• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제53권2호
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• pp.227-232
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• 2015

Genetic polymorphisms of pvdhfr and pvdhps genes of Plasmodium vivax were investigated in 83 blood samples collected from patients in the Philippines, Bangladesh, and Nepal. The SNP-haplotypes of the pvdhfr gene at the amino acid positions 13, 33, 57, 58, 61, 117, and 173, and that of the pvdhps gene at the positions 383 and 553 were analyzed by nested PCR-RFLP. Results suggest diverse polymorphic patterns of pvdhfr alone as well as the combination patterns with pvdhps mutant alleles in P. vivax isolates collected from the 3 endemic countries in Asia. All samples carried mutant combination alleles of pvdhfr and pvdhps. The most prevalent combination alleles found in samples from the Philippines and Bangladesh were triple mutant pvdhfr combined with single mutant pvdhps allele and triple mutant pvdhfr combined with double wild-type pvdhps alleles, respectively. Those collected from Nepal were quadruple mutant pvdhfr combined with double wild-type pvdhps alleles. New alternative antifolate drugs which are effective against sulfadoxine-pyrimethamine (SP)-resistant P. vivax are required.

• The Plant Pathology Journal
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• 제15권1호
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• pp.28-33
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• 1999

Phytophthora root rot of Chniese cabbage and spinach is reported for the first time in Korea. The diseases ocurred at Yangju, Seosan and Yeocheon in Korea from 1995 through 1998, mainly in lowland and submerged areas. Symptoms consisted of stunt, yellows, wilt and eventual death due to root rot. Fourteen isolates collected from naturally infected plants were all identified as P. drechsleri based on mycological characteristics. PCR-RFLP analysis of rDNA of the isolates confirmed the above result, since the restriction band patterns of the small subunit and internal transcribed spacers were identical to P. drechsleri and P. cryptogea, but distinct from closely related species of P. erythroseptica, P. cambivora, P. sojae and P. megasperma. The pathogen showed strong pathogenicity to Chinese cabbage, moderate to spinach, radish, cabbage and tomato, and weak or none to brown mustard, kale, chicory and pepper in pathogenicity tests.

• The Plant Pathology Journal
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• 제18권1호
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• pp.12-17
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• 2002

For the molecular detection of Sweet potaio feathery mottle virus (SPFMV) from diseased sweet potato plants, reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) was performed with the use of a set of virus-specific primers to amplify an 816 bp product. The viral coat protein gene was selected for the design of the primers. No PCR product was amplified when Turnip mosaic virus, Potato vims Y or Cucumber mosaic virus were used as template in RT-PCR with the SPFMV-specific primers. The lowest concentration of template viral RNA required for detection was 10 fg. The vim was rapidly detected from total nucleic acids of leaves and roots from the virus-infected sweet potato plants as well as from the purified viral RNA by the RT-PCR. Twenty-four sweet potato samples were selected and analyzed by RT-PCR and restriction fragment length polymorphism (RFLP). RFLP analysis of the PCR products showed three restriction patterns, which resulted in some point mutations suggesting the existence of quasi-species for the vims in the infected sweet potato plants.

• 대한미생물학회지
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• 제35권1호
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• pp.49-60
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• 2000

ITSI-5.8S-ITSII rDNA region was amplified from the reference strains and clinical isolates with ITS1 and ITS4 primers. These primers amplified DNA fragments of 550 bp in Microsporum audouinii and Trichophyton violaceum, 700 bp in Microsporum gypseum, Trichophyton mentagrophytes, Trichophyton rubrum, and Trichophyton tonsurans, and 750 bp in Microsporum ferreugineum and Microsporum canis. The restriction enzyme patterns of PCR products digested with 13 restriction enzyme including PstI were distint among the genera, whereas identical in the same species. Examination of the ITS (Internal Transcribed Spacers)1 nucleotide sequence revealed that there was the genetic difference in each genera and species. Phylogenetic relationship among each species showed that the Trichophyton mentagrophytes was more closely related Trichophyton tonsurans than Trichophyton rubrum, and Microsporum gypseum was less related than Microsporum spp..

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제47권4호
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• pp.413-415
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• 2009

Genotyping of Toxoplasma gondii has been performed in 23 PCR positive blood samples from stray cats in Korea. We used 2 separate PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) patterns of SAG2 gene, amplifying the 5' and 3' ends of the locus. The results revealed that all samples belonged to the type I clonal lineage. Although T. gondii organisms were not isolated from the samples, the results of the present study represent that stray cats with T. gondii infection should be seriously concerned in our environment. Adequate and continuous control programs of stray cats are needed to reduce the risk of transmission of T. gondii as a zoonotic infection threatening the public health.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제52권4호
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• pp.383-389
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• 2014

Anisakiasis, a human infection of Anisakis L3 larvae, is one of the common foodborne parasitic diseases in Korea. Studies on the identification of anisakid larvae have been performed in the country, but most of them have been focused on morphological identification of the larvae. In this study, we analyzed the molecular characteristics of 174 Anisakis type I larvae collected from 10 species of fish caught in 3 different sea areas in Korea. PCR-RFLP and sequence analyses of rDNA ITS and mtDNA cox1 revealed that the larvae showed interesting distribution patterns depending on fish species and geographical locations. Anisakis pegreffii was predominant in fish from the Yellow Sea and the South Sea. Meanwhile, both A. pegreffii and A. simplex sensu stricto (A. simplex s.str.) larvae were identified in fish from the East Sea, depending on fish species infected. These results suggested that A. pegreffii was primarily distributed in a diverse species of fish in 3 sea areas around Korea, but A. simplex s.str. was dominantly identified in Oncorhynchus spp. in the East Sea.

• 미생물학회지
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• 제41권1호
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• pp.24-37
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• 2005

국내 사육 하우 염소, 돼지, 개, 닭 및 마우스 등을 포함한 각종 동물과 사람환자에서 분리한 총 116주의 S. aureus 분리주에 대해서 5종의 PCR 기법을 적용하여 분자역학적 특성을 분석하였다. 먼저 종특이 유전자(SSG: aroA, coa, nuc 및 spa-gene)의 다양성을 PCR 기법으로 조사하였고, 또한 약제내성의 MRSA 균주의 분포양상과 내독소(Enterotoxin)산생유전자(SE)의 분포양상에 대해서도 조사하였다. 그리고 이 연궁선 수행한 5종의 PCR 기법 들이 생산한 개별성적을 객관적으로 비교하여, 가장 신뢰도 높고 효율적 PCR기법을 선발하였다. 먼저 PCR기법을 적용한 SSG의 분포양상 조사에서는 $nuc-gene\;(100\%)$, $spa-gene\;(91.4\%)$, $coa-gene\;(87.9\%)$, 및 $aroA-gene\;(26.7\%)$의 빈도로 조사되었다. 그리고 aroA와 coa-gene PCR 증폭산물에 대한 RsaI과 AluI 효소로 소화시킨 RELP 성적에서 coa-Bene PCR-RFLP에서는 모두 10 type의 con-type이 동정되었고, 그중 coa-3 type (809 bp)이 닭, 마우스, MRSA 및 사람유래 균주를 포함한 총 36주 $(33.0\%)$로서 가장 대표적인 genotype으로 결정되었다. 반면에 aroA-gene PCR-RELP에서는 단지 7 type의 genotype만이 산생되어 대조를 보였고, 17주 $(73.9\%)$가 대표적인 그룹으로 분류되었다. 한편 spa-gene PCR에서는 총 11 type의 spa-type이 확인되었고, 그중 spa-7 type (9 repeats; 263 bp)이 한우, 닭, 개, 염소, 마우스 및 MRSA 균주 등을 포함한 총 39주 $(34.8\%)$로서 가장 대표적인 genotype으로 결정되었다. 또한 총 116주에 대해 MRSA 균주의신속한 검출을 위해서 mecA-gene PCR을 적용하였던 바, 단지 사람유래의 14주 $(12.1\%)$에서만 양성의 증폭산물 (533 bp)이 검출되었고, 이들 증폭된 PCR산물의 유전학적 검증을 위해 HhaI으로 소화시켰던바 14주 모두 $(100\%)$가 알려진 2개의 DNA band (332 & 201 bp)로 양분되어 유전자수준에서 MRSA 양성균주로 검증되었다. 한편 내독소 산생유전자 (SE-gene)는 multiplex-PCR기법으로 조사하였으며 sea-gene $(63.7\%)$이 가장 지배적이었고, 이어서 seb-gene $(10.0\%)$ 및 sec-gene $(7.2\%)$의 순서였다. 특히 sea+sec의 2종의 SE genes를 보유한 균주도 11주로서 가장 많았으며 그 외에도 sea+seb (2주)및 seb+see (1주) genes를 보유한 균주도 함께 검출되었다. 최종적으로 5종의 PCR기법들이 생산한 성적들을 수치 (SID)로 변환하여 객관적으로 감별능력 (DA)을 비교하였던바, aroA-gene PCR-RFLP는 가장 저조한 DA [SID=0.462]을 나타내었고, 반면에 coa-gene PCR-RELP는 5종의 분석기법 중에서 가장 신뢰도 높은 DA [SID=0.894]을 발현하였다. 따라서 현재의 연구결과con-gene PCR-RELP기법이 사람을 포함한 다양한 동물종유래 S. aureus 균주들의 유전학적 분석목적에 가장 신뢰도 높고 감별능력이 뛰어난 분석기법으로 선발되었다.

• Molecules and Cells
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• 제26권3호
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• pp.314-318
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• 2008

Korean long-tailed goral (Nemorhaedus caudatus) is one of the most endangered species in South Korea. However, detailed species distribution and sex ratio data on the elusive goral are still lacking due to difficulty of identification of the species and sex in the field. The primary aim of this study was to develop an economical PCR-RFLP method to identify species using invasive or non-invasive samples from five Korean ungulates: goral (N. caudatus), roe deer (Capreolus pygargus), feral goat (Capra hircus), water deer (Hydropotes inermis) and musk deer (Moschus moschiferus). The secondary aim was to find more efficient molecular sexing techniques that may be applied to invasive or non-invasive samples of ungulate species. We successfully utilized PCR-RFLP of partial mitochondrial cytochrome b gene (376 bp) for species identification, and sex-specific amplification of ZFX/Y and AMELX/Y genes for sexing. Three species (goral, goat and water deer) showed distinctive band patterns by using three restriction enzymes (Xbal, Stul or Sspl). Three different sexing primer sets (LGL331/335 for ZFX/Y gene; SE47/48 or SE47/53 for AMELX/Y gene) produced sex-specific band patterns in goral, goat and roe deer. Our results suggest that the molecular analyses of non-invasive samples might provide us with potential tools for the further genetic and ecological study of Korean goral and related species.

• 식물병연구
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• 제23권3호
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• pp.241-248
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• 2017

강원도 고랭지배추 포장에서 검출된 사탕무씨스트선충(H. schachtii)과 콩씨스트선충(H. glycines)을 구별할 수 있는 신속진단법을 개발하고자 하였다. 이를 위해 mtDNA COI 유전자 영역의 계통분석으로 동정된 사탕무씨스트선충 GC147, GC408, PM001 개체군과 콩씨스트선충 YS224, DA142, BC115 개체군을 대상으로 PCR-RFLP와 본 연구에서 개발한 특이 프라이머 세트를 이용한 PCR을 수행하였다. 사탕무씨스트선충과 콩씨스트선충 각각 3개 개체군의 mtDNA COI 영역 PCR 증폭산물에 8종류의 제한효소를 처리하여 DNA 절편길이다형성을 확인하였으며, 2종류의 제한효소 RsaI과 HinfI을 처리하면 DNA 밴드 양상의 차이로 사탕무씨스트선충과 콩씨스트선충 두 종을 구별할 수 있었다. 또한, 본 연구에서 개발한 프라이머 세트(JBS1, JBG1과 JB3R)는 사탕무씨스트선충 mtDNA COI 영역의 277과 339 bp, 콩씨스트선충의 339 bp의 특정 DNA 단편을 증폭시켰으며, 뿌리혹선충 3종과 뿌리썩이선충 2종의 식물기생선충은 증폭시키지 않았다. 따라서, 본 연구에서 개발한 프라이머 세트를 이용하여 PCR을 수행하면 사탕무씨스트선충과 콩씨스트선충을 구별할 수 있었다.

• Journal of Yeungnam Medical Science
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• 제12권2호
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• pp.366-385
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• 1995

항산균 감염증의 예방 및 치료를 위하여는 역학적인 연구가 중요하다. 본 연구에서는 감염증의 분자역학적 연구를 위한 기법중 아직 항산균을 대상으로 pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) 분석법을 확립하고자 하였다. PFGE분석에 적절한 제한효소는 DraI, AsnI 및 XbaI 등이었고 각 제한효소마다 최적의 PFGE조건은 서로 달랐다. DraI의 경우는 두단계로 나누어 전기영동을 시행하였다. 제1단계의 initial pulse는 10초 final pulse는 15초였으며 제2단계는 initial pulse는 60초 final pulse는 70초이었다. 전기영동시간은 각 단계마다 각각 14시간씩이었다. XbaI의 경우는 제2단계 없이 initial pulse가 3초 final pulse가 12초였고 전기영동시간은 22시간이었다. AsnI의 경우는 제2단계 없이 initial pulse가 5초 final pulse가 25초였고 전기영동시간은 22시간이었다. 모든 경우에 있어서 전압은 200V로 하였다. 표준균주로는 M. bovis BCG, M. tuberculosis 및 M. fortuitum등을 사용하였는데 PFGE분석상 동일균종내에서 표준균주들 간의 차이는 발견할 수 없었다. 임상에서 분리된 9주의 M. fortuitum 균주를 대상으로 AsnI 제한효소로 PFGE분석을 시행한 결과 2주만을 제외하고는 서로 간의 유전형 분류가 가능하였다. 균주간의 유전적 거리를 결정하기 위하여 cluster analysis를 시행한 결과 M. fortuitum 균주들은 크게 두 집단으로 나뉘었다. 제한효소 AsnI으로 동일 균종의 분류가 안되는 M. fortuitum 균주들은 XbaI 제한효소을 사용한 PFGE분석으로 유전형의 구분이 가능하였다. Cluster analysis를 시행한 결과 크게 두 집단으로 나뉘었던 M. fortuitum 균주들은 보다 복잡한 집단으로 분류되어 XbaI을 사용한 PFGE분석법이 M. fortuitum 균주분류를 위하여는 보다 적절함을 알 수 있었다. Cluster analysis에서 얻은 최대 % dissimilarity 값은 0.74(AsnI) 및 0.75(XbaI)로서 이 값은 arbitrarily primed polymerase chain reaction(AP-PCR)법보다는 높고 restriction fragment length polymorphism(RFLP) 법보다는 낮아 PFGE법이 RFLP를 보완하거나 대치할 수 있는 세균 유전형 분석법임을 알 수 있었다.