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Colistin resistance and plasmid-mediated mcr genes in Escherichia coli and Salmonella isolated from pigs, pig carcass and pork in Thailand, Lao PDR and Cambodia border provinces

  • Pungpian, Chanika;Lee, Scarlett;Trongjit, Suthathip;Sinwat, Nuananong;Angkititrakul, Sunpetch;Prathan, Rangsiya;Srisanga, Songsak;Chuanchuen, Rungtip
    • Journal of Veterinary Science
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    • 제22권5호
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    • pp.68.1-68.15
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    • 2021
  • Background: Colistin and carbapenem-resistant bacteria have emerged and become a serious public health concern, but their epidemiological data is still limited. Objectives: This study examined colistin and carbapenem resistance in Escherichia coli and Salmonella from pigs, pig carcasses, and pork in Thailand, Lao PDR, and Cambodia border provinces. Methods: The phenotypic and genotypic resistance to colistin and meropenem was determined in E. coli and Salmonella obtained from pigs, pig carcasses, and pork (n = 1,619). A conjugative experiment was performed in all isolates carrying the mcr gene (s) (n = 68). The plasmid replicon type was determined in the isolates carrying a conjugative plasmid with mcr by PCR-based replicon typing (n = 7). The genetic relatedness of mcr-positive Salmonella (n = 11) was investigated by multi-locus sequence typing. Results: Colistin resistance was more common in E. coli (8%) than Salmonella (1%). The highest resistance rate was found in E. coli (17.8%) and Salmonella (1.7%) from Cambodia. Colistin-resistance genes, mcr-1, mcr-3, and mcr-5, were identified, of which mcr-1 and mcr-3 were predominant in E. coli (5.8%) and Salmonella (1.7%), respectively. The mcr-5 gene was observed in E. coli from pork in Cambodia. Two colistin-susceptible pig isolates from Thailand carried both mcr-1 and mcr-3. Seven E. coli and Salmonella isolates contained mcr-1 or mcr-3 associated with the IncF and IncI plasmids. The mcr-positive Salmonella from Thailand and Cambodia were categorized into two clusters with 94%-97% similarity. None of these clusters was meropenem resistant. Conclusions: Colistin-resistant E. coli and Salmonella were distributed in pigs, pig carcasses, and pork in the border areas. Undivided-One Health collaboration is needed to address the issue.

벼 중생 다수성 중간모본 '화원6호' (A New High-yielding Rice Variety developed from an Interspecific cross, 'Hwaweon 6')

  • 강주원;김동민;윤여태;이현숙;박인규;안상낙
    • 한국육종학회지
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    • 제49권3호
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    • pp.280-284
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    • 2017
  • 화성벼의 유전적 배경에 O. minuta의 유용유전자가 이입된 근동질계통을 육성하기 위해 화성벼와 O. minuta를 교배하고, 계속적인 여교배와 MAS를 병행 실시하여 유망계통 CR1135-64-2를 선발하였다. CR1135-64-2는 생산력검정 시험 결과 조사된 형질 중 수당립수를 제외한 기타 형질은 화성벼와 유사한 근동질계통으로, 품종보호 출원 조건에 부합하여 '화원6호'로 명명하고 품종보호원을 출원하였다. '화원6호'는 출수기가 보통기재배에서 8월 12일로 화성벼와 유사한 중생종 품종이다. 현미천립중은 21.9g으로 화성벼보다 무거웠으나 통계적으로 유의한 차이는 없었다. '화원6호'는 줄무늬잎마름병을 제외한 다른 병해충에는 약한 반응을 보였으며, 완전미율은 화성벼에 비해 약간 낮았고, 아밀로스 함량은 화성벼와 유사하였으나 통계적인 차이는 없었다. '화원6호'의 정조수량은 '09~'10년 2개년간 실시한 생산력 검정 시험에서 평균 6.57 MT/ha로 화성벼 대비 103% 수준이었다. '화원6호'는 화성벼에 비해 수당립수가 많았는데 이는 O. minuta에서 이입된 qSPP7 유전자의 영향으로 판단된다.(품종보호권 등록번호: 제 5133호)

Locating QTLs controlling overwintering seedling rate in perennial glutinous rice 89-1 (Oryza sativa L.)

  • Deng, Xiaoshu;Gan, Lu;Liu, Yan;Luo, Ancai;Jin, Liang;Chen, Jiao;Tang, Ruyu;Lei, Lixia;Tang, Jianghong;Zhang, Jiani;Zhao, Zhengwu
    • Genes and Genomics
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    • 제40권12호
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    • pp.1351-1361
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    • 2018
  • A new cold tolerant germplasm resource named glutinous rice 89-1 (Gr89-1, Oryza sativa L.) can overwinter using axillary buds, with these buds being ratooned the following year. The overwintering seedling rate (OSR) is an important factor for evaluating cold tolerance. Many quantitative trait loci (QTLs) controlling cold tolerance at different growth stages in rice have been identified, with some of these QTLs being successfully cloned. However, no QTLs conferring to the OSR trait have been located in the perennial O. sativa L. To identify QTLs associated with OSR and to evaluate cold tolerance. 286 $F_{12}$ recombinant inbred lines (RILs) derived from a cross between the cold tolerant variety Gr89-1 and cold sensitive variety Shuhui527 (SH527) were used. A total of 198 polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers that were distributed uniformly on 12 chromosomes were used to construct the linkage map. The gene ontology (GO) annotation of the major QTL was performed through the rice genome annotation project system. Three main-effect QTLs (qOSR2, qOSR3, and qOSR8) were detected and mapped on chromosomes 2, 3, and 8, respectively. These QTLs were located in the interval of RM14208 (35,160,202 base pairs (bp))-RM208 (35,520,147 bp), RM218 (8,375,236 bp)-RM232 (9,755,778 bp), and RM5891 (24,626,930 bp)-RM23608 (25,355,519 bp), and explained 19.6%, 9.3%, and 11.8% of the phenotypic variations, respectively. The qOSR2 QTL displayed the largest effect, with a logarithm of odds score (LOD) of 5.5. A total of 47 candidate genes on the qOSR2 locus were associated with 219 GO terms. Among these candidate genes, 11 were related to cell membrane, 7 were associated with cold stress, and 3 were involved in response to stress and biotic stimulus. OsPIP1;3 was the only one candidate gene related to stress, biotic stimulus, cold stress, and encoding a cell membrane protein. After QTL mapping, a total of three main-effect QTLs-qOSR2, qOSR3, and qOSR8-were detected on chromosomes 2, 3, and 8, respectively. Among these, qOSR2 explained the highest phenotypic variance. All the QTLs elite traits come from the cold resistance parent Gr89-1. OsPIP1;3 might be a candidate gene of qOSR2.

전산화 단층 촬영(Computed tomography, CT) 이미지에 대한 EfficientNet 기반 두개내출혈 진단 및 가시화 모델 개발 (Diagnosis and Visualization of Intracranial Hemorrhage on Computed Tomography Images Using EfficientNet-based Model)

  • 윤예빈;김민건;김지호;강봉근;김구태
    • 대한의용생체공학회:의공학회지
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    • 제42권4호
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    • pp.150-158
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    • 2021
  • Intracranial hemorrhage (ICH) refers to acute bleeding inside the intracranial vault. Not only does this devastating disease record a very high mortality rate, but it can also cause serious chronic impairment of sensory, motor, and cognitive functions. Therefore, a prompt and professional diagnosis of the disease is highly critical. Noninvasive brain imaging data are essential for clinicians to efficiently diagnose the locus of brain lesion, volume of bleeding, and subsequent cortical damage, and to take clinical interventions. In particular, computed tomography (CT) images are used most often for the diagnosis of ICH. In order to diagnose ICH through CT images, not only medical specialists with a sufficient number of diagnosis experiences are required, but even when this condition is met, there are many cases where bleeding cannot be successfully detected due to factors such as low signal ratio and artifacts of the image itself. In addition, discrepancies between interpretations or even misinterpretations might exist causing critical clinical consequences. To resolve these clinical problems, we developed a diagnostic model predicting intracranial bleeding and its subtypes (intraparenchymal, intraventricular, subarachnoid, subdural, and epidural) by applying deep learning algorithms to CT images. We also constructed a visualization tool highlighting important regions in a CT image for predicting ICH. Specifically, 1) 27,758 CT brain images from RSNA were pre-processed to minimize the computational load. 2) Three different CNN-based models (ResNet, EfficientNet-B2, and EfficientNet-B7) were trained based on a training image data set. 3) Diagnosis performance of each of the three models was evaluated based on an independent test image data set: As a result of the model comparison, EfficientNet-B7's performance (classification accuracy = 91%) was a way greater than the other models. 4) Finally, based on the result of EfficientNet-B7, we visualized the lesions of internal bleeding using the Grad-CAM. Our research suggests that artificial intelligence-based diagnostic systems can help diagnose and treat brain diseases resolving various problems in clinical situations.

이(異)문화권내 적응과 스트레스 대처양식: 북한이탈주민 남한문화 적응의 관점에서 (Cultural and psychological adjustment and stress coping strategies: North Korean refugees in South Korean cultures)

  • 신행우 ;이종한 ;한성열 ;허태균 ;채정민
    • 한국심리학회지 : 문화 및 사회문제
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    • 제10권1호
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    • pp.147-163
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    • 2004
  • 본 논문은 북한이탈주민들이 남한사회 정착에서 경험할 문화적 적응과정에 대한 이해를 증진시키기 위해, 북한 이탈주민들의 스트레스 대처양식을 조사 분석하여, 남한주민들을 대상으로 실시된 기존연구의 결과들과 비교 그 의미를 논의하였다. 상황적 특성에 따른 스트레스 대처방식을 측정하는 척도를 수정 사용하여, 다양한 스트레스 유발 원인(내부/외부, 영속/일시, 대인/개인)에 의한 가상 스트레스 상황에서 북한 이탈주민들의 대처방식(적극/소극, 접근/회피, 인지/정서/행동)을 조사하였다. 연구 결과에 따르면, 동일한 연구방법을 이용하여 남한주민들을 대상으로 기존의 연구결과(한성열, 허태균, 채정민, 김동직, 2001)에서 보고된 결과들, 즉 남한주민들이 스트레스 상황에 따라 선호하는 대처방식과 부분적으로 차이가 있었다. 예를 들어, 일시적인 요인에 의한 스트레스 상황에서는 우울 정도(CES-D의해 측정된)가 낮은 북한 이탈주민들이 적극적이고 접근적인 행동적 대처방식을 더 선호하였고, 외부적인 요인에 의한 상황에서는 적극적인 대처와 접근적인 대처를 더 선호하는 것으로 밝혀졌다. 더 나아가, 개인적인 또는 대인관계에서 비롯된 스트레스 상황에서 선호되는 대처방식에도 차이가 있었다. 마지막으로, 이러한 차이가 단기적으로 북한 이탈주민들의 적응과 장기적으로 미래의 통일과정에서의 심리적 갈등을 준비하는 관점에서 본 연구의 제안점과 한계점이 논의되었다.

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폐경에 대한 적응 과정 (Adaptation Process to Menopause)

  • 이미라
    • 대한간호학회지
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    • 제24권4호
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    • pp.623-634
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    • 1994
  • Although the average menopausal age has not changed, women's life span has increased. Today's women live longer after their menopause than those in the past, and this calls for attention in both nursing and medical fields. Many studies have revealed how women reacted to menopause and suffered from it. But they did not discriminate the menopausal meaning and effects from the climacteric phenomena. So, this author tried to clarify what menopause itself meant to the climacteric women, by means of grounded theory methodology. The interviewees were 21 women, whose ages were between 46 and 60 years. They were selected by theoretical sampling technique, and the author tried to include all levels of important variables such as age, educational background, religion and job. Data were collected by the author through in -depth interviews and observations in July, 1994. The interviews were mostly done in the homes of the subjects, or in some cases at the author's office or in a hospital. Interviews took from 30 minutes to 2 hours. Interviews were tape recorded and transcribed later by a research assistant. Data were analyzed as gathered, by the constant comparative method proposed by Strauss and Corbin. Eleven concepts were discovered from the data, and they were grouped under six higher order categories. These six categories were "to give menopause a meaning", "to experience value change", "to have self-help strategies", "to have no strategies", "to live a life worth living", "to have a sense of powerlessness" Among these "to experionce value change" was . selected as the core category. Five major categories were systematically integrated around the core category. Women's adaptation to menopause was defined as proceeding as follows : Most women felt relief and sorrow at the same time when they faced menopause, and some only sorrow or agony. Then, they consulted with others about menopausal symptoms, or tried to think of them by themselves. Finally, they gave menopause a meaning, which was that menopause and its symptoms were natural phenomena. But menopause made women reflect on them-selves and their past lives. As they reflected on themselves, their value on life began to change. As their value changed, some women seeked self help strategies. Those self help strategies were what they had learned from collegues, professionals or mass media. The quality of their lives depended on whether they practiced self help strategies or not. Three types of lives were found. Twelve women enjoyed a life worth living, and practiced the self help strategies, because they accepted menopause a chance to change. They were characterized by a high educational level, having a professional job and a sincere faith in God. Seven women were living as usual, because they did not have the necessity to change. They were high school graduates and house wives. Two women recognized menopause a chance to change, but they did not try self help strategies. Their characteristic was low educational level. Those who did not try self help strategies complained of powerlessness to varying degrees. The educational background, full-time jobs and faith helped women adapt to menopause positively. But social support was not helpful to women's adaptation to menepause. Three hypotheses were derived from the analysis. (1) The higher the educational level, the more theneed to change. (2) Women with higher educational background will practice self help strategies more than those with lower edcational background. (3) The more women practice self help strategies, the worthier lives they will live. Suggestions for further studies are as follows. (1) Studies to test hypotheses are needed. (2) A study to find the relationship between the degree of practicing self help strategies and locus of control. (3) Spiritual approaches would better be applied to help menopausal women. (4) Education through mass media should be given mere frequently.

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벼 RIL집단의 유전 분석과 농업형질 분석을 통한 도열병 저항성 QTL 탐색 및 유망계통 선발 (Genetic and Agronomic Analysis of a Recombinant Inbred Line Population to Map Quantitative Trait Loci for Blast Resistance and Select Promising Lines in Rice)

  • 하수경;정지웅;정종민;김진희;모영준
    • 한국작물학회지
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    • 제65권3호
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    • pp.172-181
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    • 2020
  • 고시히카리는 도열병과 쓰러짐에 약하지만 밥맛 좋은 쌀로 유명하고, 육성된 지 60년이 넘은 지금까지도 일본에서 가장 많이 재배되는 품종이다. 고시히카리에 도열병에 강하면서 생육이 빠른 백일미를 교배한 RIL집단(KBRIL)에서 도열병 저항성에 대한 유전분석을 수행하여 저항성 유전자의 염색체 상 위치를 규명하고, 고시히카리의 우수한 미질을 보유하면서 도열병에도 강한 계통을 선발하기 위해 본 연구를 수행하였다. 주요 결과는 다음과 같다. 1. 고시히카리×백일미 RIL 394계통과 모·부본의 도열병 저항성(전주, 남원) 및 주요 농업형질을 조사하고, 유전 분석을 위해 사용된 142계통으로 총 130개 SNP 마커, 1,272.7cM의 유전자지도를 작성하였다. 도열병 저항성 QTL 분석 결과 전주에서는 1번 염색체의 qBL1.1이, 남원에서는 전주와 동일한 qBL1.1과 추가로 2번 염색체의 qBL2.1이 탐지되었다. 2. RIL 394계통의 qBL1.1과 qBL2.1 유전자형을 도출하고 각 QTL의 백일미 대립인자 집적에 의한 도열병 저항성 강화 효과를 관찰하였다. 전주에서는 qBL1.1의 경우에만 백일미 대립인자 집적에 의하여 도열병 저항성이 강화되었다. 반면 남원에서는 qBL1.1, qBL2.1 모두 백일미 대립인자가 집적될 때 도열병 저항성이 강화되었다. qBL1.1, qBL2.1은 출수기, 간장, 수장, 수수를 포함한 주요 농업형질에는 영향을 미치지 않았다. 3. 고시히카리×백일미 RIL 394계통 중에서 출수기와 간장을 기준으로 고시히카리와 유사하면서 도열병에 약/강한(KS/KR) 계통과 백일미와 유사하면서 도열병에 강한(BR) 계통을 각 15계통씩 선발하였다. KR 그룹은 완전 미율이 가장 우수하여 밥맛 검정, 수량성 등 추가조사를 통해 고시히카리의 우수한 밥맛을 지니면서 도열병 저항성을 보유한 고품질 밥쌀용 품종개발에 활용할 계획이다. 또한 BR그룹은 미질이 우수하면서 출수가 빠른 고품질 품종 개발에 유용할 것으로 기대된다.

한우에서 모색관련 유전자 변이에 관한 연구 (Investigation of Coat Color Candidate Genes in Korean Cattle(Hanwoo))

  • 도경탁;신희영;이종혁;김내수;박응우;윤두학;김관석
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제49권6호
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    • pp.711-718
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    • 2007
  • 본 연구는 한우의 모색발현에 정확히 어떤 유전자가 어떤 유전기작에 의해 관여하고 있는가를 규명하고자 황갈색의 모색을 지닌 한우와 검정모색을 지닌 홀스타인과의 교배를 통해 만든 F2집단의 DNA를 이용하여, MC1R, ASIP 및 TYRP1 유전자형과 한우모색 발현양상을 연관분석 하였으며, 또 한우 집단내에서의 이들 유전자형 빈도를 조사하여 황갈색 한우모색 다양성과 후보유전자 변이의 연관성연구에 필요한 정보를 제공하고자 하였다. MC1R 유전자의 경우 황갈색을 지닌 3두의 유전자형은 모두 e/e 형으로 밝혀졌으며, 검정모색을 지니고 태어난 나머지 3두의 두 좌위에서의 유전자형은 ED/e임을 확인하였는데 황갈색과 검정모색의 비율이 1:1로 나온다는 것은 MC1R 단일유전자가 한우의 모색에 중요한 영향을 미치는 것으로 사료된다. MC1R 이외의 모색발현에 영향을 줄 수 있는 ASIP와 TYRP1 유전자들은 F2 집단에서 염기서열을 분석한 결과 이들 유전자들이 한우 황갈색모색에 주된 영향을 미치지 않는 것으로 나타났다. 하지만 TYRP1 유전자에서 발견된 329번 (Glu329Lys) 아미노산 변이는 TYRP1 단백질의 구조와 화학적 성질에 영향을 줄 수 있는 것으로 사료되어 한우집단에서 황갈색바탕의 모색변이에 영향을 줄 수 있는지에 대한 추가적인 연구가 이루어져야 할 것이다.

경기도 식중독에서 분리된 Clostridium perfringens의 유전적 특성 분석 (Genetic diversity of Clostridium perfringens form food-poisoning outbreak in Gyeonggi-do, 2013-2014)

  • 박성희;최옥경;정진아;김운호;이예은;박광희;윤미혜
    • 미생물학회지
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    • 제52권3호
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    • pp.286-297
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    • 2016
  • 질병관리본부에서 2012년 이후 수인성식품매개질환 실험실 진단실무지침에 cpb2 유전자를 포함시킨 후, 2013-2014년 경기도의 C. perfringens에 의한 식중독이 원인불명을 제외하고 가장 많이 발생되었으며, 그 발생률이 2011-2012년에 비해 큰 폭으로 증가하였다. 따라서 경기도내 유행하는 toxinotype을 파악하고, PFGE, MLST를 통해 이들의 분자역학적 연관성을 연구함으로서 C. perfringens에 의한 식중독 발생 시 역학조사 기초자료로 활용하고자 하였다. 2013-2014년 경기도에서 분리된 120주의 C. perfringens 중 cpe 보유균주는 49주, cpb2 보유균주는 71주였다. 발생건별로 살펴보면, cpe 단독발생건은 2건(10주), cpb2 단독발생건은 7건(45주), cpe, cpb2 혼합발생건은 7건(65주)로 cpb2 단독발생과 cpe, cpb2 혼합발생이 대부분을 차지하였다. Toxinotype PCR 결과, 120주 모두 C. perfringens에 의한 식중독의 주요 타입인 A로 밝혀졌다. PFGE 분석 결과, 53.5-100%의 유사도와 75 유형으로 나뉘었다. 65% 이상을 기준으로 했을 때 5가지 그룹으로 나뉘어졌다. A, C, D, E 그룹은 1개의 균주를 제외하고 모두 cpb2 보유균주로 이루어졌고, B 그룹은 1개의 균주를 제외하고 모두 cpe 보유균주로 구성되었다. 2014년 안산상록구 식중독 4주와 2014년 수원 권선구 식중독 3주를 제외하고, 64 cpb2 보유균주들은 대부분 다양한 유전자패턴을 보였다. 41 cpe 보유균주 중 3개의 균주를 제외하고, 2013년 부천원미구, 성남분당구, 2014년 안산상록구, 평택, 김포, 화성 식중독 모두 각각 동일한 유전자 패턴을 보였다. 2013 수원영통구 식중독은 2가지 cpe 유전형 패턴을 보였다. MLST 분석 결과, 크게 P-cpe 및 cpb2 그룹과 C-cpe 그룹으로 나뉘어 졌고, 세세하게 11개의 cluster로 나뉘어졌다. 경기도에서 분리된 31개 균주 중, 16 cpb2 보유균주와 2014-06-03 cpe 보유균주는 1-7 cluster에 속해있었고, 14 cpe 보유균주는 모두 8-11 cluster에 속해있었다. 하나의 cpe 보유균주를 포함하여 cpb2 보유균주들은 P-cpe 그룹과 건강한 사람에서 분리된 cpb2 그룹들 사이에 산재되어 cluster되었고, cpe 보유균주는 C-cpe 그룹에 속해있었다. 2014-06-03주의 cpe gene은 plasmid에 존재하고, 나머지 cpe 보유균주의 cpe gene은 모두 chromosome에 존재함을 추정 할 수 있었다. PFGE 및 MLST 분석 결과, cpe 보유균주에 비해 cpb2 보유균주가 훨씬 다양하고 복잡한 유전자패턴을 나타내며, cpe 유전자 보유균주의 경우 단일 유전자형이거나 유사도가 높은 유전자형으로 이루어져 있음을 알 수 있었다. cpe 보유균주의 경우 집단식중독의 원인균 파악이 용이하였으나, cpb2 보유균주의 경우 2 발생건을 제외하고 역학적인 연관성이 낮음을 확인 할 수 있었다.

DNA 마커를 이용한 벼멸구 저항성 선발 및 복합내병충성 벼 계통 육성 (Marker Assisted Selection of Brown Planthopper Resistance and Development of Multi-Resistance to Insect and Diseases in Rice (Oryza sativa L.))

  • 이종희;여운상;조준현;이지윤;송유천;신문식;강항원;손재근
    • 한국육종학회지
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    • 제43권5호
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    • pp.413-421
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    • 2011
  • 본 연구에서는 관행의 교배육종과 DNA 마커를 이용한 MAS의 접목을 통하여 벼멸구 저항성과 관련된 단점을 보완하고, 효율적으로 도열병, 줄무늬잎마름병, 흰잎마름병, 벼멸구, 끝동매미충 저항성이 집적된 복합내병충성 우량계통을 육성하고자 수행하였다. 교배모본으로는 완전미율이 높고, 끝동매미충에 저항성인 '남평'과 단간이면서 흰잎마름병에 저항성인 '주남'을 반복친으로 사용하였고, 벼멸구저항성 유전자 Bph1을 가지고 있지만 간장이 크고 재배안전성이 미흡한 '밀양220호'를 공여친으로 사용하였다. 벼멸구 저항성 연관마커 RM28493을 이용하여 $BC_1F_1$$BC_2F_1$ 세대에서 MAS로 저항성 개체 선발과 여교잡을 수행하였으며, 복교잡 $F_1$ 세대에서 MAS를 통한 벼멸구 저항성이 고정된 계통을 선발하였다. 고세대 계통에서 생물검정을 통하여 흰잎마름병, 끝동매미충에 저항성인 계통을 선발하였다. MAS와 생물검정을 통해 도열병, 흰잎마름병, 줄무늬잎마름병, 벼멸구 및 끝동매미충에 저항성인 85개의 복합내병충성계통을 선발하였다. 복합내병충성 계통의 간장, 완전미율 및 수량은 각각 71~88 cm, 51~93%, 449~629 kg/10a 사이에 분포하였다. 복합내충성계통중 간장, 완전미율 및 수량이 남평벼와 비슷한 계통을 선발하여 '밀양265호'로 명명하였다. 최종적으로 본연구에서는 기존의 교배육종과 분자육종의 접목을 통하여 복합내병충성 우량계통을 육성하였으며, 이는 금후 유용교배모본으로 활용될 것으로 기대된다.