• 한국한의학연구원논문집
• /
• 제14권1호
• /
• pp.145-160
• /
• 2008

Nelumbinis Semen(NS) has been used in traditional medicine to treat diseases such as depression and diarrhea. In inflammatory responses, microglia produces molecules which are known to play roles in the central nervous system. And we previously studied NS inhibited nitric oxide synthase and secretion of tumor necrosis factor alpha. To explore the global gene expression profiles in BV-2 microglial cell line treated with NS, microarray analysis was performed. The cells were treated with LPS or NS plus LPS for 30min, Ih, 3h, and 6h, respectively. Of 45,101 known genes, with cutoff value of 3-fold change in the expression, 340, 644, 280 and 219 genes were upregulated and 503, 570, 694 and 484 were downregulated in NS treated cells at each time point. The results of the present study shows that treatment of NS reversed the LPS-induced upregulation of such genes as Ecoxsackievirus and adenovirus receptor(CAR), pellino 1, and S100P binding protein. It is thought that microarrays will play an ever-growing role in the advance of our understanding of the pharmacologic actions NS.

• 생물정신의학
• /
• 제14권2호
• /
• pp.115-121
• /
• 2007

연구목적: 알코올의존에 내재된 분자생물학적 기전을 이해하고 알코올리즘 치료 약물의 새로운 표적을 알아내기 위해서는, 알코올에 반응하는 유전자 혹은 반응 경로를 알아내는 것이 필요하다. DNA microarray 기법의 발달로 고전적 연구 방법과 달리 동시에 수천 수만개의 유전자의 표현을 검사하는 것이 가능하게 되었다. 본 연구에서는 알코올을 흰쥐의 신경아교종 세포에 처리했을 때 어떤 유전자의 발현을 조절하는지 DNA microarray를 이용하여 알아보고자 하였다. 방 법: 흰쥐 신경아교종 C6 세포주를 배양하여 에탄올 처리하고 총 RNA를 분리한 후 유전자 발현 양상을 조사하기 위해 cDNA microarray를 수행하였다. 결 과: 에탄올 처리군과 대조군간의 유전자 발현의 차이를 비교 분석한 결과 에탄올이 처리된 군에서 대조군에 비해 15개의 유전자가 발현이 증가하였고 12개의 유전자가 발현이 감소하였다. 발현이 증가한 유전자는 Orthodenticle(Drosophila) homolog 1, procollagen type II, adenosine A2a receptor, GATA-bindning protein2를 포함하고 있었고, 발현이 감소한 유전자는 diacylglycerol kinase beta, PRKC, Protein phosphatase 1, clathrin-associated protein 17, nucleoporin p58, proteasome를 포함하였다. 결 론: 흰쥐의 신경아교종 세포주에 알코올을 처치하였을 때 급성기에 알코올에 반응하여 발현이 증가하거나 감소한 유전자는 전반적으로 전사의 조절, 신호전달체계, 허혈성 뇌손상의 중재, 신경세포의 퇴행에 관여하는 것들이었다. 본 연구는 유전자 발현 시스템을 이용하여 에탄올에 반응하는 새로운 후보 유전자들을 관찰하였다는데 의의가 있다.

• Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
• /
• 제9권2호
• /
• pp.69-75
• /
• 2004

In recent years, the importance of proteomic works, such as protein expression, detection and identification, has grown in the fields of proteomic and diagnostic research. This is because complete genome sequences of humans, and other organisms, progress as cellular processing and controlling are performed by proteins as well as DNA or RNA. However, conventional I protein analyses are time-consuming; therefore, high throughput protein analysis methods, which allow fast, direct and quantitative detection, are needed. These are so-called protein microarrays or protein chips, which have been developed to fulfill the need for high-throughput protein analyses. Although protein arrays are still in their infancy, technical development in immobilizing proteins in their native conformation on arrays, and the development of more sensitive detection methods, will facilitate the rapid deployment of protein arrays as high-throughput protein assay tools in proteomics and diagnostics. This review summarizes the basic technologies that are needed in the fabrication of protein arrays and their recent applications.

• Journal of Acupuncture Research
• /
• 제20권4호
• /
• pp.85-92
• /
• 2003

목적 : 허혈시 발생되는 저산소중 상태에서는 세포독성을 유발한다고 알려져 있으나 정확한 기전은 아직 규명되지 않았다. 본 연구에서는 뇌허혈로 인한 세포독성의 기전을 유전자 발현을 통하여 살펴보고자 하였다. 방법 : 본 실험에서는 BV-2 microglia 세포주에 12시간 동안의 저산소 상태에서의 유전자 발현을 분석하기 위하여 마이크로에레이를 시행하였다. 결과 : 저산소 상태에서는 정상에 비하여 cathepsin F, growth factor independent 1, calcitonin/calcitonin-related poly, leucine-rich repeat LGI family membrane, dublecortin, cyclohydrolase 1, Ia-associated invariant chain, carbohydrate kinase-like과 erythrocyte protein band 4.1-like 3 등의 유전자 발현이 3배 이상 증가하였다. 한편 neuronal guanine nucleotide exchange factor, Bcl-2-related ovarian killer protein, chemokine (C-X-C motif) ligand 5, RNA binding motif protein 3, interleukin 2 receptor, alpha chain, crystallin zeta, cytochrome P450 subfamily IV B, asparagine synthetase과 moesin 등의 유전자 발현은 0.2배 이하로 감소하였다. 결론 : 이상의 결과는 저산소중에 관여하는 유전자 및 저산소중과 관련된 뇌경색 등의 질환의 기전을 밝히는데 기초적 자료로 이용될 수 있을 것이다.

• 대한수의학회지
• /
• 제52권2호
• /
• pp.99-104
• /
• 2012

The present study was performed to evaluate the relationship between the neurotoxicity of acrylamide and the differential gene expression pattern in mice. Both locomotor test and rota-rod test showed that the group treated with higher than 30 mg/kg/day of acrylamide caused impaired motor activity in mice. Based on cDNA microarray analysis of mouse brain, myelin basic protein gene, kinesin family member 5B gene, and fibroblast growth factor (FGF) 1 and its receptor genes were down-regulated by acrylamide. The genes are known to be essential for neurofilament synthesis, axonal transport, and neuroprotection, respectively. Interestingly, both FGF 1 and its receptor genes were down-regulated. Genes involved in nucleic acid binding such as AU RNA binding protein/enoyl-coA hydratase, translation initiation factor (TIF) 2 alpha kinase 4, activating transcription factor 2, and U2AF 1 related sequence 1 genes were down-regulated. More interesting finding was that genes of both catalytic and regulatory subunit of protein phosphatases which are important for signal transduction pathways were down-regulated. Here, we propose that acrylamide induces neurotoxicity by regulation of genes associated with neurofilament synthesis, axonal transport, neuro-protection, and signal transduction pathways.

• 미생물학회지
• /
• 제37권2호
• /
• pp.109-113
• /
• 2001

많은 생물체의 완전한 genome sequence가 속속 밝혀지면서 세포의 기능을 종합적으로 평가하려는 노력들이 이어져 왔다. DNA microarray는 세포 전체의 유전자 전사, 즉 mRNA 레벨을 측정해주므로 세포가 처해있는 서로 다른 환경 속에서 유전자 발현의 차이를 측정할 수 있다. 그러나 유전자 발현의 최종 산물은 mRNA를 통해 번역된 단백질에 해당되고, 많은 단백질이 번역후 수식(post-translational modification) 과정을 거쳐 세포 내에서 기능을 발휘하므로 진정한 세포의 생리학적 상태를 평가하기 위해선 단백질 레벨의 분석이 필수적이다. Proteomics란 유전자 산물 즉 단백질의 기능을 large-scale로 분석하는 것으로 정의된다. 이것은 genome에 의해 만들어지는 모든 단백질(proteome)을 의미하기도 하고 좁은 의미에서는 세포내의 어떤 organelle(예: Golgi Complex)에 존재하는 단백질 혹은 어떤 protein complex를 지칭하기도 한다. Proteomics는 어떤 주어진 조건에서 특별한 세포 또는 organelle에서 발현되는 단백질들을 연구하고 이해하는데 강력한 수단이 되고 있다. 이런 proteomics는 genomics, bioinformatics 등과 유기적으로 연결되어 세포의 기능을 입체적으로 이해하는데 도움을 준다. 본고에서는 proteomic analysis 과정을 간단히 살피고 최근 세포 생물학에서 이루어지는 proteomics의 응용을 살펴본다.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제52권4호
• /
• pp.329-336
• /
• 2010

본 연구는 소의 부위별 근육에 특이하게 발현하는 유전자 마커를 발굴하여 소고기의 부위를 과학적으로 판명할 수 있는 기술을 개발하고자 실시하였다. 이러한 연구 목표 아래 먼저 사태(Beef shank), 등심(Longissimus dorsi), 양지(Deep pectoral), 홍두깨(Semitendinosus) 부위의 근육조직에서 MSC (myogenic satellite cell, 근육줄기세포)를 순수 분리하고 이를 MFC (myotube-formed cell; 근관이 형성된 세포)로 분화시키거나 ALC (adipocyte-like cell; 지방세포와 유사한 세포)로 이형분화 시킨 후 3가지의 세포로 부터 각각의 RNA를 추출하였다. 이렇게 추출한 RNA는 24,000개의 bovine oligo-nucelotide (70 mer)가 집적된 microarray를 이용해 4개의 조직 중 1개의 조직에서만 MSC의 분화(MFC) 또는 이형분화 과정에서 mRNA의 발현이 증감을 보이는 유전자 135개를 먼저 발굴하였다. 135개의 유전자에 대해 microarray 분석에 사용한 동일한 RNA를 이용하여 real-time PCR 기술로 검증한 결과 총 29개의 유전자가 microarray 분석 결과와 유사함을 보였다. 29개의 유전자를 다시 4개 부위의 생체 조직에서 추출한 RNA를 이용해 real-time PCR 방법으로 분석한 결과 TS (thymi- dlyate synthase), TE (tropoelastin), RAD52(similar RAD52 motifcontaining protein 1), unknown gene), MLC2 (myosin light 2, regulatory cardiac, slow), TXNIP (thioredoxin-interating protein) 6개의 유전자만이 다른 부위에 비해 사태 부위에서 현저한 발현의 차이를 나타냈다. 결론적으로 본 연구를 통해 소 부위별 근육을 구분할 수 있는 과학적 기술의 토대를 확립하였다.

• 한국어류학회지
• /
• 제18권2호
• /
• pp.65-77
• /
• 2006

우리나라 주요 담수 어종인 미꾸라지(Misgurnus mizolepis)를 실험 모델로 이용하여 실험적으로 설정한 고온 노출($32^{\circ}C$)에 특이적으로 반응하는 유전자들을 cDNA microarray 분석을 통해 탐색하였다. 미꾸라지 간조직 expressed sequence tag (EST) 데이터베이스 분석을 통해 1,124개의 unigene들을 선발하여 제작한 cDNA microarray을 이용하여 $23^{\circ}C$ 및 $32^{\circ}C$에 4주간 노출된 실험어의 간(liver)조직의 전사 발현 양상을 3반복 분석하였다. 다양한 유전자군이 $32^{\circ}C$ 고온 노출에 전사 발현의 증감 또는 감소 양상을 보였으며 $23^{\circ}C$에 비해 $32^{\circ}C$군에서 2배 이상의 발현 증가를 보인 클론들은 총 93종류로서 에너지 대사, 단백질 대사, 면역/항산화 기능, 세포골격 및 구조, 물질수송 및 세포 신호전달등에 관여하는 단백질들을 암호화하는 유전자들이었고 최대 15배 이상의 전사발현이 관찰되었다. 반면 고온 노출군에서 유의적인 발현 감소(50% 이하)를 보인 유전자들(n=85) 역시 탐색되어 상기 단백질 분류군외에 vitellogenin 전구체들 및 리보좀 단백질류에서 특이적인 전사활성의 저하가 관찰되었고, vitellogenin 유전자에서 가장 많은 mRNA 수준의 감소가 관찰되었다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제15권4호
• /
• pp.1783-1789
• /
• 2014

Background: The EMSY gene encodes a BRCA2-binding partner protein that represses the DNA repair function of BRCA2 in non-hereditary breast cancer. Although amplification of EMSY gene has been proposed to have prognostic value in breast cancer, no data have been available concerning EMSY tissue expression patterns and its associations with clinicopathological features. Materials and Methods: In the current study, we examined the expression and localization pattern of EMSY protein by immunohistochemistry and assessed its prognostic value in a well-characterized series of 116 unselected breast carcinomas with a mean follow up of 47 months using tissue microarray technique. Results: Immunohistochemical expression of EMSY protein was detected in 76% of primary breast tumors, localized in nuclear (18%), cytoplasmic (35%) or both cytoplasmic and nuclear sites (23%). Univariate analysis revealed a significant positive association between EMSY expression and lymph node metastasis (p value=0.045) and larger tumor size (p value=0.027), as well as a non-significant relation with increased risk of recurrence (p value=0.088), whereas no association with patients' survival (log rank test, p value=0.482), tumor grade or type was observed. Conclusions: Herein, we demonstrated for the first time the immunostaining pattern of EMSY protein in breast tumors. Our data imply that EMSY protein may have impact on clinicipathological parameters and could be considered as a potential target for breast cancer treatment.

• Reproductive and Developmental Biology
• /
• 제31권3호
• /
• pp.207-213
• /
• 2007

본 연구는 한우의 자궁내막염에서 발현 변화를 보이는 유전자를 마이크로어레이를 이용하여 조사하였다. 정상적인 자궁내막과 자궁내막염이 있는 자궁내막을 비교한 결과, 전체 확인된 4,560개의 유전자 중 2,026개의 유전자가 자궁내막염에서 증가하였고, 2,534개의 유전자가 감소하였다. 본 연구에서는 상위 조절되는 유전자 10개씩을 정리하였다. 자궁내막염에서 filamin A, pancreatic anionic trypsinogen, Rho GDP dissociation inhibitor alpha, collagen type VI alpha 1, butyrate response factor 2, aggrecanses-2, annexin 14, aminopeptidease A, orphan transporter v7-3 및 epithelial stromal interaction 1의 발현율이 $2^6$배 이상 증가하였다. MHC class II antigen, integrin-binding sialoprotein, uterine milk protein precursor, down-regulated in colon cancer 1, glycoprotein 330, dickkopf-1, cfh protein, $Ca^{2+}-dependent$ secretion activator, UL16 binding protein 3 및 proenkephalin은 $2^{5.5}$배 이상 감소하였다. 본 연구에서 얻어진 유전자 정보는 한우의 자궁내막염 진단에 필요한 유용한 생물지표로 사용되어질 수 있을 것으로 사료된다.