• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제17권5호
• /
• pp.598-602
• /
• 2004

The Tongcheng pig breed is a famous Chinese indigenous breed. The Ministry of Agriculture of China has filed it as 1 of 19 national key conservation breeds selected from more than 100 Chinese indigenous pig breeds in 2000. In order to improve the reproductive performance, it has been intensively selected to increase the litter size for about 10 years. The population randomly sampled from conservation nucleus of eight families in the Tongcheng pigs was genotyped for identification of their estrogen receptor locus polymorphisms with the PCR-RFLPs method. Only AB heterozygotes and BB homozygotes were detected, and $X^2$ test demonstrated that the locus was in disequilibrium at a significant level (p<0.05). In the present paper, the litter sizes in different parities were regarded as different traits. Holistic status of other unspecific and unidentified genes was estimated by using the statistical methods. Coefficients of kurtosis and skewness showed that the litter size still presented segregating characteristic in the 2nd, 5th, 7th, 8th and 9th parities. Analysis of homogeneity of variance between families confirmed the results for the 5th, 7th and 8th parities. The heritability of litter size for the 1st to 10th parities was estimated with paternal half-sib model and individual estimated breeding values (EBVs) were evaluated by a single trait animal model as well. We found that the averages of EBVs for litter size in each parity did not differ significantly between genotypes, despite the significant difference for original phenotype records in the 3rd, 4th and 5th parities (p<0.05 or p<0.01). The results may be explained by the deduction that the polymorphisms of ESR locus are no longer the important genetic base of litter size variation when the frequency of allele B accumulated in the experience of selection procedure, and further conferring that there exist special genes associated with litter size in the recent Tongcheng pigs population can be made.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제18권7호
• /
• pp.942-948
• /
• 2005

New polymorphism of major histocompatibility complex B-G genes was investigated by amplification and digestion of a 401bp fragment including intron 1 and exon 2 using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) technique with two restriction enzymes of Msp I and Tas I in eight breeds of Chinese indigenous chickens and one exotic breed. In the fragment region of the gene, three novel single nucleotide polymorphisms (SNPs) were detected at the two restriction sites. We found the transition of two nucleotides of A294G and T295C occurred at Tas I restriction site, and consequently led to a non-synonymous substitution of asparagine into serine at position 54 within the deduced amino acid sequence of immunoglobulin variable-region-like domain encoded by the exon 2 of B-G gene. It was observed at rare frequency that a single mutation of A294G occurring at the site, also caused an identical substitution of amino acid, asparagine 54-to-serine, to that we described previously. And the transversion of G319C at Msp I site led to a non-synonymous substitution, glutamine 62-to-histidine. The new alleles and allele frequencies identified by the PCR-RFLP method with the two enzymes were characterized, of which the allele A and B frequencies at Msp I and Tas I loci were given disequilibrium distribution either in the eight Chinese local breeds or in the exotic breed. By comparison, allele A at Msp I locus tended to be dominant, while, the allele B at Tas I locus tended to be dominant in all of the breeds analyzed. In Tibetan chickens, the preliminary association analysis revealed that no significant difference was observed between the different genotypes identified at the Msp I and Tas I loci and the laying performance traits, respectively.

• 미생물학회지
• /
• 제30권5호
• /
• pp.360-365
• /
• 1992

Sataphylococcus aureus의 퀴놀론계 약물에 대한 내성 기착을 이해하고자 ofloxacin에 내성을 보이는 임상 채취 8 균주의 Sataphylococcus aureus (ORSA)에 대하여 MIC 검사, gyrA 유전자 부근의 Southern 분석 및 아미노산 26번에서 121번까지를 포함하는 290bp의 gyrA 유전자 일부(gyrA-290)의 염기 서열 분석을 행하였다. ORSA 들은 퀴놀론계 약물에 대하여 높은 수준의내성을 보였으며(8-250 배의 MIC 증가), ${\beta}-lactam$계 약물에 대하여도 상당한 수준의 내성(2-32배의 MIC 증가)을 보였다. 하지만 ORSA 들은 vancomycin에 관한 감수성의 변화를 보이지는 않았다. ORSA에 대하여 Southern 분석을 실시한 결과, HindIII, PstI 및 AluI의 경우에는 gyrA 유전자 부근에서 RFLP가 발견되었다. GyrA 유전자를 더 분석하고자 gryA-290 부분을 중합효소 연쇄반응(PCR)으로 증폭하여 pTZ 벡터에 클론하였다. gryA-290의 염기 서열을 분석한 결과, 8 ORSA 균주 모두에 관하여 점 돌연변이의 결과로 Ser-84이 Leu-84으로 치환됨이 밝혀졌다. 이로서 gyrA 유전자의 84번째 아미노산의 치환이 Staphylococcus aureus의 퀴놀론 내성 발현의 중요한 기작 중 하나일 가능성이 있다고 생각된다.

• 미생물학회지
• /
• 제32권4호
• /
• pp.245-251
• /
• 1994

영지속(Ganoderma)에 속하는 7종 10균주에 대하여 미토콘드리아 DNA의 제한효소 분절양상 비교를 통한 계통분석을 수행하였다. 여러 가지 제한효소들 중 생산된 절편이 충분한 정보를 가지고 있으면서 서로 구별할 수 있는 6가지의 제한효소를 분석에 이용하였다. 절편양상을 설 비교하여 전체 절편중 공통된 절편의 개수를 구하고 이로부터 염기위치당 염기치환율을 구하였으며, 이를 균주간의 진화거리로 계산하여 PHYLIP package의 Neighbor-joining 방법에 이한 계통도를 얻고 그 결과를 고찰하였다. 특이한점은 G. lucidum의 3균주와 G. lobatum 이 유연관계가 많이 있다는 점이다. 이러한 결과는 G. lucidum과 G. lobatum은 종의 다양성으로 인하여 과거부터 복합종으로 취급되어 왔으며 고전적인 영지속의 분류에 문제점이 많이 있음을 시사해 주고 있다. 따라서 영지속의 분류가 진화경로에 바탕을 둔 자연분류가 되기 위해서는 형태분류 뿐만 아니라 배양 분류와 분자생물학적이 sqnstjr등 다양한 기준에 의해서 재고되어야 할 것으로 판단된다.

• 한국수산과학회지
• /
• 제28권5호
• /
• pp.649-658
• /
• 1995

붕넙치과 어류의 종간에 있어서의 유전적 분화정도를 DNA level에서 관찰하기 위하여 참가자미, 문치가자미, 돌가자미, 강가자미의 미토콘드리아 DNA를 분리하고, 6염기인식의 14제한효소로써 절단한 절단단편의 염기치환수를 계산하였다. 1) mtDNA 총염기대수는 4종 모두 17.6kbp 부근으로 나타나 동일한 염기대수를 가지는 것으로 추정되었다. 2) 14종류의 제한효소로써 절단한 절단단편의 pattern으로 4종의 종내 및 종간의 haplotype수를 조사한 결과, 참가자미에서는 10개, 문치가자미에서는 4개, 강가자미에서는 2개, 돌가자미에서는 1개의 haplotype이 관찰되었으며, 종간에 있어서는 공통적인 haplotype가 전혀 관찰되지 않았다. 3) mtDNA의 유전적 변이성을 나타내는 haplotype 다양도 (h)는 참가자미에서 0.588, 문치가자미에서 0.371로 나타나 참가자미에서 높은 변이성을 나타내었다. 4) 4종의 유전적 분화의 정도를 mtDNA haplotype간의 제한 부위당 염기치환수 (d)로써 살펴 본 결과, 종내의 평균은 0.0045, 종간의 평균은 0.0344, 속간의 평균은 0.0457로 되어 종간, 속간의 값이 종내에 비해 현저하게 높은 수치를 나타내었다. 5) 4종간의 mtDNA haplotype는 1개 또는 2개의 염기치환에 의한 차이가 아니고 유전적 불연속을 나타내었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제44권3호
• /
• pp.534-546
• /
• 1997

연구배경 : p53 및 망막모세포 암종(Rb) 항암 유전자는 인체의 여러 임종의 발암 과정에 관련되는 것으로 잘 알려져 있다. 또한 최근에 p53 등의 유전자 다형성이 암 발생에 관여하는 것으로 보고되고 있다. 그러나 Rb 유전자 다형성이 폐암 발생에 영향을 주는지는 아직 보고된 바가 없어 이들 유전자의 다형성의 반도 및 흡연 관련 폐암과 이들 유전자의 다형성과의 관계를 알아보고자 했다. 방 법 : 한국인 폐암 환자 발생의 유전적 감수성을 결정하기 위하여 128명의 폐암 환자군과 145명의 대조군에 대한 p53 유전자(exon 4 및 intron 6 부위) 및 망막모세포 암종(retinoblastoma, Rb) 유전자(intron 17 부위)의 다형성을 분석하였다. p53 유전자의 16bp 반복 다형성을 제외한 유전자 분석은 중합효소연쇄반응-제한효소절편길이 다형현상(PCR-RFLPs)을 이용하였으며, 16bp 반복 다형성은 중합효소연쇄 반응 후 전기영동으로 직접 분석하였다. 결 과 : p53 유전자의 exon 4/AccII 다형성 : 대조군 및 환자군에 대한분석에서 다형적인 3가지 유전자형(Arg/Arg, Arg/Pro, Pro/Pro)이 관찰되었으며, Arg과 Pro 유전자 빈도는 각각 0.66, 0.34 였다. 폐암 환자군에서는 대조군에 비해 Arg/Pro 유전자형은 높고, Pro/Pro 유전자형은 낮게 관찰되었으나 통계적으로 유의하지는 않았다. 조직학적으로 소세포 폐암의 경우 유전자형의 분포가 대조군과 유의한 차이를 보였다. p53 유전자의 intron 3/16bp 중복 다형성 : 대조군과 환자군에서 156bp 동형 접합체와 156bp와 172bp의 이형 접합체만이 관찰되었으며, 172bp 동형 접합체는 관찰되지 않았다. 156bp와 172bp 대립인자 각각 0.98, 0.02로 172bp 대립인자의 빈도가 아주 낮았다. 전반적으로 폐암 환자군과 대조군간의 유전자형 분포에는 유의한 차이가 없었다. p53 유전자의 intron 6/MspI 다형성 : Intron 3의 16bp 중복 다형성과 완전 연관 관계에 있었으며, m1 동형접합체와 m1/m2 이형접합체만 관찰 되었다. 16bp 중복 다형성에서와 같이 m1, m2의 유전인자의 빈도는 각각 0.98, 0.02 으로 MspI 절단부위가 없는 m2 대립인자의 빈도가 아주 낮았다. 전반적으로 폐암환자군과 대조군간의 유전자형 분포에는 유의한 차이가 없었다. Rb 유전자의 intron 17/XbaI 다형성 세가지 다형적인 유전자형(r1/r1, r1/r2, r2/r2)이 관찰 되었으며, 대조군에서 r1, r2의 유전자 빈도는 각각 0.50, 0.50 이었다. 유전자형의 분포가 조직학적으로 흡연관련 폐암군(Kreyberg type I)과 대조군 또는 폐 선암종군 사이에는 통계적으로 유의한 차이를 보였다(p < 0.05). Kreyberg type I군에서는 폐 선암종군에 비해 동행접합체(r2/r2 또는 r1/r1) 빈도가 높고 이형접합체(r1/r2) 빈도는 유의하게 낮은 반면, 선암군에서는 이형접합체 빈도가 73.4%로 특징적으로 높았다. 또한 고흡연자군에서의 유전자형의 비흡연자를 포함한 저흡연자군의 유전자형 분포와 유의한 차이를 보였으며(p = 0.0258), 이형접합체의 빈도가 유의하게 낮게 검출되었다. 따라서 Rb 유전자의 유전자형이 이형접합체인 경우 흡연관련 폐암 발생 위험이 감소되며, 동형접합체일 경우는 상대적으로 발생 위험이 증가되는 것으로 판단된다. 결 론 : 이상의 결과를 종합해보면, p53 유전자의 다형성 보다는 Rb 유전자 다형성이 한국인의 흡연관련 폐암발생의 유전적 감수성 결정에 밀접한 관련이 있을 것으로 사료되며, 앞으로 보다 명확한 연관관계 규명을 위해서는 다른 인종 및 더 많은 수의 환자군에 대한 분석이 요망된다.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제45권5호
• /
• pp.703-710
• /
• 2003

본 연구는 재래돼지와 랜드레이스를 기초축으로 이용한 F$_2$ 241두에 대해 Heart Fatty Acid- Binding Protein 유전자와 연관되어 있는 PCR- RFLP를 이용하여 그 다형성을 조사하고 돼지의 성장형질, 도체형질, 육질형질과 그 유전자형간의 연관성을 구명코자 실시하였다. H-FABP PCR-RFLP는 두 쌍의 primer에 의한 850bp와 700bp의 증폭산물을 HaeⅢ와 HinfⅠ제한효소를 사용하여 실시되었다. HaeⅢ을 이용한 PCR-RFLP 유전자형은 DD형/700+150bp, Dd형/700+400+300+ 150bp 그리고 dd형/400+300+150bp의 DNA 단편을 보였으며, Hinf1에 의한 유전자형은 HH형은 350+180+130bp, Hh형은 350+220+180+130bp, hh형/350+220+130bp의 절단된 DNA 단편을 보였다. H-FABP/HaeⅢ 유전자형 중에서 12주령 체중은 DD형에 비해 Dd와 dd형에서 유의적으로 높은 값을 보였으며(p〈0.001), 3주령 체중 (p〈0.01)과 5주령, 30주령 체중 (p〈0.05)에 경우도 Dd와 dd형에서 유의적으로 높게 관찰되었고(Table 3), 특히 ‘d’ 대립유전자가 체중과 연관성이 있음이 관찰되었다. H-FABP/HinfⅠ의 유전자형과 표현형질의 연관성을 보면 12주령, 30주령 체중 및 도체지방 과 등지방 두께에서는 hh형에 비해 HH와 Hh형에서 유의적으로 높게 나타났으며(p〈0.001), 5주령 체중과 근내지방 함량에서도 HH형에서 유의적으로 높게 관찰되었고(p〈0.05), 특히 ‘H’ 대립유전자가 체중과 도체지방, 등지방 두께 및 근내지방 함량과 연관성이 있음이 관찰되었다. 따라서 돼지성장 및 지방축적과 관련한 선발력을 높이기 위해 H- FABP PCR-RFLP(HaeⅢ & HinfⅠ)를 분자생물학적 marker로 사용할 수 있을 것으로 사료된다.