• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권1호
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• pp.153-157
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• 2006

A soil metagenomic library was constructed using an E. coli-fosmid cloning system with environmental DNAs extracted from Kwangreung forest topsoil. We targeted the genes involved in the biosynthesis of bacterial polyketides. Initially, a total of 36 clone pools (10,800 clones) were explored by the PCR-based method using the metagenomic DNAs from each pool and a degenerate primer set, which has been designed based on the highly conserved regions among ketoacyl synthase (KS) domains in actinomycete type I polyketide synthases (PKS Is). Six clone pools were tentatively selected as positive and further examined through a hybridization-based method for selecting a fosmid clone containing PKS I genes. Colony hybridization was performed against fosmid clones from the 6 positive pools, and finally 4 clones were picked out and confirmed to contain the conserved DNA fragment of KS domains. In this study, we present a simple and feasible sorting method for a desired clone from metagenomic libraries.

• 한국지능시스템학회:학술대회논문집
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• 한국퍼지및지능시스템학회 1997년도 추계학술대회 학술발표 논문집
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• pp.271-274
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• 1997

This paper presents an adaptive quantization of image sequences using the Radial Basis Function Network(RBFN) which classifies interframe image blocks. The clssification algorithm consists of two steps. Blocks are classified into NA(No Activity), SA(Small Activity), VA(Verical Activity), and HA(Horizontal Activity) classes according to edges, image activity and AC anergy distribution. RBFN is trained using the classification results of the above algorithm, which are nonlinear classification features are acquired from the complexity and variability of difference blocks. Simulation result shows that the the adaptive quantization using the RBFN method produced better results better results than that of the sorting and MLP methods.

• Genomics & Informatics
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• 제5권2호
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• pp.88-91
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• 2007

Repetitive sequences such as SINE, LINE, and LTR elements form a major part of eukaryotic genomes. A literature search tool that summarizes the information contained within repeat elements would provide biologists in the field of genomics with a useful tool for analyzing genomic sequence features. We developed a java program designed to make literature access easier by using two search engines simultaneously. RepWeb is a web-based search system that provides a user friendly interface for searching the reference data and journals for information related to repeat elements by using the search engines, Google Scholar and PubMed, simultaneously. It provides an interface that displays the repeat element- related biological information, and includes useful functions such as the production of a repeat tree, clickable links to PubMed and Google Scholar, exporting, and sorting a field into date, author, journal and title.

• 한국경영과학회:학술대회논문집
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• 대한산업공학회/한국경영과학회 2006년도 춘계공동학술대회 논문집
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• pp.1722-1727
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• 2006

배달할 우편물을 경로에 따라 자동 정렬하는 순로구분기의 연구개발이 완료단계에 있어 이를 현장에 도입하고자 하는 계획이 수립되고 있다. 순로구분기는 우편물 영상 처리, 한글주소 인식, 코드 부여, 구분기 제어 등의 기능이 복합되어 작동되며, 구분 성공률에 따라 자동 순로구분 작업 이후의 추가 수작업의 양이 달라진다. 본 연구에서는 수작업 처리를 고려하여 자동화 효과를 개선하기 위한 방안을 전체 작업소요시간을 중심으로 제시하고 각 방안의 장단점을 비교한다. 먼저 자동화기기를 도입했을 때의 순로구분 작업을 분석한 후, 주소 인식 성능을 보완하는 비디오코딩 작업을 포함하는 경우와 배달점 소그룹까지만 구분(중구분)하는 경우에 대해 분석하여 비교한다. 분석 결과는 향후 순로구분기 도입시의 운영 효과를 높이기 위한 실행방안을 마련할 때 활용될 것이다.

• 한국지능시스템학회:학술대회논문집
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• 한국퍼지및지능시스템학회 1997년도 춘계학술대회 학술발표 논문집
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• pp.191-194
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• 1997

본 논문에서는 2D-DCT 변환된 동영상 프레임 사이의 오차 블록들의 활성 레벨(atcivity level)과 에지의 특성을 분류하여 동영상의 적응적인 양자화를 제안한다. 각 블록에서는 활성 레벨이 각기 다르고, 같은 활성 레벨이라 할지라도 에지의 특성도 각기 다르게 나타난다. 적응적인 양자화를 위해서, 2D-DCT 변환된 영상 오차의 각 블록의 활성레벨 뿐만 아니라 AC 계수들의 분포에 따른 에지 특성을 분류하면, 블록의 활성 레벨만을 일률적으로 적용한 Sorting 방법의 경우보다 향상된 영상을 복원할 수 있다. 블록의 활성 레벨은 AC energy에 의해서 측정하고, 에지 특성은 AC 계수들의 분포에 의해 결정하게 된다.

• 전자통신동향분석
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• 제15권6호통권66호
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• pp.198-204
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• 2000

자동구분기계에 의한 우편물 처리 절차는 수집된 우편물을 우편집중국으로 보내고 OVIS를 이용하여 우편물에 기재된 우편번호를 인식하여 바코드로 변환한 다음 우편물에 바코드를 인쇄한다. 이 우편물은 LSM에 의해 바코드를 자동 판독하여 분류한 다음 각 지역별로 운송하게 된다. 운송된 우편물은 배달우체국으로 보내지게 되고 배달원이 자신의 배달구역의 우편물을 가지고 각 가정이나 사무실 등에 우편물을 배달하게 된다. 이 우편물을 배달순서대로 정렬하는 과정을 순로구분이라고 하는데, 우편물의 자동처리에 있어 가장 많은 시간이 소요되는 부분은 바로 이 순로구분 과정이다. 현재는 이 과정을 배달원이 자신의 경험에 의해 수작업으로 처리하고 있는 실정이며 우편물을 신속하고 정확하게 처리하고 원가를 절감하기 위해서는 기계에 의한 순로구분자동화가 이뤄져야 한다. 특히, 우편물의 익일배달체계를 실현하기 위해서는 순로구분이 자동으로 이뤄져야 한다. 이에, 본 고는 우리나라의 순로구분자동화 방안을 모색하기 위해 우정선진국의 순로구분자동화 동향을 분석하였다.

• 한국정보처리학회논문지
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• 제2권5호
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• pp.677-690
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• 1995

본 논문에서는 블럭정렬과 선두 이동법에 의해 처리된 계열을 VF(Variable to Fixed)형 산술부호로 압축하는 방법을 제시한다. 길이 N으로 분해된 부분열을 1기호씩 순회시킨 후 사전식 순서로 정렬한다. 순회정렬된 부분열은 국소적으로 유사기호가 밀 집되기 때문에 이 성질을 활용하기 위하여 선두 이동법을 적용한다. 이와 같이 전처리 된 계열에 대해 오류전파를 1 부호어 이내로 제한할 수 있는 VF형 산술부호 로 엔트 로피 부호화한다. VF형 산술부호의 효율은 고정 크기의 부호어 집합을 어떻게 분할하 는가가 관건이다. 제안하는 VFAC(VF Arithmetic Code)는 새로 설정되는 정보원 기호에 대하여 완전분할을 이루게 하고, 반복적인 그레이 변환을 이용하여 발생기호의 확률을 효과적으로 나타낸다. 제안 방식의 성능을 컴퓨터 시뮬레이션을 통하여 엔트로피, 압 축율 및 처리속도의 측면에서 기존의 방식과 비교 분석한다.

• 정보처리학회논문지A
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• 제15A권6호
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• pp.325-334
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• 2008

플래시 메모리는 크기가 작고 적은 전력을 사용하며 충격에 강하기 때문에 휴대폰, MP3 플레이어, PDA와 같은 이동 기기에 널리 사용되고 있다. 또한, 노트북과 개인용 컴퓨터에서 사용하던 하드디스크를 플래시 메모리로 교체하려는 시도도 진행되고 있다. 최근에는 플래시 메모리 저장 시스템에서 대용량의 데이터를 효율적으로 검색하기 위한 플래시 메모리용 $B^+$-트리 인덱스를 개발하려는 연구가 이루어지고 있다. 이러한 연구는 $B^+$-트리에 키의 삽입 또는 삭제 시 발생하는 "덮어쓰기"를 최소화하는데 초점을 두고 있다. 그러나 이것뿐만 아니라 하나의 $B^+$-트리 노드에 할당되는 물리적 페이지의 크기도 $B^+$-트리 성능에 영향을 줄 수 있다. 본 논문에서는 다양한 실험을 통해 노드 크기에 따른 $B^+$-트리의 구축 성능, 검색 성능, 그리고 저장 공간 사용량을 비교 및 분석한다. 노드에 키 삽입 시 정렬 및 비정렬 알고리즘을 제시하며, 또한 효율적인 노드 검색을 위한 적절한 인덱스 노드 헤드 구조를 제안한다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제22권8호
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• pp.1107-1112
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• 2009

The separation of X and Y chromosome-bearing sperm is of use in many aspects of livestock maintenance. In this study, we sought to determine the difference in DNA content between X- and Y-bearing sperm, separate sperm into X- and Y-enriched pools, and assess the efficacy of sorting. Sperm collected from Duroc and miniature pigs were stained with 20.8 $\mu{M}$ Hoechst 33342 and analyzed using a high-speed cell sorter. Measurement of the fluorescence intensity of stained sperm nuclei revealed that the X-bearing sperm of Duroc and miniature pigs respectively contain 2.75% and 2.88% more DNA than Y-bearing sperm. In total, 50.18% of the sperm were assigned to the X-sorted sample and 49.82% was assigned to the Y-sorted sample for Duroc pigs. For miniature pigs, the Xsorted sample represented 50.19% of the population and the Y-sorted represented 49.81% of the population. Duplex PCR was used to evaluate accuracy of sorting. A fast and reliable method for porcine sexing was developed through amplification of the sex-determining region of the Y chromosome gene (SRY). Oligonucleotide primers were designed to amplify the conserved porcine SRY high motility group (HMG) box sequence motif. We found that the primer pair designed in this study was 1.46 times more specific than previously reported primers. Thus, this study shows that the present method can be applied in porcine breeding programs to facilitate manipulation of the sex ratio of offspring and to achieve precise sexing of porcine offspring by amplification of the HMG box of the SRY gene.

• Genomics & Informatics
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• 제14권4호
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• pp.255-264
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• 2016

The plethora of genome sequence information of bacteria in recent times has ushered in many novel strategies for antibacterial drug discovery and facilitated medical science to take up the challenge of the increasing resistance of pathogenic bacteria to current antibiotics. In this study, we adopted subtractive genomics approach to analyze the whole genome sequence of the Fusobacterium nucleatum, a human oral pathogen having association with colorectal cancer. Our study divulged 1,499 proteins of F. nucleatum, which have no homolog's in human genome. These proteins were subjected to screening further by using the Database of Essential Genes (DEG) that resulted in the identification of 32 vitally important proteins for the bacterium. Subsequent analysis of the identified pivotal proteins, using the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) Automated Annotation Server (KAAS) resulted in sorting 3 key enzymes of F. nucleatum that may be good candidates as potential drug targets, since they are unique for the bacterium and absent in humans. In addition, we have demonstrated the three dimensional structure of these three proteins. Finally, determination of ligand binding sites of the 2 key proteins as well as screening for functional inhibitors that best fitted with the ligands sites were conducted to discover effective novel therapeutic compounds against F. nucleatum.