• 제목/요약/키워드: Restriction map

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Genetic Mapping of Resistant Genes in Brassica pekinensis Against Plasmodiophora brassicae Race 6

  • Lee, Gung-Pyo;Baek, Nam-Kwon;Park, Kuen-Woo
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제18권5호
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    • pp.266-270
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    • 2002
  • Inbred lines of Chinese cabbage KU-101 (resistant line against Plasmodiophora brassicae race race 6) and CS-113 (susceptible line) were crossed and their progeny lines F$_1$, BC$_1$F$_1$, F$_2$, and F$_3$ were produced for the construction of the genetic linkage map of R brassicae race 6-resistant Brassica campestris ssp. pekinensis genome. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) was applied to compare between parents and their f$_2$ progenies with a total of 192 probes and 5 restriction enzymes. The constructed RFLP map covered 1,104 cM with a mean distance between genetic marker of 8.0 cM, and produced 10 linkage groups having 121 genetic loci. The loci of P. brassicae race 6 (CR6)-resistant Brassica genome were determined by interval mapping of quan-titative trait loci (QTL), which resulted from bioassay using the same race of the fungi in P3 population. Resistant loci were estimated in numbers 1 (Gl) and 3 (G3) linkage groups. In the regression test, Gl had a value of4.8 logarithm of odd (LOD) score, while C3 had values of 4.2-7.2. Given these results, the location of the CR6-resistant loci within the Brassica genome map can now be addressed.

Genome Mapping of an Extreme Thermophile, Thermus caldophilus GK24

  • Park, Jong Hoon;Park, Byung Chul;Koch, Suk Hoon;Kim, Joong Soo;Koh, Jeong Heon;Yang, Moon Hee;Kim, Yong Sung;Kim, Cheorl Ho;Kim, Myoung Hee;Kwon, Suk Tae;Lee, Dae-Sil
    • Genomics & Informatics
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    • 제1권1호
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    • pp.50-54
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    • 2003
  • Genome of an extreme thermophile, Thermus caldophilus GK24 has been analyzed to construct the genomic map. The genomic DNAs encapsulated in agarose gel were digested with SspI, EcoRI, SpeI, and HpaI restriction endonucleases, and then the resulting genomic DNA fragments were analyzed by pulsed-field gel electrophoresis. Its restriction map has been constructed by analyzing sizes of the restriction fragments obtained from both complete and partial digestions. The circular form of its genome was composed of about 1.98 Mbp and a megaplasmid. The genomic loci for the genes of xylose isomerase, thioredoxin, tRNA-16S rRNA, 23S rRNA, L5 ribosomal protein, ADP-glucose pyrophosphorylase, DNA-ligase, and Tca DNA polymerase were determined by both Southern hybridization and PCR.

위치 정보 검색을 위한 모바일 벡터 지도 일반화 연산 알고리즘 연구 (Study on Algorithms of Mobile Vector Map Generalization Operators for Location Information Search)

  • 김현우;최진오
    • 한국정보통신학회:학술대회논문집
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    • 한국해양정보통신학회 2005년도 춘계종합학술대회
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    • pp.167-170
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    • 2005
  • 모바일 환경에서 벡터 지도 서비스를 위해서는 지도 일반화(map generalization) 과정을 통한 지도 간소화 작업이 지도 인지도를 높이는데 큰 도움이 된다. 일반화 연산은 selection, aggregation, simplification, displacement 등 다양하지만 아직 정형화된 연산 알고리즘이 확립되지 못하고 있다. 그 이유는 지도 일반화 알고리즘을 위해서는 자동화되기 어려운 상당한 전문적 지식과 판단이 필요하기 때문이다. 본 논문은 기존의 시도된 일반화 연산 알고리즘들에 기초하여 모바일 환경에 적합한 알고리즘을 고찰하고 제시한다. 복잡한 공간 객체를 제한된 자원의 모바일 기기에 효율적으로 출력하기 위한 다양한 접근 방법을 모바일 환경에 적용하는 과정을 보인다.

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Pseudomonas sp. W7로부터 Agarase 유전자의 Cloning 및 Escherichia coli에서의 발현

  • 하정철;김구택;김성구;유주현;공인수
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제23권6호
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    • pp.665-670
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    • 1995
  • A marine bacterium which produces extracelluar agarase was isolated from sea water. Isolated strain was identified as Pseudomonas sp. by the morphological and biochemical properties (1). HindIII restriction fragment of 3.2 kb from Pseudomonas genomic DNA was cloned into pUC19 to obtain recombinant plasmid pJA1 which enables E. coli JM83 to produce agarase. Most of agarase produced in E. coli was secreted into the culture medium. The enzyme (pJA1) showed the highest agarase activity during the stationary phase (20 hrs) of E. coli. The optimum temperature and pH were 40$\circ$C and 7.8, respectively. Restriction gene map anlaysis revealed that it has different restriction pattern with three kind of agarase gene reported.

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모바일 GIS를 위한 공간 데이터 간소화 기법 (Spatial Data Simplification Methods for Mobile GIS)

  • 김종민;최진오
    • 한국정보통신학회:학술대회논문집
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    • 한국해양정보통신학회 2003년도 춘계종합학술대회
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    • pp.481-484
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    • 2003
  • 모바일 환경에서 지도 서비스를 위해서는 휴대 단말기의 제한된 자원(resources)을 고려한 접근방법이 요구된다. 모바일 서비스 전용 지도 데이터베이스를 별도로 개발하여 사용하지 않는다면 지도 데이터를 축소하여 휴대 단말기로 전송할 필요가 있다. 본 논문은 기존의 유선 지도 데이터베이스로부터 검색한 지도를 휴대 단말기에 출력이 가능하도록 데이터를 축소하는 기법을 제안한다. 이 공간데이터 축소 기법은 Generalization 연산에 기반하여 휴대폰 환경에 적합하도록 변형된다.

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대장균 내에서의 Bdi I Methylase 유전자의 클로닝과 발현 (Cloning and Expression of the Bdi Methylase Gene in E. coli)

  • 전희숙;김용석;최경래;노현모
    • 미생물학회지
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    • 제25권1호
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    • pp.40-45
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    • 1987
  • B Brevibacterium divaricatum FERM 5948 균주로부터 Bdi I RIM 체계에 속하는 BdiI methylase 유천자를 클로닝하여 발현을 조사하였다. Bdi I methylase 유전자의 클로닝을 위해 pBR 322의 EcoRI, BamHl, Sal I 3 군데의 클로닝 site를 이 용했고 1 차 형질전환후 나온 플라스미드를 BdiI으로 자른 뒤 ligation 시키지 않고 형질전환시키는 방법을 이용하였다. 유전 자을 가지는 행질전환체의 선별은 Bdi I methylase에 의해 수정된 채조합 플라스미드는 BdiI 제한효소에 방호된다는 것에 기 초하여 선별하였는데 5.6kb의 EcoRI insert DNA를 가지는 pBDIM 116이 Bdil methylase 유전자플 가지는 것으로 판명 되었다. pBDIM 11&을 가지는 숙주셰포에서 추출한 추출용액에는 S-adenosylmethionine이 있으면 BdiI의 인지부위인 A ATCGAT에만 특정한 methylase 활성이 측정되였다. 11개의 제한효소를 이용하이 제한효소지도를 작성하였고, BdiI r restriction -modification 체계에 관해서 도 논의하였다.

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Staphylococcus aureus DH1에서 분리된 Macrolide-Lincosamide-Streptogramin B 계열 항생물질에 대한 저항성 인자의 특성과 염기서열 (Nucleotide Sequence and Properties of Macrolide-Lincosamide-Streptogramin B Resistance Gene from Staphylococcus aureus DH1)

  • 권동현;박승문;윤권상;변우현
    • 미생물학회지
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    • 제28권1호
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    • pp.27-34
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    • 1990
  • 지속성 및 유발성 발한의 두 macrolide-lincosamide-streptogramin B 저항성 인자가 한 Staphylococcus aureus DHI 균주의 염색체 DNA 및 plasmid pDE1(7.4kb)로부터 각각 분리되었다. pDE1상의 유발성 Em 저항성 인자의 염기서열은 이미 보고 된 바 있는 pE194상의 ermC와 동일하였으며 지속성 Em 저항성 인자의 경우는 그 제한효소 인식부위의 mapping 결과로 보아 ermCdb전자에서 유발성 기구에 관여하는 leader peptide 부위가 결여된 인자인 것으로 밝혀졌다.

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대장균의 acetyl CoA carboxylase유전자의 클로닝 (Cloning of Acetyl CoA Carboxylase (fabE) in Escherichia coli)

  • 박완;송방호;홍순덕
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제14권2호
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    • pp.181-186
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    • 1986
  • 대장균 염색체의 acetyl CoA carboxylase (fabE)영역 (염색체 지도상 72분 영역)의 유전자를 가진 결함형질도입 파아지를 분리했다 이 형질도입 파아지로부터 20 Md의 염색체 유래의 DNA를 분리하여 제한효소 지도를 작성했으며 이 영역에는 제한효소 Eco RI의 절단부위는 없었다. 형질도입 파아지 DNA의 제한효소 분해산물들은 pACYC 184 플라스미드 벡터에 재클로닝하여 fab E의 온도감수성 변이를 회복할 수 있는 수 종류의 플라스미드를 분리했다. 이들 플라스미드를 분석하여 fab E 유전자는 7, 4Md Bel II 단편상의 Hind III의 절단부위를 가진 3.4 Md Ban HI-Sal I 단편내에 존재함을 밝혔다.

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