• 한국미생물·생명공학회지
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• 제46권4호
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• pp.434-437
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• 2018

Pseudomonas aeruginosa accounts for a significant proportion of nosocomial infections. This study examined the antimicrobial susceptibility pattern and clonal relatedness of P. aeruginosa isolates of clinical and environmental origin. These isolates displayed susceptibility to levofloxacin, ciprofloxacin, gentamicin, imipenem, and ceftazidime of 65.0%, 62.5%, 90.0%, 100%, and 85%, respectively. PCR-RAPD analysis of the P. aeruginosa isolates revealed marked variation. No correlation was observed between the antibiotic resistance profiles and the DNA typing patterns.

• 한국응용곤충학회지
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• 제35권1호
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• pp.58-65
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• 1996

RAPD-PCR(Random Amplified Polymorphic DNAs-Polymerase Chain Reation) 기법에 누에의 유전적 변이 분석을 위한 첫 단계로 다양한 GC함량을 갖는 random primer에 의해서 증폭되는 DNA 단편의 양상 및 증폭도를 비교하였다. RAPD-PCR을 위한 random primer의 증폭도는 GC함량에 의해서 상당히 영향을 받음이 분석되었다. 특히, 50% GC 함량을 갖는 primer는 그 증폭도에 따라서 4가지의 그룹으로 DNA단편이 증폭되었으며 〔bad amplification (75.5%), poor amplification (11.1%), good and excellent amplification(11.1%)〕, primer의 GC 함량이 증가할수록, 휠씬 더 좋은 증폭도를 보여주었다. 그러나, 40% GC 함량을 갖는 primer에 의해서는 어떤 증폭산물도 관찰되지 않았다. PCR을 수행하기 전에 6가지의 제한효소(BamHI, HindIII, Xbal, HaeIII, MspI, Rsal)를 사용하여 누에 genomic DNA를 처리하여 이를 주형 DNA로 하여 RAPD-PCR을 수행한 결과, 유전적 마커의 생산에 대한 효율이 증가함을 알 수 있었다. 이상의 결과를 종합해 볼 때 60%이상의 GC함량을 갖는 random primer와 전처리한 주형 DNA의 사용은 여러 가지 다른 누에 계통의 동정 및 연관군 지도작성에 따른 경비 및 시간을 줄이는데 효율적이라고 사료된다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제35권3호
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• pp.209-215
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• 1996

복숭아혹진딧물(Myzus persicae Sulzer)은 두가지 서로 다른 기주선호성을 가지는데 이 기주선호성과 형태적 특징에 기초하여 담배진닷물(Myzus nicotinae Blackman)과 담배 이외의 다른 채소류에 서식하는 복숭아 혹진딧물(M. persicae)로 분류하였지만(Blachmean, 1987) 이 분류 방법에 동의하지 않는 학자들도 많다. 이런 이유로 RAPD-PCR 기법을 이용하여 한국에 서식하는 복숭아혹진딧물에 대하여 그들의 2차 숙주선호성에 따른 DNA의 변이 정도를 살펴보았다. 실험곤충으로는 담배와 배추에서 채집하여 사육한 진딧물 각 4 clones 씩을 사용하였다. 각 clone은 한 개체를 사육하여 얻은 자손들과 그들의 후손으로 이루어졌으며, 사육한 진딧물에서 핵 DNA를 추출하고, 10개 nucleotide 길이의 random primer 100가지를 사용하여 PCR한 후 1 % agarose gel 전기영동법으로 분석하였다. 사용한 100종류의 random primer 중 83가지에서 DNA 단편이 합성되었다. 증폭된 1개의 primer당 단편의 수는 1개에서 22개였고 평균 단편 수는 약 13개였으며, 각 각 단편의 길이는 500에서 20,000 base pair사이에 분포하였다. 82가지 primer의 경우에 일부 단편의 짙기에는 차이가 있었으나 단편종류의 분포는 동일하게 나타났다. 한가지 primer경우에만 담배섭식형 1개 c clone에서 다른 7가지 clones에 없는 band가 1개 나타났다. 이때 나머지 7 clones의 단편 분포 형태는 모두 동일하였다. 따라서 이 band는 숙주 선호성과는 무관한 것으로 보인다. 결국 이 실험에 사용한 100종류의 primer에 기초하여 RAPD-PCR기법으로 DNA를 증폭한 결과 복숭아혹진딧물의 숙주선호성이 개체군간의 유전적인 차이점에 기인한다는 가설을 뒷받침할 만한 증거를 찾지 못하였다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제16권10호
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• pp.1406-1410
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• 2003

The studies were based on the RAPD fingerprinting for the species identification of animals. The genomic DNA samples of ostriches, Taiwan local chickens, Aboracres broilers, Leghorn chickens, quails, doves, emus, Beltville small white turkeys, pheasants, Chinese geese, mule ducks, Holstein cattle and Landrace pigs were amplified with random primers by RAPD-PCR for fingerprinting. The results showed that the varied band patterns of DNA fingerprints were generated from templates depending on the kinds of primers or animal species. The same primer applied to the same breed, all of the main bands are similar, but which were different among species. In order to try to identify the species from the mixture of meat by RAPD fingerprinting, the meat of ostrich and cattle was mixed in different ratios for this study. The results showed that it could be easily and precisely distinguished according to the band distribution of RAPD patterns.

• Animal cells and systems
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• 제13권2호
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• pp.179-186
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• 2009

Discriminating between eel species of the genus Anguilla using morphological characteristics can be problematic, particularly in the glass eel and elver stages. In this study, sequence-characterized amplified region (SCAR) and polymerase chain reaction (PCR)-restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers were developed for the identification of Anguilla japoniea, Anguilla btcoior bicaor. Anguilla rostrata, and Anguilla anguilla. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) fragments from A. japoniea (362 bp), A. bicolor bicctor (375 bp), A. rostrata (375 bp), and A. anguilla (375 bp) were isolated, sequenced, and converted to SCAR markers. The principal difference between the SCARs of A. japoniea and the three other species is the absence of a 13 bp deletion in the A. japoniea SCAR. Specific PCR primers amplified a 290 bp fragment for A. japoniea and 303 bp fragments for A. bicolor bicoior. A. rostrata, and A. anguilla. Restriction enzyme digestion with Taql, Mael, and Tru9l yielded PCR-RFLP patterns with differences that, when analyzed together, are sufficient for distinguishing each of the four eel species. In addition, RAPD fragments for A. japoniea (577 bp), A. bicoior bicoor (540 bp), A. rostrata (540 bp), and A. anguilla (509 bp) were also isolated and sequenced. The A. japoniea, A. bicoior blcoior. A. rostrata, and A. anguilla PCR products contain ten, nine, nine, and eight tandem repeats, respectively, of a 37 bp sequence. These results suggest that SCAR and PCR-RFLP markers and repeat numbers for specific loci will be useful for the identification of these four Anguilla eel species.

• 한국어업기술학회:학술대회논문집
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• 한국어업기술학회 2000년도 춘계수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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• pp.487-488
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• 2000

Genomic DNA was isolated from the marine microalgae representing genetic characteristics and genomic polymorphisms by polymerase chain reaction amplification of DNA as arbitrary primers. The electrophoretc analysis of PCR-RAPD products showed hig levels of variation between different genus and little variation between different species. Outer of these primers, 6 generated 248 highly reproducible RAPD markers, producing almost seven polymorphic bands per primers. The degree of similarity frequency between Chaetoceros gracilis and Chaetoceros calcitrans species showed 90％ as calculated by sharing analysis. The RAPD polymorphism generated by this primer may be used as a genetic marker for genus or species identification in important marine microalgae. (omitted)

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• 제23권1호
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• pp.1-9
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• 2008

유산균인 비피도박테리아는 사람과 동물에서 유익한 프로바이오틱 미생물로 알려져 있다. 본 연구에서는 이러한 비피도박테리아 균주의 분류를 위한 repetitive DNA element PCR fingerprinting (ERIC-또는 TAP-PCR)의 사용을 평가하였다. 사람분변으로부터 분리한 알려지지 않은 비피도박테리움 균주와 한국생명공학연구원 생물자원센터로부터 분양받은 표준균주를 가지고 분류 및 동정에 ERIC-PCR과 TAP-PCR을 이용한 RAPD-fingerprinting을 수행하였다. 그 결과 비피도박테리움 균주에 대한 속과 종단위의 분류가 가능하였으며, 실험에 사용된 모든 비피도박테리움 균주는 RAPD-fingerprinting 분석을 통해 유전적 다양성을 확인하였다. 또한 ERIC2와 TAP1 프라이머를 이용한 실험에서는 Bifidobacterium adolescenits 특이 유전자 단편을 확인하였으며 이는 B. adolescenits 균주의 동정에 유용할 것으로 사료된다.

• 식물분류학회지
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• 제38권1호
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• pp.17-29
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• 2008

상사화속 15분류군을 대상으로 종간 유연관계를 조사하기 위하여 RAPD 분석이 수행되었고, PCR 과정을 통해 증폭된 RAPD 절편들은 300bp에서 1,700bp 사이의 구간에서 관찰되었다. 5개의 oligoprimer를 이용한 효소중합반응에서 57개의 유효한 RAPD marker를 확인하였고, 비유사도 지수 행렬을 도출하여 UPGMA phenogram을 작성하였다. 분석결과 분류군들은 전체적으로 3개의 유집군을 형성하였는데 첫 번째 유집군에는 L. chinensis var. sinuolata, L. sanguinea var. koreana, L. uydoensis, L. flavescens, L. radiata var. pumila, L. radiata, L. squamigera, L. chejuensis, L. aurea와 L. guangxiensis의 10분류군이, 두 번째 유집군에는 L. haywardii, L. sprengeri, L. rosea, L. straminea 및 L. houdyshii의 5분류군이, 세 번쨰 유집군에는 비교군인 수선화와 문주란이 각각 포함되었다. RAPD 분석결과는 배수성과 핵형 등의 세포분류학적 형질들과 비교하여 볼 때 Lycoris속내 종간의 유연관계를 파악하는데 매우 유용한 실험적 방법임을 보여주었다.

• 한국산림과학회지
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• 제89권4호
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• pp.536-542
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• 2000

소나무 단일개체에서 채취한 풍매종자 중 임의로 선택한 96개의 반수체 genome을 이용하여 RAPD 및 I-SSR PCR 증폭산물을 분석하였다. RAPD 분석용 primer 200개와 I-SSR 분석 용 primer 90개를 screen하여 증폭산물의 분획양상이 선명한 RAPD primer 45개와 I-SSR primer 22개를 선택하여 PCR을 수행하였다. 45개의 RAPD primer중 25개와 22개의 I-SSR primer중 18개를 사용한 PCR 분석결과에서 멘델의 유전양식을 만족하는 52개 (2.08/primer)와 46개 (2.56/primer)의 다형성 유전자좌를 각각 확인하였다. 멘델의 유전양식을 만족하는 96개의 다형성 유전자좌를 대상으로 LOD 3.0에서 two-point 연관분석을 수행한 결과 총 63개(35개의 RAPD와 26개의 I-SSR)의 유전자화가 20개의 연관군에 속하는 것이 확인되었다. 총 연관거리는 1097.8 cM이었으며, 유전자좌간 평균연관 거리는 25.5 cM, 최소 및 최대연관 거리는 각각 4.3 cM 및 54.9 cM이었다. 그리고 20개의 연관군 중 14개의 연관군이 RAPD와 I-SSR 유전자좌의 통합에 의해서 형성된 연관군이었다. 즉, 52개의 RAPD와 46개의 I-SSR 유전자좌를 각각 분석한 결과보다 길고 새로운 연관군이 형성되었다. 보다 정밀한 유전자 연관지도를 작성하기 위해서는 보다 많은 수의 DNA marker가 필요하다고 판단되며, 본 연구의 결과는 소나무의 유용 유전자의 확인 및 생장과 재질과 같은 유용형질에 대한 QTL의 위치를 결정하는 데 기초자료가 될 것이다.

• 한국균학회지
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• 제23권3호통권74호
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• pp.202-208
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• 1995

본 실험결과 느타리버섯속에서의 재현성 있는 최적 RAPD 조건은 $50\;{\mu}l$ 반응액에서 80 ng template DNA, 30 pmole primer, $200\;{\mu}M$ dNTP, 2 mM $MgCl_2$, 50 mM KCl, 10 mM Tris-HCI(pH 9.0), 0.1% Triton X-100, 1.5 unit Taq polymerase(promega)였다. 여섯 개의 primer가 Pleurotus속 8종의 균주에서 RAPD polymorphism을 보임을 알 수 있었으며, 이들의 염기배열은 PR2(GGG GGG AAG C), PR3(GCG GTT GAG G), PR4(CGC ACC GCA C), PR10(CAA TCG CCG T), PR11(CAG CAC CCA C), PR17(TAG GCG TAT CAG GAG GCC CT)이었다.