• 한국산학기술학회논문지
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• 제12권8호
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• pp.3541-3546
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• 2011

자식작용은 난자 세포질의 단백질 고분자 물질과 세포 소기관 분해를 위해서 세포질 리소좀 통로에 유전적으로 작용하고 있으며 ATP합성과 단백질 재활용에 관여하고 있다. 이러한 자식작용은 난자 발달 과정에서 매우 중요하지만 세포질 내 자식작용의 동적 발달 과정의 근원적인 기전은 잘 알려지지 않고 있다. 따라서 본 연구에서는 초기 난자 발달 과정의 자식작용을 이해하기 위해서 쥐 난자 체외 성숙 과정에서 자식작용과 관련된 유전자들의 유전적 발현 수준을 분석하였다. Real Time RT-PCR 기법을 이용하여 유전자 Atg2a, Atg3, Atg4b, Atg5, Atg6, Atg7, Atg9a, 그리고 Wipi3 같은 모계에서 유전된 ATGs 군들의 유전자들은 수정난 유전체 활성화(ZGA) 이전 단계인 1세포기에서 높게 발현되었고, 그 후 이들 유전자들의 발현은 배반포 단계와 2세포기 4세포기 단계에서는 감소함을 알 수 있었다. Dram과 Atg9b 유전자들은 배반포와 1세포기 단계에서 발현됨으로서 모계 유전자이면서 ZGA에 의해서 발현되는 유전자임을 알 수 있었다. 한편 UIKI의 유전자 발현은 착상 전 단계에서 일정하게 나타남을 알 수 있었다. 하지만 Atg4d 유전자의 경우 4세포기에서부터 배 반포 단계까지 높게 나타남을 알 수 있었다. 이러한 결과로부터 생쥐 난자 발달 과정에서 자식작용과 관련된 유전자들은 초기 난자 발달과정에서 중요한 역할 과정임을 알 수 있었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제23권8호
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• pp.987-992
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• 2010

This study was to detect the expression of heart fatty acid-binding protein (H-FABP) and adipocyte fatty acid-binding protein (A-FABP) gene mRNA in different tissues of Rugao and Luyuan chickens at 56 d and 120 d by real-time fluorescence quantitative reverse transcription polymerase-chain reaction (FQ-RT-PCR). The primers were designed according to the sequences of HFABP, A-FABP and GAPDH genes in Gallus gallus, which were used as target genes and internal reference gene, respectively. The levels of H-FABP and A-FABP gene expression were detected by SYBR Green I FQ-RT-PCR. The relative H-FABP and A-FABP gene mRNA expression level was calculated with 2-$^{{\Delta}Ct}$. Melting curve analysis showed a single peak of three genes. Intramuscular fat (IMF) content in breast muscle and leg muscle of the two chicken breeds at 120 d was higher than at 56 d. IMF content in breast muscle and leg muscle at 56 d and 120 d in Luyuan was significantly higher than in Rugao, however, abdominal fat of Luyuan was significantly lower than that of Rugao. The relative H-FABP gene mRNA expression level in cardiac muscle was the highest in both chicken breeds. The relative H-FABP and A-FABP gene expression of different tissues in Luyuan was higher than in Rugao. H-FABP gene mRNA expression had a negative effect on IMF of leg and breast muscles, and was significantly negatively correlated with IMF content. The relative A-FABP gene mRNA level in abdominal fat was higher than in liver. The A-FABP gene mRNA was not expressed in leg, breast and cardiac muscles. A-FABP gene mRNA expression level was significantly positively correlated with abdominal fat and had a significant effect on abdominal fat but not IMF content.

• 한국가금학회지
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• 제44권3호
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• pp.199-209
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• 2017

Mitogen-activated protein kinase (MAPK) signaling pathways play a key role in innate immunity, inflammation, cell proliferation, cell differentiation, and cell death. The main objective of this study was to investigate the expression level of candidate MAPK pathway genes in the intestinal mucosal layer of two genetically disparate chicken lines (Marek's disease-resistant line 6.3 and Marek's disease-susceptible line 7.2) induced with necrotic enteritis (NE). Using high-throughput RNA sequencing, we investigated 178 MAPK signaling pathway related genes that were significantly and differentially expressed between the intestinal mucosal layers of the NE-afflicted and control chickens. In total, 15 MAPK pathway genes were further measured by quantitative real-time PCR(qRT-PCR) and the results were consistent with the RNA-sequencing data. All 178 identified genes were annotated through Gene Ontology and mapped onto the KEGG chicken MAPK signaling pathway. Several key genes of the MAPK pathway, ERK1/2, JNK1-3, p38 MAPK, MAP2K1-4, $NF-{\kappa}B1/2$, c-Fos, AP-1, Jun-D, and Jun, were differentially expressed in the two chicken lines. Therefore, we believe that RNA sequencing and qRT-PCR analysis provide resourceful information for future studies on MAPK signaling of genetically disparate chicken lines in response to pathogens.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제17권12호
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• pp.5229-5235
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• 2016

Prostate cancer (PCa) remains one of the most widespread and perplexing of all human malignancies. Assessment of gene expression is thought to have an important impact on cancer diagnosis, prognosis and therapeutic decisions. In this context, we explored combined expression of PCa related target genes AMACR and PCA3 in 126 formalin fixed paraffin embedded prostate tissues (FFPE) from Moroccan patients, using quantitative real time reverse transcription-PCR (RT-qPCR). This quantification required data normalization accomplished using stably expressed reference genes (RGs). A panel of twelve RG was assessed, data being analyzed using GenEx V6 based on geNorm, NormFinder and statistical methods. Accordingly, the hnRNP A1 gene was identified and selected as the most stably expressed RG for reliable and accurate gene expression quantification in prostate tissues. The ratios of both PCA3 and AMACR gene expression relative to that of the hnRNP A1 gene were calculated and the performance of each target gene for PCa diagnosis was evaluated using receiver-operating characteristics. PCA3 and AMACR mRNA quantification based on RT-qPCR may prove useful in PCa diagnosis. Of particular interesting, combining PCA3 and AMACR quantification improved PCa prediction by increasing sensitivity with retention of good specificity.

• 식물병연구
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• 제25권4호
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• pp.205-212
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• 2019

Analysis of differentially expressed genes has assisted discovery of gene sets involved in particular biological processes. The purpose of this study was to identify genes involved in appressorium formation in the rice blast fungus Magnaporthe oryzae via analysis of cDNA-amplified fragment length polymorphisms. Amplification of appressorial and vegetative mycelial cDNAs using 28 primer combinations generated over 200 differentially expressed transcript-derived fragments (TDFs). TDFs were excised from gels, re-amplified by PCR, cloned, and sequenced. Forty-four of 52 clones analyzed corresponded to 42 genes. Quantitative real-time PCR showed that expression of 23 genes was up-regulated during appressorium formation, one of which was the MCK1 gene that had been shown to be involved in appressorium formation. This study will be providing valuable resources for identifying the genes such as pathogenicity-related genes in M. oryzae.

• 미생물학회지
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• 제42권4호
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• pp.277-285
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• 2006

본 연구에서는 신경인성 방광으로 요도 카테터를 유치하고 있는 환자의 카테터로부터 카테터 내 요로감염(Catheter-Associate Urinary Tract Infection; CA-UTI)에 관여하는 박테리아인 Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa 그리고 Staphylococcus aureus를 순수 분리, 동정하였다. 이 균주들을 대상으로 하여 quorum sensing mechanism을 규명하는 기초 연구로 각 균주의 quorum sensing 신호물질인 autoinducer (AIs)를 합성하는 유전자의 mRNA 발현을 확인하고, 정략분석 하였다. 각 세 균주를 단일과 세 균주의 혼합으로 24시간, 30일 동안 배양하며 일정 시간 간격으로 sample을 얻었다. 이 중 24시간 배양한 sample을 가지고 reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR)을 수행하여 각 AIs 합성 유전자가 발현되는 최초 박테리아 밀도를 확인하였다. 단일배양에서 E. coli와 S. aureus의 AIs 합성 유전자(ygaG와 luxS)의 mRNA가 발현되는 최초 박테리아 밀도는 $2.4{\times}20^5$ CFU/ml, $5.4{\times}10^6$ CFU/ml 이었으며 P. aeruginosa의 rhlI와 lasI의 경우 $6.9{\times}10^4$ CFU/ml로 나타났다. 세 균주의 혼합배양에서 ygaG와 luxS의 mRNA가 발현되는 최초 박테리아 밀도는$7.3{\times}10^5$ CFU/ml, $1.6{\times}10^7$ CFU/ml이었으며 rhlI와 lasI의 경우 $2.1{\times}10^5$ CFU/ml로 나타났다. 또한 30일 배양한 sample의 RT-PCR 결과, 배양초기부터 각 AIs 합성 유전자들의 mRNA가 30일 동안 일정한 양만큼 지속적으로 발현됨을 확인하였다. Real-time RT-PCR을 이용한 AIs 합성 유전자의 mRNA 발현을 정량 분석한 결과 각 균주에서 단일배양보다 혼합배양시 AIs 합성 유전자의 발현이 더 많았다. 가장 많은 발현량의 차이를 보인 경우 E. coli ygaG의 mRNA 발현량은 단일배양보다 세 균주의 혼합배양시 최고 약 30배 이상이 증가하였고, P. aeruginosa rhlI의 경우 단일배양보다 혼합배양시 최고 약 40배, P. aeruginosa lasI의 경우 최고 약 250배 그리고 S. aureus luxS의 경우는 단일배양보다 혼합배양시 최고 약 5배 이상 mRNA 발현량이 증가하였다. 또한 세 균주의 4가지 유전자 중 P. aeruginosa의 rhlI와 lasI의 mRNA가 가장 많은 양으로 발현됨을 확인하였다.

• Journal of Chest Surgery
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• 제43권4호
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• pp.356-363
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• 2010

배경: 승모판막의 석회화는 죽상경화와 밀접한 연관관계가 있는 것으로 알려져 있다. 그러나, 승모판막 질환에서 혈관 죽상경화에 중요한 역할을 하는 것으로 알려진 Connexin43 매개에 의한 Gap junction의 신호전달의 변화는 잘 알려져 있지 않다. 따라서, 저자들은 승모판막의 퇴행성 변화과정이 Gap junction을 통한 세포간 신호전달의 변화와 연관이 있을 것이라고 가정하였다. 대상 및 방법: 뉴질랜드산 토끼 20마리를 2군으로 나눈후, 1군(10마리)에서는 정상식이를 시행하였고, 2군(10마리)에서는 1% 콜레스테롤식이를 12주간 시행하였다. 각군의 토끼들의 혈장에서 총 콜레스테롤, 중성지방, 저밀도 콜레스테롤, 고밀도 콜레스테롤 수치를 측정하였으며, 승모판막을 절제하여 Connexin43, 근육섬유모세포 그리고 대식세포에 대한 면역조직화학염색을 시행하였으며, Connexin43에 대한 정량적 검사를 위하여 Real-time Reverse Transcriptase polymerase chain reaction (real time RT-PCR)을 시행하였다. 결과: 면역조직화학염색에서 근육섬유모세포와 대식세포의 발현은 콜레스테롤 식이를 시행한 군의 승모판막에서 증가되었으며, Connexin43의 발현도 콜레스테롤 식이군에서 증가되어 있었다. RT-PCR을 이용한 정량적 검사에서 Connexin43의 발현은 콜레스테롤 식이군에서 의미있게 증가되어 있었다(p<0.01). 결론: 고콜레스테롤혈증이 유발된 토끼의 승모판막의 변화는 초기 죽상경화와 유사한 과정을 보이며, Connex43의 발현이 증가되었다. 따라서 고콜레스테롤혈증에서의 승모판막질환은 증가된 Connexin43매개 Gap junction을 통한 세포간 신호전달의 변화가 중요한 역할을 한다고 생각된다.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2003년도 생물공학의 동향(XIII)
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• pp.388-388
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• 2003

• 한국생명과학회:학술대회논문집
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• 한국생명과학회 2007년도 제48회 학술심포지움 및 추계국제학술대회
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• pp.69.1-69.1
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• 2007

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• 한국환경독성학회:학술대회논문집
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• 한국환경독성학회 2004년도 Sharing Experience of Human and Ecological Risk Assessment and Management in Asia/Pacific Region
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• pp.30-31
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• 2004