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Whole genome sequencing of Luxi Black Head sheep for screening selection signatures associated with important traits

  • Liu, Zhaohua;Tan, Xiuwen;Wang, Jianying;Jin, Qing;Meng, Xianfeng;Cai, Zhongfeng;Cui, Xukui;Wang, Ke
    • Animal Bioscience
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    • 제35권9호
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    • pp.1340-1350
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    • 2022
  • Objective: Luxi Black Head sheep (LBH) is the first crossbreed specialized for meat production and was developed by crossbreeding Black Head Dorper sheep (DP) and Small Tailed Han sheep (STH) in the farming areas of northern China. Research on the genomic variations and selection signatures of LBH caused by continuous artificial selection is of great significance for identifying the genetic mechanisms of important traits of sheep and for the continuous breeding of LBH. Methods: We explored the genetic relationships of LBH, DP, and several Mongolian sheep breeds by constructing phylogenetic tree, principal component analysis and linkage disequilibrium analysis. In addition, we analysed 29 whole genomes of sheep. The genome-wide selection signatures have been scanned with four methods: heterozygosity (HP), fixation index (FST), cross-population extended haplotype homozygosity (XP-EHH) and the nucleotide diversity (𝜃π) ratio. Results: The genetic relationships analysis showed that LBH appeared to be an independent cluster closer to DP. The candidate signatures of positive selection in sheep genome revealed candidate genes for developmental process (HoxA gene cluster, BCL2L11, TSHR), immunity (CXCL6, CXCL1, SKAP2, PTK6, MST1R), growth (PDGFD, FGF18, SRF, SOCS2), and reproduction (BCAS3, TRIM24, ASTL, FNDC3A). Moreover, two signalling pathways closely related to reproduction, the thyroid hormone signalling pathway and the oxytocin signalling pathway, were detected. Conclusion: The selective sweep analysis of LBH genome revealed candidate genes and signalling pathways associated with developmental process, immunity, growth, and reproduction. Our findings provide a valuable resource for sheep breeding and insight into the mechanisms of artificial selection.

PLL없이 동작하는 S/PDIF IC 설계에 관한 연구 (Study on the Design of S/PDIF BC which Can Operate without PLL)

  • 박주성;김석찬;김경수
    • 한국음향학회지
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    • 제24권1호
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    • pp.11-20
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    • 2005
  • 본 논문에서는 PLL (Phase Locked Loop)없이 동작할 수 있는 S/PDIF (Sony Philips Digital Interface) 수신기의 연구에 관하여 다룬다. 현재 대부분의 오디오 장치와 오디오 프로세서에서 S/PDIF 수신기가 사용되고 있음에도 불구하고, 국내에서는 이에 관한 연구가 많지 않은 실정이다. 현재 사용되고 있는 S/PDIF 수신용 상용 DAC(Digital-to-Analog Converters) 칩들은 모두 내부에 PLL 회로를 포함하고 있다. PLL 회로는 S/PDIF 디지틸 신호로부터 클럭 정보를 뽑아내고 클럭과 입력 신호간의 동기화를 맞추는 역할을 한다. 그러나, PLL 회로는 "아날로그 회로"라는 특성 때문에 VLSI (Very Large Scale Integrated Ciruits)회로의 SOCs (System On Chips)설계에 있어 많은 어려움을 야기한다. 본 논문에서는 PLL 회로 없이 순수 디지털 회로로만 구현된 S/PDIF 수신기를 제안하였다. 제안된 수신기의 핵심 아이디어는 16 MHz의 기본 클럭과 S/PDIF 신호의 속도비를 이용한다는 것이다. 본 논문에서는 수십만개의 S/PDIF 입력 신호에 대한 디코딩 확인 후, PLL같은 아날로그 회로 없이 순수 디지틸 회로만으로 S/PDIF 수신기를 설계할 수 있음을 확인하였다. 제안된 S/PDIF 수신기는 SOC 설계용 If로서 활용될 수 있을 것으로 본다.

인진청간탕(茵蔯淸肝湯)이 DMN 유발 간섬유화와 단백질 발현에 미치는 영향 (The Effects of Injinchunggan-tang(Yinchenqinggan-tang) on DMN-induced Liver Damage by Applying Proteomics)

  • 박상백;김영철;이장훈;우홍정
    • 대한한방내과학회지
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    • 제29권1호
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    • pp.200-218
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    • 2008
  • Objectives : The purpose of this study was to investigate the effects of Injinchunggan-tang (Yinchenchinggan-tang) on DMN-induced liver damage by applying proteomics. Materials and Methods : Sprague-Dawley rats were used in this experiment and were divided into the normal group (normal saline), the control group (DMN) and the sample group (DMN+IJCGT). DMN was injected i.p. once a day three times a week for 3 weeks in the control group. Normal saline instead of DMN was administered to the normal group. In the sample group, Injinchunggan-tang (Yinchenchinggan-tang) extract was orally administered once a day for 10 days after DMN was induced. The livers of each group were processed and analyzed by histology, Western blot, $Oxyblot^{TM}$, CBB and 2-dimensional electrophoresis. Results : In the histological findings of the liver, IJCGT reduced collagen deposition and liver damage in DMN-induced hepatic fibrosis. IJCGT increased MMP-13 protein production assessed by western blot. Protein oxidation induced by DMN treatment was decreased by IJCGT. In the 2-dimensional electrophoresis finding, the level of the increased proteins induced by DMN treatment such as GRP 75, 58kDa glucose regulated protein and heat shock 70kDa protein 5 were decreased by IJCGT. IJCGT was considered to have the protective effects on hepatotoxicity induced by DMN. In the 2-dimensional electrophoresis finding, the level of increased oxidized proteins such as heat shock 70 protein, mitochondrial malonyltransferase, calreticulin precursor, actin, NADP-isocitrate dehydrogenase, ankyrin repeat and SOCS box protein 11 were decreased by IJCGT. IJCGT was considered to have protective effect on the protein production induced by DMN treatment. Conclusion : Injinchunggan-tang (Yinchenchinggan-tang) exerts an inhibitory effect against the fibrosis and protein oxidation induced by DMN treatment in the rat liver. IJCGT was considered to have protective effects on the hepatotoxicity and protein production induced by DMN treatment.

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생활SOC의 지역 간 격차와 최적입지 분석 - 생활거점시설을 중심으로 (Analysis of the Regional Disparity and Optimal Location of Living SOC - Focused on Core Living Facilities)

  • 이세영;김현중;여관현
    • 한국측량학회지
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    • 제40권3호
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    • pp.159-168
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    • 2022
  • 지방자치단체는 생활SOC의 불균형을 해소하려는 노력을 추진되어야 하며, 생활SOC의 입지 현황, 최적입지 등에 관한 공간정보를 구축해야 한다. 이 연구는 생활SOC 관련 연구수요를 고려하여, 생활SOC의 접근성, 형평성, 그리고 최적입지를 분석하였다. 분석 시설은 생활거점시설로서, 공공도서관, 근린공원, 생활문화센터, 국공립어린이집으로 구성하였다. 분석지역은 경기도 수원시이며, 분석의 기준연도는 2020년이다. 접근성은 세생활권(200m×200m)에서 인구 1인당 접근성을 산출하였다. 형평성은 지니계수를 활용하여 동 간 접근성의 지역 간 격차를 확인하였다. 최적입지는 최대 커버링 입지문제를 활용하여 탐색하였다. 분석 결과, 국공립어린이집을 제외한 시설의 공간적 접근성은 지역 간 커다란 차이를 드러냈다. 접근성이 우수한 지역도 시설에 따라 커다란 편차를 보였다. 생활SOC의 지역 간 격차는 생활문화센터가 가장 컸으며, 뒤를 이어, 근린공원, 국공립어린이집, 공공도서관 순으로 나타났다. 공공도서관, 근린공원, 생활문화센터의 최적입지는 원도심에 집중적으로 분포하였으나, 국공립어린이집의 최적입지는 수원시 전역에서 나타났다. 이 연구의 결과는 추후 지방자치단체에서 생활SOC 공급계획을 수립함에 있어 핵심적인 계획내용이다. 따라서 후속연구는 이 연구의 분석구조와 결과를 유용하게 활용 가능할 것으로 기대한다.

개발제한구역 해제취락 유형분석을 통한 취락정비방안 연구 (A Study on the Village Improvement Plan by Typological Analysis of Greenbelt-lifted Villages)

  • 윤정중;최상희
    • 토지주택연구
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    • 제4권1호
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    • pp.77-87
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    • 2013
  • 1997년 이후 개발제한구역의 조정을 위한 제도개선정책이 추진되면서 20호 이상의 집단취락 1,800여개소가 해제되었다. 이들 집단취락은 해제지역의 계획적 개발을 유도하면서, 개발제한구역으로 둘러싼 지역적 입지여건을 감안하여 저층 저밀도의 용도지역으로 지정하고 지구단위계획을 수립토록 하여 계획적 정비를 유도하고자 하였으나, 재원부족, 자력정비여건의 미흡, 기반시설의 장기미집행화 등 여러 가지 문제들이 나타나고 있다. 이는 근본적으로 해제에 앞서 취락의 여건과 특성을 심층적으로 살펴본 후 정비방향과 계획이 결정되었어야 하나, 해제에만 치중함으로써 야기된 문제이다. 또한 취락별 여건이 상이함에도 불구하고 취락정비 및 관리방향은 구역내 물리적 공간적 특성, 주민의 사회적 경제적 특성, 기존시가지와의 관계 등을 고려하지 못하고 있으며, 관련규제 역시 획일적으로 적용되고 있어 주민의 민원 및 환경문제 등을 초래하고 있다. 따라서 본 연구에서는 그동안 개발제한구역에서 해제된 취락의 실태조사 자료를 이용하여 해제취락의 문제점을 고찰하고 취락의 특성자료를 이용한 취락의 유형분류와 유형별 정비방향을 제시하고자 한다. 본 연구에서는 1800개의 해제취락 중 424개소를 대상으로 입지여건, 접근성, 취락규모, 토지형상, 중복규제현황 등 입지잠재력을 대표하는 변수들을 선정하여 군집분석을 실시한 결과, 5개의 유형으로 분류되었다. 또한 기능에 따라 해제취락을 도시형, 농촌형, 산업형, 근린중심형 등 4가지로 구분하였다. 입지잠재력과 취락기능을 조합하여 정비전략의 관점에서 취락들을 재분류하였으며, 이에 따라 크게 생활환경정비형, 생산기반조성형, 계획적 정비유도형, 생활권거점조성형 등 4가지의 정비유형으로 도출하였다. 아울러 4개의 유형별로 각각 취락의 바람직한 정비 및 관리방향을 제안하여 향후 취락정비계획의 수립 및 보완시 활용될 수 있도록 하였다.