• Plant Resources
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• 제5권1호
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• pp.86-94
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• 2002

This study characterized the genetic variations of 13 populations of Asplenium antiquum and its relative species using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. A total 88 scorable RAPD bands were generated by the 12 random oligo primers and were analyzed by Nei and Li's genetic distance. High genetic variability was detected between A. antiquum and A. nidus, with the range from 0.568 to 0.682. And slightly low genetic variations showed within the populations of same species. Seven populations of A. antiquum showed slight differences (0.000-0.216), and five populations of A. nidus showed similar low genetic variations (0.114 to 0.171). Two individuals from Sup-seom Island which are growing in might be the regenerated one from abroad. A. antiquum were clustered as two groups (Group I, Group II) by UPGMA phenogram. And five populations of A. nidus were clustered as two groups correlated with geographical distribution. The RAPD data was very useful to define the genetic variations and to discuss the phylogenetic relationships among A. antiquum and the related species..

• 한국해양학회지:바다
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• 제12권2호
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• pp.102-111
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• 2007

RAPD analyses using 60 OPERON primers and 13 URPs were performed in order to assess the genetic variation and frequency of polymorphisms in Korean salmonids. RAPDS were very reproducible and most useful at the sub-species level. In RAPD analysis, 138 polymorphic bands were detected between Oncorhynchus masou subspecies and 99 bands were generated in two types of rainbow trout. Estimated genetic distances between O. masou subspecies were 0.28794, and between wild rainbow trout and an albino mutant was 0.22786. Each species of salmonid was well characterized using URP 4R, the obtained bands could be useful as a species specific RAPD markers.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제25권1호
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• pp.57-65
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• 2009

Ficus deltoidea Jack is an important and popular medicinal plant species found in the Malaysia. Plants are being collected and used based on morphology and authentication to prevent adulteration is not in practice. In this study, twenty-six accessions of F. deltoidea Jack were collected from Kelantan and Terengganu states of Peninsular Malaysia to examine their genetic similarities and differences using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) technique. Out of 20 arbitrary primers, two primers (D-10 and D-11) were selected which produced reliable DNA polymorphism. D-10 and D-11 primers generated 138 RAPD bands ranging from 250 bp to 3000 bp. Ninety-nine of them were polymorphic loci (72%) and thirty-nine were nonpolymorphic loci (28%). A total of 56 bands with polymorphic loci were amplified with primer D-10 and analyzed by cluster analysis and UPGMA to present a dendrogram depicting the degree of genetic relationship among 26 accessions. Eight RAPD markers were sequenced to determine their identity. RAPD analysis showed the genetic diversity among 26 accessions of F. deltoidea Jack. The RAPD profile and RAPD marker sequences reported in this paper could be used in plant and/or plant material authentication. This study also suggested that RAPD can be a useful technique to study DNA polymorphism in F. deltoidea Jack.

• 화훼연구
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• 제19권4호
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• pp.231-237
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• 2011

본 연구는 알스트로메리아 두 개의 교배계통을 정역교배한 후 배주배양을 수행하였으며, RAPD 마커분석을 통하여 유전적 분배를 조사하였다. 수분 후 경과 14일에 수확하여 sucrose $60g{\cdot}L^{-1}$와 gelrite $2.2g{\cdot}L^{-1}$를 첨가한 MS배지에 half-ovule 배양이 가장 좋았다. 배양 6주후부터 배발생을 시작하여 4개월 후에 완전한 유식물체를 생성하였다. 7개의 프라이머를 사용하여 교배계통과 교배자손의 RAPD 분석을 수행하여 89개의 밴드 중 59개의 다형성 밴드를 얻었다. 정역교배에서 얻은 7개의 교배자손은 $X^2$ 분석 결과 부모본으로부터 1 : 1비율로 분배되는 것을 확인하였으며, 교배자손이 교배계통에서 얻은 것을 확신할 수 있었다. 알스트로메리아의 정역교배에서 교배조합에 따라 교배자손의 수가 다른 것은 주두 또는 화사와 화분의 불친화성을 가지는 수정 전 장벽이 있는 것으로 생각된다. 앞으로 알스트로메리아 육종을 위하여 수정 후 장벽과 함께 수정 전 장벽 또한 극복해야 할 것이다.

• 생명과학회지
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• 제32권8호
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• pp.595-600
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• 2022

Oenanthe javanica와 O. javanica var. japonica 한국 내 식용미나리이다. Cicuta virosa는 독미나리로 시큐톡신을 함유하고 있다. 미나리에 대한 RAPD 마크에 의한 분자적 변이를 조사하였다. RAPD 분석을 위해 10개 올리고프라이머(오페론, OPB)로 6개 집단을 분석하였다. 6개 집단에서 72개 DNA 분절(밴드)을 찾았다. 72 밴드 중 61개(84.7%) 밴드는 다형현상을 나타내었다. 한국 내 독미나리 자연 집단은 작고 격리되어 패치 분포를 이루고 있지만 높은 유전적 다양도를 가지고 있었다. 반면에, 재배종 미나리(Oenanthe javanica var. japonica) 집단은 채소용으로 논에서 광범위한 분포를 나타내지만 독미나리와 야생종 미나리에 비해 낮은 유전적 다양도를 나타내었다. 비록 야생집단이 재배집단에 비해 다양도가 높지만 유의한 차이는 없었다. 전체 유전적 다양도(H_T)는 0.342였다. 집단 내 유전적 다양도(H_S)는 0.201이였다. 유전자 좌위에 근거한 집단 간 분화에서 전체 유전적 다양도의 비율(G_ST)은 0.414이므로 전체 변이의 41.4%는 집단 간에 있었다. 결론으로 RAPD기법은 독미나리와 식용미나리의 동정에 유용하였다. 또, RAPD의 OPB 마크는 미나리의 다른 자원과 식품 자원을 식별하는 데 도움이 될 수 있는 분자 마크임을 보여주었다.

• 생명과학회지
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• 제13권3호
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• pp.280-290
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• 2003

RAPD 연관지도를 RFLP 연관지도와 합병을 하는 것은 각각의 유전 marker들의 단점을 서로 보완하여 세밀화된 유전자 지도작성을 용이하게 할 수 있다. 본 연구는 Essex와 PI 437654의 $F_2$ 및 $F_3$ 후대계통들을 재료로 하여 작성된 RAPD 연관지도를 콩의 RFLP 연관지도와 합병을 함에 있어서 나타난 몇가지 특징들을 기술하고자 함을 목적으로 하는 바 그 특징들은 아래와 같이 요약된다. 1. RAPD 연관지도상에서의 RFLP probe들의 위치가 RFLP 연관지도상에서의 위치와 부분적으로 변동된 현상이 나타났다. RAPD 연관그룹 L.G.C-3을 RFLP 연관그룹 a1 및 a2와 합병하는 과정에서 pSAC3와 pA136, 그리고 pA170/EcoRV와 pB170/HindIII이 서로 반대방향으로 위치하였다. pK400은 RFLP 연관지도상에서는 pA96-1과 pB172의 사이에 위치한 반면 RAPD 연관지도상에서는 i locus와 pA85 사이에 위치하였다. 2. RAPD 연관지도상에서의 두 marker들간의 간격이 RFLP 연관지도상에서의 간격보다 멀어진 현상이 두드러지게 나타났다. pA890과 pK493간의 간격은 RAPD 연관그룹 L.G.C-1에서는 48.6 cM이었던 반면 RFLP 연관 그룹상에서는 단지 13.3 cM으로 나타났다. 또한 pB32-2와 pA670, pA670과 pA668사이의 간격은 RAPD 연관그룹 L.G.C-2에서는 50.9 cM과 31.7 cM이었던 반면, RFLP 연관지도상에서의 간격은 각각 35.9 cM과 13.5 cM으로 나타났다. 3. 하나의 RFLP probe로부터 두개 이상의 다형화 현상을 나타낸 marker들이 동일한 연관그룹이나 다른 연관그룹에 위치하는 현상이 나타났다. 제한효소 HindIII로 절단된 probe pK418은 세개의 marker를 나타내었는데, 그 중 하나는 L.G.C-20에 위치하였으며, 다른 두개는 L.G.C-4에 위치하였다. 위에 나타난 특징들은 RAPD 연관지도는 intraspecific cross의 후대계통들을 재료로 하여 작성된 반면 RFLP 연관지도는 interspecific cross의 후대계통들을 재료로 하여 작성된 결과에선 비롯된 차이점 때문인 것으로 추측된다.

• 농업과학연구
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• 제40권2호
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• pp.115-121
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• 2013

Polymorphic bands of two fine-leaf zoysiagrass mutants (CNU 70-1, CNU 70-2) induced via a gamma-ray irradiation on seeds of Zoysia japonica were obtained by using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) primers. The genotype-specific fragments were then converted into PCR-based sequence characterized amplified region (SCAR) markers, which are now amenable to detecting them among other zoysiagrass species widely noticeable in Korea. The CNU 70-1-specific primer set amplified about 900 bp successfully, while the CNU 70-6 marker produced the expected 1,500 bp band, by which those markers were nominated by CNU 70-1_900 and CNU 70-6_1500 SCARs, respectively. The developed SCAR markers can be an applicable tool in sod industry where illegal appropriation hampers breeder's right and profits due to the turfgrass plant vegetatively propagating.

• 생명과학회지
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• 제7권4호
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• pp.358-360
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• 1997

대두 종자크기에 대한 QTL의 consistency을 알아보기 위하여 F$_{2}$, F$_{3}$ 세대에서의 분석결과를 요약하면 댜음과 같다. 세 개의 마크 OTL09a, OPM07a, OPAC12 가 F$_{2} 세대에서 종자 크기에 대한 QTL과 높은 유의성을 나타내었고, F$_{3}$ 세애데는 네 개의 마크 OTL09a, OPG19a, OPL09b, OPP11가 유의성을 나타내었다. 두 개의 마크 OPL09a, OPL09b 가 두 세대에서 유의성을 나타애어 종자 크기에 대한 QTL의 consistency가 인정되었다.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제8권2호
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• pp.161-167
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• 2004

Silkworms sex determination drew high attention from researchers. Sex chromosomes on the silkworm are of ZW type for females and ZZ type for males. Chromosome W plays an important role in sex determination. Although several molecular linkage maps have been constructed for silkworm, very few markers are discovered on the W chromosome. In order to look for molecular markers and to further locate the Fern gene on chromosome W, we used genomic DNA from both female and male larvae of a silkworm strain named 937 as PCR templates for RAPD amplification with 200 arbitrary 10-mer primers. The amplification results showed three female-specific bands, namely ${OPG-07_496}, {OPC-15_1,660} and {OPE-18_1,279}$. Further verification, however, revealed no band from OPG-07 and OPC-15 in either sex in the strain 798, but OPE-18 provided female-specific band in the strains Suluan7 and C108, and absent in both males and strain 798. This indicates that the bands from ${OPG-07_496} and {OPC-15_1,660}$ are probably female-specific in strain 937, and the band from OPE-18 was probably amplified from a common segment shared by most strains. The genomic DNAs from OPG-07 and OPC-15 were cloned and sequenced. Sequence analysis showed that the DNAs from OPG-07 and OPC-15 have high identities with the retrotransposable elements, and DNA from OPC-15 contains a portion of sequence which probably encodes an eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein (eIF4EBP).

• 원예과학기술지
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• 제32권2호
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• pp.235-240
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• 2014

Cucumber mosaic virus (CMV) is one of the most important viral diseases in pepper (Capsicum annuum L.), and several genes for resistance were reported in Capsicum spp. In Korea, a single dominant gene that is resistant to $CMV_{Fny}$ and $CMV_{P0}$ has been used for breeding. Recently, a new strain ($CMV_{P1}$) was reported that could infect cultivars resistant to both $CMV_{Fny}$ and $CMV_{P0}$. Therefore, breeding of more robust CMV-resistant cultivars is required. In this study, we surveyed the inheritance of $CMV_{P1}$ resistance and analyzed the location of the resistance loci. After $CMV_{P1}$ inoculation of various germplasms and breeding lines, one accession (ICPN18-8) showed no visual symptoms at 15 dpi (days post inoculation) but was susceptible after 45 dpi, and one resistant line (I7339) showed resistance until at 45 dpi. The latter line was used for tests of resistance inheritance. A total of 189 $F_2$ plants were examined, with 42 individuals showing resistance at 15 dpi and a phenotype segregation ratio close to 1:3 (resistant:susceptible plants). In a lateral ELISA test at 45 dpi, 11 plants showed resistance, and the segregation ratio was changed to 1:15. These results indicate that resistance in C. annuum 'I7339' is controlled by two different recessive genes; we named these resistance genes 'cmr3E' and 'cmr3L,' respectively. To locate these two resistant loci in the pepper linkage map, various RAPD, SSR, and STS markers were screened; only nine markers were grouped into one linkage group (LG). Only one RAPD primer (OPAT16) was distantly linked with cmr3E (22.3 cM) and cmr3L (20.7 cM). To develop more accurate markers for marker-assisted breeding, enriching for molecular markers spanning two loci will be required.