• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제16권12호
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• pp.1816-1821
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• 2003

Reliable PCR based identification of lactobacilli has been described utilizing the sequence of 16S-23S rRNA intergenic spacer region. Those sequence comparisons showed a high degree of difference in homology among the strains of L. rhamnosus, L. casei, L. acidophilus and L. helveticus whose 16S-23S rRNA intergenic small SR's sizes were 222 bp, 222 bp, 206 bp and 216 bp respectively. The sequence of 16S-23S rRNA intergenic spacer region of L. rhamnosus ATCC 53103 revealed the close relatedness to those of L. casei strains by the homology ranges from 95.4% to 97.2%. 16S-23S rRNA intergenic spacer region nucleotide sequence of L. acidophilus showed some distant relatedness with L. rhamnosus ATCC 53103 with the homology ranges from 40.3% to 41.8% and that with L. helveticus was shown to be 30% of homology, which exists at the most distant phylogenetic relatedness. The identification of species and strain of lactobacilli was possible on the basis of these results. The common sequences among the 17 strains were CTAAGGAA located in the initiating position of the DNA and some discrepancies were found between the same strains based on these results.

• 한국어병학회지
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• 제17권2호
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• pp.91-98
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• 2004

본 연구의 목적은 국내 어류 연쇄구균증 병원체 동정에 있어서 Streptococcus iniae에 대한 구체적인 국내 연구 보고가 없어, 기존에 수행되고 있는 동정방법을 근간으로 16S-23S intergenic spacer region (ISR)의 염기서열을 분석하여 보다 명확한 동정을 실시하고자 하였다. API 20 strep system에 의한 생화학적 성상을 분석해본 결과 정확한 종 동정은 이루어지지 않았지만 기존의 연구에서 보고된 API 20 strep system에 의한 S. iniae의 생화학적 성상과 높은 유사성을 보이는 10균주를 분리할 수 있었다. S. iniae 16S rRNA gene 서열 유래 종 특이적 primer Sin-1 5'-CTAGAGTACACATGTACT(AGCT)AAG-3'와 Sin-2 5'-GGATTTTC CACTCCCATTAC-3'에 의한 PCR-assay 결과 시험균주 10 균주 모두 동일하게 약 300bp의 증폭산물이 관찰되었고, 비 특이적인 반응은 관찰되지 않았다. 시험균주 모두 3개의 16S-23S ISR operon 구조가 관찰되었으나 S. iniae 표준균주 (KCTC 3657)의 경우 단일 구조가 관찰되었다. 16S-23S intergenic spacer region (ISR)의 염기서열을 분석해본 결과 기존에 보고된 S. iniae (Genbank accession number AF 048773)와 96%의 상동성을 보였으며 전체서열에서 상동성을 보이는 근연종이나 근연속은 검색되지 않아 최종적으로 S. iniae로 동정하였다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제45권3호
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• pp.473-482
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• 2003

Lactobacillus spp. 급여에 의하여 Salmonella enteritidis 감염에 의한 치사율의 저하 성향, 시험관내 억제활성, 장액 내의 총 IgA 농도변화와 Lactobacillus casei.의 16S-23S rRNA intergenic spacer region의 sequence를 측정 비교한 결과는 다음과 같다. Lactobacillus spp. 5균주는 시험관내 Salmo- nella enteritidis 억제활성 측정 결과 모든 시험균주가 억제활성을 나타내었고 그 억제활성의 차이가 통계적인 유의성을 보였으며, 억제활성의 차이는 L. helveticus CU 631 > L. rhamnosus GG ATCC 53103 > L. johnsonii C-4 > L. acidophilus ATCC 4356 > L. casei YIT 9018 인 것으로 나타났다. Lactobacillus spp. 급여에 의하여 Salmonella enteritidis challenge에 의한 치사율 저하효과는 Lb. helveticus CU 631은 대조구의 생존률 62%에 대하여 100%로서 가장 높은 치사율 저하효과를 나타내었고, L casei YIT 9018, L johnsonii C-4의 생존률이 70%와 50%를 나타내었다. Lactobacillus spp.의 16S-23S rRNA intergenic spacer region의 sequence를 측정하고 gene bank에 등록된 균주의 sequence와 비교한 결과 homology의 차이를 나타내었다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제18권2호
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• pp.98-101
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• 2002

Using phytoplasma universal primer pair Pl and P7, a fragment of about 1.8 kb nucleotide sequences of 16S rRNA gene and 16S-23S rRNA intergenic spacer region, and a portion of 23S rRNA gene of jujube witches'broom (JWB) and mulberry dwarf(MD) phytoplasmas were determined. The nucleotide sequences of JWB and MD were 1,850 bp and 1,831 bp long, respectively. The JWB phytoplasma sequence was aligned with the homologous sequence of MD phytoplasma. Twenty-eight base insertions and nine base deletions were found in the JWB phytoplasma sequence compared with that of MD phytoplasma. The similarity of the aligned sequences of JWB and MD was 84.8%. The near-complete 16S rRNA gene DNA sequences of JWB and MD were 1,529 bp and 1,530 bp in length, respectively, and revealed 89.0% homology. The 16S-23S rRNA intergenic spacer region DNA sequences were 263 bp and 243 bp in lengths respectively, while homology was only 70% and the conserved tRNA-lle gene of JWB and MD was located into the intergenic space region between 16S-23S rRNA gene. The nucleotide sequences were 77 bp long in both JWB and MD, and showed 97.4% sequence homology. Based on the phylogenetic analysis of the two phytoplasmas, the JWB phytoplasma belongs to the Elm yellow phytoplasma group (16S rV), whereas, the MD phytoplasma belongs to the Aster yellow group (16S rI).

• 미생물학회지
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• 제41권2호
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• pp.117-124
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• 2005

Rotifer와 병든 넙치 자어로부터 분리된 2개의 균주는 표현형적인 특성 확인 결과 Vibrio ichthyoenteri로 확인이 되었다. V. ichthyoenteri를 검출하기 위래 고감도 PCR 방법 개발을 하기 위래 V. ichthyoenteri 16S-23S rRNA intergenic spacer region(ISR)을 분석하였고, V. ichthyoenteri중 특이적 primer를 개발하였다. V. ichthyoenteri 의 ISR를 분석한 결과 1개의 다형성 ISR type서열을 포함하고 있었다. ISR서열은 길이는 348bp이며 tRNA gene을 가지고 있지 않았다. 이 서열을 가지고 이미 알려진 다른 Vibrio 종의 ISR 서열과 mutiple alignment를 수행한 결과 여러 영역에서 높은 가변성을 나타내어 가변 부위를 표적으로 하여 V. ichthyoenteri를 검출하기 위한 종 특이적 primer를 제작하였다. 제작된 primer의 특이성을 확인하기 위해 Vibrio 표준균주 19종의 genomic DNA와 분리균주 18 group에 genomic DNA 그리고 V. ichthyoenteri와 가장 유사한 서열을 가지고 있다고 알려진 Vibrio 종의 genomic DNA를 가지고 시험하였다. 그 결과 본 연구에서 제작된 종 특이적 primer를가지고 PCR 반응을 하면 V. ichthyoenteri를 검출 할 수가 있다.

• 한국수산과학회지
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• 제36권3호
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• pp.239-246
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• 2003

We have examined the 16S-23S rRNA intergenic spacer region (ISR) of Vibrio vulnificus KCTC 2959. ISRs were amplified by primers complementary to conserved regions of 16S and 23S rRNA genes. ISR amplicons were cloned and sequenced. Analysis of the ISR sequences showed that V. vulnificus KCTC 2959 contains five types of polymorphic ISRs. Size of ISRs ranged from 424 to 741 bp in length and the number of tRNA genes ranged from one to four. The ISRs were designated as ISR-E $(tRNA^{Glu}),\;ISR-IA\;(tRNA^{Ile}-tRNA^{Ala})$, ISR-EKV $(tRNA^{Glu}-tRNA^{Lys}-tRNA^{Val})$, ISR-IAV $(tRNA^{Ile}-tRNA^{Ala}-tRNA^{val})$ and ISR-EKAV $(tRNA^{Glu}-tRNA^{Lys}-tRNA^{Ala}-tRNA^{Val})$ based on their tRNA genes. Multiple alignment of representative sequences from different Vibrio species revealed several domains of high sequence variability. We used the sequences of variable domains to design species-specific primer for detection PCR. Specificity of the primers was examined using genomic DNA prepared from 18 different Vibrio species. The results showed that the PCR using primers designed in this study can be used to detect V. vulnificus from other Vibrio species.

• The Plant Pathology Journal
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• 제16권2호
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• pp.98-104
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• 2000

For the taxonomic evaluaition, 15 strains of the genus Pectobacterium and Erwinia were analyzed for 16S-23S rDNA intergenic spacer regions (ISRs). These species contained two types of ISRs, large and small ISRs. Large ISRs were on the range of 474-569 bp size, and coding transfer $\textrm{RNA}^{11e}$($\textrm{tRNA}^{11e}$) and $\textrm{tRNA}^{Ala}$. Small ISRs were 354-459 bp in length and coding $\textrm{tRNA}^{Glu}$. The sequence variations of two ISRs among species and strains were very high as compared with 16S rRNA gene sequences. By phylogenetic trees on the basis of two ISRs, Pectobacterium ere differentiated into P. carotovorum-P. cactiaidum group and P. chrysanthemi group. However, the taxonomic position of E. cypripedii and E. rhapontici, which were not clear on taxonomic delineation between Pectobacterium and Erwinia, were not clearly resolved on the basis of ISRs.

• 한국양식학회:학술대회논문집
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• 한국양식학회 2002년도 춘계 한국양식학회 학술대회 발표요지
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• pp.234-235
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• 2002

• 환경생물
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• 제21권1호
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• pp.77-85
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• 2003

본 연구는 위장관염을 일으키는 Vibrio fluvialis의 16S-23S rRNA intergenic spacer region을 분석하였다. ISR을 PCR 증폭 후 plasmid vector에 클로닝하여 염기서열을 분석하였다. 그 결과, ISR의 염기서열은 tRNA gene 조성과 크기에 따라 총 6개의 type으로 분류되었다. 각 type은 tRNA gene 조성과 수에 따라 ISR-A, ISR-E, ISR-El, ISR-lA, ISR-EKV, ISR-EKAV로 명명하였으며, ISR-A는 tRN $A^{Ala}$; ISR-lA, tRN $A^{Ile}$-tRN $A^{Ala}$; ISR-EKV, tRN $A^{Glu}$-tRN $A^{Lys}$-tRN $A^{Val}$; ISR-EKAV, tRN $A^{Glu}$-tRN $A^{Lys}$-tRN $A^{Ala}$-tRN $A^{Val}$; ISR-E와 El은 tRN $A^{Glu}$를 갖고 있었다. 이 중 ISR-EKV type은 minor type으로 존재하고 있으며, 여러 Vibrio종의 ISR-EKV type과 비교시 변이성이 높은 부위를 확인하였다. 따라서, 이 ISR-EKV의 염기서열을 여러 Vibrio종에서 V. fluuialis를 검출하기 위한 species-specific primer 제작에 이용하였다. 제작된 primer의 특이성은 여러 Vibrio 의 genomic DNA를 분리하여 PCR 반응으로 확인하였다. 그 결과, 제작된 primer는 V. fluvialis에 종 특이성이 있으며 여러 Vibrio종으로부터 빠른 검출이 가능함을 확인하였다.로부터 빠른 검출이 가능함을 확인하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제11권6호
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• pp.1046-1054
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• 2001

Bioleaching is the process in which insoluble metal sulfide is oxidized by specialized iron- and/or sulfur-oxidizing lithotrophic bacteria in acidic, metal-rich environments. Most of these processes are carried out by the genus Thiobacillus. Three novel Thiobacillus strains (Thiobacillus thiooxidans AZ11, Thiobacillus thiooxidans MET, and thiobacillus thiooxidans TAS) associated with bioleaching have been isolated from soil and sludge (Korean patent No. 1999-0073060 for T. thiooxidans AZ11, Korean patent No. 1999-0005798 for T. thiooxidans MET, and Korean patent No. 1999-0073059 for T. thiooxidans TAS). A partial sequence of 16S ribosomal RNA gene (16S rDNA) and the entire sequence of 16S/23S intergenic spacer region (ISR) were determined in the three above novel strains and in Thiobacillus ferrooxidans ATCC19859 as a reference strain. When phylogenetic analysis was performed based on G+C contents and sequence alignments, T. ferroxidans ATCC19859 was found to be closely related to previously registered T. ferrooxidans strains in a monophyletic manner, while the three novel T. thiooxidans strains were classified in a paraphyletic manner. Close examination on the base composition of 16S/23S ISR revealed that the 5\` part (nucleotide residues 21-200) was specific for the genus Thiobacillus. On the other end, the 3\` part (nucleotide residues 201-520) showed specificity in T. ferrooxidans strains, but not in T. thiooxidans strains. These results suggest that the proximal and distal halves of 16S/23S could be used as a genetic marker for the identification of the genus Thiobacillus and the species T. ferrooxidans, respectively.