• 한국균학회지
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• 제29권2호
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• pp.99-103
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• 2001

RAPD 검정법을 이용하여, 우리 나라에 자생하고 있는 야생 표고균주의 지역간 유전변이에 관해 분석하였다. 사용된 야생 표고균주는 계방산 수집 10개, 오대산 수집 11개, 지리산 수집 11개의 야생 표고 총 32균주를 사용하였다. Genomic DNA를 추출하여 10개의 random primer를 사용하여 PCR 증폭시킨 후 전기영동 한 결과 170개의 밴드가 관찰되었으며, 그중 다형성 밴드는 161개가 검출되었다. 이들 전기영동 상에 나타난 밴드의 유무(1,0)로 cluster 분석을 한 결과, 계방산과 오대산 표고균주들이 하나의 그룹으로, 나머지 지리산 표고균주들이 다른 하나의 그룹으로 형성되었다. 또한 AMOVA 분석결과 세 지역의 집단간 유전적인 차이는 12.5%를 나타내었고, 각 균주들 간에는 87.5%임을 알 수 있었다. 이러한 결과는 계방산과 오대산 균주들은 그룹 내 분화가 큰 것이 주요 원인일 것으로 생각되며, 반면, 지리산 균주들은 계방산과 오대산과는 유전적 격리가 존재함을 알 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제24권7호
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• pp.707-712
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• 2014

RAPD마크를 이용한 한국 내 괭이밥속(Oxalis L.) 식물의 유전적 다양성과 표현형 관계를 평가하였다. 10개의 시발체로 125개의 밴드를 얻었으며 시발체당 12.5개였다. 이들 밴드 중 121개(96.8%)는 다형성을 나타내었으며 단지 4개만 단형성을 나타내었다. 6개 분류군에서 RAPD 표현형의 평균은 3.6개(선괭이밥, 괭이밥)에서 4.8개(붉은괭이밥)였다. 종간 변이에서 선괭이밥과 자주괭이밥이 가장 낮은 변이를 나타내었으며(28.8%), 붉은괭이밥이 가장 높은 변이를 나타내었다(38.4%). 분류군 내 대립유전자좌위는 평균 32.7%였다. 종 간 전체 유전적 다양도와 종내 유전적 다양도는 각각 0.362와 0.122였다. 종간 분화에 근거한 전체 변이의 몫($G_{ST}$)은 0.663이였다. 이는 전체 변이의 66.3%는 종간에 있음을 나타낸다. NJ tree에서 선괭이밥과 붉은괭이밥의 분지군은 높은 지지도를 가지며 괭이밥과 자매군을 형성하였다. 염색체의 수와 RAPD의 표현형적 관계와 일치하지 않았다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제29권4호
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• pp.217-222
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• 2002

재래종 쌀보리 들은 추파형이며 내한성이 약하고 장간이면서 밀수, 장망으로 출수가 늦은 품종이 많았다. 그러나 파성, 내한성, 출수기, 간장, 수장의 변이가 컸으며, 내한성이 강한 품종, uzu 유전자, 찰성, 자색종피 등 다양한 유용 돌연변이를 보였다. 재래종들의 유연관계를 형태적 특성과 RAPD분석 결과, 112품종 모두 다른 품종으로 밝혀졌으며, 재래종 쌀보리와 겉보리의 유전적 특성을 비교한 결과, 일양성이 인정되어 쌀보리 품종들이 겉보리 재래종으로부터 돌연변이 되었던 것으로 추정할 수 있었다.

• 한국약용작물학회지
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• 제8권2호
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• pp.102-108
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• 2000

삼지구엽초(E. koreanum)의 엽면적, 엽장, 엽서, 화색, 거( 距, spur)의 조사를 통하여 국내종과 국외종사이의 유전적 거리 있음을 알 수 있었으며 기공형태와 모용, 종자등의 형태적 특성이 조사되었다. 삼지구엽초 수집종 17 개체에서 추출한 genomic DNA를 사용하여 RAPD를 위한 primer를 선발한 결과 8개의 primer가 선발되었으며 이들 8개의 primer는 G+C의 수가 모두 50% 이상이었다. 삼지구엽초 수집종의 유연관계를 분석한 결과 크게는 2개의 group으로 나누어졌으며 큰 group의 유사도는 0.65로 나타났다. 철원의 일부 수집종(철원 4, 5)과 일본종을 포함하는 군(group II)과 국내종과 중국종, 그리고 일부 일본종을 포함하는 군(group I)으로 나뉘어지고 국내종과 중국종, 그리고 일부 일본종을 포함하는 군(group I) 다시 3개의 subgroup으로 나뉘어졌다. 전체 17개체에 유사도는 $0.6{\sim}0.9$의 상동성을 보여 높게 나타났으며 각각의 subgroup은 0.75부근에서 분포되어 있으며 같은 subgroup내에서는 0.8-0.9의 상동성을 나타내었다.

• 한국가금학회지
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• 제20권4호
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• pp.177-188
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• 1993

닭에서 적절한 성감별 방법을 개발하고 닭의 성분화 기작의 기초자료를 얻기 위하여 배아의 섬유아세포의 염색체를 분석하고, W 염색체 특이적인 반복염기서열과 50∼60％의 유사성을 보이는 random primer로 PCR 증폭을 실시하여 성을 판별하는 방법이 이용되었으며, 닭에서 성분화에 관련된 유전자를 분리하기 위해 W 염색체 특이적인 반복염기서열을 클로닝하였고, PCR을 이용하여 ZFY와 SRY 염기서열을 증폭하였다. 닭의 배아섬유세포의 염색체 분석 결과 Z 염색체와 W 염색체를 구분함으로써 배아의 성을 직접적으로 판별하는 것이 가능하였으며 , 암닭의 DNA를 Xho Ⅰ와 Eco RI로 절단하여 생성되는 band를 이용하여 성을 판별하는 것이 가능하였다. Xho Ⅰ와 Eco RI family를 클로닝하고, colony hybridization을 통해 Xho Ⅰ과 염기서열이 유사한 80∼100개의 clone을 동정하여, 이들 두 그룹간 DNA homology는 매우 유사하였다. 150개의 random primer 중 W 염색체 특이적인 반복 염기서열과 유사성을 보이는 primer 7개를 screening하였으며, 이 중 3개의 primer는 닭에서 자성과 웅성간의 차이를 나타내었다. 닭에서 성분화에 관련된 유전자를 동정하기 위하여 포유류의 ZFY와 SRY유전자의 PCR증폭을 실시하였다. ZFY를 증폭한 결과, 자성과 웅성간의 차이를 발견할 수 없었으며, 이는 닭에서 ZFY는 상염색체 또는 Z 염색체에 존재함을 시사한다. SRY의 증폭에서는 성간의 차이가 확인되었으나, 이 유전자가 Z 염색체에 존재하는지 W 염색체에 존재하는지 혹은 상염색체 존재하는지 여부는 연구가 필요하리라 사료된다.

• 한국자원식물학회지
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• 제25권6호
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• pp.719-730
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• 2012

This study was conducted to investigate the environmental characteristics of natural habitats, and the genetic variations in samples from 19 different quadrates of Asplenium scolopendrium 10 habitats. The natural habitats of A. scolopendrium were located at an altitudes 110-973 m with inclinations of $7-30^{\circ}$. All the quadrates were located on north facing slopes. The average field capacity of the soil is 31.4%, with organic matter at 16.7%, and the pH is 5.84. The soil texture was confirmed as sandy loam in 8 habitats and silt loam in 2 habitats. A total of 214 vascular plants were identified from 10 habitats. The importance value of the herbaceous layer (H) was the highest in A. scolopendrium, at 10.4%, followed by Arachniodes standishii (7.3%), Dryopteris crassirhizoma (6.5%), and Polystichum tripteron (5.3%), which implies that the natural habitats of A. scolopendrium are affinity with ferns. The species diversity of A. scolopendrium was estimated as on average 1.09, while the dominance and evenness were 0.12 and 0.87, respectively. The result of the RAPD analysis, among 59 bands amplified with a primer, 25 (42.4%) showed polymorphism. Twenty-one individuals of 10 habitats could be classified into four groups with similarity coefficient values ranging from 0.74 to 1.0. Mt. Mullae and Geumdaebong populations shows basal branching within the 21 individuals. Ulleung-do island and Jeju-do island population forms an independent clade, respectively. Mt. Moak and Byeonsan-bando clade formed a sister to the Ulleung-do island and Jeju-do island clade.

• The Plant Pathology Journal
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• 제22권1호
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• pp.36-45
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• 2006

Twenty isolates of Didymella bryoniae were isolated from infected cucurbit plants in various growing areas of southern Korea in 2001 and 2002. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) group [RG] I of D. bryoniae was more virulent than RG IV to watermelon. Virulence of the RG I isolate was strong to moderate to cucumber, whereas that of the RG IV varied from strong, moderate to weak. Two hundred seventy-three amplified fragments were produced with 40 primers, and were analyzed by a cluster analysis using UPGMA method with an arithmetic average program of NTSYSPC. At the distance level of 0.7, two major genomic DNA RAPD groups were differentiated among 20 isolates. The RG I included 7 isolates from watermelon and one isolate from melon, whereas the RG IV included 12 isolates from squash, cucumber, watermelon and melon. Amplification of internal transcribed spacer (ITS) region and small subunit rRNA region from the 20 isolates yielded respectively a single fragment. Restriction pattern with 12 restriction enzymes was identical for all isolates tested, suggesting that variation in the ITS and small subunit within the D. bryoniae were low. Amplification of the genomic DNAs of the tested isolates with the sequence characterized amplified regions (SCAR) primer RG IF-RG IR specific for RG I group resulted in a single band of 650bp fragment for 8 isolates out of the 20 isolates. Therefore, these 8 isolates could be assigned into RG I. The same experiments done with RG IIF-RG IIR resulted in no amplified PCR product for the 20 isolates tested. An about 1.4 kb-fragment amplified from the RG IV isolates was specifically hybridized with PCR fragments amplified from genomic DNAs of the RG IV isolates only, suggesting that this PCR product could be used for discriminating the RG IV isolates from the RG I isolates as well other fungal species.

• Journal of the Korean Wood Science and Technology
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• 제34권6호
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• pp.96-103
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• 2006

대량 배양된 송이 균사를 배양병 안에 있는 소나무에 접종한 접종묘를 실시하였는데, 접종묘 내 소나무 뿌리내로 송이 균사가 침투하여 감염이 되었는지를 판별하는 방법으로 ITS (Internal transcribed spacer) 영역에서 특이 primer set인 ITS1-ITS4 (TCCGTAGGTGAACCTGCGG/TCCTCCGCTTATGATATGC)를 선택하여 정하고, 그를 바탕으로 홍천 시험지(강원도 홍천군 동면 노천리)와 홍릉수목원(서울시 동대문구 청량리 2동) 내에서 수집한 다른 균근과 비교하고자 RAPD (Rapid Amplified Polymorphic DNA) 기법으로 각 6종, 10 종의 균근을 동정하였다.

• 한국약용작물학회지
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• 제3권1호
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• pp.50-55
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• 1995

체세포배의 생산, 보호 및 저장조건의 구명과 체세포배의 기내분화 및 체세포배 배양식물의 유전변이 여부를 탐색하기 위한 연구를 수행한 결과 MS기본배지 보다 1/2MS배지가 체세포배형성에 가장 효과적이었으며 BA, kinetin처리 모두 $0.1{\sim}1mg/L$에서 체세포배가 발이하여 식물체 형성이 양호하였고 농도가 높을수록 억제되는 경향을 보였으며 shoot의 발근과 신장을 위해서는 IAA처리가 효과적이었다. 1/2MS기본배지에 2.0%의 알진산 용액으로 알진산캡슐을 씌운 체세포배의 기내에서의 식물체형성(전환율)은 $AgNO_3$5mg/l처리가 86%로 가장 앙호하였다 . $5^{\circ}C$에서 3개월 동안 체세포배를 저온저장하여 65%의 발아가 이루어졌으며 저장기간이 길어질수록 발아율이 저하되었다. 체세포배 배앙식물은 RAPD(Randomly Amplified Polymorphic DNA)분석을 통하여 여러 major band 수준에서 DNA polymorphism이 관찰되었다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제50권
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• pp.190-199
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• 2023

Date palm (Phoenix dactylifera L.: Arecaceae) is a dioecious species where only female trees bear fruits. In their natural state, date palms produce dates once a year. However, in Thailand, some trees were observed to produce dates during the off-season, despite no variations in morphology. The availability of such off-season fruits can significantly increase their market value. Interestingly, most female off-season date palms investigated in this study were obtained through micropropagation. Hence, there is an urgent need for genetic markers to distinguish female offseason flowering plantlets within tissue culture systems. In this study, we aimed to develop random amplification of polymorphic DNA-sequence characterized amplified region (RAPD-SCAR) markers for the identification of female off-season flowering date palms cultivated in Thailand. A total of 160 random decamer primers were employed to screen for specific RAPD markers in off-season flowering male and female populations. Out of these, only one primer, OPN-02, generated distinct genomic DNA patterns in female off-season flowering (FOFdp) individuals compared to female seasonal flowering genotypes. Based on the RAPD-specific sequence, specific SCAR primers denoted as FOFdpF and FOFdpR were developed. These SCAR primers amplified a single 517-bp DNA fragment, predominantly found in off-season flowering populations, with an accuracy rate of 60%. These findings underscore the potential of SCAR marker technology for tracking offseason flowering in date palms. Notably, a BLAST analysis revealed a substantial similarity between the SCAR marker sequence and the transcript variant mRNA from Phoenix dactylifera encoding the SET DOMAIN GROUP 40 protein. In Arabidopsis, this protein is involved in the epigenetic regulation of flowering time. The genetic potential of the off-season flowering traits warrants further elucidation.