• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제14권8호
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• pp.1051-1056
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• 2001

Data for teat number for Landrace (L), Yorkshire (Y), crossbred of Landrace and Yorkshire (LY), and crossbred of Landrace, Yorkshire and Chinese indigenous Min Pig (LYM) were analyzed using Gibbs sampling. In Bayesian inference, flat priors and some informative priors were used to examine their influence on posterior estimates. The posterior mean estimates of heritabilities with flat priors were $0.661{\pm}0.035$ for L, $0.540{\pm}0.072$ for Y, $0.789{\pm}0.074$ for LY, and $0.577{\pm}0.058$ for LYM, and they did not differ (p>0.05) from their corresponding estimates of REML. When inverse Gamma densities for variance components were used as priors with the shape parameter of 4, the posterior estimates were still corresponding (p>0.05) to REML estimates and mean estimates using Gibbs sampling with flat priors. However, when the inverse Gamma densities with the shape parameter of 10 were utilized, some posterior estimates differed (p<0.10) from REML estimates and/or from other Gibbs mean estimates. The use of moderate degree of belief was influential to the posterior estimates, especially for Y and for LY where data sizes were small. When the data size is small, REML estimates of variance components have unknown distributions. On the other hand, Bayesian approach gives exact posterior densities of variance components. However, when the data size is small and prior knowledge is lacked, researchers should be careful with even moderate priors.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권5호
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• pp.719-728
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• 2004

본 연구는 한우의 도체형질들에 대한 유전적 변이를 분석방법에 따라 어떠한 차이가 있는지를 알아보고자 한우 후대검정자료를 이용하여 분석하였다. 분석에 이용된 도체성적 관련 자료는 가축개량사업소와 한우개량단지에서 1996 년부터 2001 년까지 태어난 후대검정우 1526두로부터 조사었다. 한우에 있어서 주요 개량형질인 육량과 육질에 영향하는 도체중, 도체율,배최장근단면적, 등지방두께, 근내지방도를 대상으로 유전력과 유전상관을 추정하였다. 유전모수 추정에 있어서 REML 분석법과 Bayesian추론방법으로써 Gibbs Sampling 분석법을 사용하였는데 각각의 모수들에 대한 Gibbs Sampler는 100,000회 실시하였고 초기 1,000회는 모수의 사후분포에 대한 부정확성으로 간주하여 모수의 사후분포특성 규명에서 제외하였다. 각각의 형질들에 대한 유전변이는 이러한 두 가지 분석방법을 상호 비교 함으로써 최적의 통계분석 방법을 모색하였다. 도체형질에 대한 유전력 추정은 REML 방법을 통한 추정에서는 근내지방도가 0.51로 고도의 유전력을 보였고, 도체율이 0.25로 중도의 유전력이 추정되었다. Gibbs Sampling 방법을통한 추정에서도 근내지방도가 0.54로 고도의 유전력을 도체율에서 0.25로 중도의 유전력을 보였다. REML 분석방법과 Gibbs Sampling 분석방법에서의 유전력은 다소 큰 차이는 보이지 않았으나, 대체로 Gibbs Sampling 방법으로 분석한 유전력 추정치가 높게 추정되었다. 그리고, 유전상관분석에서는 REML 방법을 통한 분석에서 도체중과 배최장근단면적에서 0.651 로 높은 정의 유전상관을 나타내었고, 배최장근단면적과 등지방두께에서 -0.139로 부의 유천상관을 나타내었다. Gibbs Sampling 방법에서는 도체중과 도체율, 배최장근단면적에서 각각 0.814, 0.695으로 높은 정의 상관을 나타내었고, 배최장근단면적과 등지방두께에서 -0.126으로 부의상관을 나타내었다. Gibbs Sampling방법을 통한 분석에서 특정 형질간 유전상관이 높게 나타났으며, 다소 큰 차이를 보이지 않았다. REML 분석방법과 Bayesian Inference를 바탕으로 한 Gibbs Sampling 분석에서 모수 추정은 큰 차이를 보이지 않았다. 따라서 방대한 현장정보를 활용하여 보다 정확한 모수 추정을 수행하기 위해서는 분석모형에 대한 계수행렬의 역행렬 계산을 통한 REML 방법의 한계성을 극복할 수 있는 방법으로써 Gibbs Sampling 분석 방법이 가능할 것으로 사료된다.

• Communications for Statistical Applications and Methods
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• 제24권3호
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• pp.291-301
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• 2017

It is well known in a small sample that the maximum likelihood (ML) approach for variance components in the general linear model yields estimates that are biased downward. The ML estimate of residual variance tends to be downwardly biased. The underestimation of residual variance, which has implications for the estimation of marginal effects and asymptotic standard error of estimates, seems to be more serious in some limited dependent variable models, as shown by some researchers. An alternative frequentist's approach may be restricted or residual maximum likelihood (REML), which accounts for the loss in degrees of freedom and gives an unbiased estimate of residual variance. In this situation, the REML estimator is derived in a censored regression model. A small sample the REML is shown to provide proper inference on regression coefficients.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제16권5호
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• pp.639-643
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• 2003

The data on 283 Sahiwal cows, sired by 16 bulls, maintained at Cattle Breeding Farm of Nagpur Veterinary College and Dairy Farm of Agricultural College, Nagpur, were considered for the estimation of genetic parameters. Variance and covariance estimates of first lactation traits were obtained using restricted maximum likelihood technique (REML). When first lactation milk yield (FLMY), first lactation length (FLL) and average daily yield (ADY) traits were considered for REML analysis, the heritabilities were $0.184{\pm}0.146$, $0.132{\pm}0.131$ and $0.141{\pm}0.133$, respectively. While, genetic and phenotypic correlations between them were medium to high except phenotypic correlations between FLL and ADY (-0.025). REML procedure considering FLMY, age at first calving (AFC) and first service period (FSP) combination exhibits heritabilities as $0.274{\pm}0.173$, $0.506{\pm}0.233$ and $0.274{\pm}0.172$, respectively. Genetic correlations were $-0.120{\pm}0.376$, $0.225{\pm}0.423$ and $0.365{\pm}0.331$ between FLMY and AFC, FLMY and FSP, AFC and FSP, respectively. Phenotypic correlations were 0.057, 0.289 and 0.123, respectively. Considering all five traits REML combination heritabilities estimated were $0.238{\pm}0.162$, $0.160{\pm}0.139$, $0.136{\pm}0.132$, $0.409{\pm}0.209$ and $0.259{\pm}0.168$ for FLMY, FLL, ADY, AFC and FSP, respectively. The genetic correlations were positive except FLMY and AFC. The phenotypic correlations were also positive except FLL and ADY, ADY and FSP. Almost all estimates were associated with high standard error.

• 응용통계연구
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• 제15권2호
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• pp.337-354
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• 2002

본 논문에서는 오차성분이 계열상관을 갖는 불균형 랜덤모형에서 분산성분의 추정방법에 대하여 연구하였다. 분산성분에 대한 추정량으로 조건부 ANOVA(cANOVA), ML및 REML추정량등을 유도하였으며, 계열상관값과 불균형의 정도에 따른 추정량의 변동성을 추정량의 분위수를 이용하는 EQDGs플롯을 이용하여 비교하였다. 모의실험결과 cANOVA추정방법은 불균형의 정도에는 추정량값이 크게 영향을 받지 않는 것으로 나타났으나 계열상관값의 증가에 따라서는 변동성을 보이고 있다. 불균형의 정도와 계열상관값을 동시에 고려하는 경우에는 ML추정방법이 cANOVA, REML추정방법보다 변동성이 안정적으로 나타났다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제44권4호
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• pp.383-390
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• 2002

1998년도부터 2001년도까지 실시한 한우 후대검정에서 공시된 후보종모우들에 대한 근친도를 조사해 본 결과, 대부분의 종모우들은 근친되지 않고 있어 한우 종모우 집단은 아직 non-inbred 집단으로 간주해도 무방할 것으로 사료되었다. 하지만 많은 개체들간에 혈연관계가 있는 것으로 조사되어 앞으로 근친도가 크게 상향될 것으로 예상되기 때문에 농가에서 보다 계획적인 정액 선택을 통한 교배가 권장된다. 또한 거세 검정우 1262두로부터 조사된 도체성적들에 대한 유전모수를 선형모형하에서 REML 방법으로 추정된 결과와 근내지방도를 범주형자료로 간주하여 Gibbs sampling 방법으로 추정한 결과, 기존의 비거세우를 대상으로 추정한 결과 보다 다소 높게 추정되었으며 GS방법에 의한 추정치가 REML 방법에 의한 추정치보다 높게 추정되었다. 특히 근내지방도에 대한 유전력 추정치는 GS방법에서 0.74으로 아주 고도의 유전력을 갖는 것으로 추정되어 근내지방도에 대한 개량의 용이함을 제시하였다. 또한 근내지방도와 등지방두께 간에는 0.46의 유전상관을 갖는 것으로 추정되었으며 근내지방도와 출하시 체중간에는 -0.44의 부의상관을 갖는 것으로 추정되었다. 반면에 도체율과 근내지방도간에는 -0.72의 강한 부의상관을 갖는 것으로 추정되었는데 도체율에 대한 변이가 상당히 낮은 변이계수를 고려할 때 추정치에 대한 신뢰도가 낮을 것으로 예상되었다. 종모우의 육종가에 대한 추정방법간의 상관은 다소 낮을 것으로 예상되기 때문에 이에 대한 연구가 필요할 것으로 사료된다.

• 응용통계연구
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• 제13권1호
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• pp.55-70
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• 2000

본 논문에서는 내포오차성분을 가지는 패널회귀모형에서 회귀계수에 대하여 다양한 추정량들을 유도하고, 추정량들의 효율성을 모의실험을 통하여 평균제곱오차의 기준에서 비교하였다. 모의실험 결과, 제안된 FGLS 추정량들은 GLS추정량과 효율성에서 서로 큰 차이를 보이지 않았으며, 계산상 더욱 복잡한 ML, REML 추정량 및 MIVQUE와 거의 비슷한 효율성을 보여주었다.

• 응용통계연구
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• 제6권2호
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• pp.355-370
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• 1993

일원변량모형에서 처리효과와 오차항의 분포가 임의의 분포를 따를 때, NINQE 추정량의 효율성을 MSE와 편의 판정기준아래에서 ANOVA, MIVQUE, REML, ML 추정량과 비교하여 알아 본다. 그리고 역행렬의 계산이 필요하지 않는 간편한 MIVQUE 추정량, REML 추정량과 ML 추정량의 계산 방법이 주어진다. 또한 MINQE의 효율성을 높일 수 있는 사전추측값을 제공하는 방법이 제안된다. 결론적으로 MINQE 추정량은 비록 편의는 다른 추정량들에 대해서 크지만, 모든 분포에 대해서 MSE의 판정기준아래에서 가장 효율성이 높으며, 변량인자들이 따르는 분포의 첨도가 클수록 그 효율성은 증가한다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제13권3호
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• pp.413-422
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• 2000

In the class of models which include random effects, the variance component estimates are important to obtain accurate predictors and estimators. Variance component estimation is straightforward for balanced data but not for unbalanced data. Since orthogonality among factors is absent in unbalanced data, various methods for variance component estimation are available. REML estimation is the most widely used method in animal breeding because of its attractive statistical properties. Recently, Bayesian approach became feasible through Markov Chain Monte Carlo methods with increasingly powerful computers. Furthermore, advances in variance component estimation with complicated models such as generalized linear mixed models enabled animal breeders to analyze non-normal data.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제12권1호
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• pp.19-25
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• 2001

Random effects models which describe the dependence via random effects in various correlated data have recently received considerable attention in the biomedical literature. They include mixed linear models (MLMs), generatized linear mixed models (GLMMS) and hierarchical generalized linear models (HGLMs). For the inference Lee and Nelder (2000) proposed the first-and second-order REML (restricted maximum likelihood) methods based on hierarchical-likelihood of tee and Welder (1996). In this paper, for Poisson-gamma HGLMs the new methods are theoretically compared with marginal likelihood methods and both methods are illustrated by two practical examples.