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Identification of High Affinity Non-Peptidic Small Molecule Inhibitors of MDM2-p53 Interactions through Structure-Based Virtual Screening Strategies

  • Bandaru, Srinivas;Ponnala, Deepika;Lakkaraju, Chandana;Bhukya, Chaitanya Kumar;Shaheen, Uzma;Nayarisseri, Anuraj
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권9호
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    • pp.3759-3765
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    • 2015
  • Background: Approaches in disruption of MDM2-p53 interactions have now emerged as an important therapeutic strategy in resurrecting wild type p53 functional status. The present study highlights virtual screening strategies in identification of high affinity small molecule non-peptidic inhibitors. Nutlin3A and RG7112 belonging to compound class of Cis-imidazoline, MI219 of Spiro-oxindole class and Benzodiazepine derived TDP 665759 served as query small molecules for similarity search with a threshold of 95%. The query molecules and the similar molecules corresponding to each query were docked at the transactivation binding cleft of MDM2 protein. Aided by MolDock algorithm, high affinity compound against MDM2 was retrieved. Patch Dock supervised Protein-Protein interactions were established between MDM2 and ligand (query and similar) bound and free states of p53. Compounds with PubCid 68870345, 77819398, 71132874, and 11952782 respectively structurally similar to Nutlin3A, RG7112, Mi219 and TDP 665759 demonstrated higher affinity to MDM2 in comparison to their parent compounds. Evident from the protein-protein interaction studies, all the similar compounds except for 77819398 (similar to RG 7112) showed appreciable inhibitory potential. Of particular relevance, compound 68870345 akin to Nutlin 3A had highest inhibitory potential that respectively showed 1.3, 1.2, 1.16 and 1.26 folds higher inhibitory potential than Nutilin 3A, MI 219, RG 7112 and TDP 1665759. Compound 68870345 was further mapped for structure based pharamacophoric features. In the study, we report Cis-imidazoline derivative compound; Pubcid: 68870345 to have highest inhibitory potential in blocking MDM2-p53 interactions hitherto discovered.

유사단어 정보와 유전자 알고리듬을 이용한 HMM의 상태하중값을 사용한 단어의 검증 (Word Verification using Similar Word Information and State-Weights of HMM using Genetic Algorithmin)

  • 김광태;백창흠;홍재근
    • 대한전자공학회논문지SP
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    • 제38권1호
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    • pp.97-103
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    • 2001
  • 현재 HMM은 음성인식에서 가장 널리 쓰이는 방법이다. 대부분의 경우 HMM의 매개변수는 훈련데이터에 대해 최대유사도를 가지도록 훈련된다. 그러나 이러한 방법은 다른 단어들에 대한 변별력을 고려하지 않는 단점이 있다. 이 논문에서는 이러한 단점을 보완하기 위해, 유사단어에 대한 정보와 두 단어 사이에 변별력을 가지는 함수를 사용하여, 인식된 단어와 유사단어만을 대상으로 재인식하는 과정을 통해 단어를 검증하는 방법을 제안하였다. 유사단어는 각 단어의 HMM에 다른 단어의 훈련음성으로 확률값을 계산하여 가장 유사한 단어를 얻었으며, 단어간에 변별력을 가지는 인식기는 각 상태에 하중값을 가지는 인식기를 사용하여 구현하였다. 단어간에 변별력을 가지는 하중값은 유전자 알고리듬을 사용하여 얻었다. 실험에서 유사단어와 변별력을 가지는 검증기의 사용으로 오인식률이 약 22% 감소하였다.

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Carcass Characteristics and Chemical Composition of the Longissimus Muscle of Nellore, Caracu and Holstein-friesian Bulls Finished in a Feedlot

  • Rotta, Polyana Pizzi;do Prado, Ivanor Nunes;do Prado, Rodolpho Martin;Moletta, Jose Luiz;Silva, Roberio Rodrigues;Perotto, Daniel
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제22권4호
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    • pp.598-604
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    • 2009
  • This work was carried out to study the carcass characteristics, the chemical composition and the fatty acid profile in Longissimus muscle (LM) of bull breeds Nellore, NEL (11), Caracu, CAR (12) and Holstein-Friesian, HFR (12) finished in a feedlot. The bulls were fed twice a day with corn silage, cotton meal, cracked corn, urea, limestone and mineral salt. NEL and CAR bulls had similar (p>0.05) final weight and hot carcass weight. However, NEL and CAR bulls had higher (p<0.05) final weight and hot carcass weight than HFR bulls. Carcass hot dressing, carcass conformation, cushion thickness, Longissimus muscle area and texture were similar (p>0.05) among NEL, CAR and HFR bulls. NEL and HFR bulls had higher (p<0.05) carcass length in comparison to the CAR breed. Nellore breed had higher (p<0.05) leg length in comparison to CAR and HFR breeds. Leg length was similar (p>0.05) between CAR and HFR breeds. Thickness fat, color and marbling score were lower (p<0.05) in NEL breed in comparison to CAR and HFR breeds. LM of NEL bulls had higher (p<0.05) meat moisture content in comparison to CAR and HFR bulls. In contrast, lipid content was lower (p<0.10) in HFR bulls. LM ash and crude protein contents were similar (p>0.05) among breeds. Saturated fatty acids (SFA) were higher (p<0.10) in HFR animals. Monounsaturated fatty acids (MUFA), polyunsaturated fatty acids (PUFA), n-6, n-3 and PUFA/SFA ratio were similar (p>0.05) among the different breeds. N-6/n-3 ratio was higher (p<0.05) in CAR animals.

Carcass Characteristics and Chemical Composition of the Longissimus Muscle of Puruna and 1/2 Puruna vs. 1/2 Canchin Bulls Meat Quality of Bulls

  • Nunes do Prado, Ivanor;Rotta, Polyana Pizzi;Martin do Prado, Rodolpho;Visantainer, Jesui Vergilio;Moletta, Jose Luis;Perotto, Daniel
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제21권9호
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    • pp.1296-1302
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    • 2008
  • This work was conducted to study the performance, carcass characteristics, chemical composition and fatty acid profile of the Longissimus muscle (LM) of first-generation Purunã (n = 7, PUR1), second-generation Purunã (n = 9, PUR2), and 1/2 Puruna vs. 1/2 Canchin (n = 13, PUCA) bulls finished in a feedlot. The animals averaged 18 months of age at the beginning of the experiment. The animals were kept in a feedlot from 18 to 22 months of age. They were fed twice a day with corn silage ad libitum, along with soybean meal, cracked corn, urea, limestone and mineral salt. PUR1 bulls had greater (p<0.05) final weight (496.0 kg) than PUCA bulls (449.2 kg). However, there was no difference (p>0.05) between PUR1 and PUR2 (472.0 kg), and between PUR2 and PUCA. Hot carcass weight was similar (p>0.05) among the different genetic groups. Hot carcass dressing percentage was similar (p>0.10) between PUR1 (50.4%) and PUCA (53.8%), and higher (p<0.10) than PUR2 (48.6%). Cushion thickness was greater (p<0.05) in PUCA bulls (27.12 cm). The other parameters were similar (p<0.05) among the three genetic groups. Total lipid and cholesterol contents were higher (p<0.01) in PUR2. Moisture, ash and crude protein contents were similar (p>0.05) among the three genetic groups. Saturated fatty acid (SFA) levels were higher (p<0.10) in PUR1 and PUR2 (51.58% and 50.41%, respectively). Polyunsaturated fatty acid levels were higher (p<0.05) in PUR1 and PUCA (6.50% and 8.29%, respectively). N-6, n-3 and PUFA/SFA ratios were higher (p<0.05) in PUCA. MUFA and n-6/n-3 ratios were similar (p>0.05) among the different genetic groups.

자기 유사한 트래픽을 이용한 ATM 스위치의 ABR 혼잡제어 알고리즘의 성능분석 (Performance Analysis for ABR Congestion Control Algorithm of ATM Switch using Self-Similar Traffic)

  • 진성호;임재홍
    • 정보처리학회논문지C
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    • 제10C권1호
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    • pp.51-60
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    • 2003
  • 네트워크를 설계하고 서비스를 구현하는데 있어서 중요한 변수중의 하나는 트래픽의 특성을 파악하는 것이나 기존의 트래픽 예측과 분석은 포아송(Poisson) 또는 마코비안(Markovian)을 기본으로 하는 모델을 사용하였다. LAN, WAN 및 VBR(Variable Bit Rate) 트래픽 특성에 관한 최근의 실험적 연구들은 기존의 포아송 가정에 의한 모델들이 네트워크 트래픽의 장기간 의존성 및 자기 유사한 특성들을 과소평가 함으로써 실제 트래픽의 특성을 제대로 나타낼 수 없다는 것을 지적해 왔고 최근 실제 트래픽과 유사한 모델로서 자기 유사한 특성을 이용한 접근법이 대두되고 있다. 따라서, 본 논문에서는 실제 트래픽과 유사한 자기 유사 데이터 트래픽을 백그라운드 부하로 발생시켜 기존의 ABR (Available Bit Rate) 혼잡제어 알고리즘 중 대표적인 EFCI(Explicit Forward Congestion Indication), EPRCA(Enhanced Proportional Rate Control Algorithm), ERICA(Explicit Rate Indication for Congestion Avoidance), NIST(National Institute of Standards and Technology) 스위치 알고리즘이 버스트한 트래픽에 대해 효율적으로 반응하는지를 ACR(Allowed Cell Rate), 버퍼 사용율, 셀 폐기율, 전송효율 등으로 나누어 분석을 하였다.

집합 유사 시퀀스 매칭의 성능 향상을 위한 인덱스 기반 검색 방법 (An Index-Based Search Method for Performance Improvement of Set-Based Similar Sequence Matching)

  • 이주원;임효상
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제6권11호
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    • pp.507-520
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    • 2017
  • 집합 유사 시퀀스 매칭 방법은 유사한 정도를 나타내는 척도로 교집합을 기반으로 한 유사도를 사용한다. 그러나 교집합 크기를 계산하는 과정에 시간이 오래 걸릴 뿐만 아니라, 유사한 시퀀스를 찾기 위해서 수많은 집합 간 교집합 크기를 구해야 하므로 수행 시간이 오래 걸리는 성능상의 문제가 있다. 본 논문에서는 이러한 성능상의 문제를 해결하기 위해 인덱스 기반의 검색 방법을 사용하여 집합 기반 유사 시퀀스 매칭을 빠르게 수행하는 방법을 제안한다. 제안하는 방법은 크게 두가지로 구분된다. 첫 번째로 집합 시퀀스 유사도 문제를 교집합의 크기 비교 문제로 정형적으로 변환하고, 교집합의 크기를 빠르게 찾을 수 있는 인덱스 구조를 제안한다. 두 번째로 제안한 인덱스 구조를 사용하여 집합 기반 유사 시퀀스 매칭을 효율적으로 수행할 수 있는 방법을 제안한다. 성능 평가 결과, 제안하는 방법이 기존 방법에 비해 최대 30배에서 50배의 수행 시간 단축이 있음을 보인다. 또한 데이터 시퀀스의 개수가 증가할수록 수행시간의 차이가 점점 커지므로, 대용량 데이터 처리에 적절함을 보인다.

유사 문제 해결 과정에서 추상적 스키마 구성하기 (The Construction of an Abstract Schema in the Similar Mathematical Problem Solving Process)

  • 강정기;전영배;노은환
    • 한국학교수학회논문집
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    • 제16권1호
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    • pp.219-240
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    • 2013
  • 각 문제를 해결하는 과정에서 우리는 필연적으로 문제에 대한 스키마를 갖게 된다. 그런데 유사 문제를 해결하다 보면 각 문제를 관련 짖는 추상적 스키마를 발견하게 된다. 이러한 추상적 스키마는 문제 해결자에게 통합적 시각을 갖게 함으로써 문제를 바라보는 안목을 높이며, 아울러 유추 전이의 상승에 기여한다는 점에서 매우 중요한 것이라고 생각된다. 유사 문제에서 추상적 스키마를 구성하기 위해서는 등장하는 어떤 요소를 제외하고도 문제의 본질을 훼손하지 않는 것과 훼손하는 것을 찾아야 한다고 생각하였다. 이와 같은 관점에서 본 연구는 유사 문제에서 추상적 스키마의 구성을 돕는 방법을 설계하였다. 또한 그것을 한 학생에게 적용하여 그 방법의 가능성을 살펴보았다. 본 연구를 통해 학생들이 갖는 개별적 수학적 지식이라고 생각되는 요소들을 통합하는 것이 가능함을 확인하였다. 이는 기존 학자들(Gick and Holyoak, 1983; Kintsch & Dijk, 1978)이 언급한 추상적 스키마의 구성을 구체화하는 방법을 제시했다는 의의를 갖는다. 이런 결과는 향후 교수 학습 방법의 개선에 도움을 줄 것으로 기대된다.

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Screening of New Mediators for Lignin Degradation Based on Their Electrochemical Properties and Interactions with Fungal Laccase

  • Shin, Woon-Sup;Cho, Hee-Yeon;Cho, Nam-Seok
    • 펄프종이기술
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    • 제38권5호
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    • pp.1-8
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    • 2006
  • This study was performed to evaluate extensive electrochemical characteristics of 23 commercially available mediators for laccase. Electrochemical properties, interactions with laccases, and ability to degrade lignin were compared for selected mediators. Among them, NNDS has very similar electrochemical properties in terms of reversibility and redox potential (about 470 mV vs. Ag/AgCl at pH=7) compared to ABTS which is a well-known mediator. Specific activity of purified laccase from Cerrena unicolor was determined by both 2,2'-azino-bis-(3-ethylbenz-thiazoline-6-sulfonic acid) (ABTS) and 1-nitroso-2-naphthol -3,6-disulfonic acid (NNDS). The specific activity of the laccase was 23.2 units/mg with ABTS and 21.2 units/mg with NNDS. The electron exchange rate for NNDS with laccase was very similar to that for ABTS, which meant that NNDS had similar mediating capability to ABTS. Determining methanol concentration after reacting with laccase compared to lignin degradation capabilities of both ARTS and NNDS. ARTS or NNDS alone cannot degrade lignin, but in the presence of laccase enhanced the rate of lignin degradation. ABTS showed better activity in the beginning, and the reaction rate of NNDS with lignin was about a half of that of ABTS at 10 minute, but the final concentration of methanol produced in 1 hour was very similar each other. The reason for similar methanol concentration for both ABTS and NNDS can be interpreted as the initial activity of ABTS was better than that of NNDS, but ABTS would be inhibited laccase activity more during the incubation.

캐리커처 자동 생성을 위한 이미지 변형 법칙에 관한 연구 - 감성적 형태 중심의 변형 방법 - (Image Transformation Logics for Caricature Generation : The Focus on Emotional Form)

  • 김성곤
    • 감성과학
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    • 제12권1호
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    • pp.129-136
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    • 2009
  • 캐리커처 자동 생성기를 개발하기 위한 본 연구는 과거의 여러 연구와는 달리 캐리커처 전문가들이 그리는 방법을 관찰하는 것에서 시작하였다. 관찰 과정에서 전문가들이 특히 그림을 그릴 때 대상물의 형태를 다른 유사한 다른 사물과 비슷하게 그려서 그 특징을 과장하고 있는 사실을 발견하였다. 우리가 일상생활에서 '무엇은 무엇을 닮았다'라고 표현할 때, 이는 동일한 형태 군에서 그 차이점을 부각 시켜서 표현하는 것이다. 본 연구에서는 그리고자 하는 대상물의 형태와 가장 유사한 기하학적 형태를 찾아 그 형태를 강조 변화 하고자 하였다. 연구의 범위는 벡터라인으로 그려진 2차원 단일 외형 폐곡선을 캐리커처 형태로 강조 변화하는 것으로 한정하였다. 이를 위하여 4종류의 유사 기하학적 형태 데이터베이스의 구성방법, 대상 유사 기하학적 형태를 찾기 위한 탐색 방법, 탐색된 데이터를 동일 크기와 좌표로 재배열 방법 그리고 강조 변화하는 방법에 관하여 논하였다. 사람 얼굴을 실험 대상으로 선정하여 데이터베이스를 제작하였다. 변화된 결과물에 대해서 설문한 결과 그 가능성이 입증되었다.

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Flash Butt 용접부의 파괴거동에 관한 실험적 연구(I) (An Experimental Study on the Fracture Behavior for Flash Butt Welding Zone)

  • 김용수;신근하;강동명
    • 한국안전학회지
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    • 제7권1호
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    • pp.65-72
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    • 1992
  • Objective of this research is to evaluate fracture behaviors of fresh-butt welded metal by the acoustic emission technique. The specimens used are medium carbon steel(SM45C), mild steel (SS41) and stainless steel(SUS304), which have different weldability. The similar welding and dissimilar welding processes are considered, in the former SM45C, SS41 and SUS304 are used, in the later the following metals are used SM45C and SS41, SM45C and SUS304 and SS41 and SUS304. The characteristics of fracture in weld metal are eshmated by the tension test with nominal speciemns, the fracture toughness test with compact tension specimens and fractography analysis. The results of tension test show for base metals and similar welding materials that the yield strength and ultimate strength of similar welding materials are increased, the elongation of those are decreased. The weldability of SUS304 is better than that of SM45C and SS41 In similar welding materials. Mechanical properties of dissimilar welding mateiiths we lower than those of similar welding materials. In dissimilar welding materials, the weldability of SM45C and SUS304 is better than that of SM45C and SS41, and also weidability of SS41 and SUS304 is better than SS41 and SM45C. Comparing mechanical properties with AE counts, it is found that AE conuts appeared on a small before the limit load of elasticity(P$_{e}$), and apper greatly near yield strength region in tension test. These results could contribute to the safety analyses and the evaluation of strength for welding structure.e.

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