• 제목/요약/키워드: RNA-dependent RNA polymerase (RDRP)

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돼지와 사람의 설사유발 칼리시 바이러서의 염기서열 비교

  • 김현진;조경오;조호성;강성귀;박남용
    • 한국수의병리학회:학술대회논문집
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    • 한국수의병리학회 2002년도 추계학술대회초록집
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    • pp.140-140
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    • 2002
  • 돼지 설사유발 칼리시 바이러스 (Porcine enteric calicivirus: PECV)는 자돈에서 설사를 일으키지만, 사람에서도 위장염을 일으키는 원인체인 Sapporo-like calicivirus와 형태학적으로나 유전학적으로 유사하다고 이미 알려졌다. 본 연구는 국내에서 발생하고 있는 PECV의 RNA dependent RNA polymerase (RDRP) 부위와 capsid 부위 염기서열과 아미노산 서열을 기존에 보고되었던 것과 비교하여 분류하였다. 연구 결과 국내 분리주는 기존의 PECV RDRP 부위 (염기서열: 90%, 아미노산: 97%) 와 유사성이 아주 높았으며 capsid 부위(염기서열: 83%, 아미노산: 81%)는 다소 낮았다. 또한 이 바이러스는 모든 칼리시 바이러스의 RDRP 부위에 특이적으로 존재하는 GLPSG와 YGDD 아미노산 배열이 존재하였으며 capsid 부위에서는 국내에서 발생한 PECV 에서만 "TAA" 염기서열이 삽입되어 있었다. 본 연구를 통하여 국내에서 발생한 PECV는 porcine sapporo-like calicivirus와 유사하며 그 외 caliciviridae과인 Norwalk-like virus, Vesivirus, Lagovirus와는 상이하다는 것이 규명되었다.

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국내 돼지 설사 유발 칼리시 바이러스 감염증의 발생현황

  • 김현진;조경오;조호성;강성귀;박남용
    • 한국수의병리학회:학술대회논문집
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    • 한국수의병리학회 2002년도 추계학술대회초록집
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    • pp.139-139
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    • 2002
  • 돼지 설사유발 칼리시 바이러스(Porcine enteric calicivirus: PECV)도 자돈에서 설사를 일으키는 바이러스로 이미 알려졌다. RT-PCR과 nested PCR을 이용하여 국내 양돈장에서 PECV의 발생을 조사하고자 본 연구를 시도하였다. 설사 분변은 경기, 충남, 전북, 전남과 제주지역에 분포한 31개의 농장 102마리의 자돈에서 채취하여 의뢰된 것을 조사하였다. RT-PCR 과 nested PCR 을 위하여 RNA dependent RNA Polymerase (RDRP) 부위와 capsid 부위에서 각각 2 쌍의 primer를 작성하였다. RDRP 부위에서 RT-PCR을 시행했던 바, 3마리 (2.9%) 에서, nested PCR에서는 18마리 (17.6%)에서 양성반응이 나왔으며 capsid 부위에서 RT-PCR 결과 5마리 (4.9%), nested PCR에서는 18마리(17.6%)가 양성반응으로 확인되었다. 본 연구를 통하여 PECV가 국내에서 돼지 설사를 일으키는 주요 원인체 중 하나라는 것이 밝혀졌으며, nested PCR 기법이 돼지 설사분변에서 PECV를 검출하는 좋은 진단방법이었다.

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원주지역 설사 환자에서 분리한 Small Round Structured Viruses (SRSV) 염기서열 분석 (Sequence Analysis of Small Round Structured Viruses (SRSV) Isolated from a Diarrheal Patient in Wonju)

  • 지영미;김기순;천두성;박정구;강영화;정윤석;고운영;신영화;윤재득
    • 대한바이러스학회지
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    • 제29권4호
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    • pp.247-259
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    • 1999
  • Small round structured viruses (SRSV) are the major ethological agents which can cause outbreaks of non-bacterial gastroenteritis or food poisoning both in children and adults. The classification of family Caliciviridae to which SRSV belong, is based on the genome encoding three open reading frames. The rotavirus is another major pathogen which causes diarrhea in young children. We examined stool specimens obtained from diarrheal patients in Wonju from which bacterial pathogens were not found. To detect causative viruses from stool specimens of patients, reverse transcription (RT)-polymerase chain reaction (PCR) or nested PCR using rotavirus or SRSV specific primers was performed. In this study, RT-nested PCR procedure which can amplify a 330 bp fragment derived from RNA dependent RNA polymerase (RDRP) region within ORF1 was applied for the detection of SRSV. For the detection of rotaviruses, a 877 bp fragment from the VP4 region of rotavirus genome was amplified. As a result, rotavirus was not detected while SRSV sequences were detected from one out of five specimens. The nucleotide and amino acid sequences of the Wonju isolate were compared with other 6 Korean isolates which have been isolated and sequenced in our laboratory. Sequence analysis revealed that the Wonju isolate was rather distinct from other Korean isolates: the Wonju isolate was closer to genogroup I of SRSV while other 6 Korean isolates belonged to genogroup II.

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