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The Complete Chloroplast Genome Sequence and Intra-Species Diversity of Rhus chinensis

  • Kim, Inseo;Park, Jee Young;Lee, Yun Sun;Joh, Ho Jun;Kang, Shin Jae;Murukarthick, Jayakodi;Lee, Hyun Oh;Hur, Young-Jin;Kim, Yong;Kim, Kyung Hoon;Lee, Sang-Choon;Yang, Tae-Jin
    • Plant Breeding and Biotechnology
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    • 제5권3호
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    • pp.243-251
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    • 2017
  • Rhus chinensis is a shrub widely distributed in Asia. It has been used for traditional medicine and ecological restoration. Here, we report the complete chloroplast genome sequence of two R. chinensis genotypes collected from China and Korea. The assembled chloroplast genome of Chinese R. chinensis is 149,094 bp long, consisting of a large single copy (97,246 bp), a small single copy (18,644 bp) and a pair of inverted repeats (16,602 bp). Gene annotation revealed 77 protein coding genes, 30 tRNA genes, and 4 rRNA genes. A phylogenomic analysis of the chloroplast genomes with 11 known complete chloroplast genomes clarified the relationship of R. chinensis with the other plant species in the Sapindales order. A comparative chloroplast genome analysis identified 170 SNPs and 85 InDels at intra-species level of R. chinensis between Chinese and Korean collections. Based on the sequence diversity between Korea and Chinese R. chinensis plants, we developed three DNA markers useful for genetic diversity and authentication system. The chloroplast genome information obtained in this study will contribute to enriching genetic resources and conservation of endemic Rhus species.

미세먼지 PM10에 노출된 RAW264.7 세포에 대한 해당화 추출물의 항염증 활성 (Anti-inflammatory effects of Rosa rugosa extracts in RAW264.7 cells exposed to particulate matter (PM10))

  • 안민아;현태경
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제49권2호
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    • pp.145-149
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    • 2022
  • 직경이 10 ㎛ 미만의 미세먼지 입자(particulate matter 10, PM10)는 한국을 비롯한 동아시아 지역에서 해로운 대기오염의 주요한 원인 중 하나로 최근 주목받고 있으며, 호흡기와 피부에 유해한 영향을 미치는 주범이 되고 있다. FD는 대식세포에서 활성산소 종(ROS)의 생성과 염증반응을 과도하게 촉진시켜 세포 손상과 더불어 세포 사멸을 유도한다. 장미속의 낙엽관목인 해당화(Rosa rugosa)는 다양한 질병을 치료하는 목적으로 예부터 동아시아 지역에서 민간요법 치료제로써 사용되었다. 본 연구에서는 PM10으로 유도된 RAW 264.7 대식세포에서의 염증반응을 억제하는 해당화 각 기관별 추출물의 항염증 효과를 탐색하고자 한다. 미세먼지 입자가 처리되지 않은 RAW 264.7 대식세포와 비교했을 때, PM10을 100 ㎍/ml의 농도로 처리했을 경우 lipopolysaccharide 처리와 유사하게 nitric oxide (NO) 생성을 눈에 띄게 증가시켰다. 또한 100 ㎍/ml의 해당화 줄기 추출물은 미세먼지 입자 단독 처리군에 비해 NO 생성을 45% 이상 감소시켰고, PM10에 의해 유도된 interleukin(IL)-1β, IL-6, inducible nitric oxide synthase, and cyclooxygenase-2의 발현을 유의하게 감소시켰다. 이러한 결과는 해당화 줄기 추출물의 항염증 효과가 PM10으로 자극된 RAW 264.7 세포에서 염증 유발 매개체의 억제에 의해 매개됨을 나타내며, 해당화 줄기가 유해한 공기 중 미세먼지 입자에 의해 유발되는 염증반응에 대한 보호 효과가 있는 천연 자원으로서 가치가 있음을 시사한다.

Cnidoscolus aconitifolius leaf pellet can manipulate rumen fermentation characteristics and nutrient degradability

  • Totakul, Pajaree;Matra, Maharach;Sommai, Sukruthai;Wanapat, Metha
    • Animal Bioscience
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    • 제34권10호
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    • pp.1607-1615
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    • 2021
  • Objective: Chaya (Cnidoscolus aconitifolius) leaf has been found to be an important source of protein, vitamins, minerals, as well as phytonutrients. The present study aimed to evaluate the effect of Chaya leaf pellet (CHYP) with various level of crude protein (CP) in the concentrate on rumen fermentation characteristics and nutrient degradability in in vitro gas production technique. Methods: In an in vitro rumen fermentation study the dietary treatments were arranged according to a 3×5 factorial arrangement in a completely randomized design, consisting of Factor A: three levels of CP of concentrate mixtures (14%, 16%, and 18% CP, respectively) and Factor B: five levels of CHYP supplementation (at 0%, 2%, 4%, 6%, and 8% of dry matter substrates). Results: The gas production kinetics, fraction (a) and fraction (b) were lower (p<0.05) with an increasing CHYP addition. Additionally, the fraction (a+b) was found to yield a significant interaction (p<0.05) while the fraction (c) was not impacted by CHYP addition. However, in vitro DM degradability was enhanced and interactive (p<0.05), using 16% CP of concentrate with 6% and 8% CHYP, when compared with 18% CP in the non-addition. Additionally, the treatment with higher CP of the concentrate was higher in NH3-N concentration (p<0.001) and by CHYP supplementation group (p<0.05). Nevertheless, protozoal counts in the rumen were remarkably decreased (p<0.05) with increasing level of CHYP supplementation. Furthermore, rumen C2 concentration was lower (p<0.05) in the treatments with CHYP supplementation, while C3 was significantly increased and interactive (p<0.05) between levels of CP and CHYP supplementation especially at 8% CHYP supplementation. Conclusion: Based on this study, the results revealed CHYP as a promising feed supplement to enhance rumen fermentation and to mitigate methane production. However, in vivo feeding experiments should be subsequently conducted to elucidate the effect of CHYP supplementation on rumen fermentation, as well as ruminant production efficiency.

두릅나무 전정에 따른 연차별 새순 생산성 비교 (Effect of Pruning on Annual Aralia elata Shoot Production)

  • 서지애;신한나;박윤미;이욱
    • 한국산림과학회지
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    • 제111권4호
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    • pp.644-650
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    • 2022
  • 두릅나무는 두릅나무과에 속하는 낙엽활엽관목으로 전국에서 재배되고 있는 고소득 작목이다. 재배의 효율성 제고 및 소득 증대를 위하여 두릅나무의 새순 수확 후 전정 시기 및 연차별 전정에 따른 생산성을 분석하였다. 두릅나무 새순 수확 직후 6일 뒤부터 2주 간격으로 5회 전정하여 최적 시기를 판단하였다. 또한 전정 효과를 규명하기 위하여 정식 후 1년 차에 지상에서 30 cm 높이로 전정하였다. 정식 후 2년 차부터 전년도 발생한 가지를 10 cm 남기고 전정하였으며, 연차별 새순 및 가지 발생 특성을 비교하였다. 그 결과 새순 수확 종료 후 6일이 지난 뒤 처음 전정한 두릅나무의 가지 수가 다른 시기보다 1.3-2.1배 많았다. 새순 특성 또한 다른 시기보다 1.2-1.7배 우수하였으며, 전정이 빠를수록 품질이 좋은 많은 양의 새순을 수확할 수 있었다. 연차별 두릅나무의 전정을 통하여 정식 후 2년 차부터 고품질의 새순(직경 약 1.5 cm, 길이 약 16 cm)을 생산할 수 있었으며, 새순 수확이 가능한 가지 발생을 유도하여 생산성을 높일 수 있었다. 또한, 연차별 전정을 통하여 새순 수확이 쉬운 150 cm 정도의 수고를 유지 시킬 수 있었다. 그 결과 두릅나무의 전정 작업은 새순 수확 후 6일 전후로 빠른 시기에 시행하는 것이 효율적이다. 또한 전정하게 되면 매년 균일한 품질의 새순을 생산할 수 있고, 본당 수확량을 증가시킬 수 있다.

거제도 학동 및 해금강 일대에 분포하는 난대림 식생의 생태적 특성 연구 (Ecological Characteristic of Warm Temperate Vegetation Distributed around Hakdong and Haegeumgang at Geojae Island)

  • 이수동
    • 한국환경생태학회지
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    • 제36권1호
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    • pp.72-86
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    • 2022
  • 본 연구는 거제도 학동 일대에 분포하는 상록활엽수림의 식물군집구조 특성을 파악하기 위하여 진행하였다. 조사구는 교목층, 아교목층, 관목층에 생달나무, 참식나무, 후박나무 등이 우점하거나 출현하는 식생군락 또는 입지환경의 변화가 있는 지역을 대상으로 52개의 방형구를 설정하였다. TWINSPAN에 의한 군락 분류 결과, 참식나무-생달나무군락, 생달나무-동백나무군락, 동백나무군락, 굴참나무-동백나무군락, 동백나무-생달나무군락, 구실잣밤나무군락, 곰솔군락, 굴피나무-예덕나무군락으로 구분되었다. 잠재자연식생을 반영한 난대림의 천이계열은 상록침엽수와 낙엽활엽수는 상록활엽수로 이행된다라는 연구 결과를 반영한다면, 곰솔, 굴피나무, 굴참나무 등이 우점하는 군락은 생달나무, 참식나무 등의 상록활엽수림으로 진행될 것으로 추정되었다. 교목층과 아교목층에서 생달나무, 참식나무, 구실잣밤나무의 세력이 우세한 지역은 인위적인 교란이 없다면 현상태를 유지할 것이다. 환경요인과 식생분포간의 관계를 살펴보면, 토양의 물리적 특성 중 점토가 직간접적으로 영향을 미쳤는데 이는 급경사지에 입지하였기 때문인 것으로 판단되었다. 그 외에 토양산도(pH) 5~5.84, 전기전도도 0.047~0.139dS/m, 유기물함량 3.32~12.06%로 군락별 차이는 있었으나 전반적으로 낮았다.

정금나무의 기능성 생리활성 물질과 생리활성 (Functional Bioactive Compounds and Biological Activities of Vaccinium oldhamii)

  • 채정우;조희선
    • 생명과학회지
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    • 제32권2호
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    • pp.167-174
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    • 2022
  • 현대사회에서 산화물질에 의한 스트레스가 증가함에 따라 항산화제에 대한 관심이 증가하고 있다. 그러나 합성 항산화제는 다량 섭취 시 유해하다는 연구 등에 기인하여 수요가 감소하고 있으며, 합성 항산화제를 대체하기 위하여 천연물에서 유래된 항산화 물질에 관한 연구가 활발히 진행되고 있다. 세계 10대 장수 식품의 하나로 알려진 블루베리는 진달래과(Ericaceae) 산앵도나무속(Vaccinium)의 식물로 항산화를 비롯한 다양한 약리활성에 대한 연구가 수행되었다. 정금나무(Vaccinium oldhamii)는 블루베리와 같은 속에 속한 낙엽활엽관목으로 본 논문에서는 정금나무의 추출물과 정제물의 효능 분석을 실시한 연구들을 정리하였다. 정금나무 열매의 페놀류 화합물의 함량은 항산화 활성 및 항인플루엔자 활성과 비례하였으며, 총 폴리페놀 및 안토시아닌의 함량은 블루베리에 비해 높았다. 정금나무 열매 추출물은 항염증 활성을 나타내었으며 정금나무 가지 추출물은 항염증 활성과 염증반응에 의한 파골세포의 분화 및 골흡수를 억제하는 활성을 나타내었다. 정금나무 열매 추출물은 인간 급성 백혈병에 대한 항암 활성을, 정금나무 가지 추출물은 여러 인간 암세포주에서의 항암활성을 나타내었다. 정금나무는 블루베리에 비하여 페놀성 화합물 함량과 항산화 활성이 높고 다양한 생리활성을 나타내며, 국내에 자생하여 대량 재배를 위한 연구가 용이하고, 상업화 시 해외 사용료를 부담할 필요가 없는 등 블루베리의 대체작물로서의 가치를 충분히 가지고 있다고 판단된다.

보길도 격자봉 일대 능선부에 분포하는 회양목 생육지의 생태적 특성 (Ecological Characteristics of Buxus sinica Habitat Distributed on the Ridge of Gyeokjabong(Mt.), Bogildo)

  • 이수동;진민화;강현경;오충현
    • 한국환경생태학회지
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    • 제36권6호
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    • pp.662-675
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    • 2022
  • 본 연구는 보길도 격자봉과 큰길재를 잇는 능선부를 중심으로 분포하는 회양목 생육지역의 체계적인 보전 및 관리를 위한 기초자료를 제공하고자 식물군집구조 현황을 조사·분석하였다. 조사구는 관목층에 분포하는 회양목의 밀도와 지형, 향 등 입지적인 특성을 고려하여 대표적인 식생 군락 또는 지형의 변화가 있는 지역을 대상으로 총 26개소를 설정하였다. DCA와 TWINSPAN에 의해 소사나무-낙엽활엽수군락, 소사나무군락, 소사나무-회양목군락, 소사나무-상록활엽수군락, 붉가시나무군락, 황칠나무-붉가시나무군락으로 분류되었다. 소사나무가 우점하는 군락은 당분간 현상태를 유지할 것이나 장기적으로는 주변에 붉가시나무가 우점하고 있어 이들 종으로의 천이잠재성이 높았다. 붉가시나무군락, 황칠나무-붉가시나무군락의 경우 난대림의 극상 수종으로 알려진 붉가시나무가 우점하는 현상태를 유지할 것이다. 회양목의 경우에도 소사나무가 우점하는 군락은 지형적인 조건으로 인해 양호한 상태를 유지하겠으나 붉가시나무 우점 군락의 경우, 피도가 높은 특성으로 인해 생육상 어려움이 예상된다. 환경요인과 식생분포간의 관계에서는 토양산도(pH)만 식생분포에 영향을 미친 것으로 분석되었다. 그 외에 pH는 3.78~5.30, 전기전도도는 0.186~0.543dS/m, 유기물함량은 2.25~2.89%로 전반적으로 낮았다.

The complete plastid genome and nuclear ribosomal transcription unit sequences of Spiraea prunifolia f. simpliciflora (Rosaceae)

  • Jeongjin CHOI;Wonhee KIM;Jee Young PARK;Jong-Soo KANG;Tae-Jin YANG
    • 식물분류학회지
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    • 제53권1호
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    • pp.32-37
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    • 2023
  • Spiraea prunifolia f. simpliciflora Nakai is a perennial shrub widely used for horticultural and medicinal purposes. We simultaneously obtained the complete plastid genome (plastome) and nuclear ribosomal gene transcription units, 45S nuclear ribosomal DNA (nrDNA) and 5S nrDNA of S. prunifolia f. simpliciflora, using Illumina short-read data. The plastome is 155,984 bp in length with a canonical quadripartite structure consisting of 84,417 bp of a large single-copy region, 18,887 bp of a short single-copy region, and 26,340 bp of two inverted repeat regions. Overall, a total of 113 genes (79 protein-coding genes, 30 tRNAs, and four rRNAs) were annotated in the plastome. The 45S nrDNA transcription unit is 5,848 bp in length: 1,809 bp, 161 bp, and 3,397 bp for 18S, 5.8S, and 26S, respectively, and 261 bp and 220 bp for internal transcribed spacer (ITS) 1 and ITS 2 regions, respectively. The 5S nrDNA unit is 512 bp, including 121 bp of 5S rRNA and 391 bp of intergenic spacer regions. Phylogenetic analyses showed that the genus Spiraea was monophyletic and sister to the clade of Sibiraea angustata, Petrophytum caespitosum and Kelseya uniflora. Within the genus Spiraea, the sections Calospira and Spiraea were monophyletic, but the sect. Glomerati was nested within the sect. Chamaedryon. In the sect. Glomerati, S. prunifolia f. simpliciflora formed a subclade with S. media, and the subclade was sister to S. thunbergii and S. mongolica. The close relationship between S. prunifolia f. simpliciflora and S. media was also supported by the nrDNA phylogeny, indicating that the plastome and nrDNA sequences assembled in this study belong to the genus Spiraea. The newly reported complete plastome and nrDNA transcription unit sequences of S. prunifolia f. simpliciflora provide useful information for further phylogenetic and evolutionary studies of the genus Spiraea, as well as the family Rosaceae.

산겨릅나무(Acer tegmentosum Maxim.) 자생지의 서식환경 특성 및 식생구조 (Growth Environment and Vegetation Structure of Habitats of Acer tegmentosum Maxim.)

  • 손호준;김세창;이다현;권순재;박완근;김영설
    • 농업생명과학연구
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    • 제50권3호
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    • pp.69-80
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    • 2016
  • 본 연구는 산겨릅나무 자생지(화악산, 망대암산, 계방산, 고루포기봉, 가리왕산, 두위봉, 금대봉과 지리산)의 입지환경, 토양특성, 및 식생구조 분석을 통해 자생지 보전 및 복원을 위한 기초자료를 제공하고자 하였다. 산겨릅나무 자생지는 해발 605~1,413m에 위치하고, 경사는 8~30°로 다양하며, 노암율은 8~50%로 나타났다. PC-ORD를 이용한 이단계 군집분석 결과 군집I(산겨릅나무-신갈나무 군집), 군집II(산겨릅나무-까치박달 군집), 군집III(신갈나무-피나무 군집) 등 3개의 식물 군집으로 구분되었다. 종다양성지수(H')는 군집 II가 1.474로 가장 높게 나타났으며, 군집 I이 1.417, 군집 III이 1.219로 확인되었다. 산겨릅나무 자생지의 토성은 점토의 비율이 높은 식양토이며, 토양 산도, 유기물함량, 유효인산은 각각 pH 4.8, 15.56%, 2.33ppm으로 확인되었다. 토양 특성과 군집, 표징종을 ordination분석한 결과 가장 크게 영향을 주는 인자는 사면경사이며, 아교목층과 관목층의 피도, 유기물함량, 전질소, 칼슘, 마그네슘인 것으로 확인되었다. 환경요인 간 상관 분석을 실시한 결과, O.M. - (T.N., K+, Mg2+, CEC, EC), T.N. - (K+, Mg2+, CEC, EC) 등은 높은 정의 상관관계를 형성하였다.

미역줄나무 출현에 따른 분비나무림의 식생구조 특성 (Characteristics of the Vegetation Structure of an Abies nephrolepis Forest in the Presence of the Tripterygium regelii Group)

  • 이아림;신동빈;이승재;변준기;김준수;오승환
    • 한국산림과학회지
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    • 제112권4호
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    • pp.405-416
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    • 2023
  • 본 연구는 미역줄나무 출현에 따른 분비나무의 지속성에 대해 분석하고자 하였다. 총 140개소를 대상으로 현장조사를 수행하였고, 미역줄나무의 출현유무와 출현하는 층위 기준에 따라 미역줄나무가 교목·아교목층에 출현하는 유형(TP), 관목층에 출현하는 유형(SP), 모든 층위에서 출현하지 않는 유형(A)으로 유형을 구분하였다. 지표종 분석에서 TP유형과 SP유형에서 미역줄나무가 지표종으로 나타났으며, MRPP-test를 통해 군집별 이질성을 확인하였다. 치수와 흉고직경급 분석 결과, TP유형에서 분비나무의 어린나무 발생량이 가장 낮게 나타나 지위경쟁에 어려움이 있는 것으로 판단된다. 본 연구를 통해 분비나무의 식생구조를 이해하고 보전 및 관리에 기여하고자 한다.