• 제목/요약/키워드: Sequence Pattern

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Efficient Mining of Interesting Patterns in Large Biological Sequences

  • Rashid, Md. Mamunur;Karim, Md. Rezaul;Jeong, Byeong-Soo;Choi, Ho-Jin
    • Genomics & Informatics
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    • 제10권1호
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    • pp.44-50
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    • 2012
  • Pattern discovery in biological sequences (e.g., DNA sequences) is one of the most challenging tasks in computational biology and bioinformatics. So far, in most approaches, the number of occurrences is a major measure of determining whether a pattern is interesting or not. In computational biology, however, a pattern that is not frequent may still be considered very informative if its actual support frequency exceeds the prior expectation by a large margin. In this paper, we propose a new interesting measure that can provide meaningful biological information. We also propose an efficient index-based method for mining such interesting patterns. Experimental results show that our approach can find interesting patterns within an acceptable computation time.

이진 격자 패턴 이미지를 이용한 비접촉식 평면 구동기의 면내 위치(x, y, $\theta$) 측정 방법 (A Novel Measuring Method of In-plane Position of Contact-Free Planar Actuator Using Binary Grid Pattern Image)

  • 정광석;정광호;백윤수
    • 한국정밀공학회지
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    • 제20권7호
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    • pp.120-127
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    • 2003
  • A novel three degrees of freedom sensing method utilizing binary grid pattern image and vision camera is presented. The binary grid pattern image is designed by Pseudo-Random Binary Arrays and referenced to encode in-plane position of a moving stage of the contact-free planar actuator. First, the yaw motion of the stage is detected using fast image processing and then the other planar positions, x and y, are decoded with a sequence of images. This method can be applied to the system that needs feedback of in-plane position, with advantages of a good accuracy and high resolution comparable with the encoder, a relatively compact structure, no friction, and a low cost. In this paper, all the procedures of the above sensing mechanism are described in detail, including simulation and experiment results.

Detecting smartphone user habits using sequential pattern analysis

  • Lu, Dang Nhac;Nguyen, Thu Trang;Nguyen, Thi Hau;Nguyen, Ha Nam;Choi, Gyoo Seok
    • International Journal of Internet, Broadcasting and Communication
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    • 제7권1호
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    • pp.20-22
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    • 2015
  • Recently, the study of smart phone user habits has become a highly focused topic due to the rapid growth of the smart phone market. Indeed, sequential pattern analysis methods were efficiently used for web-based user habit mining long time ago. However, by means of simulations, it has been observed that these methods might fail for smart phone-based user habit mining. In this paper, we propose a novel approach that leads to a considerably increased performance of the traditional sequential pattern analysis methods by reasonably cutting off each chronological sequence of user logs on a device into shorter ones, which represent the sequential user activities in various periods of a day.

벼 엽록체 DNA내의 151 bp 반복염기서열에 의한 유전자 재배열 (Gene Reangement through 151 bp Repeated Sequence in Rice Chloroplast DNA)

  • 남백희;김한집
    • Applied Biological Chemistry
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    • 제36권3호
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    • pp.208-214
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    • 1993
  • 엽록체 DNA 내에서 반복 염기서열의 존재와 이들에 의한 유전자 재배열 현상을 고찰하기 위하여 151bp Repeated Sequence 갖는 이질적인 유전인자군의 존재를 여러가지 품종의 벼 엽록체 DNA에서 관찰 하였다. 또한 쌀 DNA를 벼의 생장과 조직부위에 따라 분리하고, rp12 probe를 이용하여 Southern blot 분석하여 엽록체의 발달에 따르는 엽록체 DNA의 재배열 현상을 관찰하였다. 아울러 유전자 재배열 현상을 유발하는 반복염기서열을 database로부터 검색하여 유전자의 상호 비교 분석하였다. 그 결과 151bp Repeated Sequence와 유사한 염기 서열을 같는 rp123유전자를 포함하는 이질적인 유전인자군은 어느 특정한 품종의 벼에 국한되는것이 아니고 본 실험에 사용된 다양한 품종의 벼에 일반적으로 나타나는 현상임이 확인되었으며 또한 이들의 양상은 벼의 조직 부위에 따라 다르게 나타나고 있음을 확인하였다. 이러한 실험적 결과와 함께 엽록체 유전자 database의 검색과 유전자의 상호비교분석을 통하여 151bp 반복 염기 저열에 의한 벼 엽록체 DNA의 유전자 재배열현상은 식물 특히 단자엽 식물의 진화와 함께 발달된 현상으로 특히 151bp반복 염기 서열은 매우 다양한 유전자 재배열을 유발하는 변이유발 위치로 발달되어 왔음을 확인할 수 있었다. 따라서 이러한 반복염기서열에 의한 유전자 재배열 현상은 특히 벼에 있어서 plastid의 발달에 밀접하게 관여하고 있음을 제시하고 있다.

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냉간단조 공정설계를 위한 intelligent CAD system에 관한 연구 (Intelligent CAD System for Cold Forging Using Fuzzy Theory)

  • 가타야마
    • 한국소성가공학회:학술대회논문집
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    • 한국소성가공학회 1995년도 제2회 단조심포지엄 단조기술의 진보
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    • pp.1-25
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    • 1995
  • This paper deals with the development of an intelligent CAD system for specifying the operation sequence in cold forging. Cold forging technology is facing with various new design requirements. Therefore, it is very important to develop a decision method for the operation sequence, with comparatively high adaptability to the new requirements. An intelligent CAD system which is the uncertain factors in human knowledge into consideration by applying fuzzy theory is established. Various actual design data about were organized, and these organized data were applied to the system as the case base. The system automatically generates the design data of operation sequence such as the forming method and the geometric data of products in each operation stage by the reasoning method applied the fuzzy pattern matching. By comparing the design results in the above system with the actual design data of a human expert, this paper presents that our method is useful for practical application.

Gene Microarray의 기본개념 (Basic Concept of Gene Microarray)

  • 황승용
    • 생물정신의학
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    • 제8권2호
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    • pp.203-207
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    • 2001
  • The genome sequencing project has generated and will continue to generate enormous amounts of sequence data including 5 eukaryotic and about 60 prokaryotic genomes. Given this ever-increasing amounts of sequence information, new strategies are necessary to efficiently pursue the next phase of the genome project-the elucidation of gene expression patterns and gene product function on a whole genome scale. In order to assign functional information to the genome sequence, DNA chip(or gene microarray) technology was developed to efficiently identify the differential expression pattern of independent biological samples. DNA chip provides a new tool for genome expression analysis that may revolutionize many aspects of biotechnology including new drug discovery and disease diagnostics.

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시간 주파수 다이버시티를 위한 분할된 확산코드를 이용한 멀티캐리어 CDMA 시스템 (A Multicarrier CDMA System Using Divided Spreading Sequence for Time and Frequency Diversity)

  • 박형근;주양익;김용석;차균현
    • 한국통신학회논문지
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    • 제27권6B호
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    • pp.569-578
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    • 2002
  • This paper proposes a new multicarrier code division multiple access (CDMA) system. The proposed multicarrier CDMA system provides the advantages that the transmission bandwidth is more efficiently utilized by using divided spreading sequence, time and frequency diversity is achieved in frequency selective nultipath (acting channel, and inter-carrier interference (ICI) can be minimized by using specific data and code pattern. In this system, transmitted data bits are serial-to-parallel converted to some parallel branches. On each branch each bit is direct-sequence spread-spectrum modulated by divided spreading sequences and transmitted using orthogonal carriers. The receiver providers a Rake for each carrier, and the outputs of Rakes are combined to get time and frequency diversity. This multicarrier CDMA system allows additional flexibility in the choice of system parameters. Upon varying system parameters, bit error rate (BER) performance is examined for the proposed multicarrier CDMA system. Simulation results show that the proposed multicarrier CDMA scheme can achieve better performance than the other types of conventional multicarrier CDMA systems.

거절 민감성과 연속적 언쟁의 역기능적 의사소통 (Rejection Sensitivity and Dysfunctional Communication Patterns of Serial Arguing)

  • 이상은
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제19권11호
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    • pp.247-261
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    • 2019
  • 요구-철회 커뮤니케이션은 연속적 언쟁에서 나타나는 주요한 역기능적 의사소통 패턴이다. 본 연구는 이러한 요구-철회 패턴이 연속적 언쟁의 지속성을 어떻게 증가시키는지 이에 영향을 주는 요인을 밝히고자 한다. 본 연구는 거절 민감성이 파트너의 부정 행동 인식과 긍정적인 상관관계를 형성하고 이는 연속적 언쟁 시 나타나는 요구-철회 패턴에 정의 영향을 끼칠 것이며 이러한 일련의 과정이 연속적 언쟁이 해결되었다고 인식할 가능성을 낮출 것으로 가정했다. 직렬 매개모형을 분석한 결과 연속적 언쟁이 해결되었다고 인식하는 것과 상관없이 거절 민감성은 연속적 언쟁이 상호 합의를 수반했다는 인식에 부정적인 영향을 끼치는 것으로 나타났다. 이러한 부적 상관관계는 부분적으로 개인의 거절 민감성이 연인관계에 있는 파트너가 일반적으로 부정 행동을 하는 것으로 인식할 가능성을 높임으로써 연속적 언쟁 시 자기 요구-파트너 철회의 의사소통을 발생시키기 때문인 것으로 나타났다.

맵리듀스 프레임웍 상에서 맵리듀스 함수 호출을 최적화하는 순차 패턴 마이닝 기법 (Sequential Pattern Mining with Optimization Calling MapReduce Function on MapReduce Framework)

  • 김진현;심규석
    • 정보처리학회논문지D
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    • 제18D권2호
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    • pp.81-88
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    • 2011
  • 시퀀스(sequence) 데이터가 주어졌을 때 그 중에서 빈번(frequent)한 순차 패턴을 찾는 순차 패턴 마이닝(sequential pattern mining)은 여러 어플리케이션(application)에 사용되는 중요한 데이터마이닝 문제이다. 순차 패턴 마이닝은 웹 접속 패턴, 고객 구매 패턴, 특정 질병의 DNA 시퀀스를 찾는 등 광범위한 분야에서 사용된다. 본 논문에서는 맵리듀스(MapReduce) 프레임웍 상에서 맵리듀스 함수 호출을 최적화하는 순차 패턴 마이닝 알고리즘을 개발하였다. 이 알고리즘은 여러 대의 기계에 데이터들을 분산시켜 병렬적으로 빈번한 순차 패턴을 찾는다. 실험적으로 다양한 데이터를 이용하여 파라미터 값을 변화시켜가며 제안된 알고리즘의 성능을 종합적으로 확인하였다. 그리고 실험 결과를 통해 제안된 알고리즘은 기계 수에 대해 선형적인 속도 개선을 보인다는 것을 확인하였다.

Characteristic Graph를 利用한 組合論理回路의 故障診斷

  • 林寅七 = In-Chil Lim;李亮熙
    • 정보과학회지
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    • 제5권1호
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    • pp.42-49
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    • 1987
  • Digital 回路에서의 고장을 검출하기 위해서는 적당한 信號를 入力단자에 加하여 出力端子에서 그 異狀有無를 判別하게 되는데 이때 印加되는 信號 즉 test pattern의 數는 組合論理回路인 경우 入力變數가 n이라 할때 그 최대값은 2n 이 된다. 따라서 入力變數가 증가함에 따라 test pattern의 數는 급격히 증가하게 된다. 고장검출을 용이하게 하기 위해서는 가능한 한 最小의 test가 필요하게 된 다. 이 test pattern을 生成하는 방법에는 pandom test pattern生成法 등의 확율논 적인 方法[9], 一次元經路活性化法[6] Boolean Difference등과 같은 해석적인 방법 [7], D-Algorithm등과 같은 방법[4] 등이 있다. 또 Berger등은 分岐가 존재하지 않을 때, test pattern의 下限値를 정해주었으며 [6], 또 單一故障일 경우의 fault locating test를, 故障表를 사용하지 않고 그래프적인 方法으로 회로구조로 부터 직접 구하였다. [6].