• 제목/요약/키워드: Restricted Partition Method

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제한된 분할방법과 한우 경제형질에서 유전자들간의 상호작용 (Restricted partition method and gene-gene interaction analysis with Hanwoo economic traits)

  • 이제영;김동철
    • Journal of the Korean Data and Information Science Society
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    • 제20권1호
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    • pp.171-178
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    • 2009
  • 제한된 분할방법은 어떤 개체의 표현형을 가장 많이 설명할 수 있는 multilocus 유전자형들의 분할된 그룹을 찾는 것이며 연속형 데이터에 적합하다. 또한 이 방법은 인간의 여러 질병에 영향을 주는 유전자를 찾는 방법으로 주로 이용된다. 그러나 본 연구에서는 제한된 분할 방법을 인간의 질병뿐만 아니라 가축의 경제형질에도 적용할 수 있는 것을 보이기 위해 한우의 여러 경제형질인 등심단면적, 도체중과 일당증체량에 영향을 주는 유전자를 규명해 보았다. 그 결과 모든 경제형질에 영향을 주는 유전자로는 SNP (19_1)$^*$SNP (28_2)의 상호작용이 가장 좋은 SNP로 선정되었다. 따라서 이 유전자 SNP (19_1)$^*$SNP (28_2)가 한우의 경제형질에 가장 많은 영향을 준다는 것을 규명하였으며 제한된 분할 방법이 가축의 경제형질에도 적용할 수 있다는 것을 보였다.

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A Restricted Partition Method to Detect Single Nucleotide Polymorphisms for a Carcass Trait in Hanwoo

  • Lee, Ji-Hong;Kim, Dong-Chul;Kim, Jong-Joo;Lee, Jea-Young
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제24권11호
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    • pp.1525-1528
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    • 2011
  • The purpose of this study was to detect SNPs that were responsible for a carcass trait in Hanwoo populations. A non-parametric model applying a restricted partition method (RPM) was used, which exploited a partitioning algorithm considering statistical criteria for multiple comparison testing. Phenotypic and genotypic data were obtained from the Hanwoo Improvement Center, National Agricultural Cooperation Federation, Korea, in which the pedigree structure comprised 229 steers from 16 paternal half-sib proven sires that were born in Namwon or Daegwanryong livestock testing station between spring of 2002 and fall of 2003. A carcass trait, longissimus dorsi muscle area for each steer was measured after slaughter at approximately 722 days. Three SNPs (19_1, 18_4 and 28_2) near the microsatellite marker ILSTS035 on BTA6, around which the quantitative trait loci (QTL) for meat quality were previously detected, were used in this study. The RPM analyses resulted in two significant interaction effects between SNPs (19_1 and 18_4) and (19_1 and 28_2) at ${\alpha}$ = 0.05 level. However, under a general linear (parametric) model no interaction effect between any pair of the three SNPs was detected, while only one main effect for SNP19_1 was found for the trait. Also, under another non-parametric model using a multifactor dimensionality reduction (MDR) method, only one interaction effect of the two SNPs (19_1 and 28_2) explained the trait significantly better than the parametric model with the main effect of SNP19_1. Our results suggest that RPM is a good alternative to model choices that can find associations of the interaction effects of multiple SNPs for quantitative traits in livestock species.

한정된 그룹 이동에 의한 위상 기반 회로 분할 방법 (A Topology Based Partition Method by Restricted Group Migration)

  • 남민우;최연경;임종석
    • 전자공학회논문지C
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    • 제36C권1호
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    • pp.22-33
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    • 1999
  • 본 논문에서는 다중의 FPGA 칩과 연결 전용 칩으로 구성되어 있는 프로그래밍이 가능한 PCB(Programmable Circuit Board)를 대상으로 주어진 회로를 분할하는 새로운 회로 분할 방법을 제안한다. 여기서 칩들간에는 상호 연결 가능한 배선 위상이 정해져 있으며 사용할 수 잇는 연결선의 수가 고정되어 있다. 그러므로 회로를 PCB상의 다중의 FPGA 칩으로 분할하기 위해서는 기존의 분할 방법과는 달리 칩들간의 연결선에 대한 제한 조건을 고려하여야 하며 이를 위하여 본 논문에서는 주어진 PCB의 모든 제한조건을 고려한 분할 방법을 제안한다. 또한 분할 속도를 개선하면서 보다 좋은 분할 결과를 얻기 위하여 다단계의 클러스터 트리를 생성하여 계층적 분할을 수행한다. 다수의 벤치마크 회로에 대하여 실험한 결과 입력회로들은 주어진 제한 조건들을 모두 만족하면서 분할되었으며 기존의 다중 분할 방법과 비교한 결과에서는 칩간의 연결선의 수가 최대 10 % 적게 사용되었다.

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일반화된 지수귀문도의 해를 구하는 방법에 관한 연구 (A study on finding solutions to generalized Jisuguimundo(hexagonal tortoise problem))

  • 박교식
    • 한국학교수학회논문집
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    • 제14권3호
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    • pp.261-275
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    • 2011
  • 최석정의 지수귀문도는 비교적 최근에 재조명되기 시작했고, 그동안 지수귀문도의 해를 구하려는 노력이 있었다. 88~92 그리고 94~98의 마법수에 한정해서 H-교호법을 사용하여 지수귀문도의 해를 구하는 것이 수학적으로 가능하다. 본 연구에서는 $n{\times}n$ 지수귀문도를 정의하고, H-교호법을 사용하여 $n{\times}n$ 지수귀문도에서 분할 $({\upsilon}+1)+{\upsilon}+({\upsilon}+1)$과 그것의 여분할 ${\upsilon}+({\upsilon}+1)+{\upsilon}$에 대해, 분할 $({\upsilon}+1)+({\upsilon}-1)+({\upsilon}+1)$과 그것의 여분할 $({\upsilon}-1)+({\upsilon}+1)+({\upsilon}-1)$에 대해, 분할 $({\upsilon}+1)+({\upsilon}+2)+({\upsilon}+1)$과 그것의 여분할 $({\upsilon}+2)+({\upsilon}+1)+({\upsilon}+2)$에 대해, 분할 $({\upsilon}+1)+({\upsilon}+3)+({\upsilon}+1)$과 그것의 여분할 $({\upsilon}+3)+({\upsilon}+1)+({\upsilon}+3)$에 대해 일반화된 지수귀문도의 해를 항상 구할 수 있다는 것을 보였다. 그리고 일반화된 지수귀문도의 해를 구하는 것을 중등수학교육과 중등 영재수학교육에서 문제해결의 과제로 활용할 것을 제안했다.

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Estimation of Interaction Effects among Nucleotide Sequence Variants in Animal Genomes

  • Lee, Chaeyoung;Kim, Younyoung
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제22권1호
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    • pp.124-130
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    • 2009
  • Estimating genetic interaction effects in animal genomics would be one of the most challenging studies because the phenotypic variation for economically important traits might be largely explained by interaction effects among multiple nucleotide sequence variants under various environmental exposures. Genetic improvement of economic animals would be expected by understanding multi-locus genetic interaction effects associated with economic traits. Most analyses in animal breeding and genetics, however, have excluded the possibility of genetic interaction effects in their analytical models. This review discusses a historical estimation of the genetic interaction and difficulties in analyzing the interaction effects. Furthermore, two recently developed methods for assessing genetic interactions are introduced to animal genomics. One is the restricted partition method, as a nonparametric grouping-based approach, that iteratively utilizes grouping of genotypes with the smallest difference into a new group, and the other is the Bayesian method that draws inferences about the genetic interaction effects based on their marginal posterior distributions and attains the marginalization of the joint posterior distribution through Gibbs sampling as a Markov chain Monte Carlo. Further developing appropriate and efficient methods for assessing genetic interactions would be urgent to achieve accurate understanding of genetic architecture for complex traits of economic animals.

마커 클러스터링을 이용한 유역변환 기반의 질감 분할 기법 (A Watershed-based Texture Segmentation Method Using Marker Clustering)

  • 황진호;김원희;문광석;김종남
    • 한국멀티미디어학회논문지
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    • 제10권4호
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    • pp.441-449
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    • 2007
  • 영상 분할을 위한 클러스터링에서는 방대한 계산량과 전형적인 분할 오류가 중요한 문제점으로 지적되어 왔다. 본 연구에서는 이러한 문제들을 최소화하기 위한 새로운 기법을 제안한다. 마커-제어 유역변환(marker- controlled watershed transform)에서 마커는 영역 확장의 시작점이므로, 분할된 각 영역을 대표하는 성질을 가진다. 따라서 마커 화소로 제한하는 클러스터링으로 계산 복잡도를 줄일 수 있다. 제안한 기법에서는 가보 필터(gabor filter)의 질감 에너지에서 마커를 선택하고, FCM(fuzzy c-means) 클러스터링으로 마커의 군집을 형성하며, 유역변환에서 생성된 영역들을 마커의 군집정보를 이용하여 병합한다. Brodatz 영상 조합에 대한 성능 실험에서 클러스터링 특유의 얼룩(blob) 분할 오류를 현저하게 개선하였으며, 영상 분할 소요 시간 비교에서 기존의 FCM 클러스터링 알고리즘보다 소요 시간이 적었다. 또한, 전체적으로 일정한 분할 소요시간을 보여주었다.

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경남 고성 구리광산 지역의 중금속 분산특성과 오염기준: 빈도분석과 확률도의 적용성 (Distribution Properties of Heavy Metals in Goseong Cu Mine Area, Kyungsangnam-do, Korea and Their Pollution Criteria: Applicability of Frequency Analysis and Probability Plot)

  • 나춘기;박현주
    • 한국환경과학회지
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    • 제17권1호
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    • pp.57-66
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    • 2008
  • The frequency analysis and the probability plot were applied to heavy metal contents of soils collected from the Goseong Cu mine area as a statistic method for the determination of the threshold value which was able to partition a population comprising largely dispersed heavy metal contents into the background and the anomalous populations. Almost all the heavy metal contents of soil showed a positively skewed distributions and their cumulative percentage frequencies plotted as a curved lines on logarithmic probability plot which represent a mixture of two or more overlapping populations. Total Cu, Pb and Cd data and extractable Cu and Pb data could be partitioned into background and anomalous populations by using the inflection in each curve. The others showed a normally distributed population or an largely overlapped populations. The threshold values obtained from replotted frequency distributions with the partitioned populations were Cu 400 mg/kg, Pb 450 mg/kg and Cd 3.5 mg/kg in total contents and Cu 40 mg/kg and Pb 12 mg/kg in extractable contents, respectively. The thresholds for total contents are much higher than the tolerable level of soil pollution proposed by Kloke(Cu 100 mg/kg, Pb 100 mg/kg, Cd 3 mg/kg), but those for extractable contents are not exceeded the worrying level of soil pollution proposed by Ministry of Environment(Cu 50 mg/kg, Pb 100 mg/kg). When the threshold values were used as the criteria of soil pollution in the study area, $9{\sim}19%$ of investigated soil population was in polluted level. The spatial distributions of heavy metal contents greater than threshold values showed that polluted soils with heavy metals are restricted within the mountain soils in the vicinity of abandoned mines.

GSIS를 이용한 입지선정에 있어 퍼지공간중첩기법의 적용에 관한 연구 (The application of fuzzy spatial overlay method to the site selection using GSIS)

  • 임승현;조기성
    • 한국측량학회지
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    • 제17권2호
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    • pp.177-187
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    • 1999
  • 현재까지 GSIS를 이용하는 많은 응용분야에서 각종 공간자료의 추출 및 분석을 위해 벡터형 공간중첩(spatial overay)이나 격자형 공간연산(spatial algebra)기능이 주로 사용되었다. 하지만 이런 방법에 내재하고 있는 개념은 전통적인 보통집합이론에 근거하고 있기 때문에 많은 종류의 공간자료들이 구간설정에 있어서 예리한 경계로 분할되는 것으로 다루어지고 있다. 이것은 현실 세계에 존재하는 실제 자료들의 공간분포패턴과 일치하지 않는다. 즉, 공간상에 일정영역이나 실체들이 오직 한가지 속성으로 한정되는(one-entity-one-value)오류를 그대로 포함하고 있다. 본 연구는 이러한 보통집합의 개념하에서 공간자료를 다루어 왔던 종래의 방식을 개선하기 위해서 공간자료가 지니는 모호함 내지 경계의 애매성을 잘 표현할 수 있는 퍼지집합의 개념을 두 가지 방법을 통해 공간중첩과정에 도입하였다. 첫 번째 방법은 공간적으로 연속성을 갖는 자료에 대해서 퍼지부분집합에 의한 퍼지구간분할법이며, 두 번째 방법은 범주형 자료에 대해서 적용한 퍼지경계집합법이다. 사례연구로서 신시가지 개발입지선정을 위한 적지분석을 수행을 함으로서 기존의 부울분석방법과 퍼지 공간 중첩법의 결과를 비교하였으며 그 결과, 퍼지공간중첩법에 의한 적합도면이 신시가지 개발입지에 대한 보다 타당성 있는 정보를 제공하며, 더불어 정보표현측면에서도 더욱 적절한 형태임을 알 수 있었다.

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저토피고 대단면 정거장터널의 설계 (Design on the large section of station tunnel under shallow overburden)

  • 정윤영;최해준;김병주;유봉운;김용일;오성진
    • 한국터널지하공간학회 논문집
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    • 제9권2호
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    • pp.171-182
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    • 2007
  • 도심지 개착구간의 교통 및 환경적인 영향을 최소화하기 위하여 단면적 $200\;m^2$ 이상의 정거장터널이 퇴적암반 중에 계획되었으나 토피고가 13 m 이하인 설계조건에 직면하게 되었다. 본 연구에서는 패턴설계가 아닌 시공사례와 아칭효과 발현을 기초로 세 가지 요소 - 단면형상의 영향, 작용하중의 적용방법, 지보방안과 터널안정성분석 - 를 중심으로 설계방향이 논의되었다. 단면형상의 역학적인 영향에 기초하여 기본설계안과 연구단면안이 유도되었고, 지보방안은 터널천반부의 침하방지 및 역학적인 평형상태를 유지하기위한 파이프루프 보조공법과 NATM의 지보원리를 활용하였다. 두 설계안의 비교분석으로부터, 터널라이닝을 개착구조물의 연장선상에서 제약한 설계조건과 터널안정성 및 철근배근의 시공성에 대해 기본설계안이 적합한 방안임을 확인할 수 있었다. 그리고 동일한 건축한계로 아치부의 응력집중이 발생되지 않는 안정적인 응력분포를 나타내는 연구단면안의 분석결과에서 보듯이 향후 대단면터널 설계기술의 향상을 위해 단면형상의 영향과 이완하중의 적용방안이 심도 있게 검토되어야 함을 알 수 있다.

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