• Laboraroty Animal Research
• /
• 제34권4호
• /
• pp.279-287
• /
• 2018

Placenta specific 8 (PLAC8, also known as ONZIN) is a multi-functional protein that is highly expressed in the intestine, lung, spleen, and innate immune cells, and is involved in various diseases, including cancers, obesity, and innate immune deficiency. Here, we generated a Plac8 knockout mouse using the CRISPR/Cas9 system. The Cas9 mRNA and two single guide RNAs targeting a region near the translation start codon at Plac8 exon 2 were microinjected into mouse zygotes. This successfully eliminated the conventional translation start site, as confirmed by Sanger sequencing and PCR genotyping analysis. Unlike the previous Plac8 deficient models displaying increased adipose tissue and body weights, our male Plac8 knockout mice showed rather lower body weight than sex-matched littermate controls, though the only difference between these two mouse models is genetic context. Differently from the previously constructed embryonic stem cell-derived Plac8 knockout mouse that contains a neomycin resistance cassette, this knockout mouse model is free from a negative selection marker or other external insertions, which will be useful in future studies aimed at elucidating the multi-functional and physiological roles of PLAC8 in various diseases, without interference from exogenous foreign DNA.

• 한국작물학회:학술대회논문집
• /
• 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
• /
• pp.113-113
• /
• 2017

Downy mildew (DM), caused by several species in the Peronosclerospora and Scleropthora genera, is a major maize (Zea mays L.) disease in tropical or subtropical regions. DM is an obligate parasite species in the higher plants and spreads by oospores, wind, and mycelium in seed surface, soil, and living hosts. Owing to its geographical distribution and destructive yield reduction, DM is one of the most severe maize diseases among the maize pathogens. Positional cloning in combination with phenotyping is a general approach to identify disease resistant gene candidates in plants; however, it requires several time-consuming steps including population or fine mapping. Therefore, in the present study, we suggest a new combination strategy to improve the identification of disease resistant gene candidates. Downy mildew (DM) resistant maize was selected from five cultivars using the spreader row technique. Positional cloning and bioinformatics tools identified the DM resistant QTL marker (bnlg1702) and 47 protein coding genes annotations. Eventually, 5 DM resistant gene candidates, including bZIP34, Bak1, and Ppr, were identified by quantitative RT-PCR without fine mapping of the bnlg1702 locus. Specifically, we provided DM resistant gene candidates with our new strategy, including field selection by the spreader row technique without population preparation, the DM resistance region identification by positional cloning using bioinformatics tools, and expression level profiling by quantitative RT-PCR without fine mapping. As whole genome information is available for other crops, we propose applying our novel protocol to other crops or for other diseases with suitable adjustment.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
• /
• 제17권11호
• /
• pp.141-148
• /
• 2012

인간 유전체 정보와 관련된 기술이 발전함으로 인하여 이를 이용한 질환 또는 질병에 대한 연관성을 분석하여 그 위험도나 치료 예후 등에 대한 예측하기 위한 연구가 활발히 진행되고 있다. 이러한 연구의 대부분은 대표적인 질적 표현형을 대상으로 하는 환자-대조군 연구(case-control study) 방법을 이용하고 있으며 양적 표현형에 대해서는 개별 단일 염기 변이의 연관성을 회기 분석 방법을 이용하여 규명하는 연구가 주로 수행되고 있다. 특히 복합 질병(complex disease)에 대한 위험도를 예측하기 위한 연구의 경우 흔한 변이 흔한 질환(common variants common disease)의 가정아래 주로 각각의 단일 염기 변이가 보이는 연관성 정보를 기반으로 진행되고 있으며 여러 변이의 상호 작용에 의한 영향을 분석한 결과는 상대적으로 미비하다. 이 논문에서는 양적 표현형에 대한 SNP의 연관성을 분석하고 그 결과로 발견된 SNP을 이용하여 대상 표현형의 값을 예측하기 위한 분류기를 구성하고 그 성능을 평가하였으며 분류기의 단일 염기 변이의 선택에 있어서 각각의 단일 염기 변이의 연관성을 고려할 때와 단일 염기 변이의 쌍이 보이는 연관성을 고려할 때의 분류 성능을 비교하였다.

• 한국환경과학회지
• /
• 제29권5호
• /
• pp.435-443
• /
• 2020

The purpose of this study was to investigate eco-friendly measures to manage major diseases which cause heavy economic damages to ginseng. Morphological, physicochemical, and molecular biological species identification was carried out after isolating useful antagonistic bacteria from ginseng fields. In addition, optimal conditions for mass culture were established, and he efficacy of the bacteria in the prevention of the diseases was verified in the field. The results showed that about 150 bacteria were extracted from 150 ginseng fields in the whole county. Among them, B. pyrrocinia LA101 was finally selected, which had a strong antagonistic potency against Alternaria panax, Botrytis cinerea, Rhizoctonia solani, and Cylindrocarpon destructans on agar media. The B. pyrrocinia LA101 is a baculiform gram-negative bacterium identified as Burkholderia pyrrocinia according to results from an API(Analytical Profile Index) kit, 16S rRNA, and gyrase gene sequencing analysis. It was donated to the microbe bank of the Agricultural Genetic Resources Center at the National Academy of Agriculture Science under the Rural Development Administration on September 28, 2011 (Donation No. KACC91663P). A patent for the mass culture technology was granted in August 2012 (Patent No. 10-1175532).

• 한국항해항만학회지
• /
• 제45권4호
• /
• pp.194-203
• /
• 2021

코로나바이러스감염증-19(COVID-19) 발생이후 항만으로 입항하는 외국선박의 외국인 선원을 통해 지역감염이 확산되었다. 그러나 항만 인근에는 지역주민들의 반발로 임시생활시설 지정에 큰 어려움을 겪고 있다. 따라서 본 연구는 항만에서 외국인 선원을 통한 코로나 바이러스 감염확산 방지를 위해 항만구역 내에 외국인 선원을 위한 전용 부유식 임시생활시설을 계획하는 것이 목적이다. 부유식 임시생활시설 계획의 구체적인 내용으로 입지선정, 시설규모계획, 유닛시설계획, 유닛시설 조합계획을 제시하였다. 향후 항만구역 내 부유식 임시생활시설은 제1급감염병 확산방지에 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 산업융합연구
• /
• 제19권6호
• /
• pp.67-72
• /
• 2021

건물에 설치된 엘리베이터는 승강기 호출 버튼과 목적층으로의 선택을 위한 입력 버튼으로 구성되어 있다. 엘리베이터 버튼은 승강기를 이용하는 사람이 직접 눌러야 입력이 된다. 이러한 승객의 입력은 버튼의 오염으로 인해 전염병에 감염될 수 있다. 이러한 문제점을 해결하기 위한 수단으로 비접촉식 버튼이 요구되고, 이는 정전용량 방식을 적용하여 물체의 근접을 감지한다. 적외선 열감지 센서를 부착하여 인체의 체온을 측정하는 기능을 구현하고 UV-LED를 부착하여 버튼의 살균 기능을 제공한다. 물체가 없을 때의 출력파형을 측정하고 물체가 근접할 때의 출력 파형을 측정하여 버튼이 선택되고 적외선온도측정 센서를 통해 체온이 측정되며, 사용자가 없을 때 UV-LED를 점등하여 살균하였다. 비접촉식 엘리베이터 버튼은 전염병을 옮기는 바이러스의 감염을 방지할 수 있는 효과가 있고, 체온을 감지하여 CIVID 19의 양성 확진자를 선별할 수 있어 감염병 예방에도 효과가 있을 것으로 기대된다.

• Current Research on Agriculture and Life Sciences
• /
• 제18권
• /
• pp.19-25
• /
• 2000

1999년도에는 KC47${\times}$KCB14, KC220${\times}$KC268 조합의 $F_2$ 및 여교배 집단과 KC47-1${\times}$KC263(AC2258), KC47-1${\times}$KCB13-2-1, KC47-1${\times}$KCB13-4-2 조합의 $F_3$집단에 대하여 잎점무늬병과 역병을 차례로 접종, 복합저항성 개체를 선발하여 차세대를 육성하였다. 2000년도에는 같은 조합의 $F_3$ 및 $F_4$세대에 대하여 잎점무늬병과 역병에 대한 저항성을 검정하여 복합 저항성인 개체로부터 차세대 종자를 확보하였다. 선발세대의 경과에 따라 두 가지 병에 대한 저항성에서 현저한 진전이 관찰되었다.

• 한국산업정보학회논문지
• /
• 제27권5호
• /
• pp.73-82
• /
• 2022

고혈압과 같은 만성질환은 발병의 원인은 다양한 요인들이 복합적으로 작용하기 때문에 생애주기에 따라 차별화된 관리가 필요하다. 본 연구는 머신러닝을 이용해 고혈압 발병에 영향을 미치는 요인들의 생애주기별로 차이를 분석한다. 이를 위해, 질병관리청의 국민건강영양조사 데이터에 대한 전처리 및 변수 선택 과정을 거쳐 총 35개의 변수를 활용했다. 분석결과, 트리기반 머신러닝 모델 중 XGBoost가 중년과 노년 모두 예측 성능이 높은 모델로 나타났다. 변수중요도를 통해 도출된 생애주기별 고혈압 위험요인을 살펴보면 중년의 경우 개인특성 요인, 유전적 요인, 영양섭취 요인이 고혈압 위험요인으로 나타났고, 노년의 경우 영양섭취 요인, 식생활 요인, 생활습관 요인이 고혈압 위험요인으로 도출되었다. 본 연구 결과는 생애주기별 고혈압 관리에 유용한 기초자료로 사용될 수 있을 것으로 기대된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제66권2호
• /
• pp.116-121
• /
• 2009

연구배경: 쯔쯔가무시병, 렙토스피라병, 신증후출혈열은 우리나라에서 흔한 급성열성질환으로 최근 발병과 유행성의 보고가 있음에도 불구하고 열성질환에 있어서 폐침범에 대한 연구는 부족한 상태이다. 열성질환에 있어서 폐합병증이 있을 때 임상적으로 더 심한 경과를 보이고 CRP 수치도 더 높게 측정되는 경우가 있어 입원 시 측정한 CRP값이 조기에 적극적인 치료 대상에 대한 예측인자가 될 수 있는지 알아보고자 하였다. 방 법: 2002년 1월부터 2008년 5월까지 한림대학교 춘천성심병원에서 혈청학적 검사에서 양성이거나 임상적으로 진단을 받았던 환자를 대상으로 후향적 연구를 하였다. 결 과: 총 105명의 환자가 대상이 되었고 쯔쯔가무시병 63명(63%), 신증후출혈열 32명(30.5%), 렙토스피라병 10명(9.5%)이었고 폐침범은 42명(40%)에서 관찰되었으며 폐부종 20명(19%), 가슴막삼출 20명(19%), 간질폐렴 2명(2%)이었다. CRP는 평균 8.87${\pm}$7.29 mg/dl였고 20 mg/dl 이상의 높은 값을 보였던 환자도 8명 있었고 폐침범 중 간질폐렴 형태에서 가장 높은 평균값을 보였다(p=0.027). 폐합병증을 보였던 환자군에서 임상적으로 심한 경과를 보였으며 중환자실 입원치료와 인공호흡기 치료를 동반하고 있었고 더 높은 CRP값을 보였다(p=0.0073). 결 론: 급성열성질환에 있어서 폐합병증을 보인 군에서 더 높은 CPR 수치가 측정되었으며 입원 시 CRP측정을 통해 조기에 더 적극적인 치료가 필요한 환자군을 선택할 수 있고 폐침범에 의한 사망률과 치명률의 감소에도 도움이 될 것으로 추정된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제33권2호
• /
• pp.187-196
• /
• 2020

Objective: Porcine respiratory disease is one of the most important health problems causing significant economic losses. To understand the genetic basis for susceptibility to swine enzootic pneumonia (EP) in pigs, we detected 102,809 single nucleotide polymorphisms in a total of 249 individuals based on genome-wide sequencing data. Methods: Genome comparison of susceptibility to swine EP in three pig breeds (Jinhua, Erhualian, and Meishan) with two western lines that are considered more resistant (Duroc and Landrace) using cross-population extended haplotype homozygosity and F-statistic (F_ST) statistical approaches identified 691 positively selected genes. Based on quantitative trait loci, gene ontology terms and literature search, we selected 14 candidate genes that have convincible biological functions associated with swine EP or human asthma. Results: Most of these genes were tested by several methods including transcription analysis and candidate genes association study. Among these genes: cytochrome P450 1A1 and catenin beta 1 (CTNNB1) are involved in fertility; transforming growth factor beta receptor 3 plays a role in meat quality traits; Wnt family member 2, CTNNB1 and transcription factor 7 take part in adipogenesis and fat deposition simultaneously; plasminogen activator, urokinase receptor (completely linked to AXL receptor tyrosine kinase, r² = 1) plays an essential role in the successful ovulation of matured oocytes in pigs; colipase like 2 (strongly linked to SAM pointed domain containing ETS transcription factor, r² = 0.848) is involved in male fertility. Conclusion: These adverse genes susceptible to swine EP may be selected while selecting for economic traits (especially reproduction traits) due to pleiotropic and hitchhiking effect of linked genes. Our study provided a completely new point of view to understand the genetic basis for susceptibility or resistance to swine EP in pigs thereby, provides insight for designing sustainable breed selection programs. Finally, the candidate genes are crucial due to their potential roles in respiratory diseases in a large number of species, including human.