• 제목/요약/키워드: Sequence Pattern

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저염 발효오이로부터 16S rDNA-PCR과 RFLP분석을 통한 부패균의 신속한 확인 (16S rDNA-PCR and RFLP Analysis for rapid identification of Spoilage Bacteria from low Salt Cucumber Brine)

  • 김재호;장혜영
    • KSBB Journal
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    • 제19권1호
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    • pp.72-77
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    • 2004
  • 건강에 대한 관심의 증대로 인한 저염식품의 개발 필요성에 맞추어 오이발효에 염의 농도를 낮추게 되면 정상적 일차발효 후에 이차발효가 진행됨으로써 결국 부패하게 된다. 장기간에 걸쳐 다양한 균의 복합적 작용으로 진행되는 저염 발효오이의 부패 과정을 이해하기 위하여 이에 관련된 균을 분리 동정하였다. 부패발효액을 무기배양하여 균을 분리하고 이들의 16s rRNA 유전자 부분을 universal primer를 이용한 PCR로서 증폭하여 서열분석 하였다. 분석된 800 염기 길이의 서열 전체를 그대로 이용하여 NCBI의 BLAST로서 유사종을 찾고 RDP의 Sequence Aligner와 Sequence Match에서 재확인하여 분리된 균을 3속 8종으로 동정하였다. Database 내의 표준균 서열을 기반으로 한 제한효소 지도와 동정된 균의 PCR 생성묵의 제한효소 처리결과(RFLP)를 비교하여 동정 결과를 실험으로 검정하였다. 동정과정에서 sequencing 결과 전체를 이용하는 점과 RDP를 통한 확인과 RFLP를 이용한 검정은 동정 결과에 대한 신뢰도를 한층 증가시켰다. 또 분리된 8종은 개별적 특징의 조사나 적절한 조합을 이룰 때의 상호 의존도 등을 조사할 수 있게 함으로써 여러 균에 의한 복합적 과정인 부패를 순차적 혹은 요인별로 나누어 살펴보는 연구를 가능하게 한다.

공간 차원에 관한 시각적 패턴 연구 - 황금비, 피보나치 수열, 프랙털 이론을 중심으로 - (Study on Visual Patterns about Spatial Dimensions - Centered on the Golden Ratio, Fibonacci Sequence, and Fractal Theory -)

  • 김민석;김개천
    • 한국실내디자인학회논문집
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    • 제23권1호
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    • pp.88-95
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    • 2014
  • This study intended arousal of other viewpoints that deal with and understand spaces and shapes, by describing the concept of 'dimensions' into visual patterns. Above all, the core concept of spatial dimensions was defined as 'expandability'. Then, first, the 'golden ratio', 'Fibonacci sequence', and 'fractal theory' were defined as elements of each dimension by stage. Second, a 'unit cell' of one dimension as 'minimum unit particles' was set. Next, Fibonacci sequence was set as an extended concept into two dimensions. Expansion into three dimensions was applied to the concept of 'self-similarity repetition' of 'Fractal'. In 'fractal dimension', the concept of 'regularity of irregularity' was set as a core attribute. Plus, Platonic solids were applied as a background concept of the setting of the 'unit cell' from the viewpoint of 'minimum unit particles'. Third, while 'characteristic patterns' which are shown in the courses of 'expansion' of each dimension were embodied for the visual expression forms of dimensions, expansion forms of dimensions are based on the premise of volume, directional nature, and concept of axes. Expressed shapes of each dimension are shown into visually diverse patterns and unexpected formative aspects, along with the expression of relative blank spaces originated from dualism. On the basis of these results, the 'unit cell' that is set as a concept of theoretical factor can be defined as a minimum factor of a basic algorism caused by other purpose. In here, by applying diverse pattern types, the fact that meaning spaces, shapes, and dimensions can be extracted was suggested.

고도에 따른 지역별 복숭아혹진딧물 집단 변이 마커 개발 (Development of Variation Marker of Myzus persicae by Altitude)

  • 김주일;권민
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제50권4호
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    • pp.325-333
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    • 2011
  • 기후변화에 따른 고도별 곤충의 유전 변이를 분석하고자 배추에서 복숭아혹진딧물(Myzus persicae)을 지표해충으로 변이 분석이 가능한 마커를 개발하고자 하였다. 즉, 지역의 기후가 변하면 유전자가 변동할 것이라는 가설 하에 실내에서 누대 사육된 계통을 비교집단으로 가정하고 횡성, 평창과 강릉 지역에서 고도별 5개 지역(157 m, 296 m, 560 m, 756 m, 932 m)에서 채집된 지역 집단간의 변이를 찾고자 하였다. 생태적 변이는 모든 집단에서 찾을 수가 없었고, 에스터레이즈 동위효소 분석 및 inter-simple sequence repeat (ISSR) PCR 결과에서 실내 사육 계통과 지역 집단간의 차이는 보였으나 지역 집단간의 큰 차이는 찾을 수가 없었다. 그러나 rRNA와 mtCO I 부분 염기서열을 분석하여 5개의 지역집단 내에서 internal transcribed spacer-2 (ITS-2) 와 mtCO I에 각각 한 개씩의 단일염기다형성(SNP)를 발견하였다. 이 SNP는 유전 변동 추적이 가능한 매우 유용한 마커로 사용 될 수 있다.

Initial Rendezvous Protocol using Multicarrier Operation for Cognitive Radio Ad-hoc Networks

  • Choi, Ik-Soo;Yoo, Sang-Jo;Seo, Myunghwan;Han, Chul-Hee;Roh, Bongsoo
    • KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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    • 제12권6호
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    • pp.2513-2533
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    • 2018
  • In cognitive radio technology, the overall efficiency of communications systems can be improved without allocating additional bands by allowing a secondary system to utilize the licensed band when the primary system, which has the right to use the band, does not use it. In this paper, we propose a fast and reliable common channel initialization protocol without any exchange of initialization messages between the cluster head and the member nodes in cognitive ad-hoc networks. In the proposed method, the cluster and member nodes perform channel-based spectrum sensing. After sensing, the cluster head transmits a system activation signal through its available channels with a predetermined angle difference pattern. To detect the cluster head's transmission channels and to join the cluster, each member node implements fast Fourier transform (FFT) and computes autocorrelation for the angle difference sequence of the received signal patterns. This is compared to the predetermined reference angle difference pattern. The join-request and channel-decision procedures are presented in this paper. Performance evaluation of the proposed method is presented in the simulation results.

천장 조명을 이용한 점 패턴 매칭 기반의 광역적인 위치 추정 (Point Pattern Matching Based Global Localization using Ceiling Vision)

  • 강민태;성창훈;노현철;정명진
    • 대한전기학회:학술대회논문집
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    • 대한전기학회 2011년도 제42회 하계학술대회
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    • pp.1934-1935
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    • 2011
  • In order for a service robot to perform several tasks, basically autonomous navigation technique such as localization, mapping, and path planning is required. The localization (estimation robot's pose) is fundamental ability for service robot to navigate autonomously. In this paper, we propose a new system for point pattern matching based visual global localization using spot lightings in ceiling. The proposed algorithm us suitable for system that demands high accuracy and fast update rate such a guide robot in the exhibition. A single camera looking upward direction (called ceiling vision system) is mounted on the head of the mobile robot and image features such as lightings are detected and tracked through the image sequence. For detecting more spot lightings, we choose wide FOV lens, and inevitably there is serious image distortion. But by applying correction calculation only for the position of spot lightings not whole image pixels, we can decrease the processing time. And then using point pattern matching and least square estimation, finally we can get the precise position and orientation of the mobile robot. Experimental results demonstrate the accuracy and update rate of the proposed algorithm in real environments.

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Taxonomic revision of the genus Herposiphonia (Rhodomelaceae, Rhodophyta) from Korea, with the description of three new species

  • Koh, Young Ho;Kim, Myung Sook
    • ALGAE
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    • 제33권1호
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    • pp.69-84
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    • 2018
  • We examined the species diversity of Herposiphonia on Korean coasts, based on a combination of morphology and molecular analyses of the mitochondrial COI-5P DNA barcode marker and plastid rbcL gene. We report the presence of eight species including three novel species: H. donghaensis sp. nov., H. jejuinsula sp. nov., H. sparsa sp. nov., H. caespitosa, H. fissidentoides, H. insidiosa, H. parca, and H. subdisticha. Specimens were separated into eight clades in both the COI-5P and rbcL gene analyses, with 1.3-19.6 and 6.6-15% interspecific sequence divergence, respectively. These eight species are also distinguishable by several morphological characteristics such as: branching pattern (d/i pattern in H. donghaensis sp. nov. and H. sparsa sp. nov.; d/d/d/i pattern in others), shape of determinate branch (ligulate in H. fissidentoides; terete in others), number of vegetative trichoblasts (1-2 in H. insidiosa and H. sparsa sp. nov.; 3-4 in H. caespitosa; absent in others), and number of segments and pericentral cells in determinate branches. About three novel species revealed by our analyses, H. donghaensis sp. nov. is newly discovered, and H. jejuinsula sp. nov. and H. sparsa sp. nov. were previously reported in Korea as H. nuda and H. secunda, respectively. Our results show that DNA barcoding and rbcL analyses are useful for delimiting species boundaries and discovering cryptic species diversity in the genus Herposiphonia.

순환 신경망 모델을 이용한 한국어 음소의 음성인식에 대한 연구 (A Study on the Speech Recognition of Korean Phonemes Using Recurrent Neural Network Models)

  • 김기석;황희영
    • 대한전기학회논문지
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    • 제40권8호
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    • pp.782-791
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    • 1991
  • In the fields of pattern recognition such as speech recognition, several new techniques using Artifical Neural network Models have been proposed and implemented. In particular, the Multilayer Perception Model has been shown to be effective in static speech pattern recognition. But speech has dynamic or temporal characteristics and the most important point in implementing speech recognition systems using Artificial Neural Network Models for continuous speech is the learning of dynamic characteristics and the distributed cues and contextual effects that result from temporal characteristics. But Recurrent Multilayer Perceptron Model is known to be able to learn sequence of pattern. In this paper, the results of applying the Recurrent Model which has possibilities of learning tedmporal characteristics of speech to phoneme recognition is presented. The test data consist of 144 Vowel+ Consonant + Vowel speech chains made up of 4 Korean monothongs and 9 Korean plosive consonants. The input parameters of Artificial Neural Network model used are the FFT coefficients, residual error and zero crossing rates. The Baseline model showed a recognition rate of 91% for volwels and 71% for plosive consonants of one male speaker. We obtained better recognition rates from various other experiments compared to the existing multilayer perceptron model, thus showed the recurrent model to be better suited to speech recognition. And the possibility of using Recurrent Models for speech recognition was experimented by changing the configuration of this baseline model.

생쥐의 섬유아세포와 SCK 종양세포의 Heat Shock Protein과 열감수성에 미치는 pH의 영향 (Effeets of Environmental pH on the Heat Shoek Proteins and Thermosensitivity of Mouse Fibroblasts and SCK Tumor Cells*)

  • 강만식;이정주서미영고득수
    • 한국동물학회지
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    • 제30권3호
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    • pp.311-323
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    • 1987
  • 생쥐의 섬 유아세포(MEP)와 종양세포(SCK)를 이용하여 정상세포와 종양세포 사이에 열 감수성의 차이가 있는지의 여부 및 환경의 pH가 이 세포들의 열감수성과 heat shock protein(HSP) 합성에 미치는 영향을 생존곡선과 HSP합성 kinetics등을 써서 검토하였다. MEF와 SCK 세포를 정상 pH(7.4) 또는 산성 pH(6.7)에서 42"C에서 2시간 온열처리 후 3일간에 걸쳐 생존을을 비교해 븐 결과, ME선와 SCK세포 사이에 생득적 열강수성의 차이는 없었고 산성 P광에서는 세포의 종류에 관계없이 열감수성 이 증감되었다. 온열처리의 결과 유도되는 내일성이 conditioning Leat의 크기와 어떤 관계가 있는지를 보기 위해서 45"C에서 5분 또는 20분을 주어본 결과 체은 conditioning heat를 주었을 때 내일성이 신속히 그리고 높은 수준으로 발생하였고, 이러한 열 감수성의 kinetics는 HSP의 합성 kinetics와 잘 일치하였다. 단백질, 특히 HSP 합성에 미치는 PH의 영 향을 알아보기 위해서 46"C에서 6분간의 heat shock를 주어 본 바 전반적인 단백질 및 major HSP의 합성양상에는 별로 차이를 보이지 않았다. 그러나 SCK 세포에 43"C에서 30분의 온열처리를 주고 새로 합성되는 HSPSP의 kinetics를 검토해 본 결과 정상 P반에서는 0-5시간에 합성이 일어나나 산성 PH에서는 3-9시간에 합성이 일어나서 몇시간의 합성지연이 관찰되었다. 아울러 HSP68, HSPTC, HSP87을 Peptidemapping하여 본 결과 HSP68과 HSP70 은 유사한 peptide fragment pattern을 보여 amino acid sequence는 유사하고 기능도 같을 것으로 추론되었으나 HSP87은 전혀 다른 pattern을 보였다. 전혀 다른 pattern을 보였다.

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Phycocyanin locus내의 DNA Polymorphism에 의한 한국산 Cyanobacteria의 유전적 다양성 (Genetic Diversity of Korean Cyanobacteria determined by DNA polymorphisms within the Phycocyanin Locus)

  • 박진숙;권주리;유순애
    • 미생물학회지
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    • 제36권4호
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    • pp.249-253
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    • 2000
  • Cyanobacteria의 광합성 보조색소인 phycocyanin의 PC operon(cpc gene)을 PCR로 증폭하고, 제한효소로 처리하여 RFLP pattern을 비교하였다. Intergenic spacer sequence를 포함한 cpc gene은 실험에 사용한 cyanobacteria 균주 모두에게 증폭되었으며, 산물의 size는 약 700 bp였다. PCR산물을 5종의 제한효소로 처리한 결과 AluI, MspI, HaeIII는 같은 속내으ㅐ 균주간에 동일한 pattern을 나타내어 속 구분이 가능하였으며 CfoI은 Anabeana와 Synechocystis속의 균주간에 구별되는 양상을 나타내어 속내 균주 구별에 유용하였다. Restriction enzyme profile에 의한 phenogram에서 Anabeana, Chlorogloea, Synechyhocystis는 각각 하나의 cluster를 형성하여 cyanobacteria의 분류에 PC-IGS의 RFLP pattern이 유용함을 알 수 있었다.

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상향 링크 케이블 모뎀 시스템을 위한 동기 방법 (Research of Synchronization Schemes for Uplink Cable Modem System)

  • 김영제;오왕록;김환우
    • 대한전자공학회논문지TC
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    • 제45권2호
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    • pp.6-12
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    • 2008
  • 본 논문에서는 상향 링크 케이블 모뎀 시스템에 대한 동기화 방법에 대하여 제안하였다. 상향 링크의 케이블 모뎀 시스템은 DOCSIS(data over cable service interface specification) 규격에 의해 정해져 있으며, 이에 맞는 동기화 방법에 관하여 연구하였다. 케이블 모뎀은 버스트 모드로 동작하며 시 분할 다중 접속(time division multiple access, TDMA) 버스트 포맷을 사용한다. 버스트 포맷은 프리앰블과 데이터 구간으로 나뉜다. 본 논문에서는 프리앰블을 이용한 프레임 동기, coarse 타이밍 동기, 반송파 주파수 동기, 반송파 각 동기 방법을 연구하였으며, 프리앰블로 이용할 시퀀스로 correlation 특성이 우수한 CAZAC(constant envelope zero-autocorrelation) 시퀀스를 이용하였다. 또한 타이밍 드리프트가 존재하는 경우와 나머지 주파수 오프셋이 주는 영향을 고려하여 데이터 구간에서 심벌 타이밍 동기방식과 주파수 각 오프셋 추정박식을 채택하여 시스템을 구성하였고, 이를 컴퓨터 실험 결과를 이용하여 성능을 검증하였다.