• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제86권4호
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• pp.294-303
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• 2023

Background: The human lung serves as a niche for a unique and dynamic bacterial community related to the development and aggravation of multiple respiratory diseases. Therefore, identifying the microbiome status is crucial to maintaining the microecological balance and maximizing the therapeutic effect on lung diseases. Therefore, we investigated the histological type-based differences in the lung microbiomes of patients with lung cancer. Methods: We performed 16S rRNA sequencing to evaluate the respiratory tract microbiome present in bronchoalveolar lavage fluid. Patients with non-small cell lung cancer were stratified based on two main subtypes of lung cancer: adenocarcinoma and squamous cell carcinoma (SqCC). Results: Among the 84 patients analyzed, 64 (76.2%) had adenocarcinoma, and 20 (23.8%) had SqCC. The α- and β-diversities showed significant differences between the two groups (p=0.004 for Chao1, p=0.001 for Simpson index, and p=0.011 for PERMANOVA). Actinomyces graevenitzii was dominant in the SqCC group (linear discriminant analysis [LDA] score, 2.46); the populations of Haemophilus parainfluenza (LDA score, 4.08), Neisseria subflava (LDA score, 4.07), Porphyromonas endodontalis (LDA score, 3.88), and Fusobacterium nucleatum (LDA score, 3.72) were significantly higher in the adenocarcinoma group. Conclusion: Microbiome diversity is crucial for maintaining homeostasis in the lung environment, and dysbiosis may be related to the development and prognosis of lung cancer. The mortality rate was high, and the microbiome was not diverse in SqCC. Further large-scale studies are required to investigate the role of the microbiome in the development of different lung cancer types.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제11권5호
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• pp.788-797
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• 2001

The usefulness of three PCR methods were evaluated for the epidemiological typing of Staphylococcus aureus: an enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence PCR (ERIC-PCR), repetitive extragenic palindromic element PCR (REP-PCR), and 16S-23S intergenic spacer PCR (ITS-PCR). The analysis was performed using a collection of S. aureus strains comprised of 6 reference and 79 isolates from patients with various diseases. Among the 85 S. aureus strains tested, 6 references and 6 isolates were found to be susceptible to methicillin, whereas the remaining 73 isolates were resistant to it. PCR methods are of special concern, as conventional phenotypic methods are unable to clearly distinguish among methicillin-resistant S. aureus (MRSA) strains. The ability of the techniques to detect different unrelated types was found to be as follows: ERIC-PCR, 19 types; REP-PCR, 36 types; and ITS-PCR, 14 types. On the basis of combining the ERIC, REP, and ITS fingerprints, the 85 S. aureus strains were grouped into 56 genetic types (designated G1 to G56). The diversities for the 85 S. aureus strains, calculated according to Simpson\`s index, were 0.88 for an ERIC-PCR, 0.93 for a REP-PCR, and 0.48 for an ITS-PCR, and the diversity increased up to 0.97 when an ERIC-PCR and REP-PCR were combined. The above discrimination indices imply that the genetic heterogeneity of S. aureus strains is high. Accordingly, this study demonstrates that DNA sequences from highly conserved repeats of a genome, particularly a combination of ERIC sequences and REP elements, are a convenient and accurate tool for the subspecies-specific discrimination and epidemiologic tracking of S. aureus.

• Mycobiology
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• 제45권3호
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• pp.160-171
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• 2017

Larvae of Bradysia agrestis, an insect vector that transports plant pathogens, were sampled from geographically isolated regions in Korea to identify their cutaneous fungal and bacterial flora. Sampled areas were chosen within the distribution range of B. agrestis; each site was more than 91 km apart to ensure geographical segregation. We isolated 76 microbial (fungi and bacteria) strains (site 1, 29; site 2, 29; site 3, 18 strains) that were identified on the basis of morphological differences. Species identification was molecularly confirmed by determination of universal fungal internal transcribed spacer and bacterial 16S rRNA gene sequences in comparison to sequences in the EzTaxon database and the NCBI GenBank database, and their phylogenetic relationships were determined. The fungal isolates belonged to 2 phyla, 5 classes, and 7 genera; bacterial species belonged to 23 genera and 32 species. Microbial diversity differed significantly among the geographical groups with respect to Margalef's richness (3.9, 3.6, and 4.5), Menhinick's index (2.65, 2.46, and 3.30), Simpson's index (0.06, 0.12, and 0.01), and Shannon's index (2.50, 2.17, and 2.58). Although the microbial genera distribution or diversity values clearly varied among geographical groups, common genera were identified in all groups, including the fungal genus Cladosporium, and the bacterial genera Bacillus and Rhodococcus. According to classic principles of co-evolutionary relationship, these genera might have a closer association with their host insect vector B. agrestis than other genera identified. Some cutaneous bacterial genera (e.g., Pseudomonas) displaying weak interdependency with insect vectors may be hazardous to agricultural environments via mechanical transmission via B. agrestis. This study provides comprehensive information regarding the cutaneous microflora of B. agrestis, which can help in the control of such pests for crop management.

• 한국농림기상학회지
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• 제5권3호
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• pp.151-157
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• 2003

본 연구는 경기도 가평과 충청북도 영동에 조성된 풍매차대검정림의 하층식생에 대한 입지환경에 따른 군락조성 및 구조에 대한 변화와 특성을 구명하고자 수행되었다. 가평지역의 임분내 경사는 영동지역에 비해 완만했으며, 토양의 화학적 성질을 분석한 결과 가평지역이 전반적으로 영동치역 보다 전체적인 함량 비율이 낮은 것으로 나타났다. 임분내 지역별 임상에 도달하는 상대광도는 가평지역보다 영동치역이 매우 높았다. 전반적으로 잣나무의 생장은 가평지역이 영동지역에 비하여 현저히 우수한 생장상태를 보이고 있다. 잣나무 임분의 지역별 관목층의 종구성과 상대 밀도, 빈도, 피도 및 중요치 등에 대한 분석 결과, 가평지역은 신갈나무와 상수리나무가 우점종으로 나타났으며 영동지역은 상수리나무가 우점종으로 나타났다. 하층식생은 가평지역에 출현하는 종들은 대부분 토양이 습윤하며 음지에 볼 수 있는 종들로 구성되어 있다. 영동지역은 가평지역에 비해 적은 종이 출현하며 대부분 경사가 심하고 토양이 건조하며 햇빛이 많이 도달하는 곳에 출현하는 종들로 특히 산딸기가 우점종으로 나타났다. 지역별 잣나무임분의 관목층 및 하층식생의 전체 종다양도는 가평지역이 영동지역보다 높았다. 이러한 결과는 두 지역간의 지형적인 특성인 경사도의 상이한 차이로 판단되며, 가평지역은 잣나무 생장을 고려하여 간벌이 시행되어져야 하며, 영동은 하층식생에 대한 무육관리가 시급한 것으로 사료된다.

• 한국잡초학회지
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• 제31권1호
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• pp.89-95
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• 2011

본 연구는 잡초방제방법에 따른 논 포장내 잡초발생과 다양성에 관하여 조사하였다. 실험은 3개월(7월~9월)동안 무제초제, 제초제 처리 및 왕우렁이 처리로 잡초방제방법을 구성하여 실시하였다. 실험결과에 의하면 무제초제구에서는 5~7종류의 잡초종이 발견된 반면, 제초제 처리구 및 왕우렁이 처리구에서는 2~4종류의 잡초종이 발견되었다. 무제초제구 및 제초제 처리구에서는 실험기간동안 물달개비가 우점종 이었으나, 왕우렁이 처리구에서는 좀개구리밥과 여뀌가 우점종이었다. 왕우렁이 처리구에서 우점도 지수는 0.96으로 무제초제구(0.27) 및 제초제 처리구(0.51)에 비해 상당히 높은 것으로 분석되었다. 또 유사성 계수는 무제초제구와 제초제 처리구에서 50.31%, 무제초제구와 왕우렁이 처리구에서 4.65% 및 제초제 처리구와 왕우렁이 처리구에서 0.38%로 분석되었다. 결론적으로 잡초종 다양성, 우점도 지수 및 유사성 계수는 잡초방제방법에 따라 확연히 다른 것으로 확인되었다.

• 환경생물
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• 제38권1호
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• pp.146-159
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• 2020

본 연구는 국내 주요 수계 중 만경강, 섬진강, 남해권 수계, 탐진강, 영산강, 동진강과 연결된 농수로 어류의 종 조성과 어류 길드 특성, 군집 특성을 분석하였다. 2017년 9월부터 2018년 8월까지 4회에 걸쳐 현지 조사를 시행한 결과, 어류는 농수로에서 6목 11과 53종 3,633개체가 출현하였고 본류에서 9목 15과 57종 7,108개체가 출현했다. 농수로의 우점종과 아우점종은 칼납자루(Tanakia koreensis)와 납자루(T. lanceolata)로 나타났으며, 납자루아과의 어종이 우점하는 지점이 10지점 중 6지점으로 나타났다. 이는 담수성 이매패류의 서식에 기인한다고 사료된다. 그리고 환경부 지정 멸종위기 야생생물 I급 임실납자루(T. somjinensis)가 섬진강 수계의 농수로에서 출현했고, 멸종위기 야생생물 II급 큰줄납자루(Acheilognathus majusculus)와 꺽저기(Coreoperca kawamebari)가 각각 섬진강 수계, 섬진강과 탐진강 수계의 농수로에서 출현했다. 지점별로 어류 길드 분석 결과, 대체로 농수로가 본류보다 낮은 민감종의 비율을 나타냈다. 군집 분석 결과 하상 구조가 복잡하게 나타난 지점에서 비교적 안정적인 군집을 보였으며, 환경적 변수에 따른 분석 결과 하상 구조가 복잡한 농수로 그룹이 높은 다양도 지수와 낮은 우점도 지수를 나타냈다. 결과적으로 본 연구는 농수로의 어류 서식 특성을 나타내고, 향후 연구와 관리의 필요성을 제시했다.

• 한국잡초학회지
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• 제16권4호
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• pp.259-263
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• 1996

1. 충남지역 시설채소재배지에서 발생한 잡초는 약 30여종이었으며 구슬갓냉이, 둑새풀, 별꽃, 쇠비름, 바랭이, 명아주 등이 전반적으로 우점도가 높은 것으로 나타났다. 2. 충남지역의 서북부 해안지역에서는 별꽃, 쇠비름, 둑새풀, 서남부 해안지역에서는 구슬갓냉이, 바랭이, 별꽃, 내륙북부지역에서는 구슬갓냉이, 둑새풀. 바랭이, 내륙남부지역에서는 구슬갓냉이, 둑새풀, 쇠비름 순으로 높은 우점도를 나타냈다. 3. 충남지역의 배추포장에서는 별꽃, 구슬갓냉이, 쇠비름, 무포장에서는 구슬갓냉이, 털비름, 별꽃 등, 오이포장에서는 털비름, 별꽃, 바랭이 등, 파포장에서는 구슬갓냉이, 쇠비름 등이 높은 우점도를 나다냈다.

• Journal of Plant Biology
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• 제28권2호
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• pp.165-175
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• 1985

지리산 피아골의 식생은 식물사회학적 방법에 의해 개서나무군낙, 서나무군낙, 신갈나무군낙, 졸참나무군낙, 들메나무군낙, 철쭉-진달래 관목림으로 분류되며, DBH-class 분포에 의하면 개서나무군낙, 서나무군낙, 신갈나무군낙은 모두 안정된 극상림인 것으로 보인다. 신갈나무군낙의 종다양도는 제일 낮고 우점도는 제일 높게 나타났으며, 토양조건은 서나무군낙이 신간나무군낙에 비해 습하고 비옥한 것으로 나타났다. 서나무군낙과 신갈나무군낙의 점이대는 DBH-class 분포로 보아 현재의 900∼1,000m 에서 1,000∼l,100까지 이동할 것으로 예측된다. Polar Ordination에 의한 식생형의 분류는 식물사회학적 방법의 결과와 일치했다. 고도구배를 따라 개서나무는 500∼700m, 서나무는 700∼900m, 신갈나무는 900m이상에서 최고의 중요치를 나타낸다. Raunkiaer의 life-form spectrum을 남한의 것과 비교하면, 반지중식물은 5.3%, 지중식물은 5.2% 높게 나타났으며, 착생식물과 수중식물은 극히 적게 나타났다.

• 한국잡초학회지
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• 제31권1호
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• pp.41-48
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• 2011

배수방법별 연차간 잡초발생 군락특성을 분석한 결과는 다음과 같다. 수분함량은 배수불량지는 10.2~18.2%, 약간불량지는 11.8~14.3%이었고, 표토에서 10cm깊이까지 토양 3상 중에 기상은 배수불량지가 15.3%인데 비해 약간불량지는 19.8%로 높았다. 2009년도에 약간불량지에서는 16초종이 발생하였으며, 적산우점도는 뽀리뱅이(97.0%) > 망초(92.1%) > 갈퀴덩굴(35.3%) > 지칭개(28.4%) > 쑥(23.3%) 순이었다. 배수불량지에서는 12초종이 발생하였으며, 적산우점도가 뚝새풀(100%) > 벼룩나물(55.2%) > 뽀리뱅이(38.3%) > 물냉이(28.5%) > 망초(20.9%)이었다. 또 2010년도에 약간불량지에서는 14초종이 발생하였으며, 적산우점도는 벼룩나물(86.8%) > 뚝새풀(77.7%) > 자운영(68.7%) > 뽀리뱅이(46.3%) > 망초와 지칭개(35.6%) 순이었다. 배수불량지에서는 12초종이 발생하였으며, 적산우점도가 벼룩나물(93.7%) > 뚝새풀(78.6%) > 물냉이(31.3%) > 뽀리뱅이(30.4%) > 쑥(25.7%)이었다. 배수방법별 연차간 발생초종의 다양화 정도를 나타내는 Simpson 지수는 배수불량지가 0.18~0.23으로 약간불량지에서는 0.12~0.18에 비해 높아서 토양수분 함량이 높은 곳에서 특정 초종이 우점하는 경향을 나타내었다. 잡초의 다양성 지수는 2009년에는 43.0% 이었으나 2010년에는 74.2%로 연차간 차이가 많았다.

• 한국산림과학회지
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• 제80권1호
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• pp.54-71
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• 1991

1980년(年) 7월(月)부터 1989년(年) 8월(月)까지 조계산(曹溪山) 삼림식생(森林植生)을 조사(調査)하고 식생구조(植生構造)를 분석(分析)한 결과(結果)는 다음과 같다. 1. 조사(調査)된 관속식물(管束植物)은 750종류(種類)로 49목(目), 122과(科), 434속(屬), 627종(種), 1아종(亞種), 111변종(變種), 11품종(品種)으로 조사(調査)되었으며, Abies, Erythrortium, Spiranthus, Paeonia, Dictammus, Bupleurum 6속(屬)과 단풍마(Dioscorea quinguelobia), 타래난초(Spiranthes sinensis), 금난초(Cephalanthera falcata), 참당귀(Angelica gigus), 큰꽃으아리(Clematis patens), 산작약(Paeonia japonica), 부용(Hibiscus mutabilis), 단풍취(Ainsliama aceritolin), 백선(Dictamnus dasycarpus), 민백미꽃(Cynanchum ascyritolium), 봄구슬봉이(Gentiana thunbergii), 병개암나무(Corylus hallaisanensis), 잣나무(Pinus koraiensis), 바위말발도리(Deutzia prunifolia), 산앵도나무(Vaccinium koreanum), 엘레지(Erythronium japonicum), 땅비싸리(Indigofera kirilowii) (17종), 애기닥나무(Broussonetia kazinoki var. humillis), 줄사철나무(Euonymus fortunei var. radicans), 곱향나무(Juniperus communis var. nipponica), 송금나무(Callicarpa japonica var. taqiletti)(4변종)와 그리고 털생강나무(Lindera abtusiloba for. villosum)(1품종) 등을 추가 하였다. 2. 조계산식물상(曹溪山植物相)의 Raunkiaer의 Life form spectrum은 $CH-D_1-R_5-e$ type으로 분류(分類)되었으며 분포지(分布地)은 Nakai, 이(李), 임(任)의 남부형(南部型)에 일치(一致)하며 난대분자(暖帶分子)도 Lygodium, Cyrtomium, Torreya, Melia, Cayratia Thea, Bamboo등 7속(屬)이 분포(分布)한 것으로 나타냈다. 3. 삼림(森林) 식생(植生)의 Simpson 평균(平均) 종다양도(種多樣度) DS=0.9로 나타났고 Shannon-Wienner의 다양도(多樣度) 지수(指數) H1. 400로 다양(多樣)한 식생(植生) 군락(群落) 구성(構成)을 하고 있음을 알수 있다. 4. Pte Q는 1.81로서 전국평균 1.68보다 높게 나타났으며 귀화 식물에 대한 UI=28.75 외래수종(外來樹種)에 대한 UI=17.49로 백운산(白雲山), 내장산(內藏山)과 유사하였다. 5. 조계산(曹溪山) 삼림식생(森林植生)은 졸참나무, 서어나무, 굴참나무, 소나무, 신갈나무, 굴피나무, 상수리나무의 7개 자연군락(自然群落)과 때죽나무, 노각나무, 비목나무, 느티나무, 붉나무, 층층나무, 물푸레나무, 들메나무 등 8개(個)의 대상군락, 잣나무 편백, 일본잎갈나무, 밤나무, 리기다소나무, 일본목련, 삼나무 등 7개(個)의 인공식재군락(人工植栽群落)이 포함되어 자연식생, 대상식생, 인공식재림 등의 3개(個)의 식생형(植生型)이 분류(分類)되었다. 6. 식물사회학적(植物社會學的) 방법(方法)에 의(依)하여 1/25000 지형도(地形圖)에 현존식생도(現存植生圖)와 계층구조도(階層構造圖)를 작성(作成)하였다. 7. 중요(重要)한 종(種) 또는 특이(特異) 군락(群落)으로는 이(李) 김(金)과 박(朴)이 보고(報告)한 털조장나무(Lindera sericea) 새이삭여뀌(Persicaria tilitorme), 대팻집나무(flex macrophda), 민대팻집나무(I. macropoda for. pseudo-macropoda), 노각나무(Stewartia koreana), 진퍼리잔대(Aden ophora), 히어리(Corylopsis coreana)등은 일치(一致)하였고, 산앵도나무(Vaccinium coreanum), 약난초(Cremastra appendiculinium), 곱향나무(Juniper communis var. nipponica), 금난초(Cephalanthera falcata), 애기닥나무(Broussonetia kazinoki var. humilis), 큰꽃으아리(Clematis patens), 산작약(Paeonia obovata), 바위말발도리(Deatzia prunifolia), 백선(Dictmnus dasyarpus), 참당귀(Angelica gigics), 시호(Bupleurum falcatum)등의 종(種)이 추가(追加)되었다.