• Journal of Ginseng Research
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• 제33권3호
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• pp.199-205
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• 2009

인삼에 대한 microsatellite 개발은 다른 분자적 마커들에 비해 늦게 이루어져, 최근에 와서야 인삼의 microsatellite 들이 보고되고 있는 실정이다. 본 연구에서는, 분리된 microsatellite들 중에서 5 개의 다형성 마커를 선별하여 국내 경작지나 시장에서 유통되는 인삼을 대상으로 유전적 다형성을 조사하고, 각 마커의 특성을 규명하였다. 유전자형 분석은 변성 PAGE와 silver staining법으로 하거나 형광표지 primer로 표지한 PCR 산물을 자동 염기서열 분석기로 분석하였다. 본 연구에서 개발한 5개의 microsatellite 마커들의 평균 대립유전자 수는 3.2 개였으며, 평균 GD는 0.367 였다. 전체적으로 볼 때, PG1419가 가장 높은 다형성을 보였으며 (PIC: 0.460, GD: 0.543), PG770은 가장 낮은 다형성을 나타내었다 (PIC: 0.070, GD: 0.078). 각 좌위들의 예상 이형접합도 (H$_{exp}$)는 0.077에서 0.541 (mean = 0.313)로 계산되었으나, 관측 이형접합도 (H$_{obs}$)는 0.040에서 0.130 (mean = 0.083)으로 훨씬 낮게 관찰되었으며, 유전자형의 분포는 Hardy-Weinberg 평형상태에서 벗어남을 보였다. 본 연구에서 개발한 인삼의 microsatellite 마커들은 인삼의 분자적 마커의 데이터베이스 확립의 기초 자료로 활용될 뿐 아니라, 인삼의 분자적 구별법 및 QTL 좌위의 염색체지도 작성에 유용하게 활용될 것이다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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• pp.128-128
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• 2017

Copper (Cu) is very toxic to plant cells due to its inhibitory effects on many physiological and biochemical processes. In spite of its potential physiological and economic significance, molecular characterization after Cu stress has so far been grossly overlooked in sorghum. To explore the molecular alterations that occur in response to copper stress, the present study was executed in ten-day-old Cu-exposed leaves of sorghum seedlings. The growth of shoots was markedly reduced, and ionic alterations were prominently observed in the leaves when the seedlings were exposed to different concentrations (0, 100, and $150{\mu}M$) of $CuSO_4$. Using two-dimensional gels with silver staining, 643 differentially expressed protein spots (${\geq}1.5-fold$) were identified as either significantly increased or reduced in abundance. Of these spots, a total of 24 protein spots (${\geq}1.5-fold$) from Cu-exposed sorghum leaves were successfully analyzed by MALDI-TOF-TOF mass spectrometry. Of the 24 differentially expressed proteins from Cu-exposed sorghum leaves, a total of 13 proteins were up-regulated, and 11 proteins were down-regulated. The abundance of most identified protein species, which function in carbohydrate metabolism, stress defense, and protein translation, was significantly enhanced, while that of another protein species involved in energy metabolism, photosynthesis and growth and development were severely reduced. The resulting differences in protein expression patterns together with related morpho-physiological processes suggested that these results could help to elucidate plant adaptation to Cu stress and provide insights into the molecular mechanisms of Cu responses in $C_4$ plants. The over-expression of GAPDH plays a significant role in assisting Sorghum bicolor to attenuate the adverse effects of oxidative stress caused by Cu, and the proteins involved in resistance to stress helped the sorghum plants to tolerate high levels of Cu.

• 대한두경부종양학회지
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• 제12권2호
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• pp.169-176
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• 1996

결핵의 진단은 특징적 병리조직양상, 항산균 염색에 의한 균 증명과 M. tuberculosis균 배양으로 이루어지나 형태적으로는 결핵이 의심되더라도 항산균이 조직표본이나 도말에서 검출되지 않거나 M. tuberculosis가 배양되지 않아 정확한 원인적 진단이 불가능할 경우가 많다. 이에 저자들은 경부 결핵성 임파선염으로 적출되어 보내어진 경부 임파선 조직의 신선한 조직이나 통상적으로 처리되어 제작된 파라핀 블록을 이용하여 M. tuberculosis에 특수한 반복성 DNA sequence인 IS986를 표적으로 한 primers을 사용하여 nested PCR방법을 이용하여 예민도가 높은 M. tuberculosis 검출로 빠른 시간 내에 결핵을 진단하고자 본 연구를 실시하였다. 최근 유전자 기술의 진보로 M. tuberculosis의 여러 항원들의 유전자가 클론화되고 그 염기 배열이 밝혀졌으며 이에 저자들은 결핵의 확진을 위하여 파라핀 포매조직을 대상으로 nested PCR에 의한 188bp의 DNA를 증폭한후 증폭한 DNA분절의 염기 배열을 결정한 후 Bst UI와 Hha I 효소를 이용한 소화과정을 거친 후 restriction fragment length polymorphism(RFLP)을 은염색에 의해 그 패턴에 의해 M. tuberculosis를 확인하고 또한 다른 종의 Mycobacteria를 배제시킬 수 있었다. 본 방법은 1$\sim$2일에 끝나며, 방사선물질을 사용하지 않으면서도 감도 및 특이성이 우수하여 일반 병리실힘실에서도 M. tuberculosis를 포함한 각종 항산균의 신속한 검출법으로 손쉽게 사용할 수 있다고 생각되어 이에 보고하였다.

• 한국어병학회지
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• 제19권1호
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• pp.7-15
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• 2006

육상수조에 양식중인 폐사가 발생하는 숭어 (Mugil cephalus)를 조사한 결과 아가미와 지느러미에 Amyloodinium sp.의 감염이 확인되었다. 아가미의 무염색표본을 검경하면 충체는 불투명한 원형 또는 난원형으로 중심부에 밝게 보이는 핵을 가지고 있는데, Lugol 액 이나 Diff-Quick III액을 적하하여 충체는 각각 검은색과 청색으로 염색된다. 또 충체를 May-Grunwald Giemsa염색하면 세포질의 주변부는 과립성의 호산성이지만 가운데 부위는 과립성의 호염기성으로 염색되는데, 도은염색에서 세포질의 과립은 음성, 중심부의 과립은 양성이었으며, 도은 양성과립은 Lugol 액에 갈색으로 염색되었다. 분리한 충체를 여과멸균해수에 넣어 20℃에서 배양하였을 엷은 이중막인 시스트막이 형성되면서 2분열을 일으켜 최종적으로 시스트막이 파열되면서 수많은 dinospores가 방출되었다. 병리조직학적으로는 아가미 상피세포의 증생으로 인한 새변의 유착, 곤봉화 및 변형이 일어나 병어는 호흡곤란을 일으키는 것으로 판단되었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제29권9호
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• pp.1239-1246
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• 2016

The breeding of yaks is highly seasonal, there are many crucial proteins involved in the reproduction control program, especially in follicular development. In order to isolate differential proteins between mature and immature follicular fluid (FF) of yak, the FF from yak follicles with different sizes were sampled respectively, and two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) of the proteins was carried out. After silver staining, the Image Master 2D platinum software was used for protein analysis and matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF-MS) was performed for differential protein identification. The expression level of transferrin and enolase superfamily member 1 (ENOSF1) was determined by Western blotting for verification analysis. The results showed that 2-DE obtained an electrophoresis map of proteins from mature and immature yak FF with high resolution and repeatability. A comparison of protein profiles identified 12 differently expressed proteins, out of which 10 of them were upregulated while 2 were downregulated. Western blotting showed that the expression of transferrin and ENOSF1 was enhanced with follicular development. Both the obtained protein profiles and the differently expressed proteins identified in this study provided experimental data related to follicular development during yak breeding seasons. This study also laid the foundation for understanding the microenvironment during oocyte development.

• 대한미생물학회지
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• 제35권2호
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• pp.97-108
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• 2000

Two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) is an essential tool of proteomics to analyse the entire set of proteins of an organism and its variation between organisms. Helicobacter pylori was tried to identify differences between strains. As the first step, whole H. pylori was lysed using high concentration urea contained lysis buffer [9.5 M Urea, 4% CHAPS, 35 mM Tris, 65 mM DTT, 0.01% SDS and 0.5% Ampholite (Bio-Rad, pH 3-10)]. The extract ($10\;{\mu}g$) was rehydrated to commercially available immobilised pH gradient (IPG) strips, then the proteins were separated according to their charges as the first dimensional separation. The IPG strips were placed on Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE) to separate according to molecular mass of the proteins as the second dimension. The separated protein spots were visualised by silver staining in order to compare different expression of proteins between strains. Approximately 120 spots were identified in each mini-protein electrophoresised gel, furthermore about 65 to 75 spots were regarded as identical proteins in terms of pI value and molecular weight between strains used. In addition, distinct differences were found between strains, such as 219-1, Y7 and Y14, CH150. Two representative strains were examined using strips which had pH range from 4 to 7. This strips showed a number of isoforms which were considered large spots on pH range 3-10. Furthermore, the rest of spots on pH 4-7 IPG strips appeared very distinctive compared to broad range IPG strips. 2-DE seems to be an excellent tool for analysing and identifying variations between H. pylori strains.

• 한국식품과학회지
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• 제35권5호
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• pp.791-796
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• 2003

박피된 절편 연근의 갈변억제를 효과적으로 하기 위한 기초연구로 갈변의 주원인 효소인 polyphenol oxidase(PPO)를 분리, 정제하여 특성을 조사하였다. 박피된 절편 연근을 24시간 동안 $4^{\circ}C$에 방치하여 PPO 활성을 증가시켜 조효소액을 제조하였으며 PPO 조효소액을 acetone으로 침전시킨 후 Q-Sepharose anion-exchange column, Phenyl-Sepharose hydrophobic interaction column의 conventional column과 Mono-Q anion-exchange column, Superdex 75 gel-filtration column의 HPLC column을 이용하여 PPO 활성이 가장 높은 한 개의 PPO isoform LPIII-2를 최종 분리 정제하였다. 분리 정제된 LPIII-2의 분자량을 gel-filtration chromatography를 이용하여 측정한 결과 56kDa이었으며 SDS-PAGE를 실시한 후 silver staining한 결과 LPIII-2의 분자량은 28kDa와 26kDa으로 2개의 band를 형성하는 것으로 보아 heterodimer인 것으로 추정되었다. PPO isoform의 특성 조사를 위하여 Q-Sepharose anion-exchange chromatography를 이용하여 부분분리 정제된 2개의 isoforms(LP-II, LP-III)를 가지고 기질 특이성을 조사한 결과 LP-II의 경우 $5^{\circ}C$와 $30^{\circ}C$ 모두 catechol에 대한 기질 친화력이 높았으며 LP-III의 경우 $5^{\circ}C$와 $30^{\circ}C$ 모두에서 pyrogallol에 기질 친화력이 높았다. 그리고 pH 7에서 최적 pH를 보였으며 열안정성은 $40^{\circ}C$에서 60분간 열처리했을 때 안정하였지만 $60^{\circ}C$에서 40분, $80^{\circ}C$에서 10분간 열처리했을 때 효소가 불활성화되었다. 특이하게도 연근의 PPO는 다른 과채류의 PPO와 반응온도에 따른 특성이 달랐는데 여러 반응온도에서 효소 활성을 측정한 결과 연근 PPO isoform LP-II와 LP-III 모두 $5^{\circ}C$의 반응온도에서 높은 효소활성을 보였으며 온도가 올라갈수록 반응속도가 떨어지는 특성을 보였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제38권2호
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• pp.198-206
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• 2010

본 연구는 항생제인 imipenem에 내성이 있는 Pseudomonas aeruginosa에 대한 차 폴리페놀(TPP)과 imipenem의 살균 상승효과와 세포반응을 조사하기 위하여 수행되었다. Imipenem 내성 Ps. aeruginosa는 병원의 환자로부터 분리하였다. TPP와 imipenem을 단독으로 처리하였을 때와 병용으로 처리하였을 때의 최소억제농도(MIC)를 측정한 결과, imipenem 감수성과 내성 균주는 TPP와 imipenem을 병용처리 하였을 때, imipenem 농도가 각각 16배, 8배가 감소되는 것을 확인하였다. 또한, time-kill 조사를 통해 TPP와 imipenem의 항균효과를 조사하였으며, 병용처리 하였을 때 낮은 농도의 imipenem에서도 동일한 항균효과를 나타내는 것을 확인하였다. TPP에 의한 imipenem 감수성과 내성 균주의 스트레스 충격 단백질 발현을 조사하기 위하여 anti-DnaK와 anti-GroEL 단일항체를 이용한 Western blot을 통해 관찰하였다. 스트레스 충격 단백질인 DnaK와 GroEL은 TPP의 노출시간이 증가함에 따라 발현양이 증가하다가 감소하는 것을 확인하였으며, 유도된 DnaK와 GroEL의 분자량은 각각 70 kDa과 60 kDa으로 나타났다. TPP의 농도와 시간에 따른 세균의 LPS 증감 변화를 SDS-PAGE와 은 염색을 통하여 확인하였고, TPP와 imipenem에 노출된 세균의 세포 외부 형태변화를 주사전자현미경을 이용하여 관찰한 결과, 움푹 패이고, 주름진 표면을 가지는 것으로 관찰되었다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제6권4호
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• pp.227-236
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• 2006

목적: 유전자 메틸화는 유전자의 서열에 영향을 주지 않으면서 유전자의 발현을 억제하고 세포분열 후 그대로 보존되는 후성적 변화이다. 위암조직과 정상위조직에서 hMLH1, p16, p14, COX-2, MGMT, E-cadherin 유전자와 MINT (MINT1, 2, 12, 25, 31)의 메틸화 상태를 검사하여 위암의 발생 과정에서의 작용과 CIMP 및 Helicobacter pylori균 감염을 포함한 임상병리학적인자와의 연관성을 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 위암과 정상위 신선 동결 조직 각각 36예를 대상으로 MSP (methylation-specific PCR)방법을 이용하여 메틸화 상태를 분석하였고 CIMP의 분석은 MINT1, MINT2, MINT12, MINT25, MINT31의 5개 marker를 대상으로 시행하였다. Helicobacter pylori균 감염여부는 Warthin-Starry silver 염색을 통하여 분류하였다. 결과: 위암 관련 유전자인 p14, p16, MGMT, COX-2, E-cadherin, hMLH1의 메틸화는 각각 14예(38.9%), 13예(36.1%), 8예(22.2%), 10예(27.8%), 21예(58.3%), 6예(16.7%)였다. MINT1과 MINT25의 메틸화는 위암조직에서 정상위조직에서보다 통계학적으로 유의하게 높게 관찰되었다. CIMP 양성률은 위암조직에서 44.4%로 높게 나타났으며 CIMP-H 위암은 환자의 연령과 종양크기와 연관이 있었다. CIMP 양성 위암은 p16 유전자의 메틸화와 연관이 있었고 p16 유전자의 메틸화는 조직학적으로 저분화, 미만형, 궤양형성하는 위암에서 낮게 나타났다. MINT1의 메틸화는 Helicobacter pylori균과 연관성이 있었다. 결론: 위암에서 hMLH1, p16, p14, COX-2, MGMT, E-cadherin, MINT (MINT1, 2, 12, 25, 31)의 불활성화에 DNA 메틸화가 작용함을 알 수 있었고, Helicobacter pylori균에 의한 위암발생에 MINT1의 메틸화가 연관이 있음을 알 수 있었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제44권3호
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• pp.355-362
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• 2016

수해양성 병원성 미생물로 알려진 Vibrio anguillarum으로부터 mannose-1-phosphate를 mannose-6-phosphate, glucose-1-phosphate를 glucose-6-phosphate로 가역적으로 변환시키는 phosphomannomutase/phosphoglucomutase (pmm/pgm)의 유전자를 sequencing하여 1338 bp의 open reading frame (ORF)을 밝혔다. 이는 446개의 아미노산을 포함하며 47,625 Da을 가지고 있다. 보고된 다른 Vibrio sp.의 pmm/pgm 유전자와 상동성을 비교하였을 때 V. mimicus V. vulnificus, V. splendidus, V. harveyi와 92.3%, 91.4%, 89.9%, 89.9%에 해당하는 상동성을 지니고 있었다. 증폭된 목적 유전자를 pET-28a(+) vector에 연결하여 대장균에서 단백질의 대량발현을 유도하였으며 이는 주로 soluble한 상태로 나왔다. Soluble fraction을 Ni-NTA column chromatography로 정제하여 약 50 kDa의 단백질을 얻었고 이는 주로 mannose-1-phosphate를 이용하는 효소로 확인되었으며 Mg²⁺ 이온이 존재할 때 효소의 활성이 나타나는 것을 확인할 수 있었다. 본 연구의 유전자는 낮은 온도의 stress하에서 발현이 증가됨을 Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)을 통해 확인하였고, 상동성 재조합 (homologous recombination)에 의한 돌연변이 균주 제작을 통해 PMM/PGM protein과 lipopolysaccharide (LPS)의 생합성과의 관계를 규명하였다. V. anguillarum wild type과 mutant로부터 LPS를 분리하였고 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE)후 silver staining을 통해 LPS의 high molecular weight (HMW) 부분인 O-antigen에서의 변화를 확인하였다. 또한 V. anguillarum wild type과 mutant의 growth와 viability를 확인한 결과 mutant가 wild type보다 정지기까지 더 낮은 생육을 보였으며 viability가 감소함을 확인하였다. 본 연구를 통하여 V. anguillarum의 pmm/pgm 유전자가 미생물의 생육과 LPS 생합성에 관여하고 있음을 알 수 있었다.