• 한국산학기술학회논문지
• /
• 제18권1호
• /
• pp.141-147
• /
• 2017

본 연구에서는 클로닝과 생어 염기서열 분석으로 획득된 16S rRNA 유전자 염기서열을 메타분석하여 반려견 분변 박테리아를 조사하였다. 이러한 메타분석을 위해서 RDP 데이터베이스(Release 11, Update 3)에 등록되어 있는 반려견 분변 박테리아 유래 16S rRNA 유전자 염기서열 검색하여 획득하였다. RDP 데이터베이스에서 총 420개의 반려견 분변 박테리아 유래 16S rRNA 유전자 염기서열이 확인되었고, 그 중에서 42개 유전자 염기서열이 배양가능한 박테리아에서 유래한 것으로 확인되었다. 이러한 420개의 유전자 염기서열은 박테리아 분류학상의 '문'(phylum)에서 총 5개(Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Fusobacteria, Proteobacteria)로 분류되었다. 그 중에서 Firmicutes가 가장 우점하는 '문'이었고, 총 420개 유전자 중에서 55.2%를 차지하였다. Bacteroidetes는 32.1%로 두 번째로 우점하는 '문'이였고, 다음으로 Actinobacteria(6.4%), Fusobacteria(3.8%), Proteobacteria(2.4%)가 우점하였다. 박테리아 분류학상의 '속'(genus)에서는 Bacteroidetes의 하위 단계인 Bacteroides가 가장 우점하였고 총 420개 유전자 중에서 30.0%를 차지하였다. 반면에 Firmicutes의 하위 단계인 Clostridium XI는 두 번째로 우점하는 '속'으로 총 420개 유전자 중에서 27.4%를 차지하였다. 추정상의 '종'(species)인 Operational taxonomic units의 수는 82개로 확인되었다. 본 연구의 결과는 반려견 분변 내 미생물 다양성을 이해하는데 도움을 줄 수 있을 것이고, 향후 반려견의 건강과 웰빙에 관한 연구에 활용될 수 있을 것이다.

• 한국산학기술학회논문지
• /
• 제18권12호
• /
• pp.466-472
• /
• 2017

본 연구의 목적은 곰팡이 28S rDNA 염기서열의 메타분석을 통하여 반추위 곰팡이의 다양성을 조사하는데 있다. 'rumen'과 'ruminal'이 반추위 곰팡이 유래 염기서열들을 회수하기 위한 검색어로 사용되었다. 2016년 9월부로 모든 28S rDNA 염기서열이 보관되어 있는 Ribosomal Database Project(RDP, http://rdp.cme.msu.edu) 데이터베이스에서 반추위 곰팡이 유래 28S rDNA 유전자 염기서열(n=165)을 획득하였다. 총 165개의 염기서열은 분류학상의 '문(phylum)'인 Ascomycota, Neocallimastigomycota 및 Basidiomycota로 분류되었고, 165개의 염기서열 중에서 각각 109개, 48개, 8개의 염기서열을 차지하였다. Ascomycota 염기서열은 식물병원성곰팡이나 마이코톡신을 생성하는 곰팡이를 포함하고 있는 '속(genus)' Pseudonectria, Magnaporthe, Alternaria, Cochliobolus, Cladosporium 및 Davidiella로 분류되었다. 또한, Basidiomycota 염기서열은 식물병원성곰팡이를 포함하고 있는 '속(genus)' Thanatephorus와 Cryptococcus로 분류되었다. 뿐만 아니라, Neocallimastigomycota 염기서열의 경우 섭취된 조사료의 주요 구조탄수화물을 분해하는 '속(genus)' Cyllamyces, Neocallimastix, Anaeromyces, Caecomyces, Orpinomyces, Piromyces로 분류되었다. 본 연구는 처음으로 28S rDNA 염기서열의 메타분석을 통해 반추위 곰팡이 다양성에 대한 정보를 통합적으로 제공하였다. 본 연구의 결과는 향후 반추위 곰팡이 연구에 대한 방향을 제공할 것이고, 새로운 분석도구 개발에 응용될 수 있을 것이다.

• 한국동물생명공학회지
• /
• 제34권3호
• /
• pp.157-165
• /
• 2019

This study was conducted to analyze the diversity census of fecal microbiome in horses using meta-analysis of equine 16S rRNA gene sequences that are available in the Ribosomal Database Project (RDP; Release 11, Update 5). The search terms used were "horse feces (or faeces)" and "equine feces (or faeces)". A total of 842 sequences of equine feces origin were retrieved from the RDP database, where 744 sequences were assigned to 10 phyla placed within Domain Bacteria. Firmicutes (n = 391) and Bacteroidetes (n = 203) were the first and the second dominant phyla, respectively, followed by Verrucomicrobia (n = 58), Proteobacteria (n = 30) and Fibrobacteres (n = 24). Clostridia (n = 319) was the first dominant class placed within Bacteroidetes while Bacteroidia (n = 174) was the second dominant class placed within Bacteroidetes. The remaining 98 sequences were assigned to phylum Euryarchaeota placed within Domain Archaea, where 74 sequences were assigned to class Methanomicrobia. The current results will improve understanding of the diversity of fecal microbiome in horses and may be used to further analyze equine fecal microbiome in future studies.

• KSBB Journal
• /
• 제19권1호
• /
• pp.72-77
• /
• 2004

건강에 대한 관심의 증대로 인한 저염식품의 개발 필요성에 맞추어 오이발효에 염의 농도를 낮추게 되면 정상적 일차발효 후에 이차발효가 진행됨으로써 결국 부패하게 된다. 장기간에 걸쳐 다양한 균의 복합적 작용으로 진행되는 저염 발효오이의 부패 과정을 이해하기 위하여 이에 관련된 균을 분리 동정하였다. 부패발효액을 무기배양하여 균을 분리하고 이들의 16s rRNA 유전자 부분을 universal primer를 이용한 PCR로서 증폭하여 서열분석 하였다. 분석된 800 염기 길이의 서열 전체를 그대로 이용하여 NCBI의 BLAST로서 유사종을 찾고 RDP의 Sequence Aligner와 Sequence Match에서 재확인하여 분리된 균을 3속 8종으로 동정하였다. Database 내의 표준균 서열을 기반으로 한 제한효소 지도와 동정된 균의 PCR 생성묵의 제한효소 처리결과(RFLP)를 비교하여 동정 결과를 실험으로 검정하였다. 동정과정에서 sequencing 결과 전체를 이용하는 점과 RDP를 통한 확인과 RFLP를 이용한 검정은 동정 결과에 대한 신뢰도를 한층 증가시켰다. 또 분리된 8종은 개별적 특징의 조사나 적절한 조합을 이룰 때의 상호 의존도 등을 조사할 수 있게 함으로써 여러 균에 의한 복합적 과정인 부패를 순차적 혹은 요인별로 나누어 살펴보는 연구를 가능하게 한다.

• 미생물학회지
• /
• 제37권1호
• /
• pp.72-79
• /
• 2001

폐수 처리장의 방류수에 페놀을 첨가한 후 terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) 방법을 이용하여 세균군집의 구조와 변화를 조사하였다. 시료로부터 얻은 16S rRNA gene은 eubacterial primer로 증폭하였으며, 한 primer는 5'말단에 biotin을 부착하였다. 증폭된 product는 HaeIII와 AluI으로 각각 절단하였고, 절단된 단편 중에서 terminal restriction fragment (T-RF)를 streptavidin paramagnetic particle을 이용하여 분리하였다. 분리된 T-RF는 전기영동과 silver staining을 통하여 확인하였다. 본 실험의 유용성을 검증하기 위하여 표준 균주 10 균주를 대상으로 실험하였고, 균주마다 특징적인 T-RF를 가지는 것과 그 크기가 Ribosomal database project (RDP) 자료로부터 계산된 결과와 일치하는 것을 확인할 수 있었다. 한편, 대조군으로 사용된 페놀을 첨가하지 않은 방류수 시료에서는 Acinetobacter, Bacillus, Pseudomonas 속 등이 우점종을 차지하고 있었고, 페놀 (최종농도 250mg.$l^{-1}$)을 첨가한 방류수 시료에서는 Acinetobacter, Comamonas, Cytophaga, Pseudomonas 속 등이 우점종을 차지함을 알 수 있었다. Gel에서 분리한 Acinetobacter와 Cytophaga에 해당되는 T-RF는 재증폭 및 염기 서열 분석이 가능하였는데, database의 염기서열과 비교한 결과 Acinetobacter junii와 유연관계가 가깝다는 것을 확인하였다.

• Environmental Engineering Research
• /
• 제14권1호
• /
• pp.3-9
• /
• 2009

Microorganisms play an important role in the geochemical cycles, industry, environmental cleanup, and biotechnology among other fields. Given the high microbial diversity, identification of the microorganism is essential in understanding and managing the processes. One of the most popular and powerful method for microbial identification is comparative 16S rRNA gene analysis. Due to the highly conserved nature of this essential gene, sequencing and later comparison of it against known rRNA databases can provide assignment of the bacteria into the taxonomy, and the identity of its closest relatives. Isolation and sequencing of 16S rRNA genes directly from natural environments (either from DNA or RNA) can also be used to study the structure of the whole microbial community. Nowadays, novel sequencing technologies with massive outputs are giving researchers worldwide the chance to study the microbial world with a depth that was previously too expensive to achieve. In this article we describe commonly used research approaches for the study of individual microorganisms and microbial communities using the tools provided by Ribosomal Database Project website.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
• /
• 한국미생물학회 2003년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
• /
• pp.118-121
• /
• 2003

A method for detection and quantification of aceticlastic methanogens using a real-time PCR with a TaqMan probe was developed. Two sets of primers and probes targeting the family Methanosarcinaceae and Methanosaetaceae were designed by using the Ribosormal Database Project (RDP) II, and softwares for phylogenetic probe design and sequence analysis. Target-group specificity of each set of primers and probe was verified by testing DNAs isolated from pure cultures of 28 archaeal strains purchased from DSMZ. Cell numbers in the 28 archaeal cultures and in the samples from anaerobic processes were quantified using a real-time PCR with the sets of primers and probe. In conclusion, the real-time PCR assay was very specific for the corresponding target methanogenic family and was proved to be a powerful method for quantification of aceticlastic methanogens in anaerobic processes.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제32권3호
• /
• pp.218-223
• /
• 2004

용균성 야생 점액세균 204균주를 국내 토양으로부터 순수분리하였고, 분리균주의 16S rRNA 부분 염기서열을 결정하였다. Ribosomal Database Project(RDP) II를 이용하여 분리균주 각각의 16S rRNA 염기서열을 분석한 결과 전체 분리균주의 65%를 차지하는 132 균주들이 Myxococcus 속에 속할 것으로 예상되었으며, 29%를 차지하는 59 균주들이 Corallococcus 속, 4 균주가 Archangium 속, 그리고 4 균주가 Stigmatella 속에 속할 것으로 분석되었다. 그리고 나머지 5 균주는 알려진 균주와의 유연관계가 멀어 분류가 확실하지 않았다. 한편, 16S rRNA염기서열의 비교분석은 분리균주의 50%가 16S rRNA부분 염기서열상에 적어도 한 염기 이상의 차이를 지니고 있음을 보여주었다. 하지만 동일한 염기서열을 지니는 것으로 분석된 균주에서도 서로 다른 집락모서리를 형성하는 등 다른 균주로 판명되는 것으로 보아 전체 분리균주는 다양성이 81% 이상인 다양한 균주들인 것으로 사료되었다.

• 한국축산시설환경학회지
• /
• 제21권3호
• /
• pp.93-98
• /
• 2015

The objective of this study was to review application of next-generation sequencing (NGS) to investigate microbiome in the livestock sector. Since the 16S rRNA gene is used as a phylogenetic marker, unculturable members of microbiome in nature or managed environments have been investigated using the NGS technique based on 16S rRNA genes. However, few NGS studies have been conducted to investigate microbiome in the livestock sector. The 16S rRNA gene sequences obtained from NGS are classified to microbial taxa against the 16S rRNA gene reference database such as RDP, Greengenes and Silva databases. The sequences also are clustered into species-level OTUs at 97% sequence similarity. Microbiome similarity among treatment groups is visualized using principal coordinates analysis, while microbiome shared among treatment groups is visualized using a venn diagram. The use of the NGS technique will contribute to elucidating roles of microbiome in the livestock sector.

• 대한한방소아과학회지
• /
• 제34권4호
• /
• pp.43-58
• /
• 2020

Objectives The purpose of this study is to analyze the effect of various herbal medicin on gut microbiota. Methods Electronic searches were performed using NDSL, OASIS, KISS, KMBASE, K-portal, Pub med, Cochrane, CNKI. Results we analyzed 25 experimental studies on the effect of herbal medicine on microbiota. Diabetes, obesity, inflammatory bowel disease have been frequently studied in micobiota-related disease. The most common experimental animal model used in the studies C57BL/7 mouse. Among the studies wherein single herbal medication were used, Gynostemma pentaphyllum was most commonly studies, and different herbal medications were used in the studies wherein complex herbal medications were studied. Next generation sequencing was performed using Illumina MiSeq system, and gut microbiota analysis was performed using QIIME and Ribosomal Database Project (RDP). In most studies, the herbal medicines exerted regulatory effects on gut microbiota and improved the symptoms of the experimental groups. Conclusions This review provides basic data on the correlation between korean medicine and gut microbiota, as well as information for the development of korean medicine.