• 한국토양비료학회지
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• 제46권3호
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• pp.163-172
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• 2013

곡간지 (안성, 함양)와 평야지 (보은, 김제) 및 도시지역(군산, 수원)의 논토양에 서식하는 수서곤충을 2009~2011의 3년간 채집 분류 동정하여, 전체 18 집구에 대하여, 12종류의 지표에 근거한 종 다양성 분석 결과는 다음과 같다. 1. 지형별 논토양에서 수집된 수서곤충의 개체 수는 곡간지 (35,932) > 평야지 (24,948) > 도시지역 (9,780) 순이었으며, 종수는 곡간지 (32) > 도시지역 (20) > 평야지 (18) 순이었다. 2. 조사대상지 18집구들에 대하여 2집구 간 153개 조합의 상호 유사도 (Similarity) matrix를 작성하였으며, 153개 조합전체의 유사도는 평균 0.542, 즉 전체 종의 약 54%는 최소 1개 이상의 다른 집구에서도 서식하고 있는 종으로 구명되었다. 3. 조사대상지 18집구 중에서 종 다양성이 다른 집구와 차이가 가장 큰 경우는 2009년 보은 평야지, 차이가 가장 작은 경우는 2010년 군산 도시지역 이었다. 4. 년차간 유사도 (0.659)가 지형간 유사도 (0.560)보다 높게 나타나, 어떤 종의 수서곤충이 같은 시기에 다른 지역에서 공동 서식할 가능성 (공간적 유사도 : Spacial similarity)보다, 동일 지역에서 이듬해에 또다시 서식할 가능성 (시간적 유사도 : Periodical Similarity)이 더 높다고 구명되었다. 5. 종 다양성 관련 12개 지표들에 대한 18개 집구 간의 변이계수 (Coefficient of variation: CV)는 개체수 (N, 70.0%) > 균등도-E3 (54.9%) > 균등도-E1 (49.6%) > 풍부도-R2 (40.5%) > 종수 (S, 35.3%) > 풍부도-R1 (33.7%) > 균등도-E2 (28.4%) > 균등도-E5 (15.9%) > 다양도-V1 (11.1%) > 균등도-E4 (6.3%) > 다양도-V2 (5.1%) > 우점도-D1 (4.8%) 순이었다. 6. 조사대상 18집구별 종 다양성 관련 12개 지표들 간 66개 조합에 대한 상호관련성을 보여주는 correlation matrix를 작성하였고, 66개 조합 중 통계적으로 유의성 있는 관련성을 보여주는 경우는 33개 조합의 경우이었다. 7. 종 다양성을 나타내는 지표 중 10종류의 지수들 간 correlation matrix를 근거로 한 통계적 독립의 개념에 따라 지수간 관련성이 낮은 지수, 즉 풍부도지수 (R1, R2)는 R1, 다양도지수 (V1, V2)는 V1, 균등도지수 (E1, E2, E3, E4, E5)는 E2, 우점도지수는 D1이 수서곤충의 종 다양성과 관련하여 가장 적절한 지표라고 판단되었다. 8. 수서곤충의 풍부도지수 (Richness index: R1)는 곡간지 논토양에서, 다양도지수 (Variety index: V1)는 도시지역 논토양에서, 균등도지수 (Evenness index: E2)는 평야지 논토양에서 더 높았으며, 우점도지수 (Dominance index: D1)는 도시지역 논토양에서 더 낮았다.

• 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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• 제6권11호
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• pp.507-520
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• 2017

집합 유사 시퀀스 매칭 방법은 유사한 정도를 나타내는 척도로 교집합을 기반으로 한 유사도를 사용한다. 그러나 교집합 크기를 계산하는 과정에 시간이 오래 걸릴 뿐만 아니라, 유사한 시퀀스를 찾기 위해서 수많은 집합 간 교집합 크기를 구해야 하므로 수행 시간이 오래 걸리는 성능상의 문제가 있다. 본 논문에서는 이러한 성능상의 문제를 해결하기 위해 인덱스 기반의 검색 방법을 사용하여 집합 기반 유사 시퀀스 매칭을 빠르게 수행하는 방법을 제안한다. 제안하는 방법은 크게 두가지로 구분된다. 첫 번째로 집합 시퀀스 유사도 문제를 교집합의 크기 비교 문제로 정형적으로 변환하고, 교집합의 크기를 빠르게 찾을 수 있는 인덱스 구조를 제안한다. 두 번째로 제안한 인덱스 구조를 사용하여 집합 기반 유사 시퀀스 매칭을 효율적으로 수행할 수 있는 방법을 제안한다. 성능 평가 결과, 제안하는 방법이 기존 방법에 비해 최대 30배에서 50배의 수행 시간 단축이 있음을 보인다. 또한 데이터 시퀀스의 개수가 증가할수록 수행시간의 차이가 점점 커지므로, 대용량 데이터 처리에 적절함을 보인다.

• 한국컴퓨터산업학회논문지
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• 제4권4호
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• pp.613-624
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• 2003

본 논문은 우선순위 큐와 접미어 트리로 색인 구조를 생성한 후. 이미지 시퀀스 데이터베이스에서 다차원 타임 워핑 거리 함수를 이용하여 유사한 이미지 서브시퀀스를 신속하고 정확하게 검색할 수 있는 방법을 제안한다. 본 논문에서 제안된 방법은 사전에 정의된 중요도에 따라 선별된 이미지 시퀀스로 구성된 우선순위 큐 색인의 이미지 서브시퀀스에 대한 유사성 거리 계산을 첫 단계로 시행하여 유사한 서브시퀀스집합을 얻고 만족할 결과를 얻지 못했을 경우에는 두 번째 단계로 나머지 유사 서브시퀀스에 대해 디스크 기반의 접미어 트리를 색인 구조체로 하여 유사한 서브시퀀스를 검색하는 것이다. 하한 거리 함수를 활용하여 질의 이미지 시퀀스와 유사한 이미지 서브시퀀스를 검색하는 과정에서 생성 가능한 오류를 방지 하면서 동시에 비 유사 이미지 서브시퀀스를 제거하도록 한다.

• 융합신호처리학회논문지
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• 제10권2호
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• pp.132-135
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• 2009

비디오 데이터들의 효율적 색인과 검색을 위해서는 비디오 시퀀스의 유사도 측정방법이 매우 중요한 요소이다. 본 논문은 비디오 시퀀스에 대한 효율적인 유사도 측정을 위해 휘도 성분 투사법을 제안한다. 기존의 알고리즘들이 히스토그램, 윤곽선, 움직임등과 같은 특성을 사용한 반면 본 논문에서 제안한 알고리즘은 휘도 성분을 투사하는 방법을 사용하여 비디오 유사도 특성을 효율적으로 나타낼 수 있다. 비디오 데이터의 효율적인 색인과 계산량 감소를 위해 누적된 유사도에 의해 추출된 키프레임들을 이용하여 비디오 시퀀스의 유사도를 구하고 수정된 하우스도르프 거리를 사용하여 키프레임 묶음들의 유사도를 측정하였다. 실험결과 제안한 휘도투시법을 사용한 비디오 색인 기법이 유사도 특성에서 기존의 특성을 사용한 방법에 비해 확연한 정확도 및 성능 차이를 보였다.

• KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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• 제8권8호
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• pp.2913-2929
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• 2014

Traditional vector quantization (VQ) schemes encode image blocks as VQ indices, in which there is significant similarity between the image block and the codeword of the VQ index. Thus, the method can compress an image and maintain good image quality. This paper proposes a novel lossless VQ indices compression algorithm to further compress the VQ index table. Our scheme exploits the high correlation of adjacent image blocks to search for the same VQ index with the current encoding index from the neighboring indices. To increase compression efficiency, codewords in the codebook are sorted according to the degree of similarity of adjacent VQ indices to generate a state codebook to find the same index with the current encoding index. Note that the repetition indices both on the search path and in the state codebooks are excluded to increase the possibility for matching the current encoding index. Experimental results illustrated the superiority of our scheme over other compression schemes in the index domain.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제27권3호
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• pp.127-134
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• 2011

The purpose of the study was to assess and compare the diversity of plant species (trees, shrubs, herbs) of natural forest and plantations. A total of 52 plant species were recorded in the natural forest, of which 16 were trees, 15 were shrubs and 21 were herbs. On the contrary, 31 species of plants including 11 trees, 8 shrubs and 12 herbs were identified in plantation forest. Shannon-Wiener diversity index were 2.70, 2.72 and 3.12 for trees, shrubs and herbs respectively in the natural forest. However, it was 2.35 for tree species, 2.31 for shrub species and 2.81 for herb species in the plantation forest. Jaccard's similarity index showed that 71% species of trees, 44% species of shrubs and 43% species of herbs were same in plantations and natural forest.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제33권4호
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• pp.341-348
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• 1995

가시아메바 속(Accnthamoeba spp.)의 DNA 염기 구성 정보와 관계없이 임의의 10개의 엽기로 구성된 프라이머를 사용하여 random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction(RAPD-PCR)에 의해 게놈 상의 DNA를 무작위로 증폭하여 확인된 표지자로써 한국 분리주 및 외국 분리주와 기존의 알려진 4개 가시아메바 종간의 유전적 근연관계 분석을 통해서 4개 한국 분리주의 분류상의 성상을 규명하였다. 본 연구에서 A. culbertsoni, A. hokchetti, A. triangularis, A. pokphrwc와 한국 분리주인 YM-2 YM-3, YM-4 YM-5 그리고 외국 분리주인 HOV의 게놈 DNA는 18 종류의 프라이머에 의하여 다양한 양상의 증폭산물을 보였으며 그 중 9개 프라이머는 한국 분리쿠간에도 특이성을 보이는 RAPD 표지자를 제공하였다. 총 18개의 프라이머에 대한 증폭 산물을 대상으로 각 시료의 유사도를 조사한 결과, A. culbertsoni는 A. hakhetti, A. triangularis, A. polyphuga와 유사도가 각각 0.300, 0.308, 0.313이었고, A hqkchetti와 A. triangularis간의 유사도는 0.838이었다. 한국 분리주 YM-2, -3, -4 간의 평균 유사도는 0.959이었고, YM-2, -3, -4 와 A. hotchetti, A. triangularis 간의 평균 유사도는 0.832이었다. 한국 분리주 YM-5는 YM-2, -3 -4 간의 비교에서 평균 0.237의 유사도를 보인 반면, A. culbersoni와 유사도 0.857을 보여, 다른 한국 분리주보다 A. culbertsoni와 유전적으로 유사함을 알 수 있었다. UPGMA법에 의한 유전적 근 연관계 분석 결과 phonogram 강에 두개의 분지군이 존재하는데, A. hakchetti, A. triangularis 및 3개 한국 분리주(YM-2, -3 -4)가 하나의 분지군을, A. cuzburtsoni, A. polyphaga HOV주, 및 YM-5가 따른 분지군을 형성하는 것으로 나타났다 게놈 DNA 상의 변이에 근거하여 볼 때, YM-5 주늘 유전적으로 A. culbertsoni와 거의 유사한 분리주이며 한국 분리주는 최소 2종 이상의 가시아메바로 분류할 수 있다고 사료된다.

• 한국자원식물학회지
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• 제13권1호
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• pp.1-10
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• 2000

재배되고 있는 22 페칸종간의 RAPD분석을 한 결과, Agarose gel상에서 primer당 평균 6개의 DNA단편이 증폭되었다. 증폭된 DNA 단편의 크기 는 100bp에서 1500bp의 범위에 위치하였다. 페칸종간의 유연 관계를 분석하기에 적합한 primer를 선발한 결과 OPA-02, OPA-10, OPA-12, OPB-01이 최적이었다. 4종의 primer를 이용하여 증폭한 PCR산물을 1.5% Agarose gel상에 분획하여 단편의 종류를 분석한 결과 22의 페칸종은 5개의 그룹으로 구분 할 수 있었다. 40종 primer로부터 증폭된 466 DNA단편을 기초로하여 유전적 근연계수를 계산하였던 결과 유사도 값이 가장큰 것은 C. flacra와 Black walnut로 0.90를 나타났으며, Kiowa와 Red hickory, C. tomentosa, C. flacra, Black walnut간에는 유사도 값이 0.31로 가장 작았다. 선발된 4종의 primer를 이용하여 증폭시킨 PCR산물을 Polyacrylamide gel상에 분획한 후 검출된 DNA단편을 분석하였다. 유사도 값이 가장 큰 것은 그룹 V의 Red hickory, C. tomentosa, C. flacra, Black walnut간으로 1.0이었고, Farley와 Pawnee간과 Sturya와 Clarke간은 공히 0.98를 나타내었다. Polyacrylamide gel분획 후 은염색하여 단편을 검출하는 것은 Agarose gel에 비하여 시간, 기술, 경비가 요구되지만 보다 정확한 유전적 배경을 설명할 수 있다고 생각되었다. 또한 Agarose gel 분석, Polyacrylamide gel 분석 및 주성분 분석법에서 Farley, C. tomentosa, C. flacra, Black walnut, C. corpiformis만이 동일 그룹에서 이탈되지 않았다.

• 대한의생명과학회지
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• 제13권4호
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• pp.293-304
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• 2007

The emergence of extended spectrum $\beta$-lactamase (ESBL) producing bacteria is worldwide concern. Until recently, the most frequently identified strains in the Republic of Korea were E. coli and Klebsiella spp. The incidence of resistance to extended spectrum $\beta$-lactam antibiotics is increasing in Wonju city, Korea. Total 57 strains of ESBL producing E. coli and Klebsiella species were isolated from Wonju Christian Hospital during a 9 month-period from April to December, 2003. To determine the prevalence and genotypes of the ESBL producing clinical isolates, antibiotic susceptibility and ESBL activity test by VITEK system and double disk synergy (DDS) test, and PCR based genotyping were performed. Fourteen (82%) isolates of 17 ESBL producing E. coli were found to have $bla_{TEM}$ gene and 5 (29%) isolates were found to have $bla_{CTX-M}$ gene by polymerase chain reaction (PCR). Thirty (75%) isolates of 40 ESBL producing Klebsiella species with $bla_{TEM}$ gene, 38 (95%) isolates with $bla_{SHV}$ gene, and 7 (20%) isolates with $bla_{CTX-M}$ type gene were also identified. Enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR and similarity index by dendrogram for genetical similarity to band pattern of each clinical isolates were examined. ESBL producing E. coli were grouped into 6 clusters up to 84% of similarity index and Klebsiella species were grouped into 12 clusters up to 76% of similarity index. In conclusion, ESBL producing clinical isolates were characterized with the results from antimicrobial resistance pattern and genetical similarity using ERiC PCR.

• 한국산림과학회지
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• 제21권1호
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• pp.47-51
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• 1974

전자계산조직(電子計算組織)과 수치분석(數値分析)에 의(依)하여 참나무 기본종간(基本種間)의 유연관계(類緣關係)를 증명하고자 non-metric coefficient 식(式)을 적용(適用)하며 UNiVAC-1106으로 처리(處理)하였다. 연구결과(硏究結果)는 이창복교수(李昌福敎授)의 논문결과(論文結果)와 일치(一致)하고 있으나, 필자(筆者)의 연구(硏究)에서는 이들 유연관계(類緣關係)가 수량적(數量的)으로 재증명(再證明)된 것이고 수상형분류(樹狀型分類)에 의거하면 참나무 기본종중(基本種中) 떡갈나무는 유연관계(類緣關係)가 가장 멀게 나타나고 있음을 밝혔다.