• 대한소아치과학회지
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• 제32권1호
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• pp.75-88
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• 2005

법랑아세포종은 1868년에 처음 보고된 이래 명칭, 발생기전, 분류 그리고 치료 방법 등에 관하여 수 많은 논란이 있어 왔는데 이는 법랑세포종이 양성종양임에도 불구하고 종양자체의 진행이 파괴적이고, 외과적 처치를 한 후에도 재발이 잘되며, 흔하지는 않지만 악성종양과 유사하게 전이를 보이는 등 독특한 특성을 지니고 있기 때문이다. 정상세포와 암 세포 간에 차이를 보이는 유전자 혹은 정상세포에서 변형이 일어날 때 특이적으로 발현하는 유전의 분리 및 분석하는 것은 암세포의 생성과정을 이해하는데 있어서 중요한 열쇠를 제공할 수 있다. 이에 본 연구는 RNA differential display 방법 중 재연성과 반복성이 개선된 Ordered differential display(ODD)RT-PCR과 보다 개선된 $GeneFishing^{TM}$기술을 이용하여 악성과 양성종양 사이의 유전자 발현의 차이를 조사하고, 특이 유전자의 profile을 확보하고자 하였다. $GeneFishing^{TM}$기술과 RT-PCR을 수행한 결과 nasopharyngeal carcinoma gene을 제외한 9개의 유전자는 악성에서 특이적으로 발현되는 것을 확인하였다. 따라서 $GeneFishing^{TM}$을 이용하면 각 시료간의 mRNA 상에서 발현차이를 보이는 DEG를 비교 분석하면 암관련 유전자, 항생제 태성 유전자, 그리고 분화 관련 유전자들에 대한 연구가 용이하게 수행할 수 있을 것으로 생각된다.

• 생명과학회지
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• 제29권6호
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• pp.653-661
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• 2019

본 연구는 siRNA 기반 치료제등의 핵산치료제 개발에 있어서 필수적인 약물의 생체내 흡수, 분포, 대사, 배설에 대한 동태의 확인을 위해 stem-loop RT-qPCR 법을 이용하여 보다 더 정확한 시험법을 확립하고자 하였다. siRNA에 특이적인 primer와 probe를 선별하여 siRNA 정량검출 시험법을 최적화하였다. siRNA 표준시료를 이용하여 최적화된 시험법을 적용하였을 때 siRNA 표준시료에 대한 Cp 값(y)간의 선형분석 결과, 기울기 평균 -3.3, 결정계수 $R^2$>0.99으로 확인되어 siRNA 표준시료와 Cp 값 간의 회귀성이 매우 높아 정량 분석이 가능한 시험법임을 확인하였고, 같은 표준시료를 이용한 stem-loop RT-qPCR의 검출한계(LOD)는 10 fM, 최소정량한계(LLOQ)는 100 fM이었다. 확립된 시험법의 신뢰성을 확인하기 위해 시험자를 다르게 하고, 시험법을 3회 반복하여 각각 진행한 결과, siRNA 표준시료에 대한 Cp 값(y)간의 선형분석 결과 기울기와 결정계수 $R^2$의 재현성(slope ${\pm}-3.2$, 결정계수 $R^2$>0.99)을 확인하였고, 표준 곡선으로부터 환산된 siRNA 표준시료의 회수율(recovery ${\pm}20%$)과 완건성이 우수함을 확인하였다. 확립된 stem-loop RT-qPCR을 생체내 존재하는 약물 검증에 적용할 수 있는지 확인하기 위하여 시험동물에 siRNA를 주입 후 시간별 혈액을 채취하여 확립된 시험법으로 시험을 진행하였고 약물 동태학적 분석을 통해 siRNA치료제의 혈액내의 안정성을 확인하였다. 따라서 본연구에서 개발된 stem-loop RT-qPCR 분석법은 정확성, 정밀성 및 민감도가 높은 분석법으로 핵산치료제 개발 연구의 다양한 생체시료 분석 연구에 적용할 수 있을 것으로 기대한다.

• 환경생물
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• 제32권4호
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• pp.382-388
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• 2014

최근 뱀장어 양식장에서 사육 중이던 동남아산 뱀장어에 몸통 근육의 요철현상을 나타내면서 폐사를 일으키는 질병이 발생하였다. 병어의 몸통 근육 내 환부는 흰색 또는 황색으로 변해있었다. 병리조직학적인 변화는 근조직내에 수많은 포자와 크고 작은 시스트들이 변형된 근육근섬유 내에 관찰되었다. 병어의 근육 환부를 취하여 PCR을 실시하여 H. anguillarum이 가지는 특정 유전자인 Small subunit ribosomal RNA (SSU-rRNA)를 증폭하였다. 좀 더 정확한 동정을 위해 PCR product를 Cloning 후 Sequencing하여 서열들을 분석한 결과 H. anguillarum의 Small subunit ribosomal RNA (Gene bank accession number: AB623036) 서열과 일치하게 나타남을 확인할 수 있었다. primer 18F과 1537R의 PCR product는 약 1366 bp 길이가 일치하였으며, V1과 1392R를 이용한 PCR product는 1200 bp가 일치하게 나타났다. 또한 H1과 H2의 PCR product의 경우는 800 bp 정도 일치하였으며 이의 서열은 나머지 2개의 product가 공통적으로 가지고 있는 서열이었다. 이를 토대로 본 연구에서는 동남아산 뱀장어에 감염된 포자충은 H. anguillarum임을 동정할 수 있었다.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.114.2-115
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• 2003

Rice stripe virus causes severe damage to rice in Korea, Japan and China. RSV is a type member of the tenuivirus group and transmitted by the small brown planthopper, Laodeiphax striatellus, in a persistant manner. Until now, occurrence of RSV is limited in of southern part of Korea. But recently occurrence of RSV is increasing and spreading in central part of Korea including Chungcheong and Kyonggi province. So we analyzed recent occurrence trend of RSV which is increased and cloned and sequenced coat protein gene for isolating of RSV strain. Infected rice of each species(Ilpumbyeo, Sindongjinbyeo, Keumobyeo-2, Dongjinbyeo, Jongnambyeo, Samcheonbyeo, etc.)is collected, we extracted total RNA from infected leaves and detected RSV viral RNA by reverse transcription(RT)-PCR using specific primer of coat protein gene. The result of RT-PCR, we observed specific band. We already cloned cDNA from the band, is analyzing sequence variety and homology of each species.

• Journal of Microbiology
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• 제44권1호
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• pp.72-76
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• 2006

Plasma-derived products are produced from plasma via fractionation and chromatography techniques, but can also be produced by other methods. In the performance of nucleic acid amplification tests (NAT) with plasma-derived products, it is necessary to include an internal control for the monitoring of all procedures. In order to avoid false negative results, we confirmed the usefulness of the bovine viral diarrhoea virus (BVDV) for use as an internal control in the detection of hepatitis C virus (HCV) RNA in plasma-derived products. These products, which were spiked with BVDV, were extracted and then NAT was performed. Specificity and sensitivity were determined via the adjustment of primer concentrations and annealing temperatures. BVDV detection allows for validation in the extraction, reverse transcription, and amplification techniques used for HCV detection in plasma-derived products.

• BMB Reports
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• 제38권6호
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• pp.695-702
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• 2005

The groESL bicistronic operon of a restricted facultative methylotrophic bacterium Methylovorus sp. strain SS1 DSM 11726 was cloned and characterized. It was found to consist of two ORFs encoding proteins with molecular masses of 11,395 and 57,396 daltons, which showed a high degree of homology to other bacterial GroES and GroEL proteins. The genes were clustered in the transcription order groES-groEL. Northern blot analyses suggested that the groESL operon is transcribed as a bicistronic 2.2-kb mRNA, the steady-state level of which was markedly increased by temperature elevation. Primer extension analysis demonstrated one potential transcription start site preceding the groESL operon, which is located 100bp upstream of the groES start codon. The transcription start site was preceded by a putative promoter region highly homologous to the consensus sequences of Escherichia coli ${\sigma}^{32}$-type heat shock promoter, which functioned under both normal and heat shock conditions in E. coli. Heat shock mRNA was maximally produced by Methylovorus sp. strain SS1 approximately 10min after increasing the temperature from 30 to $42^{\circ}C$. The groESL operon was also induced by hydrogen peroxide or salt shock.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권3호
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• pp.516-519
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• 2007

Enterobacter sakazakii is an emerging food pathogen, which induces severe meningitis and sepsis in neonates and infants, with a high fatality rate. The disease is generally associated with the ingestion of contaminated infant formula. In this study, we describe the development of a real-time PCR protocol to identify E. sakazakii using a TaqMan probe, predicated on the nucleotide sequence data of the 168 rRNA gene obtained from a variety of pathogens. To detect E. sakazakii, four primer sets and one probe were designed. Five strains of E. sakazakii and 28 non-E. sakazakii bacterial strains were used in order to ensure the accuracy of detection. The PCR protocol successfully identified all of the E. sakazakii strains, whereas the 28 non-E. sakazakii strains were not detected by this method. The detection limits of this method for E. sakazakii cells and purified genomic DNA were 2.3 CFU/ assay and 100 fg/assay, respectively. These findings suggest that our newly developed TaqMan real-time PCR method should prove to be a rapid, sensitive, and quantitative method for the detection of E. sakazakii.

• 대한수의학회지
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• 제43권1호
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• pp.121-127
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• 2003

Ornithobacterium rhinotracheale (OR) is a bacterium responsible for a respiratory disease in turkeys and chickens, and has been identified as one of the emerging respiratory bacterial pathogens. Ten cases of four hundred cases submitted to National Veterinary Research & Quarantine Service for diagnosis in 2001 and in 2002 were diagnosed as OR infection. The major clinical signs of chickens infected with OR were respiratory symptoms including sneezing, sniveling, wet eyes, and swelling of the sinus infraorbitalis at 3 to 4 weeks of age. At necropsy, gross lesions were commonly found to foamish, white, and yoghurt-like exudates in the peritonium and abdominal air sacs. Microscopically, epithelial metaplasia and proliferation of air sacs were prominant with accompaning inflammatory reactions characterized by heterophils, fibrins, and bacterial colonization. Ten field isolates were obtained from air sacs and peritonium of these affected chickens, and were identified as OR, resulted from by gram-staining, catalase, oxidase, API NE and API ZYM Kit. In additon, using a previously reported primer targeted to 16S rRNA of ORT, 784bp fragment was successfully amplified from templates extracted from the isolates and a reference strain. This report describes an occurrence of Ornithobacterium rhinotracheale infection in chickens in Korea.

• 대한의생명과학회지
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• 제4권2호
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• pp.129-135
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• 1998

Cytochrome P45O 2El (CYP2El)의 retropseudogene이 사람에 존재하는지 확인하기 위해 혈액에서 분리한 DNA를 주형으로 한 polymerase chain reaction (PCR)을 수행하였다. Primer는 CYP2E1 유전자를 기초하여 여러개 제작하되 적절한 조합에 따라 정상유전자와 retropseudogene이 동시에 증폭될 수 있도록 고안하였다. 본 실험의 결과 그동안 예상은 되었지만 DNA차원에서 미처확인되지 못하였던 CYP2E1의 retropseudogene을 직접 증폭해낼 수 있었다. 세부 구조는 Southern blotting과 DNA 염기서열 결정에서 최종 분석되었다. PCR 반응으로 증폭된 부분에서는 염기서열이 mRNA와 완전히 일치하고 있는 점으로 미루어서 CYP2E1의 retropseudogene은 비교적 최근에 발생했을 것으로 추정되었다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제7권1호
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• pp.51-55
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• 2005

Many cloning vectors in which cDNAs can be inserted to the sense orientation have been developed. Uni-ZAP XR vector (Stratagene) should contain clones that are oriented to sense direction with respect to T3 RNA polymerase primer. Unexpectedly, large portions of cDNAs in Chinese cabbage cDNA library showed unusual insertions, antisense orientation and a hybrid of two different clones. Using two clones, 4H03 and 53-B10, derived from different cDNA libraries, we proposed and demonstrated the possibility of unusual-construct formation by in vitro translation and northern blot analysis. The 4H03 clone was inserted with inverse direction, and its transcript and translation product could be produced by T7 RNA polymerase, indicating that this clone is definitely inserted into inverse orientation. The 53-B10 that contains two independent genes was turned out to be a hybrid in which two genes are inserted to opposite direction each other. All unusual constructs might be due to the presence of small fragments of DNA, like adapter. However, the mechanism underlined the formation of unusual constructs is still remain to be solved.