic fungi strains (n = 81) were isolated from the leaves, barks, and fruits of Camellia oleifera from Hunan province (China) to delineate their species composition and potential as biological control agents of C. oleifera anthracnose. The fungi were identified by morphological and phylogenetic analyses. Fungal colonization rates of the leaves, barks, and fruits were 58.02, 27.16, and 14.81%, respectively. The isolates were identified as 14 genera, belonging to two subdivisions, Deuteromycotina and Ascomycotina; 87.65% of all isolates belonged to Deuteromycotina. The dominant species, occurring with a high relative frequency, were Pestalotiopsis sp. (14.81%), Penicillium sp. (14.81%), and Fusarium sp. (12.35%). The Simpson's and Shannon's diversity indices revealed the highest species diversity in the leaves, followed by the barks and fruits. The similarity index for the leaves versus barks comparison was the highest, indicating that the number of endophytic fungal species shared by the leaves and barks was higher than barks and fruits or leaves and fruits. Based on the results of dual culture experiments, only five strains exhibited antifungal activity against C. oleifera anthracnose pathogen, with isolate ty-64 (Oidium sp.) generating the broadest inhibition zones. Our results indicate that the endophytes associated with C. oleifera could be employed as natural agents controlling C. oleifera anthracnose.