• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2003년도 가을 학술발표논문집 Vol.30 No.2 (2)
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• pp.775-777
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• 2003

miRNA(microRNA)는 길이가 약 22nt 정도 되는 작은 ncRNA로서 유전자 작용을 조절하는데 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다. 다이서(dicer)에 의해 성숙한 miRNA(mature miRNA)를 계산학적(computational)방법으로 학습하여 인간 miRNA의 구조를 예측하였다. miRNA에 관한 구체적인 기작은 아직 확실히 밝혀지지 않았기 때문에 서열 기반과 구조 기반 모두를 포함 하는 모델을 구현 하였으며 ambiguity code를 씀으로써 정보의 손실을 최소화 하도록 하였다. miRNA와 비슷한 구조를 가진 인간 EST로부터 데이터를 무작위 추출하여 실제 인간 miRNA 데이터와 비교함으로써 학습된 결과의 성능을 평가하였다.

• 과학기술학연구
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• 제17권1호
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• pp.71-115
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• 2017

1953년에 이론물리학자 조지 가모프는 "DNA의 염기 서열에 의해 단백질의 아미노산 서열이 암호화된다"는 가설로 단백질 합성 현상을 설명했고, "다이아몬드 코드"라는 핵산-단백질 정보전달 모형을 제안했다. 왓슨, 크릭, 브레너, 스텐트 같은 당대의 생물학자들은 이런 대담한 제안에 관심을 보이며 가모프와 토론했고, 이에 가모프는 이들 간의 의견교환을 활성화하기 위해 RNA 타이 클럽이라는 비공식 연구자 모임을 결성했다. 이후 생물학자들뿐만 아니라 물리학자, 수학자, 컴퓨터엔지니어들이 RNA 타이 클럽에 동참했고, 이들의 다학제적 유전암호 해독 연구는 1950년대 후반까지 활발히 이루어졌다. 본고는 RNA 타이 클럽의 형성, 성장, 와해의 과정을 살피면서 다음과 같은 논제를 다루려 한다. 첫째, 정통 생물학과 거리가 먼 '문자열 간 번역원리를 찾는 가모프의 수학적 접근'은 어떻게 생물학자들의 공동의 연구의제로 채택될 수 있었을까? 둘째, RNA 타이 클럽의 연구의제는 어떻게 다양한 학제의 연구주제들로 풍부하게 확장될 수 있었을까? 셋째, RNA 타이 클럽의 쇠락과 와해를 가져온 요인은 무엇이었을까? 이런 분석을 통해, 본고는 타이 클럽 연구자들의 근본 가정인 "아미노산 서열에 배열 패턴이 존재한다"는 가정이 다양한 학제적 접근방식을 매개하는 연결고리 역할을 했고, 또 이를 통해 당대 생물학의 실험 데이터를 활용할 수 있게 되면서 이들의 번역코드 연구는 유의미한 생물학 연구방법으로 자리 잡을 수 있게 되었음 주장할 것이다. 아울러 위의 논의의 연장선상에서 타이 클럽의 와해 요인을 해명함으로써, 다양한 학제의 연구자들을 성공적으로 매개할 생산적 연구의제가 갖춰야 할 요건은 무엇인지 고찰해 볼 것이다.

• 한국인터넷방송통신학회논문지
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• 제16권6호
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• pp.135-140
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• 2016

본 논문에서는 유전정보 DNA 표준 코드인 [UC;AG]를 64괘로 분석했다. 인간의 유전정보를 담고 있는 DNA는 인산과 당에 A(아데닌) C(시토신) G(구아닌) T(티민) 등 네 종류의 염기가 30억쌍 이어 붙여진 형태이다. DNA 표준 코드를 64괘로 나타내고, 이 코드를 Kronecker product를 이용하여 $16{\times}4$행렬로 나타냈다. 이 $16{\times}4$ 행렬은 이중나선의 중복성을 가지고 있으며, 이 중복성을 제거하면 RNA코드 $4{\times}4$ 행렬을 얻는다. $16{\times}4$행렬은 Kronecker product를 이용하여 소 행렬로 분해되었다. DNA 이중나선을 행렬로 표시하고 유전정보 괘 배열 코드를 분석하였으며 그 예를 예 5, 6에 나타냈다.

• 한국인터넷방송통신학회논문지
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• 제16권3호
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• pp.203-211
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• 2016

유전자 코드는 바이오 정보 처리에 키 포인트로 인체의 유기적인 조직체이다. 현대 과학에서는 유전자 코드 분자구조의 신비스러운 특성을 체계적으로 설명하고 이해하는데 연구가 집중되고 있다. 본 논문에서는 유전자 시스템을 대칭적으로 해석하는데 중점을 두었고, Jacket 행렬로 무잡음 RNA 유전자 코드를 가장 단순하게 해석했다. 이유는 Jacket 행렬과 RNA는 그 역행렬이 Element (Block)-wise Inverse로 그 역(Inverse)도 자신이란 점과 대칭적 성질, 그리고 Kronecker곱을 갖기 때문이다. 제안된 방법이 유전자 RNA 코돈(Codon : 괘(卦))의 견지에서 Jacket 행렬의 분해를 통해 간단하고 명료함을 보인다.

• 미생물학회지
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• 제30권3호
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• pp.177-180
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• 1992

Among 120 U. maydis strains isolated in Korea 14 different strains containing specific viral dsRNA segments were analyzed for the distribution of dsRNA and the production of toxin protein. Several distinctive dsRNA patterns were identified, 9 cases of P type with typical H, M and L ds RNA and one case of non-P-type, the frequency of a specific isolate was decreased with increasing number of dsRNA segments. The presence of dsRNA had no effect on the cultural or morphological phenotype of the host. Two isolates containing P type dsRNA segments appeared to produce toxin protein (killer strains) which inhibited the growth of 4 isolates (sensitive strain) with different susceptibility. Two killer strains contain unique M dsRNA segment which may code for toxin protein. However, the presence of toxin-sensitive strains among dsRNA-free isolates was similar to that of ds RNA containing strains.

• Journal of Microbiology
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• 제34권1호
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• pp.61-67
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• 1996

Double-stranded RNA (dsRNA) viruses and single-stranded RNA(ssRNA) viruses were detected in a strain of Pleurotus mushroom cultivated in a farm. Those fungal virsus were purified in the pH 6.0 or pH 7.2 using CsCI or Cs$_{2}$SO$_{4}$ buoyant density centrifugation. Each viral particles were not completely separated at any trials. However, mushroom bacili-form virus contains a single major nucleic acid with 0.7 Kb ssRNA, which might code for 20 Kd viral capsid protein. The dsRNAs are encapsidatred into spherical-form viruses, whereas ssRNA viral genomes are encapsidated into two different sizes of bacili-form particles. A healthy-looking mushroom also contained some spherical-form viruses with dsRNAs. Laboratory strains of Pleurotus ostreatus and a cultivated strain of P. sajor-caju did not show any viral particles. Mushrooms with specific disease symptoms. however, contained at least four different sizes of spherical-form viruses. Thus, we concluded that a bacilli-form virus case a severe disease symptoms of adnormal on mushroom development.

• Genomics & Informatics
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• 제16권4호
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• pp.36.1-36.3
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• 2018

Next generation sequencing (NGS), a high-throughput DNA sequencing technology, is widely used for molecular biological studies. In NGS, RNA-sequencing (RNA-Seq), which is a short-read massively parallel sequencing, is a major quantitative transcriptome tool for different transcriptome studies. To utilize the RNA-Seq data, various quantification and analysis methods have been developed to solve specific research goals, including identification of differentially expressed genes and detection of novel transcripts. Because of the accumulation of RNA-Seq data in the public databases, there is a demand for integrative analysis. However, the available RNA-Seq data are stored in different formats such as read count, transcripts per million, and fragments per kilobase million. This hinders the integrative analysis of the RNA-Seq data. To solve this problem, we have developed a web-based application using Shiny, COEX-seq (Convert a Variety of Measurements of Gene Expression in RNA-Seq) that easily converts data in a variety of measurement formats of gene expression used in most bioinformatic tools for RNA-Seq. It provides a workflow that includes loading data set, selecting measurement formats of gene expression, and identifying gene names. COEX-seq is freely available for academic purposes and can be run on Windows, Mac OS, and Linux operating systems. Source code, sample data sets, and supplementary documentation are available as well.

• Genomics & Informatics
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• 제18권3호
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• pp.26.1-26.6
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• 2020

Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has been widely applied to provide insights into the cell-by-cell expression difference in a given bulk sample. Accordingly, numerous analysis methods have been developed. As it involves simultaneous analyses of many cell and genes, efficiency of the methods is crucial. The conventional cell type annotation method is laborious and subjective. Here we propose a semi-automatic method that calculates a normalized score for each cell type based on user-supplied cell type-specific marker gene list. The method was applied to a publicly available scRNA-seq data of mouse cardiac non-myocyte cell pool. Annotating the 35 t-stochastic neighbor embedding clusters into 12 cell types was straightforward, and its accuracy was evaluated by constructing co-expression network for each cell type. Gene Ontology analysis was congruent with the annotated cell type and the corollary regulatory network analysis showed upstream transcription factors that have well supported literature evidences. The source code is available as an R script upon request.

• 공학교육연구
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• 제21권1호
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• pp.77-89
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• 2018

The chromosomes of all the world are the same in all 24 pairs, but the key, skin color and appearance are different. Also, it is the resistance of adult disease, diabetes, cancer. In 1953, Watson, Crick of Cambridge University experimentally discovered a DNA double helix structure, and in 1962, They laureates the Nobel Prize. In 1964, Temin, University of Wisconsin, USA, experimentally identified the ability to copy gene information from RNA to DNA and received the Nobel Prize in 1975. In this paper, we analyzed 24 pairs of DNA chromosomes using mathematical matrices based on the combination order sequence of four groups, and designed the Taegeuk pattern genetic code for the first time in the world. In the case of normal persons, the middle Yin-Yang taegeuk is designed as a block circulant Jacket matrix in DNA, and the left-right and upper-lower pairs of east-west and north-south rulings are designed as pair complementary matrices. If (C U: A G) chromosomes are unbalanced, that is, people with disease or inheritance become squashed squirming patterns. In 2017, Professor Michel Young was awarded a Nobel by presenting a biological clock and experimentally explained the bio-imbalance through a yellow fruit fly experiment.This study proved mathematical matrices for balanced and unbalanced RNA.

• BMB Reports
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• 제28권6호
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• pp.494-498
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• 1995

Maize mitochondrial tRNAs for isoleucine have been isolated using a putative $tRNA^{Ile}$ gene probe which has been previously isolated and characterized. It contains the 5'-CAT anticodon which would normally recognize the AUG methionine codon. The nucleotide sequence of one of these tRNAs has been partially determined, and contains a modified nucleotide at the first position of the anticodon. This type of posttranscriptional modification event could change the specificity of amino acid acceptance of a tRNA, unlike that deduced from the corresponding gene. An aminoacylation experiment also demonstrated that these purified tRNAs have isoleucine acceptance activity but no methionine-accepting activity.