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Gramene database: A resource for comparative plant genomics, pathways and phylogenomics analyses

  • Tello-Ruiz, Marcela K.;Stein, Joshua;Wei, Sharon;Preece, Justin;Naithani, Sushma;Olson, Andrew;Jiao, Yinping;Gupta, Parul;Kumari, Sunita;Chougule, Kapeel;Elser, Justin;Wang, Bo;Thomason, James;Zhang, Lifang;D'Eustachio, Peter;Petryszak, Robert;Kersey, Paul;Lee, PanYoung Koung;Jaiswal, kaj;Ware, Doreen
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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    • pp.135-135
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    • 2017
  • The Gramene database (http://www.gramene.org) is a powerful online resource for agricultural researchers, plant breeders and educators that provides easy access to reference data, visualizations and analytical tools for conducting cross-species comparisons. Learn the benefits of using Gramene to enrich your lectures, accelerate your research goals, and respond to your organismal community needs. Gramene's genomes portal hosts browsers for 44 complete reference genomes, including crops and model organisms, each displaying functional annotations, gene-trees with orthologous and paralogous gene classification, and whole-genome alignments. SNP and structural diversity data, available for 11 species, are displayed in the context of gene annotation, protein domains and functional consequences on transcript structure (e.g., missense variant). Browsers from multiple species can be viewed simultaneously with links to community-driven organismal databases. Thus, while hosting the underlying data for comparative studies, the portal also provides unified access to diverse plant community resources, and the ability for communities to upload and display private data sets in multiple standard formats. Our BioMart data mining interface enable complex queries and bulk download of sequence, annotation, homology and variation data. Gramene's pathway portal, the Plant Reactome, hosts over 240 pathways curated in rice and inferred in 66 additional plant species by orthology projection. Users may compare pathways across species, query and visualize curated expression data from EMBL-EBI's Expression Atlas in the context of pathways, analyze genome-scale expression data, and conduct pathway enrichment analysis. Our integrated search database and modern user interface leverage these diverse annotations to facilitate finding genes through selecting auto-suggested filters with interactive views of the results.

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통합자원관리시스템을 이용한 예약 기반의 네트워크 자원 할당 테스트베드 망 (A Reservation based Network Resource Provisioning Testbed Using the Integrated Resource Management System)

  • 임헌국;문정훈;공정욱;한장수;차영욱
    • 한국통신학회논문지
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    • 제36권12B호
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    • pp.1450-1458
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    • 2011
  • 연구망에서 융합망이란 의료, 바이오, 항공우주, e-Science 분야 등의 응용 연구자들에게 슈퍼컴퓨터, 클러스터 등의 컴퓨팅 자원을 네트워크 자원과 동시에 동적으로 제공해 줄 수 있는 환경을 의미한다. 한국을 대표하는 연구망인 KREONET은 2008년도부터 융합망 프로젝트를 통해 다음과 같은 기술을 개발하고 있다. 먼저 이기종 네트워크 환경에서 동적으로 연결 지향형 네트워크를 구성 할 수 있는 제어평면 기술을 제공하고 있으며, 그와 더불어 사용자가 원하는 시간 때에 컴퓨팅 자원 및 네트워크 자원을 예약, 할당해 줄 수 있는 통합자원관리시스템 기술을 개발하고 있다. 본 논문에서는 개발되어진 통합자원관리시스템을 이용허여 네트워크 자원의 예약 및 할당이 가능한 테스트베드 네트워크를 소개한다. 사용자로부터 제공 되어진 예약정보를 받아 GRS와 NRM 간에, NRM와 라우터 간에 각각 GNSI, GUNI 인터페이스 메시지를 통해 네트워크 자원을 예약 할당 할 수 있다. 예약 시각의 시작시점에 NRM으로부터 GUNI 인터페이스 메시지가 각 라우터에 전달되어지고 할당된 LSP (Label Switched Path) 경로를 통해 트래픽이 전송됨을 확인하였다.

부분 간절제술을 시행한 랫드에서 간재생에 관한 이과두주 급성투여에 따른 영향 (Effects of acute LeeKwaDoo administration on liver regeneration induced by partial hepatectomy in rats)

  • 조진연;송지예;안재범;김현석;김민수;임현;임준성;신동석;김현철;정기수;신명균;이민재
    • 한국동물위생학회지
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    • 제29권1호
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    • pp.55-63
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    • 2006
  • Alcoholism and alcohol abuse are major public health concerns. This is linked to the injury of many organs, especially liver. Experiments were peformed to know the acute effects of LeeKwaDoo (LKD) induced by two-third partial hepatectomy (PH) in rats. In liver samples, regeneration parameters and histological assessment were performed. For the blood biochemical study, the blood were assayed with AST, ALT. The portal branch of liver lobes was ligated in the male Sprague-Dowley rats, two-thirds partial hepatectomies were also performed. It was estimated bodyweight and relative liver weight for the index of liver mass. For the marker of blood chemistry, we investigate the serum sample of rats and demonstrated the level of AST, ALT. Remaining tissues of liver developed as microscopic structures. Resection of the lobes in PH+LKD group resulted in a marked change of liver weight, blood chemistry and histological changes. The initiation of the proliferative response in PH group stimulated as well as reduction of the liver mass. On the other hands, the Initiation of the proliferative response in PH+LKD group delayed. Eventually, both PH group and PH+LKD group was restored relative liver weigh after 7 day. In conclusion, the acute adminstration of LKD seems to inhibit the initial response of liver regeneration through alcohol effects.

의미적 언어자원을 활용한 과학기술정보 검색 서비스 개선 (Improvement of Science and Technology Information Retrieval Service using Semantic Language Resource)

  • 조민희;최성필;최호섭;윤화묵
    • 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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    • 한국콘텐츠학회 2006년도 추계 종합학술대회 논문집
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    • pp.570-574
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    • 2006
  • 현재 한국과학기술정보연구원의 과학기술정보 포털 서비스는 방대한 전문용어를 포함한 문서를 서비스하고 있으므로 포괄적인 질의어만으로는 사용자의 의도를 반영한 검색 결과를 얻을 수 없다. 따라서 본 연구에서는 의미적 언어자원으로 알려진 사용자 어휘지능망(U-WIN)의 동의어, 유의어, 관련어, 하위어, 상위어 관계 정보를 활용하여 검색어 자동 추천, 관련 단어 제시, 질의어 확장 등을 서비스에 반영하는 사용자 중심의 검색 서비스 요소를 제안한다. 이러한 어휘지능망의 의미 관계 정보를 활용한 서비스 요소를 통해 현재의 과학기술정보서비스의 검색 만족도를 향상시키는 동시에 사용자가 요구하는 정보를 빠르고 정확하게 검색할 수 있는 서비스 환경으로 개선시키고자 한다.

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인터넷 익스플로러에서 사용자 정보 유출 가능성 (Possibility of Disclosure of User Information in Internet Explorer)

  • 이상호;맹영재;양대헌;이경희
    • 한국통신학회논문지
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    • 제38B권12호
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    • pp.937-943
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    • 2013
  • 국내 인터넷 브라우저 시장 점유율 1위인 인터넷 익스플로러의 일부 버전에서 CORS(Cross-Origin Resource Sharing)를 이용한 사용자 정보의 유출이 가능함을 확인하였다. 이는 이전의 방법과는 달리 악성 프로그램 등의 설치 없이도 로그인한 계정의 정보를 유출할 수 있으며, 이를 이용하면 보안 프로그램의 영향을 받지 않고서도 SNS와 포털 사이트의 사용자 정보 혹은 계좌 정보나 카드 사용내역까지 얻을 수 있다. 인터넷 익스플로러 뿐만 아니라 일부 모바일 브라우저에서도 CORS를 이용한 공격이 가능함을 보였다. 이 논문에서는 인터넷 익스플로러로 접속한 은행사, 카드사, SNS, 포털 사이트를 대상으로 한 CORS를 이용한 공격으로 사용자 정보의 유출은 물론 2차 공격으로 이어질 수 있는 가능성과 개선방안을 살펴본다.

대학의 e-커뮤니티활성화와 변화관리 (The Actualizatoin of e-Community and Change Management in Higher Education)

  • 김세인
    • 정보학연구
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    • 제8권2호
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    • pp.1-16
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    • 2005
  • In high education, knowledge is the very important resource and output. Knowledge management is the art of creating additional value from academic knowledge assets. The e-community is the network community, newly created by information communication technology, and the critical place that share and transfer people's the various knowledge and thinking and the effective space that can apply knowledge management. If we construct a convenient and useful e-community in our university, we will be able to increase the student's intellectual needs, and create new knowledge. Web-portal will promote the activity of e-community providing easy to access and personalized web circumstance. The emergence of Internet and Web access to all university services will force institutions to rethik everything. We should reconfigure our academic environment in order to adapt information technology and educational change, and must do change management based on their structure and culture.

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기업 내부의 e-비즈니스 구현 기반기술 (Implementation Infrastructure Technology for Enterprise e-business)

  • 이창회;김상훈
    • 한국IT서비스학회:학술대회논문집
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    • 한국IT서비스학회 2002년도 추계학술대회
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    • pp.327-333
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    • 2002
  • 현재까지 e-비즈니스와 관련된 많은 자료들과 솔루션들이 발표되었지만 기업을 위한 e-비즈니스 환경에 IT 기술을 접목시켜 기업의 내부의 IT 기술과 솔루션에 대한 연구가 활발하지 않은 듯 하다. e-비즈니스의 유형은 기업과 고객(B2C), 기업과 기업(B2B), 국가와 기업(G2B), 국가와 국가(G2G) 등으로 세분화 할 수 있으나, 가장 중심적 역할을 하는 주체는 기업 조직이라고 하겠다. 본 연구에서는 많은 e-비즈니스의 구현 기반 기술 중에서 기업 내부 측면의 e-비즈니스 구현 기반기술과 관련된 IT 기술들은 전사적 자원관리를 위한 ERP(Enterprise Resource Planning)와 지식 기반의 정보 분석을 위한 DW/CRM(Data Warehouse/ Customer Relationship Management), 기업내부의 정보 통로인 EIP(Enterprise Information Portal}, 기업내부의 이기종 어플리케이션간의 통합을 위한 EAI(Enterprise Application Integration)와 경영층의 전략적인 의사결정을 지원하기 위한 SEM(Strategy Executive Management), 확장 ERP 개념인 SCM(Supply Chain Management) 기술에 대한 개념적 이해와 기업내부의 e-비즈니스 환경을 위한 적용방안을 밝히고 각 IT별 솔루션의 분류함에 의해 기업의 e-비즈니스 시스템의 구현 방향을 제시하고자 한다.

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모바일 웹에서의 SAR Chart Viewer 설계 및 구현 (The SAR Chart Viewer design and Implementation in mobile web)

  • 임일권;김영혁;이재광;이재필;장행진;이재광
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제17권9호
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    • pp.2097-2104
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    • 2013
  • 과학기술연구의 데이터가 기하급수적으로 증가함에 따라 대용량 데이터 처리를 위한 컴퓨팅 및 저장장비의 필요에 따라 한국과학기술정보연구원(KISTI: Korea Institute of Science and Technology Information)은 글로벌 대용량 실험데이터 허브센터(GSDC: Global Science experimental Data hub Center)를 구축하여 지원하고 있다. KISTI는 급격히 확산되고 있는 모바일 기기에서 이용이 가능한 GSDC의 글로벌 커뮤니티 및 서비스를 위해 모바일 웹 표준으로 Mobile User Portal Service(MUPS)를 구축하였다. 그리고 이러한 MUPS에서 GSDC의 운영상태 및 시스템 자원 분석을 위해, 본 논문에서는 모바일 웹 환경에서 GSDC의 시스템 자원 모니터링 방법을 연구하고 구현하였다. GSDC의 연구지원 시스템은 Scientific Linux로 운영되고 있고, Sysstat 자원 감시 도구를 통해 sadc(system activity data collector)로 시스템자원 활용 정보를 모은 후 sar(System Analysis Report)를 통해 리포트를 매일 작성한다. 본 논문에서는 이러한 sar 리포트를 모바일 환경에서 시각화하여 활용이 가능하도록 모바일 웹으로 설계하고 구현하였다. 모바일 웹으로 구현함으로써 특정 OS에 종속되지 않은 다양한 모바일 OS에서 사용이 가능하고, 기존의 모니터링보다 쉽고 간편하게 시스템 모니터링이 가능하다.

URI 기반 저자 인용 네트워크 구축 및 활용 (Construction of Citation Network of Authors Using URI)

  • 구희관;정한민;강인수;이승우;성원경
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제34권2호
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    • pp.150-159
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    • 2007
  • 과학기술 문헌에 대한, 정확한 인용 정보의 제공을 위해서는 인용 관계를 구성하는 인력에 대한 동명이인 문제가 우선적으로 해소되어야 한다. 본 논문에서는 정확한 저자 중심의 인용 관계 및 네트워크를 구축하기 위해 URI(Universal Resource Identifier)를 이용하는 방법을 제안한다. 본 연구의 특징은, 지속적으로 추가되고 갱신되는 인용 정보를 일관성 있게 유지하고 정확한 문헌으로의 접근성을 보장하기 위해, 시맨틱웹 기술의 하나인 URI를 문헌과 저자에 적용하여 저자 중심 인용 관계 및 네트워크를 구축한다는 것이다. 실험에서는, 국내 학술대회 발표 논문들로부터 2,872개의 저자 중심 인용 관계 쌍을 추출하였고, 이를 바탕으로 구축한 저자 인용 네트워크에서는 135개의 인용 네트워크 그룹을 발견할 수 있었다. 본 연구의 결과는 향후 국가과학기술인력 종합정보시스템에서 제공하는 인력 DB 및 과학기술정보 포털서비스인 YesKiSTi와의 연계를 통하여 새로운 개념의 다양한 연구자 네트워크 서비스를 제공할 수 있을 것으로 기대된다.

정보자원 간 밀겹합 및 접근성 제고를 위한 과학기술정보링크센터 구축 (Development of CLICK for Improved Accessibility and Tight coupled Links between Information Resources)

  • 이상기;김선태;이용식;예용희
    • 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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    • 한국콘텐츠학회 2007년도 추계 종합학술대회 논문집
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    • pp.421-425
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    • 2007
  • 디지털 콘텐트의 폭발적인 증가로 인해, 어떻게 하면 e-resource를 효율적으로 관리하고, Dead Link를 방지하며, 이용자들에게 관련된 콘텐트나 서비스를 체계적으로 안내하고 서비스할 수 있을까? 하는 e-Challenge에 직면해 있다. 본 논문에서는 분산되어 있는 다양한 과학기술정보를 수집하여 지식베이스화(Knowledge Base)하고, 관련정보 간 밀겹합된 링크를 생성함으로써 정보자원에 대한 접근성을 획기적으로 개선하고, 참조링킹 등 차별화된 서비스와 이용자별 최적 정보자원을 제공하는 지식 나침반인 과학기술정보링크센터(CLICK)를 구축하였다. 과학기술정보링크센터를 통하여 전 세계 출판사, 초록 & 색인DB, 검색포털, 원문복사서비스(DDS), 전자도서관, Full Text DB, Aggregator 등이 표준화된 방식으로 연계되면 서비스 채널을 다양화할 수 있으며, 이용자들은 자신들의 이용목적이나 상황에 따라 서비스 채널을 자유롭게 선택할 수 있는 이점이 있다.

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