• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2000년도 International Symposium on Bioinformatics
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• pp.21-22
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• 2000

Expressed sequence tags (EFTs) are the partial segments of cDNA produced from 5 or 3 single-pass sequencing of cDNA clones, error-prone and generated in highly redundant sets. Advancement and expansion of Genomics made biologists to generate huge amount of ESTs from variety of organisms-human, microorganisms as well as plants, and the cumulated number of ESTs is over 5.3 million, As the EST data being accumulate more rapidly, it becomes bigger that the needs of the EST analysis tools for extraction of biological meaning from EST data. Among the several needs of EST analyses, the extraction of protein sequence or functional motifs from ESTs are important for the identification of their function in vivo. To accomplish that purpose the precise and accurate identification of the region where the coding sequences (CDSs) is a crucial problem to solve primarily, and it will be helpful to extract and detect of genuine CD5s and protein motifs from EST collections. Although several public tools are available for EST analysis, there is not any one to accomplish the object. Furthermore, they are not targeted to the plant ESTs but human or microorganism. Thus, to correspond the urgent needs of collaborators deals with plant ESTs and to establish the analysis system to be used as general-purpose public software we constructed the pipelined-EST analysis system by integration of public software components. The software we used are as follows - Phred/Cross-match for the quality control and vector screening, NCBI Blast for the similarity searching, ICATools for the EST clustering, Phrap for EST contig assembly, and BLOCKS/Prosite for protein motif searching. The sample data set used for the construction and verification of this system was 1,386 ESTs from human intrathymic T-cells that verified using UniGene and Nr database of NCBI. The approach for the extraction of CDSs from sample data set was carried out by comparison between sample data and protein sequences/motif database, determining matched protein sequences/motifs that agree with our defined parameters, and extracting the regions that shows similarities. In recent future, in addition to these components, it is supposed to be also integrated into our system and served that the software for the peptide mass spectrometry fingerprint analysis, one of the proteomics fields. This pipelined-EST analysis system will extend our knowledge on the plant ESTs and proteins by identification of unknown-genes.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제17권4호
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• pp.2093-2097
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• 2016

Background: HCV is a major global health problem. IL-27 is a member of the IL-6/IL-12 cytokine family with a broad range of anti-inflammatory properties. Recent studies highlighted the effect of a SNP in the IL-27 promoter region on modulating the progression of infectious diseases and individual responses to therapy. Aim of the work: The present study investigated the potential role of (-964 A/G) SNP in the promoter region of IL-27p28 gene (alleles rs153109) on the outcome of HCV infection among genotype 4a infected patients. Materials and Methods: HCV genotyping confirmed that all of the HCV-infected patients had genotype 4a infection. Genomic DNA was extracted from 111 patients with chronic HCV infection, 42 spontaneous resolvers (SR) and 16 healthy controls. IL- 27p28.rs153109 genotyping was assessed using PCR-RFLP then confirmed by DNA sequencing. Results: The frequency of IL-27-p28.rs153109AA, AG, and GG genotypes among chronically infected subjects were 74.8 %, 25.2%, and 0% while among the SR, they were 57.1%, 35.7%, and 7.14%, respectively. Our data show the unique presence of G/G genotype in the SR group (3 patients; 7.14%). Moreover, the "G" allele frequencies among chronic and resolved subjects were 12.6% and 25.0%, respectively (p=0.0136). Importantly, subjects with the GG genotype were more likely to clear their HCV infection than those with the AA genotype (p=0.0118). Conclusions: HCV genotype 4a subjects with the IL-27-p28.rs153109 A/G and G/G genotype were more likely to clear their HCV infection. Therefore, we propose IL- 27p28.rs153109SNPas a genetic biomarker for predicting HCV infection outcome.

• 생명과학회지
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• 제16권7호
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• pp.1158-1163
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• 2006

BPA는 에폭시 수지 및 플라스틱 생산의 단량체로서 사용되어 왔으며, 접착제, 페인트, 광학렌즈, 건축자재, 전자제품 소재 등 다양한 제품을 생산하는 데 사용되고 있다. 그러나 BPA의 급성세포독성 및 내분비교란활성이 보고되면서 BPA의 분해에 대한 연구가 집중되고 있다. 본 연구에서는 BPA의 광분해 및 화학적 분해의 문제점을 극복하고, 실제적 BPA의 생물학적 분해를 목표로 BPA분해균을 플라스틱 공장의 토양으로부터 분리하였다. 분리균주 중 가장 활성이 우수한 BP-2는 5mM의 BPA처리에서 성장할 수 있었으며, pH 7, $30^{\circ}C$의 최적 배양조건에서 $53.3{\mu}g\;ml^{-1}\;day^{-1}$의 분해속도를 나타내었다. 균주 동정결과 BP-2는 Acinetobacter calcoaceticus로 확인되었으며, 3.5g-건조중량$1^{-1}$의 고농도 휴식 세포 반응 결과 $89.7{\mu}g\;ml^{-1}\;h^{-1}$의 BPA분해속도를 나타내었다. 이러한 결과는 고농도 세포농도를 유지하는 경우, BP-2균주가 실제적 BPA분해를 위한 생물촉매로 사용될 수 있음을 제시하고 있다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제50권4호
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• pp.406-413
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• 2018

최근 P. aeruginosa의 carbapenem에 대한 내성은 전 세계적으로 증가하고 있는 실정이다. 특히 $metallo-{\beta}-lactamases$ (MBLs)는 carbapenem의 고도 내성에 관여하고 있는 것으로 보고되고 있다. 한편, Sequence type 235 (ST235)는 다제내성 클론으로써 국제적으로 보고되고 있으며, IMP-6와 VIM-2 유전자의 확산에도 관여하는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 2008년 3월부터 2014년 6월까지, 대전지역의 3차 병원에서 분리된 carbapenem 내성 P. aeruginosa에서 MBL 유전자를 분석하고 이에 대한 역학관계를 조사하고자 하였다. 항균제 감수성 양상은 디스크 확산법으로 확인하였고, MBL 유전자의 분석을 위해 PCR과 염기서열분석을 수행하였다. 더불어, 역학 관계를 조사하기 위해 multilocus sequence typing (MLST)를 실시하였다. 110 균주의 carbapenem 내성 P. aeruginosa 중, 32균주(29.1%)가 MBL를 생성하였고, IMP-6 (29균주, 90.6%)가 주요하게 확인되었다. VIM-2는 3균주(9.4%)에서 확인되었으며, 모두 ST357로 확인되었다. IMP-6를 생성하는 P. aeruginosa는 모두 다제내성을 보였고, ST235로 확인되었다. ST235 (55균주, 50.0%)는 가장 높은 비율로 확인된 클론이며 7년 동안 지속적으로 확인되었다. 이러한 다제내성 ST235의 확산을 방지하기 위해, carbapenem의 과도한 사용을 제한하고, 지속적으로 모니터링하는 전략이 개발되어야 할 것으로 사료된다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제51권3호
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• pp.301-308
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• 2019

다제내성 P. aeruginosa의 출현과 확산은 전 세계적으로 중요한 문제가 되고 있다. P. aeruginosa에 의한 발병은 일부 몇몇 세포 관련 및 세포외 병독성 인자의 생성에 기인한다. 본 연구에서는 대전지역의 3차 병원에서 분리된 carbapenem 내성 P. aeruginosa를 대상으로 병독성 인자의 분포와 항균제 내성 양상을 조사하였다. 항균제 감수성 시험은 디스크 확산법으로 확인하였고, 병독성 유전자의 분석을 위해 PCR과 염기서열분석을 수행하였다. 또한, 다제내성 P. aeruginosa의 sequence type (ST)은 multilocus sequence typing (MLST)을 통해 확인하였다. 32균주의 carbapenem 내성 P. aeruginosa 중, 14균주(43.8%)가 다제내성이었으며, 주요 ST는 ST235 (10균주, 71.4.%)임을 확인하였다. 병독성 유전자는 32균주 모두에서 확인되었고, 이 중 가장 높은 빈도로 확인된 병독성 유전자는 toxA, plcN, phzM (100.%)이었다. 또한, 32균주는 모두 8개 이상의 병독성 유전자를 가지고 있었으며, 9균주(28.1%)가 15개의 병독성 유전자를 가지고 있었다. exoU 유전자는 다제내성 P. aeruginosa 균주의 71.4%에서 확인되었다. 이러한 결과는 exoU 유전자가 다제내성 P. aeruginosa 균주의 지속성에 대한 예측 표지자가 될 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제51권4호
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• pp.517-525
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• 2023

다제내성 P. aeruginosa (MRPA)의 출현과 확산은 전 세계적으로 심각한 문제가 되었다. 특히 metallo-β-lactamases (MBLs)의 carbapenem 고도내성 관여 정도는 심각한 수준이며, 특히 P. aeruginosa는 장내세균 속 균종과는 달리 새로운 클론들이 지속적으로 나타나고 기존에 확산되었던 우세 클론을 대체하는 과정이 매우 빠르게 진행되고 있다. 이에 본 연구에서는 2017년 9월부터 2019년 9월까지 부산의 한 종합병원에서 다양한 의료용 시료로부터 분리된 18균주의 P. aeruginosa 균주에 대한 항균제 내성 유전자 분석과 DNA 염기서열 분석을 통한 Integron의 유전자 카세트 분석 및 접합에 의한 Plasmid 전달 분석을 수행하며 이에 대한 역학관계를 조사하고자 하였다. 18균주 모두 XDR 표현형을 보이는 균주였으며, Colistin(100%)을 제외한 대부분의 항생제에 내성을 나타냈으나, aztreonam(22.2%), ceftazidime(16.6%)에 일부 감수성을 보였다. 균주의 66.7%는 다양한 항균제 내성을 나타내는 Class1 integron을 가지고 있었으며, 접합에 의한 Plasmid전달도 성공적으로 이루어졌다(83.3%). 이는 이전의 장내세균에 대한 연구결과보다 25.8% 상향한 결과를 보여 공중보건에 대한 심각한 역학관점의 고찰을 필요로 한다. 특히, IMP-6 ST235 (66.7%)가 주를 이루며, VIM-2 ST357 (16.7), IMP-1 ST446 (16.7)이 확인되었다. 흥미롭게도, 국내에서는 아직까지 보고된 바가 없는 IMP-1 생성 ST446의 확인은 또 다른 MRPA 고위험 클론의 생성과 유행이라는 관점에서 주목할 만하다.

• 미생물학회지
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• 제40권4호
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• pp.295-301
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• 2004

최근 extended-spectrum $\beta-lactamase$ 생산 임상 균주의 급속한 증가와 확산은 매우 심각한 문제를 야기하고 있다. 이에 국내에서 extended-spectrum $\beta-lactamase$ 생산 임상 균주의 발생율을 파악하고자 국내 한 대학병원에 입원한 환자로부터 대장균을 분리하여 항생제 감수성 검사를 실시하였다. 충 233균주 중 184균주 $(78.9\%)$가 ampicillin에 대해 내성을 나타냈으며, 80균주$(34.3\%)$가 cephalothin에, 93균주$(39.9\%)$가 gentamicin에, 64균주$(27.5\%)$가 norfloxacin에 대해 내성을 나타내었다. 이중 17균주$(7.3\%)$가 double disk synergy test에 의해 양성반응을 나타낸 것으로 확인되었고, 이들에 대해서 6가지 항생제에 대한 최소 억제 농도를 추가적으로 시험한 결과, 13 균주가 4가지 이상의 다른 계열의 항생제에 대한 다중 약제 내성인 것으로 나타났다. Isoelectric focusing gel electrophoresis에 의한 pI값과 DNA 염기서열을 분석한 결과 5균주가 TEM-1,1균주가 TEM-15,1 균주가 TEM-20,4균주가 TEM-52,2균주가 TEM-1과 AmpC, 1균주가 TEM-1과 OXA-30,1 균주가 TEM-1과 OXA-33,1 균주가 TEM-1, CTX-M-3, AmpC, 그리 고 1 균주가 AmpC를 생산하는 것으로 나타났으며, SHV를 생산하는 균주는 없었다. 이들의 항생제내성 유전자가 전달되는지 확인한 결과 동물로부터 분리된 대장균 (CCARM No.1203)에 extended-spectrum $\beta-lactamase$생산 유전자가 전달되는 것을 확인하였다. Random amplified polymorphic DNA와 pulsed field gel electrophoresis분석을 사용하여 genomic DNA에 대한 유전형을 분석한 결과 균주간의 유전적 연관성은 매우 낮은 것으로 나타나 한 병원에서 발견되는 균주는 clonal spread에 의한 것이라는 일반적인 보고와 다른 결과를 얻었다.

• 식물병연구
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• 제30권1호
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• pp.66-77
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• 2024

목이버섯(A. auricula-judae)은 중국, 일본, 한국에서 경제적으로 중요한 버섯이다. 인공 배지에서 목이버섯을 재배할 경우 자연적으로 나무에서 키울 때보다 시간과 비용 면에서 더 효율적이다. 그러나 배지 재배의 경우 빠르게 자라는 곰팡이에 감염할 경우 성장이 느린 목이버섯이 배지 경쟁에서 밀려나 경제적 손실이 발생한다. 이 연구에서는 전라남도 장흥과 순천에서 목이버섯 재배용 배지에 감염한 푸른곰팡이들을 분리 및 동정하였다. 총 54개의 균주를 수집한 뒤 ITS 염기서열 분석 및 형태학적 동정을 수행하였다. 총 54개 균주 중 Trichoderma spp.가 92.6%, Penicillium spp.가 5.6%, Talaromyces sp.가 1.8%였다. 친환경 방제제를 선발하기 위해 우리는 6개의 Streptomyces spp. 균주를 선발하고 Benomyl을 대조군으로 사용하여 분리균주인 Trichoderma spp.와 Penicillium spp.에 대한 길항성 검정을 수행하였다. 이 중 Streptomyces sp. 203-3이 Trichoderma spp.와 Penicillium spp.에 가장 높은 균사저지 효과를 보여, 목이버섯 배지에 감염하는 곰팡이에 대한 잠재적인 방제제로의 가능성을 보였다.