This study aimed to develop Lautropia mirabilis-specific quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) primers based on the sequence of DNA-directed RNA polymerase subunit beta gene. The PrimerSelect program was used in designing of the qPCR primers, RTLam-F4 and RTLam-R3. The specificity of the qPCR primers were performed by conventional PCR with 37 strains of 37 oral bacterial species, including L. mirabilis. The sensitivity of the primers was determined by qPCR with the serial dilution of purified genomic DNA of L. mirabilis KCOM 3484, ranged from 4 ng to 4 fg. The data showed that the qPCR primers could detect only L. mirabilis strains and as little as 40 fg of genome DNA of L. mirabilis KCOM 3484. These results indicate that this qPCR primer pair (RTLam-F4/RTLam-R3) may be useful for species-specific detection of L. mirabilis in epidemiological studies of oral bacterial infectious diseases such as periodontal disease.
The purpose of this study was to develop Peptoniphilus mikwangii-specific quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) primers based on the 16S ribosomal RNA (16S rDNA) gene. The specificity of the primers was determined by conventional PCR using 29 strains of 27 oral bacterial species including P. mikwangii. The sensitivity of the primers was determined by qPCR using the purified genomic DNA of P. mikwangii KCOM $1628^T$ (40 ng to 4 fg). The data showed that the qPCR primers (RTB134-F4/RTB134-R4) could detect P. mikwangii strains exclusively and as little as 40 fg of the genomic DNA of P. mikwangii KCOM $1628^T$. These results suggest that the developed qPCR primer pair can be useful for detecting P. mikwangii in epidemiological studies of oral bacterial infectious diseases.
The purpose of this study was to develop Streptococcus sobrinus-specific qPCR primers based on the nucleotide sequence of the RNA polymerase ${\beta}-subunit$ gene (rpoB). The specificity of the primers was determined by conventional polymerase chain reaction (PCR) with 12 strains of S. sobrinus and 50 strains (50 species) of non-S. sobrinus bacteria. The sensitivity of the primers was determined by quantitative real-time PCR (qPCR) with serial dilutions of the purified genomic DNAs (40 ng to 4 fg) of S. sobrinus ATCC $33478^T$. The specificity data showed that the S. sobrinus-specific qPCR primers (RTSsob-F4/RTSsob-R4) detected only the genomic DNAs of S. sobrinus strains with a detection limit of up to 4 fg of S. sobrinus genomic DNA. Our results suggest that the RTSsob-F4/RTSsob-R4 primers are useful in detecting S. sobrinus with high sensitivity and specificity for epidemiological studies of dental caries..
Kim, Guk Hyun;Kim, Min Jae;Choi, Hee Ju;Koo, Min Ji;Kim, Min Jeong;Min, Joon Gyu;Kim, Kwang Il
Fisheries and Aquatic Sciences
/
v.24
no.11
/
pp.351-359
/
2021
The red sea bream iridovirus (RSIV) belonging to genus Megalocytivirus is responsible for red sea bream iridoviral disease (RSIVD) in marine and freshwater fishes. Although several diagnostic assays for RSIV have been developed, diagnostic sensitivity (DSe) and specificity (DSp) of real-time polymerase chain reaction (PCR) assays are not yet evaluated. In this study, we developed a TaqMan probe-based real-time PCR method and evaluated its DSe and DSp. To detect RSIV, the probe and primers were designed based on consensus sequences of the major capsid protein (MCP) genes from megalocytiviruses including RSIV, infectious spleen and kidney necrosis virus (ISKNV), and turbot reddish body iridovirus (TRBIV). The probe and primers were shown to be specific for RSIV, ISKNV, and TRBIV-types megalocytiviruses. A 95% limit of detection (LOD95%) was determined to be 5.3 viral genome copies/µL of plasmid DNA containing the MCP gene from RSIV. The DSe and DSp of the developed real-time PCR assay for field samples (n = 112) were compared with those of conventional PCR assays and found to be 100% and 95.2%, respectively. The quantitative results for SYBR Green and TaqMan probe-based real-time PCR were not significantly different. The TaqMan probe-based real-time PCR assay for RSIV may be used as an appropriate diagnostic tool for qualitative and quantitative analysis.
Min-Ji Park;Han-Cheol Lee;Ji-Young Yang;Jung-Beom Kim
Food Science and Preservation
/
v.30
no.3
/
pp.383-394
/
2023
The ultra-fast quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) assay was developed and validated to differentiate the morphologically similar ones, Oncorhynchus keta and Oncorhynchus mykiss. Species-specific primers were designed for the COI genes of mtDNA. The species-specific primers designed for O. keta and O. mykiss were selectively amplified by O. keta and O. mykiss DNA, respectively. The sensitivity of O. keta and O. mykiss primers was 1 ng/μL. Quantitative testing showed that the results met the 'Guidelines on Standard Procedures for Preparing Analysis Method such as Food' proposed by the Ministry of Food and Drug Safety. The qPCR method developed and validated in this study for identifying O. keta and O. mykiss has advantages such as speed and field applicability. Therefore, this method is expected to help control forgery and alteration of raw materials in the seafood industry.
Paenibacillus polymyxa is known to be a plant-growth-promoting rhizobacterium. The present study describes a quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assay for the specific detection and quantitation of P. polymyxa using a primer pair based on the sequence of a membrane-fusion protein for the amplification of a 268 bp DNA fragment. This study reports that the qPCR-based method is applicable for the rapid and sensitive detection of P. polymyxa and can be used as an alternative method for agricultural soil monitoring.
Therapeutic efficacy of mesenchymal stem cells (MSCs) is determined by biodistribution and engraftment in vivo. Compared to intravenous infusion, biodistribution of locally transplanted MSCs are partially understood. Here, we performed a pharmacokinetics (PK) study of MSCs after local transplantation. We grafted human MSCs into the brains of immune-compromised nude mice. Then we extracted genomic DNA from brains, lungs, and livers after transplantation over a month. Using quantitative polymerase chain reaction with human Alu-specific primers, we analyzed biodistribution of the transplanted cells. To evaluate the role of residual immune response in the brain, MSCs expressing a cytosine deaminase (MSCs/CD) were used to ablate resident immune cells at the injection site. The majority of the Alu signals mostly remained at the injection site and decreased over a week, finally becoming undetectable after one month. Negligible signals were transiently detected in the lung and liver during the first week. Suppression of Iba1-positive microglia in the vicinity of the injection site using MSCs/CD prolonged the presence of the Alu signals. After local transplantation in xenograft animal models, human MSCs remain predominantly near the injection site for limited time without disseminating to other organs. Transplantation of human MSCs can locally elicit an immune response in immune compromised animals, and suppressing resident immune cells can prolong the presence of transplanted cells. Our study provides valuable insights into the in vivo fate of locally transplanted stem cells and a local delivery is effective to achieve desired dosages for neurological diseases.
Aflatoxin B1 (AFB1) is produced by Aspergillus flavus growing in feedstuffs. Early detection of maize contamination by aflatoxigenic fungi is advantageous since aflatoxins exert adverse health effects. In this study, we report the development of an optimized conventional PCR for AFB1 detection and a rapid, sensitive and simple screening Real-time PCR (qPCR) with SYBR Green and two pairs of primers targeting the aflR genes which involved aflatoxin biosynthesis. AFB1 contaminated maize samples were divided into three groups by the toxin concentration. Genomic DNA was extracted from those samples. The target genes for A. flavus were tested by conventional PCR and the PCR products were analyzed by electrophoresis. A conventional PCR was carried out as nested PCR to verify the gene amplicon sizes. PCR-RFLP patterns, obtained with Hinc II and Pvu II enzyme analysis showed the differences to distinguish aflatoxin-producing fungi. However, they are not quantitative and need a separation of the products on gel and their visualization under UV light. On the other hand, qPCR facilitates the monitoring of the reaction as it progresses. It does not require post-PCR handling, which reduces the risk of cross-contamination and handling errors. It results in a much faster throughout. We found that the optimal primer annealing temperature was $65^{\circ}C$. The optimized template and primer concentration were $1.5{\mu}L\;(50ng/{\mu}L)$ and $3{\mu}L\;(10{\mu}M/{\mu}L)$ respectively. SYBR Green qPCR of four genes demonstrated amplification curves and melting peaks for tub1, afIM, afIR, and afID genes are at $88.0^{\circ}C$, $87.5^{\circ}C$, $83.5^{\circ}C$, and $89.5^{\circ}C$ respectively. Consequently, it was found that the four primers had elevated annealing temperatures, nevertheless it is desirable since it enhances the DNA binding specificity of the dye. New qPCR protocol could be employed for the determination of aflatoxin content in feedstuff samples.
The gastrointestinal (GI) tract, including the rumen and the other intestinal segments of cattle, harbors a diverse, complex, and dynamic microbiome that drives feed digestion and fermentation in cattle, determining feed efficiency and output of pollutants. This microbiome also plays an important role in affecting host health. Research has been conducted for more than a century to understand the microbiome and its relationship to feed efficiency and host health. The traditional cultivation-based research elucidated some of the major metabolism, but studies using molecular biology techniques conducted from late 1980's to the late early 2000's greatly expanded our view of the diversity of the rumen and intestinal microbiome of cattle. Recently, metagenomics has been the primary technology to characterize the GI microbiome and its relationship with host nutrition and health. This review addresses the main methods/techniques in current use, the knowledge gained, and some of the challenges that remain. Most of the primers used in quantitative real-time polymerase chain reaction quantification and diversity analysis using metagenomics of ruminal bacteria, archaea, fungi, and protozoa were also compiled.
For the quantitative analysis of genetically modified (GM) maize in processed foods, primer sets and probes based on the 35S promoter (p35S), nopaline synthase terminator (tNOS), p35S-hsp70 intron, and zSSIIb gene encoding starch synthase II for intrinsic control were designed. Polymerase chain reaction (PCR) products (80~101 bp) were specifically amplified and the primer sets targeting the smaller regions (80 or 81 bp) were more sensitive than those targeting the larger regions (94 or 101 bp). Particularly, the primer set 35F1-R1 for p35S targeting 81 bp of sequence was even more sensitive than that targeting 101 bp of sequence by a 3-log scale. The target DNA fragments were also specifically amplified from all GM labeled food samples except for one item we tested when 35F1-R1 primer set was applied. A reference plasmid pGMmaize (3 kb) including the smaller PCR products for p35S, tNOS, p35S-hsp70 intron, and the zSSIIb gene was constructed for real-time PCR (RT-PCR). The linearity of standard curves was confirmed by using diluents ranging from $2{\times}10^1{\sim}10^5$ copies of pGMmaize and the $R^2$ values ranged from 0.999~1.000. In the RT-PCR, the detection limit using the novel primer/probe sets was 5 pg of genomic DNA from MON810 line indicating that the primer sets targeting the smaller regions (80 or 81 bp) could be used for highly sensitive detection of foreign DNA fragments from GM maize in processed foods.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.